# TARGET T0362 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 212 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.704 0.204 0.066 0.022 0.004 0.001 0.001 2 N 0.684 0.200 0.072 0.033 0.009 0.001 0.001 3 P 0.721 0.155 0.066 0.040 0.015 0.003 0.001 4 E 0.728 0.190 0.051 0.021 0.008 0.002 0.001 5 N 0.603 0.240 0.100 0.043 0.011 0.002 0.001 6 W 0.428 0.256 0.142 0.109 0.048 0.014 0.002 7 L 0.331 0.220 0.167 0.150 0.096 0.033 0.002 8 L 0.302 0.298 0.219 0.133 0.040 0.008 0.001 9 L 0.207 0.223 0.214 0.209 0.117 0.028 0.002 10 R 0.300 0.349 0.202 0.113 0.030 0.005 0.001 11 R 0.106 0.191 0.203 0.266 0.183 0.048 0.003 12 V 0.087 0.264 0.305 0.231 0.092 0.019 0.001 13 V 0.033 0.055 0.084 0.208 0.349 0.245 0.027 14 R 0.036 0.123 0.209 0.292 0.222 0.103 0.015 15 F 0.016 0.030 0.051 0.129 0.275 0.368 0.131 16 G 0.044 0.143 0.187 0.241 0.203 0.139 0.044 17 D 0.041 0.096 0.129 0.189 0.229 0.231 0.087 18 T 0.020 0.036 0.053 0.115 0.231 0.354 0.191 19 D 0.027 0.051 0.074 0.122 0.191 0.321 0.214 20 A 0.019 0.023 0.035 0.066 0.113 0.322 0.422 21 A 0.013 0.026 0.037 0.083 0.145 0.285 0.412 22 G 0.007 0.012 0.022 0.052 0.124 0.287 0.497 23 V 0.004 0.010 0.017 0.042 0.111 0.257 0.559 24 M 0.004 0.008 0.017 0.036 0.075 0.217 0.642 25 H 0.003 0.007 0.013 0.036 0.083 0.262 0.597 26 F 0.002 0.004 0.008 0.023 0.071 0.268 0.624 27 H 0.005 0.012 0.021 0.050 0.111 0.283 0.517 28 Q 0.005 0.011 0.023 0.070 0.155 0.313 0.422 29 L 0.002 0.004 0.007 0.022 0.070 0.309 0.587 30 F 0.002 0.007 0.015 0.044 0.125 0.377 0.430 31 R 0.005 0.027 0.064 0.193 0.263 0.292 0.156 32 W 0.001 0.003 0.014 0.064 0.219 0.425 0.274 33 C 0.001 0.001 0.001 0.007 0.043 0.367 0.582 34 H 0.001 0.006 0.026 0.127 0.316 0.401 0.123 35 E 0.002 0.020 0.105 0.275 0.339 0.226 0.034 36 S 0.001 0.004 0.009 0.038 0.168 0.533 0.246 37 W 0.001 0.003 0.006 0.040 0.170 0.549 0.231 38 E 0.004 0.045 0.167 0.346 0.290 0.135 0.013 39 E 0.013 0.103 0.230 0.350 0.237 0.061 0.005 40 S 0.001 0.006 0.023 0.106 0.333 0.447 0.084 41 L 0.004 0.016 0.046 0.167 0.384 0.333 0.048 42 E 0.059 0.303 0.286 0.229 0.084 0.030 0.009 43 S 0.082 0.251 0.253 0.214 0.124 0.057 0.018 44 Y 0.016 0.051 0.122 0.235 0.301 0.219 0.055 45 G 0.048 0.100 0.148 0.198 0.239 0.211 0.056 46 L 0.069 0.090 0.121 0.193 0.234 0.210 0.083 47 N 0.095 0.172 0.190 0.214 0.187 0.114 0.028 48 P 0.072 0.093 0.130 0.205 0.240 0.200 0.061 49 A 0.175 0.172 0.179 0.187 0.150 0.108 0.029 50 D 0.248 0.241 0.193 0.163 0.097 0.048 0.011 51 I 0.152 0.158 0.160 0.198 0.194 0.119 0.019 52 F 0.130 0.164 0.174 0.221 0.195 0.103 0.013 53 P 0.387 0.311 0.159 0.094 0.035 0.012 0.002 54 G 0.375 0.272 0.169 0.106 0.053 0.021 0.003 55 S 0.304 0.186 0.162 0.152 0.117 0.069 0.011 56 R 0.335 0.202 0.154 0.143 0.099 0.054 0.012 57 K 0.420 0.233 0.147 0.103 0.061 0.029 0.008 58 S 0.271 0.236 0.177 0.163 0.096 0.046 0.011 59 E 0.336 0.258 0.151 0.131 0.080 0.035 0.007 60 V 0.296 0.250 0.200 0.149 0.075 0.025 0.003 61 T 0.398 0.198 0.151 0.143 0.081 0.026 0.002 62 P 0.266 0.307 0.203 0.136 0.066 0.020 0.002 63 E 0.129 0.255 0.249 0.218 0.111 0.035 0.004 64 V 0.023 0.066 0.105 0.244 0.311 0.211 0.039 65 A 0.011 0.022 0.048 0.115 0.227 0.384 0.193 66 L 0.005 0.004 0.008 0.028 0.088 0.409 0.458 67 P 0.008 0.015 0.032 0.082 0.183 0.365 0.315 68 I 0.005 0.013 0.027 0.058 0.126 0.365 0.406 69 I 0.006 0.027 0.056 0.133 0.228 0.323 0.226 70 H 0.013 0.071 0.149 0.230 0.250 0.201 0.086 71 C 0.009 0.033 0.074 0.164 0.287 0.331 0.102 72 Q 0.032 0.116 0.222 0.286 0.216 0.112 0.017 73 A 0.015 0.037 0.070 0.170 0.331 0.331 0.047 74 D 0.027 0.130 0.267 0.325 0.180 0.063 0.008 75 F 0.019 0.041 0.065 0.155 0.326 0.337 0.056 76 R 0.061 0.200 0.283 0.257 0.135 0.056 0.008 77 R 0.102 0.193 0.199 0.242 0.166 0.086 0.011 78 P 0.143 0.199 0.185 0.198 0.164 0.100 0.010 79 I 0.086 0.126 0.149 0.236 0.239 0.147 0.016 80 H 0.212 0.300 0.217 0.160 0.079 0.029 0.003 81 T 0.177 0.207 0.212 0.226 0.134 0.040 0.004 82 G 0.266 0.365 0.193 0.117 0.044 0.014 0.001 83 D 0.108 0.289 0.271 0.208 0.095 0.026 0.004 84 A 0.038 0.217 0.293 0.265 0.128 0.054 0.007 85 L 0.001 0.007 0.026 0.101 0.363 0.439 0.063 86 A 0.004 0.056 0.214 0.374 0.252 0.090 0.010 87 M 0.001 0.003 0.010 0.044 0.194 0.620 0.129 88 E 0.001 0.028 0.208 0.459 0.236 0.063 0.005 89 L 0.001 0.008 0.017 0.070 0.324 0.532 0.047 90 R 0.002 0.055 0.254 0.413 0.227 0.049 0.002 91 P 0.007 0.035 0.086 0.291 0.377 0.197 0.008 92 E 0.122 0.491 0.253 0.099 0.028 0.006 0.001 93 R 0.172 0.418 0.256 0.125 0.025 0.003 0.001 94 L 0.091 0.180 0.249 0.301 0.151 0.028 0.001 95 N 0.373 0.447 0.136 0.038 0.006 0.001 0.001 96 P 0.393 0.404 0.146 0.047 0.009 0.001 0.001 97 N 0.119 0.312 0.258 0.209 0.086 0.014 0.001 98 S 0.038 0.265 0.332 0.248 0.094 0.022 0.001 99 F 0.003 0.014 0.046 0.171 0.407 0.327 0.032 100 Q 0.007 0.090 0.305 0.392 0.166 0.037 0.002 101 V 0.003 0.013 0.035 0.117 0.366 0.417 0.049 102 H 0.007 0.081 0.263 0.367 0.209 0.067 0.006 103 F 0.005 0.037 0.076 0.215 0.361 0.284 0.022 104 E 0.013 0.165 0.344 0.295 0.139 0.042 0.002 105 F 0.007 0.034 0.086 0.269 0.390 0.207 0.006 106 R 0.066 0.300 0.322 0.225 0.076 0.010 0.001 107 C 0.304 0.381 0.206 0.094 0.015 0.001 0.001 108 E 0.678 0.264 0.046 0.010 0.001 0.001 0.001 109 E 0.624 0.302 0.059 0.013 0.002 0.001 0.001 110 Q 0.276 0.410 0.217 0.080 0.014 0.002 0.001 111 I 0.035 0.115 0.203 0.324 0.260 0.060 0.003 112 A 0.023 0.156 0.301 0.313 0.163 0.041 0.002 113 A 0.005 0.019 0.045 0.163 0.369 0.363 0.036 114 H 0.012 0.105 0.250 0.351 0.214 0.062 0.005 115 A 0.007 0.031 0.058 0.157 0.366 0.334 0.046 116 L 0.016 0.139 0.327 0.326 0.138 0.049 0.005 117 I 0.010 0.048 0.100 0.238 0.340 0.237 0.027 118 R 0.013 0.095 0.183 0.271 0.255 0.162 0.021 119 H 0.007 0.018 0.044 0.130 0.277 0.440 0.084 120 L 0.003 0.006 0.017 0.050 0.151 0.540 0.232 121 A 0.008 0.024 0.058 0.142 0.258 0.412 0.098 122 I 0.011 0.021 0.049 0.142 0.350 0.375 0.051 123 N 0.055 0.205 0.286 0.262 0.144 0.043 0.004 124 A 0.167 0.265 0.277 0.206 0.071 0.013 0.001 125 Q 0.584 0.283 0.090 0.032 0.009 0.002 0.001 126 T 0.590 0.242 0.106 0.047 0.013 0.002 0.001 127 R 0.412 0.257 0.173 0.106 0.043 0.008 0.001 128 H 0.414 0.324 0.160 0.076 0.021 0.004 0.001 129 R 0.239 0.289 0.222 0.160 0.072 0.017 0.001 130 C 0.115 0.196 0.231 0.271 0.145 0.039 0.002 131 A 0.130 0.299 0.260 0.186 0.093 0.029 0.003 132 L 0.042 0.139 0.201 0.314 0.233 0.068 0.004 133 P 0.038 0.145 0.265 0.314 0.181 0.053 0.003 134 E 0.540 0.351 0.084 0.020 0.005 0.001 0.001 135 G 0.111 0.410 0.322 0.125 0.028 0.004 0.001 136 I 0.006 0.014 0.047 0.211 0.474 0.239 0.009 137 D 0.022 0.206 0.384 0.285 0.089 0.014 0.001 138 R 0.238 0.576 0.148 0.030 0.006 0.001 0.001 139 W 0.012 0.070 0.260 0.423 0.201 0.032 0.001 140 L 0.017 0.026 0.071 0.249 0.436 0.196 0.006 141 E 0.264 0.452 0.199 0.068 0.015 0.002 0.001 142 A 0.489 0.341 0.122 0.037 0.009 0.002 0.001 143 S 0.150 0.193 0.268 0.269 0.103 0.016 0.001 144 G 0.424 0.273 0.167 0.097 0.035 0.005 0.001 145 V 0.742 0.181 0.052 0.020 0.005 0.001 0.001 146 G 0.637 0.227 0.094 0.033 0.008 0.001 0.001 147 K 0.586 0.225 0.103 0.061 0.020 0.005 0.001 148 I 0.504 0.232 0.136 0.076 0.039 0.012 0.001 149 G 0.600 0.195 0.095 0.070 0.029 0.010 0.002 150 S 0.609 0.186 0.092 0.070 0.032 0.010 0.001 151 I 0.550 0.169 0.103 0.087 0.059 0.026 0.006