# TARGET T0362 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 212 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.134 0.017 0.046 0.033 0.068 0.087 0.022 0.592 2 N 0.093 0.011 0.023 0.051 0.070 0.210 0.010 0.531 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 4 E 0.008 0.002 0.007 0.017 0.048 0.454 0.005 0.460 5 N 0.490 0.003 0.006 0.008 0.008 0.132 0.021 0.333 6 W 0.259 0.026 0.027 0.033 0.043 0.119 0.005 0.489 7 L 0.108 0.025 0.060 0.214 0.275 0.143 0.006 0.169 8 L 0.085 0.014 0.058 0.215 0.384 0.082 0.006 0.157 9 L 0.021 0.012 0.040 0.350 0.458 0.027 0.004 0.089 10 R 0.010 0.008 0.053 0.326 0.406 0.032 0.003 0.162 11 R 0.008 0.008 0.063 0.341 0.417 0.025 0.004 0.134 12 V 0.015 0.006 0.103 0.230 0.504 0.032 0.003 0.106 13 V 0.007 0.007 0.132 0.347 0.343 0.023 0.003 0.138 14 R 0.005 0.011 0.141 0.214 0.314 0.032 0.003 0.280 15 F 0.009 0.014 0.106 0.116 0.278 0.044 0.004 0.428 16 G 0.019 0.013 0.063 0.048 0.105 0.160 0.007 0.585 17 D 0.080 0.021 0.036 0.034 0.053 0.182 0.014 0.581 18 T 0.180 0.059 0.064 0.037 0.052 0.163 0.021 0.424 19 D 0.074 0.099 0.049 0.048 0.065 0.207 0.022 0.436 20 A 0.058 0.150 0.079 0.036 0.067 0.158 0.019 0.434 21 A 0.074 0.151 0.049 0.040 0.060 0.404 0.024 0.197 22 G 0.468 0.060 0.040 0.031 0.032 0.120 0.058 0.191 23 V 0.077 0.146 0.375 0.063 0.053 0.062 0.012 0.212 24 M 0.014 0.102 0.309 0.161 0.159 0.052 0.010 0.193 25 H 0.019 0.068 0.144 0.090 0.175 0.062 0.006 0.436 26 F 0.015 0.115 0.172 0.118 0.217 0.058 0.007 0.298 27 H 0.013 0.131 0.100 0.044 0.064 0.067 0.006 0.575 28 Q 0.029 0.136 0.030 0.026 0.044 0.194 0.012 0.529 29 L 0.085 0.399 0.021 0.018 0.029 0.116 0.008 0.324 30 F 0.037 0.761 0.014 0.015 0.022 0.032 0.007 0.114 31 R 0.016 0.844 0.007 0.009 0.009 0.017 0.004 0.092 32 W 0.008 0.946 0.003 0.003 0.004 0.005 0.002 0.029 33 C 0.016 0.928 0.004 0.003 0.007 0.005 0.005 0.032 34 H 0.013 0.930 0.003 0.002 0.003 0.006 0.004 0.039 35 E 0.008 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.031 36 S 0.022 0.909 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.053 37 W 0.017 0.896 0.004 0.001 0.003 0.005 0.006 0.068 38 E 0.008 0.899 0.003 0.002 0.002 0.005 0.003 0.077 39 E 0.006 0.913 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.068 40 S 0.006 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.034 41 L 0.008 0.939 0.002 0.001 0.004 0.003 0.002 0.040 42 E 0.007 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.022 43 S 0.039 0.925 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.018 44 Y 0.146 0.756 0.009 0.003 0.001 0.001 0.062 0.022 45 G 0.535 0.117 0.059 0.011 0.006 0.008 0.146 0.118 46 L 0.061 0.049 0.702 0.023 0.023 0.019 0.020 0.103 47 N 0.022 0.024 0.064 0.036 0.056 0.106 0.006 0.685 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 49 A 0.007 0.004 0.024 0.010 0.024 0.503 0.003 0.425 50 D 0.470 0.007 0.012 0.005 0.005 0.221 0.020 0.259 51 I 0.556 0.110 0.020 0.014 0.023 0.034 0.012 0.233 52 F 0.199 0.102 0.072 0.067 0.122 0.148 0.008 0.281 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 54 G 0.037 0.026 0.013 0.038 0.109 0.135 0.011 0.631 55 S 0.701 0.011 0.008 0.008 0.011 0.029 0.019 0.214 56 R 0.103 0.041 0.048 0.026 0.031 0.102 0.011 0.638 57 K 0.058 0.020 0.016 0.016 0.029 0.366 0.009 0.486 58 S 0.237 0.050 0.026 0.020 0.022 0.148 0.016 0.481 59 E 0.139 0.061 0.026 0.023 0.037 0.186 0.015 0.513 60 V 0.083 0.048 0.044 0.031 0.067 0.152 0.026 0.548 61 T 0.071 0.044 0.030 0.079 0.109 0.098 0.009 0.560 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 63 E 0.028 0.004 0.017 0.059 0.107 0.146 0.010 0.629 64 V 0.494 0.005 0.039 0.050 0.059 0.063 0.022 0.268 65 A 0.085 0.011 0.111 0.155 0.208 0.073 0.011 0.345 66 L 0.035 0.002 0.147 0.251 0.232 0.040 0.003 0.289 67 P 0.001 0.001 0.014 0.019 0.017 0.006 0.001 0.944 68 I 0.004 0.001 0.155 0.195 0.409 0.044 0.002 0.190 69 I 0.010 0.002 0.204 0.347 0.349 0.022 0.002 0.065 70 H 0.005 0.001 0.091 0.273 0.472 0.026 0.001 0.131 71 C 0.008 0.001 0.094 0.296 0.499 0.026 0.001 0.074 72 Q 0.019 0.002 0.076 0.279 0.486 0.042 0.003 0.094 73 A 0.029 0.002 0.059 0.233 0.384 0.056 0.004 0.232 74 D 0.011 0.004 0.044 0.421 0.309 0.035 0.004 0.171 75 F 0.041 0.003 0.040 0.115 0.385 0.071 0.010 0.335 76 R 0.058 0.011 0.068 0.158 0.426 0.113 0.011 0.154 77 R 0.032 0.004 0.062 0.337 0.261 0.053 0.006 0.244 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 79 I 0.017 0.002 0.105 0.173 0.396 0.073 0.007 0.227 80 H 0.137 0.004 0.030 0.093 0.089 0.188 0.011 0.448 81 T 0.048 0.009 0.046 0.100 0.225 0.056 0.009 0.507 82 G 0.048 0.007 0.064 0.113 0.131 0.131 0.020 0.486 83 D 0.302 0.002 0.034 0.074 0.062 0.198 0.042 0.286 84 A 0.101 0.001 0.059 0.140 0.182 0.165 0.008 0.345 85 L 0.024 0.001 0.018 0.366 0.555 0.027 0.001 0.008 86 A 0.007 0.001 0.035 0.379 0.458 0.019 0.001 0.101 87 M 0.001 0.001 0.021 0.519 0.451 0.002 0.001 0.006 88 E 0.001 0.001 0.018 0.260 0.694 0.005 0.001 0.022 89 L 0.001 0.001 0.020 0.270 0.678 0.004 0.001 0.027 90 R 0.002 0.001 0.035 0.392 0.450 0.013 0.001 0.107 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 92 E 0.004 0.001 0.037 0.145 0.507 0.100 0.002 0.205 93 R 0.233 0.002 0.011 0.033 0.058 0.117 0.009 0.538 94 L 0.242 0.018 0.073 0.115 0.191 0.055 0.016 0.291 95 N 0.071 0.009 0.030 0.089 0.106 0.103 0.005 0.586 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 97 N 0.029 0.004 0.020 0.100 0.175 0.217 0.015 0.440 98 S 0.580 0.002 0.010 0.025 0.040 0.092 0.024 0.226 99 F 0.120 0.008 0.100 0.368 0.210 0.043 0.010 0.141 100 Q 0.030 0.001 0.064 0.245 0.296 0.065 0.004 0.296 101 V 0.011 0.001 0.065 0.311 0.424 0.036 0.001 0.150 102 H 0.005 0.001 0.033 0.293 0.613 0.020 0.001 0.035 103 F 0.002 0.001 0.025 0.395 0.530 0.010 0.001 0.038 104 E 0.002 0.001 0.032 0.366 0.558 0.008 0.001 0.034 105 F 0.002 0.001 0.023 0.361 0.520 0.014 0.001 0.079 106 R 0.003 0.001 0.025 0.361 0.551 0.014 0.001 0.044 107 C 0.006 0.002 0.020 0.228 0.504 0.042 0.003 0.196 108 E 0.015 0.002 0.017 0.073 0.187 0.098 0.009 0.600 109 E 0.032 0.003 0.008 0.042 0.043 0.155 0.020 0.698 110 Q 0.290 0.003 0.011 0.046 0.069 0.303 0.018 0.262 111 I 0.073 0.007 0.024 0.216 0.223 0.158 0.006 0.293 112 A 0.015 0.005 0.019 0.308 0.518 0.048 0.002 0.085 113 A 0.007 0.006 0.016 0.411 0.509 0.015 0.001 0.036 114 H 0.004 0.006 0.012 0.408 0.516 0.013 0.001 0.039 115 A 0.005 0.006 0.013 0.405 0.535 0.012 0.002 0.023 116 L 0.008 0.004 0.017 0.387 0.552 0.015 0.003 0.016 117 I 0.009 0.004 0.022 0.404 0.516 0.017 0.003 0.025 118 R 0.007 0.003 0.054 0.339 0.535 0.020 0.002 0.040 119 H 0.003 0.002 0.040 0.444 0.450 0.012 0.001 0.048 120 L 0.003 0.001 0.079 0.383 0.487 0.008 0.001 0.037 121 A 0.003 0.001 0.139 0.343 0.461 0.010 0.001 0.041 122 I 0.003 0.002 0.128 0.339 0.425 0.016 0.001 0.087 123 N 0.002 0.003 0.064 0.263 0.494 0.025 0.001 0.147 124 A 0.006 0.003 0.039 0.064 0.273 0.047 0.003 0.563 125 Q 0.021 0.003 0.011 0.018 0.048 0.560 0.007 0.332 126 T 0.298 0.009 0.006 0.011 0.015 0.371 0.030 0.260 127 R 0.292 0.120 0.029 0.021 0.019 0.080 0.027 0.411 128 H 0.102 0.078 0.109 0.050 0.066 0.162 0.023 0.410 129 R 0.014 0.013 0.011 0.007 0.014 0.038 0.005 0.898 130 C 0.156 0.083 0.079 0.060 0.130 0.066 0.018 0.407 131 A 0.024 0.014 0.022 0.010 0.014 0.055 0.009 0.852 132 L 0.094 0.019 0.030 0.020 0.038 0.117 0.006 0.676 133 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 134 E 0.005 0.006 0.004 0.004 0.014 0.156 0.001 0.810 135 G 0.100 0.031 0.003 0.001 0.003 0.142 0.004 0.716 136 I 0.120 0.386 0.005 0.003 0.009 0.049 0.003 0.426 137 D 0.025 0.739 0.005 0.002 0.007 0.026 0.002 0.193 138 R 0.016 0.877 0.002 0.001 0.002 0.011 0.003 0.087 139 W 0.031 0.926 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.029 140 L 0.035 0.926 0.002 0.002 0.003 0.002 0.007 0.023 141 E 0.032 0.906 0.008 0.004 0.007 0.004 0.009 0.030 142 A 0.095 0.759 0.012 0.006 0.006 0.006 0.030 0.087 143 S 0.182 0.553 0.035 0.012 0.010 0.010 0.070 0.128 144 G 0.318 0.188 0.062 0.019 0.014 0.035 0.096 0.268 145 V 0.090 0.092 0.234 0.027 0.024 0.069 0.027 0.436 146 G 0.075 0.066 0.107 0.047 0.046 0.089 0.039 0.531 147 K 0.128 0.021 0.110 0.016 0.025 0.144 0.016 0.540 148 I 0.008 0.012 0.072 0.018 0.017 0.047 0.003 0.823 149 G 0.034 0.028 0.123 0.089 0.103 0.118 0.013 0.493 150 S 0.128 0.009 0.062 0.035 0.072 0.137 0.011 0.546 151 I 0.061 0.024 0.090 0.103 0.141 0.075 0.006 0.500