# TARGET T0362 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 212 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.003 0.015 0.031 0.041 0.123 0.025 0.752 2 N 0.310 0.040 0.014 0.037 0.034 0.105 0.098 0.362 3 P 0.161 0.058 0.008 0.013 0.023 0.101 0.043 0.593 4 E 0.093 0.043 0.011 0.012 0.029 0.099 0.024 0.688 5 N 0.104 0.111 0.019 0.055 0.111 0.091 0.085 0.424 6 W 0.013 0.024 0.033 0.070 0.153 0.120 0.051 0.536 7 L 0.011 0.012 0.063 0.193 0.399 0.054 0.099 0.169 8 L 0.026 0.007 0.057 0.149 0.236 0.060 0.148 0.316 9 L 0.031 0.008 0.054 0.252 0.301 0.054 0.077 0.224 10 R 0.006 0.003 0.044 0.116 0.318 0.062 0.026 0.426 11 R 0.003 0.002 0.105 0.209 0.456 0.047 0.027 0.151 12 V 0.002 0.002 0.131 0.259 0.385 0.036 0.040 0.145 13 V 0.005 0.002 0.163 0.310 0.271 0.036 0.047 0.166 14 R 0.031 0.007 0.189 0.203 0.197 0.053 0.112 0.209 15 F 0.091 0.023 0.114 0.106 0.110 0.094 0.164 0.296 16 G 0.060 0.026 0.071 0.039 0.056 0.120 0.040 0.588 17 D 0.032 0.029 0.062 0.043 0.088 0.139 0.077 0.530 18 T 0.033 0.030 0.058 0.025 0.043 0.148 0.121 0.542 19 D 0.476 0.051 0.028 0.037 0.034 0.101 0.095 0.179 20 A 0.064 0.029 0.017 0.019 0.030 0.162 0.054 0.624 21 A 0.006 0.018 0.050 0.019 0.117 0.162 0.044 0.584 22 G 0.011 0.037 0.162 0.122 0.345 0.061 0.117 0.145 23 V 0.010 0.055 0.186 0.229 0.223 0.054 0.069 0.174 24 M 0.007 0.045 0.433 0.155 0.188 0.026 0.054 0.091 25 H 0.039 0.272 0.166 0.120 0.153 0.046 0.095 0.109 26 F 0.057 0.560 0.063 0.022 0.036 0.039 0.084 0.140 27 H 0.021 0.655 0.023 0.022 0.034 0.035 0.052 0.159 28 Q 0.011 0.761 0.016 0.016 0.024 0.021 0.078 0.073 29 L 0.007 0.925 0.003 0.003 0.004 0.006 0.035 0.017 30 F 0.006 0.887 0.006 0.006 0.006 0.003 0.072 0.014 31 R 0.007 0.911 0.005 0.007 0.008 0.005 0.039 0.018 32 W 0.016 0.624 0.013 0.004 0.006 0.010 0.302 0.023 33 C 0.006 0.908 0.002 0.002 0.001 0.003 0.069 0.009 34 H 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.015 35 E 0.004 0.927 0.002 0.001 0.001 0.006 0.030 0.029 36 S 0.009 0.555 0.007 0.002 0.002 0.011 0.397 0.017 37 W 0.006 0.853 0.001 0.001 0.001 0.003 0.128 0.007 38 E 0.009 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.013 39 E 0.015 0.417 0.045 0.008 0.006 0.027 0.401 0.080 40 S 0.024 0.334 0.033 0.004 0.004 0.030 0.519 0.052 41 L 0.340 0.114 0.077 0.004 0.005 0.033 0.310 0.118 42 E 0.593 0.022 0.007 0.004 0.004 0.043 0.020 0.307 43 S 0.033 0.002 0.004 0.001 0.003 0.044 0.016 0.897 44 Y 0.007 0.004 0.014 0.003 0.007 0.252 0.011 0.701 45 G 0.010 0.009 0.026 0.010 0.022 0.223 0.016 0.685 46 L 0.010 0.006 0.010 0.006 0.002 0.088 0.007 0.870 47 N 0.419 0.321 0.025 0.005 0.004 0.031 0.083 0.113 48 P 0.448 0.351 0.015 0.003 0.004 0.029 0.035 0.116 49 A 0.256 0.102 0.037 0.008 0.010 0.054 0.039 0.494 50 D 0.037 0.042 0.047 0.027 0.035 0.111 0.071 0.631 51 I 0.048 0.014 0.013 0.007 0.017 0.149 0.023 0.729 52 F 0.434 0.028 0.024 0.023 0.023 0.104 0.071 0.294 53 P 0.033 0.010 0.006 0.004 0.009 0.084 0.013 0.840 54 G 0.062 0.015 0.009 0.007 0.016 0.079 0.030 0.783 55 S 0.101 0.020 0.012 0.028 0.029 0.111 0.069 0.629 56 R 0.094 0.016 0.014 0.023 0.031 0.089 0.049 0.684 57 K 0.033 0.006 0.020 0.044 0.084 0.086 0.049 0.678 58 S 0.012 0.004 0.027 0.058 0.098 0.105 0.068 0.628 59 E 0.008 0.003 0.047 0.092 0.114 0.116 0.032 0.589 60 V 0.034 0.002 0.023 0.030 0.047 0.083 0.025 0.755 61 T 0.229 0.016 0.030 0.047 0.044 0.071 0.130 0.433 62 P 0.055 0.011 0.047 0.040 0.115 0.116 0.035 0.580 63 E 0.008 0.003 0.050 0.047 0.136 0.087 0.054 0.615 64 V 0.004 0.003 0.130 0.208 0.242 0.093 0.033 0.287 65 A 0.009 0.008 0.095 0.099 0.274 0.073 0.061 0.382 66 L 0.009 0.011 0.131 0.261 0.193 0.049 0.059 0.286 67 P 0.010 0.021 0.305 0.170 0.308 0.030 0.061 0.096 68 I 0.007 0.018 0.219 0.150 0.268 0.032 0.099 0.206 69 I 0.020 0.015 0.234 0.304 0.254 0.025 0.049 0.099 70 H 0.080 0.019 0.148 0.150 0.214 0.044 0.092 0.253 71 C 0.018 0.015 0.073 0.141 0.217 0.086 0.043 0.408 72 Q 0.010 0.008 0.114 0.098 0.275 0.063 0.045 0.387 73 A 0.035 0.010 0.045 0.151 0.188 0.062 0.049 0.459 74 D 0.062 0.009 0.065 0.275 0.186 0.058 0.076 0.269 75 F 0.012 0.008 0.031 0.110 0.209 0.076 0.039 0.514 76 R 0.018 0.005 0.039 0.095 0.190 0.061 0.025 0.568 77 R 0.054 0.003 0.029 0.343 0.209 0.051 0.066 0.244 78 P 0.012 0.003 0.034 0.107 0.171 0.077 0.074 0.523 79 I 0.053 0.001 0.038 0.078 0.145 0.115 0.034 0.535 80 H 0.297 0.002 0.021 0.050 0.047 0.071 0.045 0.467 81 T 0.047 0.003 0.009 0.015 0.040 0.081 0.020 0.784 82 G 0.017 0.002 0.034 0.018 0.112 0.123 0.022 0.674 83 D 0.015 0.002 0.056 0.258 0.383 0.055 0.030 0.202 84 A 0.002 0.001 0.066 0.165 0.310 0.031 0.022 0.404 85 L 0.001 0.001 0.084 0.330 0.516 0.010 0.009 0.050 86 A 0.001 0.001 0.057 0.344 0.528 0.007 0.012 0.051 87 M 0.003 0.001 0.076 0.507 0.297 0.012 0.011 0.092 88 E 0.004 0.003 0.078 0.291 0.451 0.025 0.009 0.140 89 L 0.008 0.005 0.072 0.205 0.270 0.039 0.031 0.370 90 R 0.135 0.031 0.050 0.335 0.202 0.031 0.070 0.147 91 P 0.202 0.013 0.030 0.109 0.138 0.047 0.087 0.373 92 E 0.058 0.006 0.012 0.121 0.113 0.065 0.032 0.595 93 R 0.010 0.001 0.010 0.038 0.097 0.079 0.025 0.739 94 L 0.011 0.001 0.006 0.019 0.029 0.096 0.027 0.812 95 N 0.355 0.009 0.010 0.057 0.064 0.072 0.104 0.328 96 P 0.057 0.005 0.007 0.011 0.026 0.078 0.021 0.796 97 N 0.016 0.006 0.054 0.072 0.303 0.115 0.028 0.404 98 S 0.004 0.005 0.064 0.099 0.349 0.059 0.040 0.380 99 F 0.003 0.006 0.079 0.331 0.413 0.030 0.020 0.117 100 Q 0.003 0.009 0.131 0.271 0.434 0.017 0.028 0.107 101 V 0.003 0.011 0.053 0.437 0.402 0.011 0.022 0.061 102 H 0.005 0.009 0.092 0.282 0.512 0.011 0.027 0.063 103 F 0.004 0.005 0.028 0.465 0.428 0.008 0.017 0.046 104 E 0.005 0.003 0.029 0.435 0.440 0.011 0.010 0.066 105 F 0.006 0.003 0.024 0.296 0.443 0.030 0.018 0.180 106 R 0.021 0.007 0.029 0.231 0.307 0.059 0.036 0.309 107 C 0.165 0.031 0.009 0.088 0.103 0.054 0.046 0.504 108 E 0.095 0.121 0.007 0.041 0.060 0.069 0.040 0.566 109 E 0.023 0.194 0.014 0.058 0.173 0.073 0.041 0.424 110 Q 0.014 0.133 0.025 0.149 0.269 0.053 0.068 0.288 111 I 0.011 0.124 0.021 0.312 0.318 0.029 0.056 0.129 112 A 0.010 0.089 0.041 0.195 0.376 0.034 0.119 0.135 113 A 0.011 0.075 0.023 0.296 0.398 0.020 0.105 0.073 114 H 0.013 0.061 0.037 0.187 0.436 0.027 0.140 0.099 115 A 0.007 0.042 0.040 0.243 0.470 0.033 0.079 0.086 116 L 0.009 0.033 0.045 0.212 0.557 0.025 0.051 0.067 117 I 0.005 0.013 0.054 0.256 0.425 0.031 0.068 0.147 118 R 0.004 0.006 0.066 0.351 0.445 0.024 0.037 0.067 119 H 0.005 0.005 0.078 0.301 0.424 0.024 0.051 0.112 120 L 0.005 0.009 0.124 0.325 0.348 0.035 0.025 0.129 121 A 0.005 0.010 0.161 0.231 0.401 0.031 0.031 0.130 122 I 0.012 0.009 0.110 0.214 0.197 0.060 0.130 0.268 123 N 0.194 0.093 0.055 0.096 0.090 0.056 0.273 0.142 124 A 0.181 0.062 0.023 0.023 0.037 0.115 0.065 0.493 125 Q 0.062 0.035 0.026 0.020 0.033 0.100 0.048 0.675 126 T 0.112 0.059 0.016 0.020 0.036 0.085 0.073 0.600 127 R 0.099 0.022 0.024 0.032 0.047 0.125 0.064 0.588 128 H 0.105 0.016 0.018 0.052 0.061 0.100 0.034 0.614 129 R 0.039 0.006 0.017 0.018 0.034 0.085 0.050 0.752 130 C 0.019 0.014 0.032 0.031 0.048 0.157 0.036 0.664 131 A 0.014 0.019 0.032 0.024 0.028 0.109 0.026 0.747 132 L 0.115 0.189 0.014 0.010 0.007 0.071 0.074 0.519 133 P 0.280 0.532 0.007 0.002 0.002 0.019 0.078 0.079 134 E 0.051 0.478 0.011 0.003 0.003 0.056 0.110 0.287 135 G 0.020 0.854 0.005 0.001 0.001 0.012 0.033 0.073 136 I 0.029 0.930 0.002 0.001 0.001 0.005 0.017 0.016 137 D 0.010 0.961 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 0.015 138 R 0.024 0.916 0.004 0.001 0.001 0.006 0.015 0.033 139 W 0.046 0.279 0.056 0.005 0.004 0.028 0.519 0.063 140 L 0.057 0.274 0.051 0.009 0.008 0.038 0.445 0.119 141 E 0.278 0.147 0.034 0.005 0.007 0.052 0.089 0.387 142 A 0.049 0.034 0.040 0.009 0.012 0.112 0.074 0.669 143 S 0.054 0.014 0.027 0.008 0.013 0.125 0.035 0.725 144 G 0.218 0.013 0.011 0.008 0.011 0.098 0.042 0.600 145 V 0.021 0.006 0.015 0.009 0.013 0.131 0.024 0.782 146 G 0.030 0.005 0.029 0.012 0.025 0.131 0.038 0.730 147 K 0.087 0.012 0.038 0.044 0.042 0.125 0.098 0.552 148 I 0.028 0.008 0.053 0.026 0.032 0.117 0.035 0.701 149 G 0.027 0.009 0.067 0.043 0.088 0.121 0.049 0.595 150 S 0.039 0.019 0.041 0.047 0.073 0.100 0.091 0.590 151 I 0.064 0.039 0.059 0.078 0.091 0.106 0.095 0.469