# TARGET T0362 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 212 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.122 0.143 0.112 0.072 0.170 0.039 0.041 0.055 0.064 0.113 0.069 2 N 0.082 0.253 0.193 0.057 0.186 0.023 0.032 0.049 0.038 0.051 0.036 3 P 0.108 0.194 0.102 0.031 0.200 0.023 0.042 0.088 0.079 0.088 0.046 4 E 0.057 0.152 0.100 0.069 0.119 0.069 0.103 0.087 0.109 0.104 0.031 5 N 0.107 0.199 0.110 0.025 0.282 0.014 0.023 0.066 0.076 0.054 0.045 6 W 0.172 0.097 0.023 0.008 0.216 0.012 0.033 0.085 0.155 0.125 0.072 7 L 0.159 0.159 0.034 0.008 0.387 0.006 0.015 0.029 0.034 0.114 0.054 8 L 0.383 0.065 0.012 0.006 0.332 0.008 0.014 0.013 0.013 0.050 0.103 9 L 0.088 0.367 0.097 0.031 0.371 0.011 0.004 0.004 0.003 0.011 0.014 10 R 0.345 0.068 0.007 0.004 0.478 0.005 0.008 0.012 0.007 0.013 0.053 11 R 0.178 0.172 0.023 0.009 0.565 0.008 0.005 0.005 0.003 0.007 0.024 12 V 0.232 0.101 0.010 0.001 0.621 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 13 V 0.354 0.095 0.013 0.001 0.480 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.048 14 R 0.039 0.423 0.294 0.050 0.165 0.007 0.003 0.001 0.001 0.004 0.013 15 F 0.124 0.076 0.028 0.048 0.195 0.062 0.075 0.138 0.191 0.027 0.036 16 G 0.013 0.023 0.020 0.041 0.019 0.043 0.122 0.298 0.282 0.120 0.019 17 D 0.040 0.026 0.007 0.007 0.058 0.017 0.098 0.131 0.102 0.465 0.050 18 T 0.062 0.241 0.069 0.046 0.195 0.022 0.017 0.107 0.091 0.118 0.032 19 D 0.074 0.138 0.299 0.084 0.098 0.030 0.032 0.105 0.064 0.043 0.035 20 A 0.010 0.015 0.017 0.005 0.011 0.012 0.047 0.460 0.342 0.068 0.013 21 A 0.035 0.348 0.102 0.015 0.095 0.005 0.024 0.145 0.120 0.081 0.030 22 G 0.026 0.082 0.078 0.124 0.074 0.038 0.041 0.239 0.119 0.141 0.037 23 V 0.170 0.074 0.008 0.001 0.311 0.003 0.021 0.300 0.074 0.018 0.020 24 M 0.083 0.031 0.008 0.015 0.124 0.039 0.091 0.453 0.105 0.022 0.030 25 H 0.074 0.054 0.031 0.029 0.099 0.024 0.075 0.413 0.094 0.075 0.031 26 F 0.075 0.111 0.069 0.025 0.106 0.022 0.028 0.309 0.117 0.085 0.052 27 H 0.009 0.038 0.017 0.012 0.024 0.024 0.028 0.616 0.201 0.022 0.009 28 Q 0.014 0.007 0.005 0.002 0.015 0.003 0.033 0.719 0.148 0.043 0.012 29 L 0.001 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.005 0.762 0.184 0.027 0.001 30 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.877 0.103 0.004 0.001 31 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.924 0.054 0.002 0.001 32 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.899 0.075 0.015 0.001 33 C 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.902 0.085 0.003 0.001 34 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.912 0.065 0.003 0.001 35 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.922 0.044 0.011 0.001 36 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.049 0.006 0.001 37 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.938 0.054 0.003 0.001 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.948 0.042 0.003 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.946 0.042 0.003 0.001 40 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.043 0.001 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.893 0.095 0.007 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.775 0.193 0.004 0.001 43 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.147 0.737 0.098 0.008 0.001 44 Y 0.002 0.536 0.331 0.008 0.041 0.005 0.015 0.028 0.014 0.019 0.001 45 G 0.131 0.024 0.024 0.027 0.028 0.013 0.011 0.029 0.024 0.397 0.293 46 L 0.030 0.344 0.200 0.048 0.122 0.046 0.024 0.062 0.043 0.056 0.025 47 N 0.084 0.348 0.125 0.017 0.224 0.005 0.007 0.059 0.035 0.037 0.059 48 P 0.037 0.033 0.015 0.005 0.059 0.005 0.009 0.288 0.444 0.083 0.022 49 A 0.007 0.027 0.010 0.008 0.022 0.011 0.035 0.498 0.336 0.040 0.005 50 D 0.027 0.045 0.018 0.006 0.064 0.006 0.073 0.450 0.178 0.117 0.015 51 I 0.036 0.050 0.021 0.009 0.063 0.020 0.113 0.341 0.143 0.180 0.023 52 F 0.093 0.192 0.105 0.038 0.165 0.016 0.028 0.142 0.063 0.088 0.069 53 P 0.017 0.121 0.051 0.033 0.064 0.062 0.146 0.298 0.130 0.066 0.012 54 G 0.066 0.091 0.083 0.036 0.086 0.019 0.041 0.146 0.100 0.260 0.071 55 S 0.092 0.118 0.081 0.034 0.116 0.026 0.040 0.152 0.098 0.166 0.077 56 R 0.062 0.148 0.055 0.046 0.124 0.034 0.052 0.190 0.130 0.117 0.042 57 K 0.069 0.099 0.057 0.038 0.105 0.023 0.030 0.129 0.115 0.267 0.069 58 S 0.099 0.172 0.066 0.020 0.178 0.016 0.033 0.157 0.098 0.117 0.044 59 E 0.126 0.154 0.069 0.023 0.193 0.015 0.038 0.192 0.082 0.057 0.050 60 V 0.123 0.089 0.065 0.045 0.136 0.066 0.104 0.175 0.076 0.071 0.050 61 T 0.085 0.164 0.135 0.092 0.172 0.055 0.039 0.098 0.058 0.069 0.033 62 P 0.041 0.114 0.091 0.115 0.081 0.080 0.105 0.138 0.093 0.111 0.032 63 E 0.070 0.077 0.058 0.041 0.105 0.026 0.025 0.074 0.081 0.357 0.085 64 V 0.195 0.184 0.033 0.006 0.401 0.003 0.008 0.028 0.022 0.065 0.054 65 A 0.194 0.159 0.067 0.037 0.353 0.016 0.020 0.020 0.012 0.064 0.058 66 L 0.096 0.367 0.081 0.006 0.434 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.007 67 P 0.143 0.246 0.022 0.001 0.564 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.009 68 I 0.478 0.036 0.004 0.001 0.429 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.046 69 I 0.106 0.179 0.023 0.037 0.359 0.145 0.090 0.031 0.005 0.009 0.017 70 H 0.514 0.026 0.004 0.002 0.328 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.109 71 C 0.175 0.184 0.024 0.040 0.427 0.049 0.015 0.027 0.015 0.016 0.028 72 Q 0.402 0.038 0.008 0.003 0.338 0.003 0.006 0.007 0.005 0.035 0.155 73 A 0.329 0.162 0.018 0.009 0.381 0.006 0.004 0.008 0.007 0.012 0.063 74 D 0.211 0.090 0.031 0.038 0.286 0.040 0.051 0.038 0.034 0.092 0.088 75 F 0.259 0.151 0.057 0.023 0.350 0.006 0.006 0.023 0.022 0.047 0.055 76 R 0.182 0.118 0.048 0.068 0.230 0.040 0.052 0.056 0.056 0.090 0.059 77 R 0.044 0.312 0.326 0.063 0.140 0.029 0.025 0.023 0.015 0.011 0.013 78 P 0.196 0.263 0.055 0.003 0.310 0.004 0.009 0.022 0.033 0.040 0.063 79 I 0.251 0.209 0.034 0.007 0.336 0.011 0.015 0.015 0.018 0.037 0.067 80 H 0.063 0.255 0.382 0.107 0.114 0.021 0.008 0.007 0.006 0.015 0.022 81 T 0.017 0.038 0.029 0.140 0.029 0.138 0.129 0.236 0.214 0.022 0.009 82 G 0.010 0.014 0.021 0.089 0.009 0.067 0.108 0.118 0.215 0.323 0.025 83 D 0.048 0.253 0.089 0.031 0.177 0.017 0.040 0.050 0.058 0.202 0.035 84 A 0.313 0.071 0.006 0.001 0.544 0.001 0.002 0.004 0.004 0.008 0.046 85 L 0.206 0.082 0.006 0.002 0.665 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.029 86 A 0.324 0.038 0.001 0.001 0.606 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 87 M 0.277 0.079 0.005 0.004 0.600 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.023 88 E 0.393 0.027 0.002 0.001 0.505 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.063 89 L 0.326 0.097 0.011 0.003 0.508 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.044 90 R 0.078 0.422 0.064 0.003 0.417 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 91 P 0.571 0.016 0.002 0.001 0.234 0.002 0.002 0.014 0.023 0.021 0.115 92 E 0.025 0.160 0.094 0.147 0.078 0.172 0.142 0.109 0.055 0.012 0.006 93 R 0.289 0.100 0.017 0.003 0.303 0.006 0.024 0.056 0.033 0.084 0.085 94 L 0.150 0.120 0.085 0.114 0.147 0.065 0.034 0.063 0.058 0.077 0.086 95 N 0.014 0.095 0.105 0.231 0.041 0.166 0.132 0.102 0.073 0.034 0.008 96 P 0.103 0.060 0.039 0.025 0.077 0.021 0.033 0.084 0.210 0.258 0.090 97 N 0.121 0.264 0.051 0.011 0.317 0.012 0.023 0.035 0.063 0.064 0.039 98 S 0.317 0.056 0.009 0.003 0.495 0.003 0.005 0.006 0.013 0.028 0.065 99 F 0.240 0.101 0.008 0.001 0.629 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 100 Q 0.458 0.023 0.002 0.001 0.462 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 101 V 0.233 0.144 0.010 0.010 0.572 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 102 H 0.457 0.019 0.001 0.002 0.483 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.033 103 F 0.332 0.048 0.003 0.003 0.592 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 104 E 0.296 0.046 0.003 0.001 0.618 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 105 F 0.324 0.069 0.004 0.001 0.566 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 106 R 0.402 0.089 0.032 0.030 0.245 0.031 0.026 0.023 0.011 0.017 0.094 107 C 0.031 0.034 0.147 0.502 0.035 0.168 0.018 0.016 0.012 0.022 0.015 108 E 0.004 0.097 0.061 0.568 0.015 0.076 0.092 0.048 0.028 0.010 0.002 109 E 0.008 0.006 0.008 0.027 0.005 0.031 0.079 0.080 0.109 0.567 0.081 110 Q 0.019 0.583 0.128 0.005 0.242 0.003 0.005 0.005 0.005 0.004 0.002 111 I 0.539 0.021 0.001 0.001 0.393 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 112 A 0.228 0.145 0.026 0.018 0.472 0.038 0.021 0.006 0.003 0.009 0.033 113 A 0.246 0.141 0.027 0.008 0.514 0.007 0.006 0.006 0.004 0.008 0.032 114 H 0.499 0.030 0.007 0.004 0.282 0.006 0.006 0.002 0.003 0.022 0.139 115 A 0.157 0.321 0.050 0.031 0.383 0.011 0.004 0.001 0.001 0.009 0.032 116 L 0.274 0.084 0.008 0.002 0.586 0.004 0.007 0.001 0.001 0.004 0.029 117 I 0.419 0.028 0.001 0.001 0.525 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 118 R 0.186 0.046 0.002 0.006 0.739 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 119 H 0.366 0.017 0.001 0.001 0.601 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 120 L 0.253 0.054 0.003 0.001 0.644 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 121 A 0.375 0.041 0.004 0.001 0.518 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 122 I 0.131 0.276 0.048 0.011 0.421 0.015 0.011 0.007 0.004 0.032 0.044 123 N 0.158 0.247 0.105 0.019 0.438 0.003 0.001 0.004 0.002 0.003 0.021 124 A 0.011 0.016 0.020 0.017 0.012 0.022 0.043 0.444 0.378 0.031 0.005 125 Q 0.003 0.033 0.054 0.045 0.007 0.051 0.246 0.374 0.130 0.055 0.003 126 T 0.028 0.337 0.098 0.042 0.113 0.020 0.026 0.099 0.058 0.150 0.029 127 R 0.049 0.061 0.051 0.035 0.068 0.016 0.015 0.044 0.041 0.398 0.224 128 H 0.030 0.483 0.191 0.008 0.188 0.006 0.012 0.036 0.017 0.021 0.007 129 R 0.169 0.320 0.104 0.004 0.300 0.002 0.009 0.025 0.016 0.018 0.034 130 C 0.029 0.423 0.347 0.016 0.119 0.011 0.014 0.018 0.010 0.005 0.007 131 A 0.049 0.477 0.291 0.003 0.132 0.002 0.004 0.009 0.005 0.008 0.020 132 L 0.046 0.461 0.306 0.009 0.124 0.005 0.005 0.012 0.006 0.012 0.014 133 P 0.018 0.625 0.168 0.007 0.118 0.004 0.003 0.032 0.013 0.007 0.004 134 E 0.005 0.007 0.003 0.003 0.012 0.004 0.009 0.707 0.237 0.011 0.003 135 G 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.856 0.111 0.017 0.001 136 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.863 0.082 0.043 0.002 137 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.067 0.004 0.001 138 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.929 0.059 0.002 0.001 139 W 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.916 0.063 0.008 0.001 140 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.789 0.146 0.048 0.003 141 E 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 0.791 0.164 0.014 0.002 142 A 0.002 0.009 0.002 0.002 0.007 0.004 0.046 0.768 0.125 0.033 0.002 143 S 0.019 0.058 0.047 0.012 0.046 0.014 0.114 0.388 0.140 0.142 0.018 144 G 0.061 0.051 0.023 0.017 0.055 0.027 0.121 0.324 0.117 0.155 0.048 145 V 0.029 0.277 0.123 0.073 0.095 0.044 0.074 0.124 0.057 0.086 0.019 146 G 0.049 0.097 0.084 0.093 0.076 0.052 0.064 0.071 0.063 0.247 0.103 147 K 0.096 0.237 0.209 0.036 0.178 0.013 0.017 0.048 0.044 0.070 0.052 148 I 0.085 0.163 0.051 0.024 0.178 0.041 0.088 0.144 0.128 0.058 0.041 149 G 0.062 0.093 0.118 0.073 0.107 0.023 0.025 0.090 0.112 0.213 0.083 150 S 0.093 0.177 0.084 0.017 0.201 0.013 0.030 0.143 0.101 0.101 0.038 151 I 0.097 0.153 0.067 0.013 0.205 0.012 0.021 0.147 0.108 0.125 0.052