# TARGET T0362 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 212 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.276 0.398 0.058 0.119 0.039 0.026 0.010 0.025 0.007 0.001 2 N 0.008 0.203 0.515 0.003 0.032 0.063 0.015 0.001 0.157 0.002 0.001 3 P 0.644 0.010 0.270 0.030 0.003 0.013 0.001 0.002 0.002 0.004 0.021 4 E 0.643 0.021 0.109 0.179 0.013 0.007 0.008 0.010 0.003 0.006 0.001 5 N 0.121 0.107 0.228 0.254 0.086 0.065 0.070 0.010 0.054 0.004 0.001 6 W 0.417 0.215 0.147 0.143 0.033 0.017 0.012 0.004 0.011 0.001 0.001 7 L 0.123 0.448 0.204 0.102 0.057 0.037 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 8 L 0.044 0.683 0.178 0.024 0.028 0.019 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 9 L 0.025 0.586 0.248 0.008 0.053 0.029 0.005 0.001 0.045 0.001 0.001 10 R 0.039 0.202 0.682 0.010 0.008 0.044 0.002 0.001 0.010 0.001 0.002 11 R 0.010 0.653 0.214 0.008 0.065 0.020 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 12 V 0.010 0.520 0.394 0.003 0.008 0.043 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 13 V 0.010 0.627 0.268 0.005 0.013 0.041 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 14 R 0.021 0.379 0.446 0.010 0.014 0.090 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 15 F 0.148 0.247 0.297 0.080 0.088 0.046 0.031 0.009 0.046 0.007 0.002 16 G 0.221 0.043 0.091 0.036 0.174 0.005 0.024 0.131 0.004 0.270 0.001 17 D 0.273 0.079 0.179 0.218 0.049 0.119 0.020 0.005 0.047 0.006 0.006 18 T 0.310 0.144 0.169 0.239 0.028 0.068 0.013 0.004 0.019 0.004 0.001 19 D 0.227 0.170 0.303 0.034 0.049 0.070 0.046 0.002 0.092 0.005 0.001 20 A 0.760 0.016 0.125 0.063 0.003 0.018 0.003 0.002 0.002 0.001 0.008 21 A 0.574 0.039 0.090 0.191 0.033 0.004 0.043 0.016 0.004 0.004 0.001 22 G 0.377 0.013 0.039 0.053 0.085 0.003 0.064 0.255 0.003 0.107 0.001 23 V 0.543 0.225 0.104 0.070 0.015 0.027 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 24 M 0.419 0.275 0.123 0.065 0.014 0.059 0.009 0.001 0.034 0.002 0.001 25 H 0.473 0.156 0.128 0.106 0.032 0.058 0.016 0.003 0.022 0.005 0.001 26 F 0.790 0.035 0.042 0.033 0.017 0.034 0.011 0.003 0.032 0.004 0.001 27 H 0.985 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 Q 0.985 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 W 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 C 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 H 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.990 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 S 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 W 0.985 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 S 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 S 0.981 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Y 0.175 0.001 0.002 0.820 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 G 0.008 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.502 0.457 0.002 0.014 0.001 46 L 0.012 0.257 0.616 0.027 0.032 0.046 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 47 N 0.002 0.078 0.723 0.002 0.031 0.116 0.002 0.001 0.044 0.001 0.001 48 P 0.935 0.003 0.021 0.034 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 A 0.913 0.006 0.015 0.056 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 50 D 0.530 0.008 0.052 0.384 0.004 0.010 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 51 I 0.442 0.058 0.210 0.247 0.007 0.018 0.009 0.001 0.008 0.001 0.001 52 F 0.080 0.220 0.460 0.009 0.037 0.019 0.012 0.001 0.156 0.006 0.001 53 P 0.200 0.003 0.706 0.019 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 54 G 0.167 0.018 0.097 0.045 0.060 0.004 0.045 0.470 0.004 0.090 0.001 55 S 0.409 0.097 0.285 0.139 0.023 0.022 0.007 0.004 0.008 0.004 0.002 56 R 0.203 0.166 0.266 0.200 0.042 0.042 0.036 0.011 0.026 0.007 0.001 57 K 0.290 0.152 0.237 0.133 0.059 0.022 0.059 0.018 0.018 0.011 0.001 58 S 0.348 0.134 0.217 0.141 0.064 0.029 0.029 0.015 0.016 0.006 0.001 59 E 0.390 0.262 0.213 0.063 0.036 0.020 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 60 V 0.241 0.295 0.267 0.128 0.016 0.034 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 61 T 0.063 0.237 0.224 0.002 0.048 0.011 0.010 0.001 0.396 0.007 0.001 62 P 0.458 0.001 0.321 0.020 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 63 E 0.190 0.115 0.097 0.282 0.051 0.044 0.117 0.063 0.038 0.002 0.001 64 V 0.051 0.572 0.233 0.072 0.038 0.020 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 65 A 0.045 0.522 0.242 0.021 0.077 0.030 0.025 0.003 0.030 0.004 0.001 66 L 0.012 0.612 0.273 0.002 0.036 0.015 0.002 0.001 0.047 0.001 0.001 67 P 0.017 0.048 0.891 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 68 I 0.053 0.606 0.240 0.003 0.011 0.050 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 69 I 0.108 0.662 0.140 0.016 0.023 0.035 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 70 H 0.090 0.559 0.169 0.022 0.083 0.041 0.010 0.001 0.025 0.001 0.001 71 C 0.082 0.535 0.100 0.049 0.179 0.025 0.007 0.003 0.016 0.002 0.001 72 Q 0.055 0.591 0.106 0.045 0.080 0.042 0.017 0.002 0.059 0.002 0.001 73 A 0.040 0.550 0.160 0.019 0.184 0.017 0.004 0.002 0.021 0.004 0.001 74 D 0.114 0.287 0.280 0.082 0.046 0.118 0.026 0.002 0.042 0.002 0.001 75 F 0.113 0.440 0.156 0.066 0.149 0.037 0.016 0.004 0.015 0.003 0.001 76 R 0.262 0.288 0.195 0.163 0.015 0.036 0.006 0.001 0.031 0.001 0.001 77 R 0.014 0.443 0.258 0.001 0.086 0.010 0.018 0.001 0.170 0.001 0.001 78 P 0.073 0.015 0.781 0.004 0.001 0.063 0.001 0.001 0.002 0.001 0.061 79 I 0.095 0.423 0.286 0.054 0.059 0.050 0.005 0.002 0.023 0.001 0.001 80 H 0.041 0.456 0.320 0.030 0.084 0.030 0.010 0.002 0.023 0.005 0.001 81 T 0.195 0.162 0.487 0.098 0.018 0.014 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 82 G 0.032 0.002 0.017 0.029 0.018 0.001 0.065 0.664 0.001 0.172 0.001 83 D 0.018 0.189 0.547 0.058 0.023 0.092 0.031 0.001 0.038 0.001 0.001 84 A 0.007 0.638 0.298 0.007 0.034 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 85 L 0.001 0.865 0.092 0.002 0.027 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 86 A 0.001 0.874 0.081 0.001 0.030 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 87 M 0.001 0.911 0.040 0.001 0.036 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 88 E 0.001 0.798 0.135 0.001 0.012 0.032 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 89 L 0.006 0.693 0.226 0.003 0.041 0.016 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 90 R 0.001 0.607 0.169 0.001 0.014 0.027 0.004 0.001 0.178 0.001 0.001 91 P 0.036 0.009 0.899 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 92 E 0.474 0.193 0.097 0.142 0.042 0.026 0.006 0.002 0.016 0.001 0.001 93 R 0.079 0.427 0.279 0.046 0.085 0.037 0.017 0.001 0.026 0.001 0.001 94 L 0.062 0.387 0.305 0.156 0.036 0.037 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 95 N 0.003 0.249 0.286 0.002 0.240 0.042 0.006 0.001 0.163 0.007 0.001 96 P 0.854 0.003 0.048 0.077 0.002 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 97 N 0.321 0.022 0.015 0.611 0.013 0.003 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 98 S 0.045 0.517 0.084 0.146 0.182 0.005 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 99 F 0.003 0.691 0.157 0.008 0.107 0.011 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 100 Q 0.001 0.807 0.139 0.001 0.031 0.012 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 101 V 0.001 0.884 0.054 0.001 0.047 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 102 H 0.002 0.868 0.064 0.003 0.041 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 103 F 0.001 0.765 0.055 0.001 0.164 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 104 E 0.003 0.851 0.095 0.001 0.019 0.015 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 105 F 0.007 0.758 0.160 0.003 0.035 0.022 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 106 R 0.064 0.637 0.156 0.068 0.025 0.026 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 107 C 0.035 0.368 0.258 0.035 0.141 0.030 0.030 0.005 0.081 0.015 0.001 108 E 0.298 0.033 0.139 0.112 0.047 0.007 0.136 0.052 0.003 0.172 0.001 109 E 0.143 0.092 0.067 0.262 0.075 0.018 0.252 0.074 0.012 0.005 0.001 110 Q 0.027 0.639 0.260 0.010 0.020 0.020 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 111 I 0.031 0.414 0.470 0.003 0.004 0.061 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 112 A 0.063 0.753 0.072 0.024 0.066 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 113 A 0.012 0.653 0.086 0.006 0.229 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 114 H 0.005 0.871 0.033 0.006 0.062 0.008 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 115 A 0.003 0.654 0.052 0.003 0.276 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 116 L 0.004 0.767 0.134 0.005 0.068 0.015 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 117 I 0.001 0.791 0.130 0.001 0.062 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 118 R 0.069 0.720 0.119 0.028 0.018 0.027 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 119 H 0.002 0.861 0.078 0.001 0.043 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 120 L 0.005 0.903 0.043 0.001 0.011 0.011 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 121 A 0.005 0.690 0.231 0.002 0.026 0.028 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 122 I 0.008 0.796 0.092 0.016 0.044 0.025 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 123 N 0.003 0.120 0.505 0.002 0.055 0.214 0.002 0.001 0.096 0.002 0.001 124 A 0.900 0.003 0.008 0.077 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 125 Q 0.731 0.007 0.015 0.236 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 126 T 0.325 0.022 0.039 0.572 0.009 0.003 0.018 0.005 0.005 0.001 0.001 127 R 0.169 0.044 0.141 0.165 0.027 0.019 0.336 0.061 0.021 0.016 0.001 128 H 0.096 0.213 0.540 0.050 0.033 0.023 0.014 0.003 0.023 0.004 0.001 129 R 0.166 0.087 0.616 0.061 0.005 0.044 0.008 0.002 0.007 0.001 0.003 130 C 0.066 0.461 0.329 0.019 0.050 0.024 0.007 0.001 0.041 0.002 0.001 131 A 0.041 0.055 0.820 0.010 0.002 0.053 0.003 0.001 0.009 0.001 0.006 132 L 0.015 0.141 0.764 0.002 0.012 0.020 0.002 0.001 0.042 0.002 0.001 133 P 0.074 0.007 0.888 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 134 E 0.917 0.002 0.050 0.016 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 135 G 0.867 0.001 0.015 0.025 0.007 0.001 0.003 0.043 0.001 0.038 0.001 136 I 0.974 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 D 0.994 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 R 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 W 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 L 0.981 0.002 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.971 0.008 0.007 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.972 0.003 0.012 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 S 0.355 0.004 0.009 0.626 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 G 0.159 0.007 0.068 0.050 0.020 0.016 0.298 0.332 0.010 0.040 0.001 145 V 0.143 0.170 0.239 0.385 0.026 0.016 0.007 0.002 0.008 0.003 0.001 146 G 0.044 0.015 0.102 0.038 0.150 0.003 0.042 0.236 0.003 0.367 0.001 147 K 0.063 0.186 0.485 0.030 0.071 0.094 0.018 0.002 0.043 0.003 0.006 148 I 0.174 0.199 0.400 0.128 0.009 0.054 0.007 0.002 0.023 0.001 0.003 149 G 0.094 0.070 0.148 0.044 0.311 0.006 0.020 0.128 0.005 0.173 0.001 150 S 0.171 0.257 0.234 0.080 0.192 0.018 0.006 0.013 0.012 0.016 0.002 151 I 0.262 0.280 0.167 0.129 0.081 0.028 0.012 0.004 0.027 0.008 0.001