# TARGET T0362 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1472 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.002 0.002 0.011 0.038 0.038 0.116 0.005 0.002 0.030 0.741 2 N 0.566 0.017 0.001 0.006 0.008 0.006 0.059 0.010 0.001 0.076 0.248 3 P 0.112 0.013 0.002 0.008 0.003 0.006 0.109 0.003 0.001 0.051 0.693 4 E 0.020 0.009 0.001 0.016 0.009 0.027 0.127 0.002 0.001 0.030 0.757 5 N 0.014 0.005 0.001 0.039 0.173 0.254 0.102 0.004 0.001 0.065 0.343 6 W 0.010 0.002 0.001 0.057 0.125 0.241 0.074 0.001 0.001 0.050 0.440 7 L 0.003 0.001 0.001 0.064 0.314 0.388 0.034 0.001 0.001 0.029 0.166 8 L 0.005 0.001 0.001 0.075 0.196 0.354 0.059 0.001 0.001 0.047 0.263 9 L 0.003 0.001 0.001 0.098 0.262 0.378 0.039 0.001 0.001 0.042 0.175 10 R 0.003 0.001 0.001 0.085 0.208 0.391 0.045 0.001 0.001 0.030 0.235 11 R 0.001 0.001 0.001 0.066 0.360 0.363 0.024 0.001 0.001 0.021 0.163 12 V 0.002 0.001 0.001 0.086 0.366 0.346 0.032 0.001 0.001 0.039 0.128 13 V 0.002 0.001 0.001 0.202 0.185 0.192 0.066 0.001 0.001 0.029 0.322 14 R 0.198 0.005 0.001 0.181 0.106 0.110 0.071 0.003 0.002 0.101 0.222 15 F 0.049 0.004 0.002 0.074 0.011 0.021 0.123 0.002 0.001 0.061 0.653 16 G 0.016 0.006 0.001 0.022 0.010 0.022 0.110 0.003 0.001 0.024 0.787 17 D 0.132 0.049 0.005 0.031 0.022 0.033 0.160 0.006 0.003 0.090 0.470 18 T 0.104 0.031 0.007 0.022 0.017 0.022 0.140 0.006 0.004 0.076 0.571 19 D 0.298 0.043 0.002 0.011 0.020 0.030 0.082 0.012 0.001 0.079 0.421 20 A 0.193 0.051 0.002 0.015 0.013 0.022 0.122 0.006 0.001 0.055 0.520 21 A 0.035 0.035 0.002 0.028 0.026 0.071 0.165 0.006 0.001 0.033 0.598 22 G 0.024 0.017 0.002 0.043 0.088 0.145 0.126 0.004 0.001 0.066 0.485 23 V 0.048 0.024 0.002 0.057 0.124 0.125 0.127 0.003 0.001 0.093 0.396 24 M 0.040 0.089 0.003 0.083 0.076 0.114 0.126 0.004 0.001 0.049 0.414 25 H 0.083 0.346 0.003 0.035 0.032 0.056 0.082 0.009 0.001 0.061 0.292 26 F 0.038 0.617 0.002 0.021 0.019 0.031 0.043 0.008 0.001 0.045 0.176 27 H 0.022 0.705 0.002 0.015 0.025 0.039 0.028 0.004 0.001 0.028 0.132 28 Q 0.019 0.741 0.002 0.019 0.036 0.043 0.020 0.003 0.001 0.048 0.068 29 L 0.009 0.867 0.002 0.008 0.014 0.012 0.011 0.003 0.001 0.025 0.049 30 F 0.013 0.905 0.002 0.006 0.010 0.010 0.006 0.003 0.001 0.018 0.027 31 R 0.013 0.902 0.002 0.006 0.003 0.006 0.007 0.002 0.001 0.026 0.033 32 W 0.018 0.551 0.007 0.006 0.006 0.007 0.019 0.004 0.002 0.322 0.058 33 C 0.007 0.852 0.005 0.002 0.002 0.002 0.009 0.003 0.001 0.079 0.037 34 H 0.006 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.021 0.018 35 E 0.007 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 0.019 36 S 0.005 0.751 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.194 0.034 37 W 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 38 E 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 39 E 0.006 0.255 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.696 0.030 40 S 0.025 0.618 0.018 0.002 0.001 0.001 0.020 0.008 0.005 0.247 0.057 41 L 0.134 0.155 0.244 0.007 0.001 0.001 0.024 0.083 0.072 0.196 0.084 42 E 0.349 0.061 0.020 0.011 0.001 0.002 0.071 0.015 0.023 0.087 0.361 43 S 0.066 0.019 0.001 0.004 0.001 0.002 0.108 0.001 0.001 0.020 0.778 44 Y 0.025 0.008 0.002 0.018 0.002 0.004 0.154 0.005 0.001 0.052 0.728 45 G 0.057 0.015 0.002 0.021 0.004 0.010 0.236 0.003 0.001 0.049 0.601 46 L 0.008 0.013 0.001 0.016 0.003 0.008 0.136 0.002 0.001 0.017 0.794 47 N 0.490 0.172 0.004 0.011 0.003 0.004 0.068 0.015 0.002 0.045 0.187 48 P 0.334 0.215 0.004 0.023 0.002 0.005 0.070 0.026 0.002 0.096 0.224 49 A 0.152 0.061 0.001 0.022 0.007 0.023 0.106 0.003 0.001 0.047 0.577 50 D 0.021 0.063 0.005 0.071 0.023 0.055 0.162 0.002 0.001 0.043 0.555 51 I 0.034 0.024 0.004 0.032 0.030 0.030 0.130 0.004 0.002 0.073 0.637 52 F 0.274 0.143 0.003 0.016 0.032 0.029 0.092 0.023 0.002 0.111 0.276 53 P 0.111 0.070 0.005 0.010 0.004 0.010 0.102 0.006 0.002 0.057 0.624 54 G 0.133 0.049 0.014 0.019 0.008 0.022 0.100 0.009 0.004 0.124 0.518 55 S 0.119 0.036 0.002 0.012 0.018 0.038 0.113 0.008 0.001 0.127 0.524 56 R 0.151 0.026 0.004 0.017 0.010 0.023 0.097 0.005 0.002 0.076 0.588 57 K 0.045 0.018 0.001 0.025 0.027 0.048 0.142 0.010 0.001 0.060 0.623 58 S 0.060 0.006 0.001 0.011 0.017 0.032 0.125 0.001 0.001 0.044 0.702 59 E 0.014 0.003 0.003 0.026 0.030 0.045 0.186 0.003 0.001 0.058 0.632 60 V 0.053 0.005 0.002 0.017 0.013 0.023 0.135 0.004 0.001 0.038 0.709 61 T 0.504 0.005 0.002 0.011 0.011 0.015 0.080 0.011 0.002 0.091 0.268 62 P 0.043 0.003 0.001 0.013 0.005 0.010 0.127 0.003 0.001 0.035 0.761 63 E 0.011 0.001 0.001 0.020 0.016 0.040 0.138 0.001 0.001 0.025 0.748 64 V 0.006 0.002 0.001 0.111 0.144 0.126 0.117 0.001 0.001 0.044 0.448 65 A 0.003 0.001 0.001 0.133 0.114 0.204 0.073 0.001 0.001 0.055 0.417 66 L 0.001 0.001 0.001 0.176 0.246 0.200 0.040 0.001 0.001 0.038 0.296 67 P 0.001 0.001 0.001 0.276 0.256 0.270 0.023 0.001 0.001 0.036 0.135 68 I 0.004 0.001 0.001 0.242 0.180 0.235 0.031 0.001 0.001 0.043 0.263 69 I 0.003 0.001 0.001 0.195 0.277 0.337 0.024 0.001 0.001 0.030 0.131 70 H 0.020 0.002 0.001 0.127 0.162 0.255 0.063 0.001 0.001 0.045 0.323 71 C 0.005 0.001 0.001 0.101 0.306 0.343 0.037 0.002 0.001 0.021 0.183 72 Q 0.016 0.002 0.001 0.108 0.170 0.295 0.082 0.002 0.001 0.038 0.286 73 A 0.007 0.001 0.001 0.088 0.295 0.306 0.040 0.002 0.001 0.025 0.234 74 D 0.033 0.002 0.001 0.090 0.161 0.246 0.067 0.001 0.001 0.047 0.351 75 F 0.009 0.001 0.001 0.065 0.176 0.218 0.063 0.003 0.001 0.029 0.435 76 R 0.022 0.004 0.001 0.053 0.046 0.078 0.088 0.002 0.001 0.028 0.678 77 R 0.025 0.001 0.001 0.033 0.184 0.185 0.095 0.009 0.001 0.052 0.415 78 P 0.014 0.002 0.002 0.036 0.038 0.058 0.145 0.001 0.001 0.037 0.667 79 I 0.020 0.001 0.003 0.038 0.095 0.181 0.097 0.003 0.002 0.038 0.523 80 H 0.439 0.001 0.001 0.018 0.027 0.038 0.070 0.003 0.001 0.076 0.325 81 T 0.027 0.001 0.001 0.014 0.011 0.037 0.170 0.002 0.001 0.035 0.702 82 G 0.002 0.001 0.001 0.017 0.015 0.061 0.128 0.001 0.001 0.030 0.745 83 D 0.001 0.001 0.001 0.040 0.259 0.446 0.061 0.001 0.001 0.044 0.149 84 A 0.001 0.001 0.001 0.046 0.176 0.475 0.032 0.001 0.001 0.049 0.221 85 L 0.001 0.001 0.001 0.037 0.410 0.503 0.003 0.001 0.001 0.024 0.023 86 A 0.001 0.001 0.001 0.047 0.319 0.511 0.008 0.001 0.001 0.046 0.069 87 M 0.001 0.001 0.001 0.052 0.525 0.377 0.003 0.001 0.001 0.016 0.027 88 E 0.001 0.001 0.001 0.044 0.397 0.490 0.007 0.001 0.001 0.018 0.043 89 L 0.001 0.001 0.001 0.027 0.498 0.353 0.011 0.001 0.001 0.011 0.098 90 R 0.040 0.003 0.001 0.049 0.364 0.361 0.030 0.006 0.002 0.054 0.090 91 P 0.207 0.008 0.003 0.050 0.074 0.131 0.069 0.010 0.003 0.066 0.380 92 E 0.074 0.001 0.001 0.031 0.051 0.092 0.068 0.002 0.001 0.036 0.642 93 R 0.015 0.001 0.001 0.025 0.039 0.063 0.099 0.001 0.001 0.025 0.731 94 L 0.006 0.001 0.001 0.018 0.023 0.032 0.104 0.001 0.001 0.016 0.797 95 N 0.152 0.003 0.001 0.011 0.077 0.064 0.131 0.018 0.001 0.090 0.451 96 P 0.037 0.002 0.001 0.013 0.008 0.016 0.146 0.001 0.001 0.051 0.724 97 N 0.002 0.001 0.001 0.033 0.100 0.278 0.117 0.001 0.001 0.046 0.421 98 S 0.002 0.001 0.001 0.060 0.137 0.389 0.063 0.001 0.001 0.073 0.275 99 F 0.001 0.001 0.001 0.080 0.302 0.454 0.020 0.001 0.001 0.034 0.108 100 Q 0.001 0.001 0.001 0.072 0.316 0.503 0.010 0.001 0.001 0.028 0.069 101 V 0.001 0.001 0.001 0.037 0.407 0.474 0.006 0.001 0.001 0.025 0.049 102 H 0.001 0.001 0.001 0.059 0.353 0.434 0.013 0.001 0.001 0.033 0.107 103 F 0.001 0.001 0.001 0.030 0.388 0.510 0.009 0.001 0.001 0.014 0.048 104 E 0.003 0.001 0.001 0.046 0.339 0.493 0.014 0.001 0.001 0.026 0.077 105 F 0.003 0.001 0.002 0.049 0.403 0.412 0.023 0.001 0.002 0.022 0.084 106 R 0.072 0.002 0.006 0.042 0.158 0.294 0.057 0.004 0.008 0.033 0.324 107 C 0.640 0.004 0.002 0.008 0.023 0.036 0.035 0.010 0.002 0.039 0.201 108 E 0.037 0.004 0.001 0.007 0.007 0.020 0.077 0.002 0.001 0.022 0.822 109 E 0.004 0.003 0.001 0.016 0.042 0.133 0.106 0.001 0.001 0.019 0.674 110 Q 0.002 0.003 0.001 0.017 0.347 0.404 0.037 0.001 0.001 0.041 0.147 111 I 0.002 0.003 0.001 0.019 0.407 0.329 0.022 0.001 0.001 0.043 0.173 112 A 0.002 0.002 0.001 0.025 0.355 0.427 0.021 0.001 0.001 0.022 0.145 113 A 0.002 0.002 0.001 0.021 0.342 0.497 0.015 0.001 0.001 0.032 0.088 114 H 0.004 0.001 0.001 0.035 0.312 0.457 0.023 0.001 0.001 0.069 0.099 115 A 0.001 0.001 0.001 0.034 0.384 0.454 0.020 0.001 0.001 0.021 0.084 116 L 0.001 0.001 0.001 0.055 0.373 0.464 0.019 0.001 0.001 0.026 0.061 117 I 0.001 0.001 0.001 0.099 0.342 0.411 0.019 0.001 0.001 0.028 0.100 118 R 0.001 0.001 0.001 0.119 0.324 0.475 0.008 0.001 0.001 0.044 0.030 119 H 0.001 0.001 0.001 0.149 0.312 0.387 0.013 0.001 0.001 0.039 0.099 120 L 0.001 0.001 0.001 0.184 0.353 0.367 0.009 0.001 0.001 0.023 0.064 121 A 0.003 0.001 0.001 0.101 0.301 0.415 0.022 0.001 0.001 0.059 0.098 122 I 0.006 0.002 0.001 0.100 0.259 0.326 0.037 0.001 0.001 0.044 0.223 123 N 0.292 0.023 0.008 0.041 0.084 0.131 0.081 0.010 0.015 0.097 0.217 124 A 0.356 0.021 0.009 0.017 0.016 0.024 0.062 0.014 0.006 0.059 0.416 125 Q 0.112 0.005 0.001 0.008 0.020 0.039 0.081 0.005 0.001 0.025 0.702 126 T 0.015 0.004 0.001 0.029 0.086 0.163 0.089 0.002 0.001 0.024 0.585 127 R 0.022 0.004 0.002 0.031 0.045 0.082 0.089 0.002 0.001 0.042 0.680 128 H 0.017 0.001 0.001 0.020 0.262 0.156 0.072 0.008 0.001 0.037 0.426 129 R 0.014 0.001 0.001 0.019 0.023 0.042 0.091 0.001 0.001 0.013 0.796 130 C 0.005 0.001 0.001 0.030 0.094 0.093 0.097 0.001 0.001 0.025 0.654 131 A 0.005 0.004 0.001 0.028 0.019 0.021 0.122 0.001 0.001 0.019 0.780 132 L 0.025 0.083 0.001 0.012 0.028 0.022 0.112 0.030 0.001 0.040 0.646 133 P 0.158 0.711 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.005 0.001 0.016 0.093 134 E 0.043 0.664 0.004 0.006 0.001 0.002 0.023 0.003 0.001 0.079 0.174 135 G 0.014 0.851 0.002 0.002 0.001 0.002 0.014 0.002 0.001 0.038 0.073 136 I 0.011 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.003 0.018 137 D 0.008 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.007 0.021 138 R 0.012 0.925 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.013 0.037 139 W 0.040 0.469 0.025 0.003 0.001 0.002 0.018 0.011 0.009 0.334 0.089 140 L 0.081 0.284 0.091 0.003 0.001 0.002 0.036 0.021 0.042 0.339 0.100 141 E 0.227 0.245 0.015 0.003 0.002 0.004 0.048 0.012 0.012 0.057 0.375 142 A 0.089 0.131 0.015 0.004 0.001 0.004 0.062 0.005 0.010 0.034 0.645 143 S 0.111 0.040 0.003 0.003 0.003 0.008 0.080 0.006 0.002 0.033 0.711 144 G 0.101 0.049 0.003 0.006 0.002 0.009 0.068 0.008 0.001 0.045 0.709 145 V 0.098 0.024 0.004 0.006 0.004 0.010 0.081 0.004 0.001 0.042 0.726 146 G 0.083 0.017 0.005 0.016 0.006 0.016 0.083 0.002 0.002 0.045 0.726 147 K 0.048 0.008 0.002 0.012 0.016 0.025 0.099 0.005 0.001 0.048 0.737 148 I 0.144 0.010 0.001 0.016 0.009 0.011 0.092 0.004 0.001 0.041 0.672 149 G 0.053 0.004 0.001 0.017 0.022 0.024 0.118 0.005 0.001 0.039 0.718 150 S 0.011 0.003 0.001 0.011 0.012 0.021 0.121 0.002 0.001 0.015 0.804 151 I 0.020 0.004 0.001 0.022 0.040 0.043 0.124 0.008 0.001 0.026 0.712