# TARGET T0362 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 212 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.037 0.764 0.001 0.010 0.013 0.001 0.001 0.004 0.103 0.017 0.020 0.030 2 N 0.001 0.024 0.928 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.014 0.004 0.002 0.017 3 P 0.001 0.011 0.418 0.005 0.114 0.048 0.001 0.001 0.002 0.133 0.254 0.005 0.010 4 E 0.001 0.005 0.156 0.010 0.134 0.028 0.001 0.001 0.001 0.284 0.372 0.004 0.006 5 N 0.001 0.010 0.328 0.012 0.090 0.025 0.001 0.001 0.002 0.320 0.168 0.020 0.023 6 W 0.011 0.016 0.469 0.012 0.016 0.010 0.002 0.001 0.010 0.099 0.067 0.017 0.270 7 L 0.044 0.024 0.177 0.003 0.004 0.002 0.012 0.005 0.038 0.030 0.011 0.566 0.086 8 L 0.075 0.016 0.102 0.008 0.003 0.003 0.025 0.011 0.046 0.019 0.004 0.022 0.665 9 L 0.046 0.007 0.114 0.035 0.001 0.002 0.020 0.008 0.100 0.026 0.003 0.607 0.030 10 R 0.026 0.005 0.220 0.026 0.001 0.002 0.016 0.008 0.219 0.018 0.004 0.018 0.439 11 R 0.119 0.004 0.165 0.056 0.003 0.002 0.049 0.018 0.150 0.027 0.006 0.300 0.101 12 V 0.259 0.007 0.080 0.007 0.002 0.001 0.065 0.015 0.156 0.014 0.002 0.086 0.305 13 V 0.233 0.015 0.099 0.006 0.001 0.001 0.050 0.008 0.123 0.013 0.001 0.244 0.207 14 R 0.060 0.006 0.282 0.016 0.001 0.001 0.016 0.004 0.122 0.022 0.003 0.193 0.273 15 F 0.037 0.016 0.261 0.058 0.014 0.002 0.008 0.001 0.038 0.117 0.102 0.064 0.284 16 G 0.008 0.022 0.298 0.019 0.060 0.006 0.001 0.001 0.011 0.190 0.312 0.034 0.039 17 D 0.008 0.035 0.345 0.013 0.059 0.008 0.001 0.001 0.006 0.303 0.145 0.023 0.054 18 T 0.005 0.063 0.389 0.001 0.025 0.020 0.001 0.001 0.004 0.312 0.108 0.026 0.046 19 D 0.001 0.034 0.550 0.002 0.010 0.020 0.001 0.001 0.001 0.288 0.061 0.006 0.028 20 A 0.002 0.009 0.122 0.003 0.050 0.179 0.001 0.001 0.001 0.176 0.441 0.006 0.012 21 A 0.007 0.007 0.083 0.013 0.068 0.315 0.001 0.001 0.001 0.121 0.358 0.008 0.019 22 G 0.024 0.010 0.146 0.005 0.077 0.358 0.003 0.001 0.002 0.156 0.127 0.060 0.030 23 V 0.055 0.020 0.129 0.011 0.035 0.505 0.009 0.004 0.007 0.054 0.064 0.012 0.096 24 M 0.092 0.025 0.113 0.007 0.018 0.478 0.017 0.005 0.009 0.044 0.056 0.078 0.058 25 H 0.040 0.020 0.094 0.006 0.010 0.628 0.007 0.005 0.010 0.040 0.079 0.014 0.047 26 F 0.007 0.002 0.067 0.002 0.007 0.810 0.001 0.002 0.005 0.052 0.026 0.010 0.009 27 H 0.002 0.002 0.020 0.001 0.008 0.936 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.001 0.006 28 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 30 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 31 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 32 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 33 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 34 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 35 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 36 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 37 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 40 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 41 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 43 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.915 0.001 0.001 0.001 0.005 0.058 0.001 0.001 44 Y 0.001 0.001 0.009 0.001 0.014 0.581 0.001 0.001 0.001 0.019 0.375 0.001 0.001 45 G 0.001 0.003 0.129 0.001 0.013 0.263 0.001 0.001 0.005 0.056 0.527 0.001 0.001 46 L 0.001 0.010 0.647 0.001 0.008 0.087 0.001 0.001 0.007 0.202 0.029 0.006 0.004 47 N 0.001 0.036 0.571 0.001 0.027 0.139 0.001 0.001 0.014 0.150 0.036 0.005 0.021 48 P 0.001 0.006 0.071 0.001 0.258 0.510 0.001 0.001 0.004 0.041 0.101 0.001 0.005 49 A 0.001 0.003 0.052 0.002 0.301 0.460 0.001 0.001 0.005 0.035 0.133 0.004 0.003 50 D 0.001 0.007 0.053 0.001 0.302 0.455 0.001 0.001 0.009 0.034 0.126 0.002 0.009 51 I 0.002 0.024 0.159 0.002 0.083 0.513 0.001 0.002 0.015 0.101 0.086 0.003 0.009 52 F 0.001 0.008 0.272 0.002 0.075 0.436 0.001 0.001 0.006 0.089 0.103 0.004 0.004 53 P 0.001 0.003 0.070 0.001 0.098 0.374 0.001 0.001 0.001 0.070 0.382 0.001 0.002 54 G 0.001 0.007 0.101 0.001 0.100 0.246 0.001 0.001 0.001 0.108 0.432 0.001 0.003 55 S 0.001 0.012 0.234 0.001 0.125 0.232 0.001 0.001 0.001 0.156 0.228 0.004 0.007 56 R 0.003 0.014 0.183 0.001 0.102 0.302 0.001 0.001 0.001 0.081 0.300 0.004 0.009 57 K 0.002 0.007 0.204 0.002 0.083 0.270 0.001 0.001 0.001 0.154 0.261 0.008 0.008 58 S 0.002 0.019 0.307 0.005 0.058 0.276 0.001 0.001 0.001 0.138 0.160 0.005 0.029 59 E 0.003 0.015 0.240 0.002 0.070 0.393 0.001 0.001 0.002 0.134 0.092 0.025 0.023 60 V 0.003 0.019 0.476 0.013 0.057 0.245 0.001 0.001 0.003 0.056 0.066 0.011 0.050 61 T 0.004 0.030 0.420 0.011 0.083 0.239 0.001 0.001 0.009 0.059 0.076 0.030 0.037 62 P 0.004 0.014 0.177 0.011 0.064 0.102 0.001 0.001 0.006 0.178 0.403 0.014 0.025 63 E 0.008 0.004 0.148 0.018 0.025 0.025 0.003 0.001 0.010 0.135 0.580 0.021 0.024 64 V 0.061 0.019 0.432 0.005 0.010 0.017 0.018 0.004 0.039 0.090 0.044 0.102 0.160 65 A 0.126 0.034 0.227 0.031 0.003 0.011 0.038 0.009 0.077 0.059 0.016 0.080 0.287 66 L 0.095 0.005 0.190 0.041 0.001 0.006 0.018 0.007 0.061 0.056 0.003 0.431 0.086 67 P 0.135 0.005 0.204 0.024 0.002 0.006 0.033 0.009 0.051 0.023 0.003 0.052 0.455 68 I 0.298 0.009 0.135 0.041 0.005 0.010 0.062 0.011 0.064 0.016 0.004 0.119 0.227 69 I 0.409 0.007 0.055 0.044 0.003 0.010 0.057 0.008 0.053 0.015 0.002 0.188 0.149 70 H 0.313 0.003 0.077 0.046 0.005 0.008 0.047 0.004 0.037 0.013 0.004 0.120 0.322 71 C 0.365 0.002 0.083 0.047 0.014 0.009 0.038 0.003 0.014 0.025 0.016 0.199 0.185 72 Q 0.453 0.007 0.052 0.024 0.012 0.007 0.031 0.002 0.011 0.024 0.016 0.094 0.270 73 A 0.297 0.008 0.103 0.015 0.023 0.012 0.020 0.003 0.013 0.042 0.019 0.212 0.233 74 D 0.405 0.005 0.096 0.016 0.010 0.006 0.011 0.002 0.007 0.039 0.022 0.177 0.204 75 F 0.234 0.011 0.137 0.036 0.031 0.011 0.007 0.001 0.007 0.065 0.081 0.064 0.314 76 R 0.172 0.017 0.200 0.038 0.013 0.011 0.005 0.001 0.009 0.115 0.064 0.186 0.169 77 R 0.034 0.009 0.342 0.013 0.007 0.008 0.002 0.001 0.010 0.192 0.028 0.237 0.120 78 P 0.022 0.024 0.553 0.016 0.007 0.005 0.001 0.001 0.006 0.045 0.020 0.028 0.273 79 I 0.115 0.073 0.323 0.005 0.008 0.003 0.007 0.001 0.010 0.035 0.027 0.281 0.112 80 H 0.038 0.026 0.364 0.005 0.012 0.002 0.004 0.001 0.013 0.048 0.031 0.023 0.431 81 T 0.042 0.024 0.101 0.011 0.028 0.007 0.003 0.001 0.002 0.118 0.425 0.180 0.060 82 G 0.003 0.003 0.044 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.827 0.007 0.010 83 D 0.023 0.003 0.191 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.291 0.412 0.018 0.050 84 A 0.456 0.003 0.059 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 0.017 0.007 0.103 0.336 85 L 0.780 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.083 0.103 86 A 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.067 87 M 0.819 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.078 88 E 0.697 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.196 89 L 0.662 0.001 0.011 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.216 90 R 0.129 0.001 0.038 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.006 0.001 0.720 0.092 91 P 0.030 0.002 0.044 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.898 92 E 0.029 0.002 0.066 0.039 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.819 0.032 93 R 0.024 0.005 0.029 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.915 94 L 0.034 0.008 0.178 0.086 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.014 0.463 0.162 95 N 0.011 0.004 0.141 0.029 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.393 0.139 0.153 0.121 96 P 0.013 0.003 0.171 0.052 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.330 0.226 0.013 0.183 97 N 0.084 0.003 0.051 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.035 0.017 0.710 0.089 98 S 0.384 0.003 0.021 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.004 0.002 0.043 0.527 99 F 0.662 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.279 0.035 100 Q 0.802 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.166 101 V 0.841 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.025 102 H 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.065 103 F 0.897 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.029 104 E 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.105 105 F 0.804 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.105 106 R 0.643 0.001 0.011 0.023 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.002 0.003 0.038 0.264 107 C 0.294 0.002 0.017 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.014 0.016 0.443 0.203 108 E 0.012 0.002 0.023 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.783 0.029 0.056 109 E 0.015 0.001 0.043 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.571 0.071 0.042 110 Q 0.142 0.002 0.074 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 0.002 0.445 0.307 111 I 0.169 0.003 0.012 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.780 112 A 0.389 0.001 0.008 0.292 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.208 0.092 113 A 0.602 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.178 114 H 0.458 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.452 115 A 0.580 0.001 0.008 0.016 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.278 0.093 116 L 0.725 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.118 0.131 117 I 0.745 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.044 0.185 118 R 0.744 0.001 0.006 0.108 0.001 0.001 0.018 0.001 0.006 0.001 0.001 0.073 0.043 119 H 0.758 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.021 0.001 0.003 0.002 0.001 0.081 0.115 120 L 0.824 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.057 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.088 121 A 0.781 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.075 0.002 0.006 0.001 0.001 0.091 0.042 122 I 0.694 0.003 0.012 0.002 0.001 0.001 0.064 0.002 0.007 0.001 0.001 0.028 0.186 123 N 0.094 0.005 0.355 0.005 0.001 0.002 0.013 0.001 0.023 0.023 0.003 0.090 0.385 124 A 0.002 0.001 0.043 0.001 0.029 0.012 0.001 0.001 0.001 0.113 0.785 0.002 0.011 125 Q 0.001 0.001 0.013 0.001 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.051 0.903 0.001 0.001 126 T 0.001 0.003 0.120 0.001 0.029 0.014 0.001 0.001 0.001 0.168 0.652 0.005 0.007 127 R 0.001 0.016 0.487 0.005 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.183 0.253 0.003 0.037 128 H 0.002 0.051 0.544 0.003 0.005 0.010 0.002 0.001 0.002 0.125 0.010 0.186 0.058 129 R 0.001 0.051 0.375 0.008 0.005 0.011 0.002 0.001 0.004 0.032 0.007 0.004 0.501 130 C 0.001 0.041 0.467 0.033 0.008 0.025 0.003 0.001 0.007 0.091 0.019 0.282 0.024 131 A 0.001 0.036 0.609 0.001 0.008 0.012 0.002 0.001 0.006 0.077 0.019 0.008 0.222 132 L 0.001 0.005 0.890 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 0.003 0.050 0.007 0.017 0.010 133 P 0.001 0.003 0.877 0.001 0.005 0.057 0.001 0.001 0.002 0.042 0.009 0.001 0.005 134 E 0.001 0.001 0.020 0.001 0.015 0.897 0.001 0.001 0.001 0.028 0.039 0.001 0.001 135 G 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.954 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 0.001 0.001 136 I 0.001 0.001 0.010 0.001 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 137 D 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 138 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 139 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 140 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 141 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 142 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.939 0.001 0.001 0.001 0.006 0.040 0.001 0.001 143 S 0.001 0.002 0.030 0.001 0.014 0.849 0.001 0.001 0.001 0.014 0.091 0.001 0.001 144 G 0.001 0.007 0.062 0.001 0.032 0.602 0.001 0.001 0.001 0.061 0.230 0.001 0.004 145 V 0.001 0.004 0.130 0.001 0.039 0.263 0.001 0.001 0.001 0.144 0.415 0.002 0.002 146 G 0.001 0.005 0.150 0.001 0.042 0.080 0.001 0.001 0.001 0.383 0.333 0.002 0.003 147 K 0.001 0.013 0.561 0.001 0.049 0.029 0.001 0.001 0.001 0.226 0.111 0.002 0.006 148 I 0.001 0.014 0.221 0.003 0.217 0.071 0.001 0.001 0.004 0.152 0.301 0.005 0.012 149 G 0.006 0.018 0.203 0.002 0.181 0.066 0.002 0.001 0.008 0.167 0.310 0.020 0.017 150 S 0.003 0.034 0.480 0.001 0.127 0.080 0.002 0.001 0.017 0.120 0.079 0.011 0.045 151 I 0.002 0.022 0.770 0.001 0.033 0.075 0.001 0.001 0.010 0.029 0.028 0.004 0.025