# TARGET T0363 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0363.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2211 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.179 0.095 0.079 0.113 0.088 0.086 0.103 0.080 0.080 0.059 0.038 2 A 0.194 0.125 0.075 0.113 0.090 0.079 0.103 0.075 0.068 0.049 0.030 3 H 0.171 0.135 0.092 0.142 0.117 0.095 0.098 0.063 0.048 0.027 0.012 4 H 0.158 0.111 0.059 0.111 0.110 0.103 0.130 0.087 0.067 0.042 0.022 5 H 0.211 0.140 0.101 0.147 0.111 0.083 0.080 0.048 0.039 0.026 0.014 6 H 0.244 0.141 0.072 0.143 0.108 0.080 0.087 0.049 0.038 0.024 0.013 7 H 0.219 0.118 0.078 0.136 0.100 0.091 0.105 0.063 0.047 0.027 0.017 8 H 0.156 0.118 0.092 0.124 0.116 0.115 0.126 0.066 0.045 0.028 0.015 9 S 0.205 0.204 0.100 0.195 0.106 0.068 0.061 0.027 0.017 0.010 0.007 10 L 0.075 0.056 0.064 0.139 0.156 0.151 0.142 0.087 0.067 0.042 0.020 11 N 0.211 0.138 0.133 0.223 0.117 0.078 0.058 0.021 0.011 0.005 0.003 12 Q 0.029 0.096 0.132 0.331 0.206 0.109 0.061 0.021 0.009 0.004 0.002 13 I 0.002 0.002 0.003 0.009 0.017 0.036 0.151 0.211 0.254 0.207 0.108 14 N 0.028 0.134 0.123 0.407 0.213 0.070 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 15 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.078 0.241 0.355 0.300 16 E 0.003 0.018 0.022 0.232 0.288 0.229 0.142 0.042 0.016 0.004 0.002 17 I 0.001 0.004 0.003 0.009 0.010 0.023 0.111 0.180 0.277 0.237 0.148 18 A 0.001 0.002 0.002 0.018 0.030 0.053 0.148 0.214 0.252 0.182 0.097 19 Y 0.002 0.012 0.010 0.041 0.055 0.079 0.188 0.195 0.221 0.130 0.067 20 A 0.003 0.007 0.007 0.037 0.041 0.045 0.112 0.187 0.257 0.207 0.097 21 F 0.012 0.039 0.014 0.115 0.151 0.184 0.219 0.142 0.082 0.031 0.011 22 P 0.045 0.079 0.033 0.138 0.161 0.149 0.165 0.116 0.073 0.033 0.009 23 E 0.375 0.197 0.065 0.188 0.091 0.043 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 24 R 0.193 0.159 0.068 0.225 0.140 0.092 0.066 0.029 0.017 0.007 0.003 25 Y 0.046 0.039 0.031 0.077 0.079 0.112 0.167 0.162 0.148 0.094 0.045 26 Y 0.032 0.060 0.055 0.191 0.172 0.163 0.176 0.079 0.042 0.021 0.010 27 L 0.006 0.010 0.033 0.049 0.058 0.073 0.138 0.162 0.195 0.162 0.115 28 K 0.016 0.048 0.105 0.231 0.223 0.166 0.123 0.049 0.024 0.010 0.004 29 S 0.103 0.145 0.132 0.286 0.167 0.088 0.050 0.017 0.008 0.003 0.001 30 F 0.001 0.002 0.004 0.010 0.020 0.038 0.123 0.151 0.234 0.224 0.194 31 Q 0.094 0.360 0.180 0.242 0.090 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.052 0.100 0.201 0.246 0.378 33 D 0.357 0.343 0.095 0.127 0.053 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.271 0.231 0.067 0.187 0.103 0.067 0.049 0.015 0.006 0.003 0.001 35 G 0.457 0.164 0.053 0.144 0.084 0.052 0.028 0.008 0.005 0.003 0.002 36 I 0.005 0.014 0.012 0.046 0.081 0.142 0.248 0.181 0.152 0.077 0.041 37 T 0.020 0.264 0.116 0.253 0.154 0.089 0.060 0.022 0.012 0.007 0.005 38 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.034 0.133 0.171 0.238 0.213 0.190 39 Q 0.061 0.043 0.047 0.194 0.237 0.206 0.133 0.041 0.024 0.009 0.004 40 T 0.008 0.061 0.074 0.366 0.217 0.130 0.095 0.031 0.013 0.005 0.002 41 A 0.002 0.003 0.019 0.017 0.013 0.017 0.063 0.133 0.233 0.274 0.225 42 I 0.002 0.001 0.016 0.021 0.033 0.050 0.143 0.172 0.206 0.212 0.145 43 T 0.001 0.012 0.260 0.247 0.211 0.122 0.088 0.034 0.017 0.006 0.002 44 Q 0.002 0.010 0.039 0.072 0.113 0.246 0.305 0.111 0.058 0.030 0.014 45 S 0.006 0.006 0.005 0.014 0.017 0.031 0.132 0.209 0.244 0.224 0.113 46 G 0.267 0.234 0.089 0.152 0.087 0.068 0.055 0.022 0.013 0.008 0.005 47 I 0.008 0.013 0.020 0.025 0.027 0.031 0.084 0.123 0.217 0.237 0.215 48 L 0.014 0.037 0.036 0.117 0.160 0.160 0.219 0.112 0.083 0.039 0.022 49 S 0.155 0.116 0.136 0.190 0.129 0.091 0.092 0.044 0.027 0.013 0.008 50 Q 0.079 0.101 0.076 0.184 0.161 0.151 0.137 0.055 0.034 0.015 0.007 51 F 0.005 0.007 0.005 0.020 0.036 0.069 0.143 0.196 0.215 0.183 0.122 52 P 0.333 0.286 0.090 0.131 0.068 0.035 0.027 0.012 0.008 0.005 0.004 53 E 0.282 0.092 0.071 0.166 0.119 0.095 0.088 0.040 0.025 0.014 0.007 54 I 0.030 0.020 0.009 0.030 0.042 0.068 0.159 0.170 0.192 0.165 0.115 55 D 0.098 0.235 0.129 0.247 0.112 0.073 0.048 0.023 0.017 0.010 0.008 56 L 0.071 0.044 0.044 0.076 0.083 0.105 0.144 0.121 0.124 0.106 0.083 57 S 0.363 0.197 0.114 0.137 0.074 0.047 0.037 0.014 0.009 0.005 0.003 58 T 0.192 0.176 0.084 0.222 0.135 0.077 0.063 0.024 0.015 0.008 0.005 59 N 0.064 0.065 0.036 0.108 0.111 0.109 0.132 0.114 0.110 0.086 0.066 60 K 0.032 0.095 0.082 0.208 0.208 0.171 0.118 0.044 0.025 0.011 0.006 61 I 0.005 0.009 0.010 0.030 0.042 0.065 0.161 0.193 0.208 0.170 0.106 62 G 0.014 0.018 0.012 0.056 0.078 0.102 0.181 0.170 0.159 0.119 0.091 63 I 0.009 0.012 0.013 0.029 0.033 0.047 0.114 0.156 0.229 0.207 0.151 64 F 0.010 0.014 0.011 0.048 0.056 0.072 0.153 0.164 0.192 0.155 0.125 65 S 0.021 0.025 0.015 0.047 0.062 0.075 0.148 0.167 0.188 0.148 0.104 66 R 0.123 0.121 0.048 0.155 0.155 0.120 0.124 0.072 0.047 0.026 0.010 67 P 0.204 0.098 0.051 0.150 0.125 0.106 0.115 0.062 0.047 0.028 0.014 68 I 0.059 0.038 0.020 0.055 0.069 0.085 0.181 0.159 0.145 0.118 0.072 69 K 0.202 0.313 0.102 0.187 0.093 0.048 0.029 0.012 0.008 0.005 0.003 70 L 0.052 0.043 0.031 0.072 0.091 0.124 0.157 0.136 0.124 0.100 0.070 71 T 0.366 0.183 0.085 0.145 0.100 0.053 0.039 0.015 0.008 0.003 0.002 72 D 0.184 0.159 0.127 0.223 0.142 0.073 0.055 0.019 0.010 0.004 0.002 73 V 0.131 0.144 0.075 0.159 0.119 0.098 0.115 0.059 0.047 0.032 0.021 74 L 0.005 0.004 0.005 0.012 0.024 0.048 0.121 0.139 0.191 0.196 0.256 75 K 0.121 0.331 0.287 0.174 0.055 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 76 E 0.304 0.173 0.097 0.194 0.106 0.065 0.043 0.011 0.004 0.002 0.001 77 G 0.710 0.130 0.033 0.062 0.033 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 78 D 0.007 0.041 0.031 0.138 0.191 0.224 0.224 0.080 0.041 0.017 0.007 79 R 0.006 0.021 0.019 0.078 0.119 0.174 0.217 0.139 0.106 0.073 0.048 80 I 0.009 0.005 0.005 0.011 0.014 0.029 0.118 0.166 0.234 0.232 0.177 81 E 0.008 0.016 0.024 0.099 0.122 0.123 0.203 0.169 0.125 0.073 0.039 82 I 0.006 0.013 0.014 0.028 0.022 0.029 0.078 0.119 0.201 0.246 0.244 83 Y 0.006 0.011 0.019 0.068 0.086 0.098 0.157 0.171 0.179 0.126 0.078 84 R 0.016 0.035 0.042 0.092 0.102 0.123 0.218 0.163 0.123 0.063 0.023 85 P 0.058 0.075 0.081 0.160 0.150 0.124 0.141 0.093 0.067 0.036 0.015 86 L 0.047 0.048 0.041 0.084 0.077 0.082 0.147 0.142 0.155 0.114 0.064 87 L 0.136 0.126 0.061 0.168 0.147 0.113 0.118 0.061 0.041 0.019 0.008 88 A 0.092 0.057 0.046 0.077 0.070 0.083 0.135 0.136 0.146 0.102 0.057 89 D 0.191 0.280 0.058 0.148 0.107 0.074 0.067 0.036 0.021 0.012 0.005 90 P 0.175 0.186 0.040 0.102 0.088 0.081 0.093 0.078 0.076 0.053 0.028 91 K 0.372 0.162 0.059 0.107 0.101 0.074 0.065 0.029 0.019 0.009 0.004 92 E 0.459 0.153 0.108 0.163 0.062 0.026 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 93 I 0.083 0.065 0.078 0.115 0.115 0.127 0.170 0.106 0.078 0.045 0.019 94 R 0.068 0.074 0.119 0.185 0.132 0.119 0.123 0.085 0.053 0.029 0.014 95 R 0.075 0.088 0.225 0.142 0.122 0.113 0.113 0.059 0.034 0.021 0.009 96 E 0.141 0.178 0.294 0.192 0.096 0.045 0.029 0.011 0.007 0.004 0.002 97 G 0.351 0.145 0.064 0.101 0.086 0.066 0.078 0.042 0.033 0.023 0.012