# TARGET T0362 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1472 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.320 0.100 0.057 0.095 0.077 0.072 0.086 0.065 0.061 0.041 0.026 2 N 0.189 0.352 0.061 0.136 0.085 0.059 0.055 0.028 0.020 0.011 0.005 3 P 0.479 0.146 0.045 0.103 0.076 0.055 0.042 0.023 0.016 0.009 0.004 4 E 0.707 0.153 0.026 0.056 0.027 0.014 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 5 N 0.171 0.185 0.112 0.228 0.129 0.077 0.053 0.023 0.014 0.006 0.003 6 W 0.090 0.110 0.049 0.191 0.161 0.147 0.126 0.059 0.041 0.019 0.007 7 L 0.028 0.028 0.025 0.049 0.063 0.100 0.193 0.167 0.172 0.111 0.064 8 L 0.018 0.068 0.093 0.266 0.193 0.134 0.115 0.052 0.035 0.018 0.007 9 L 0.016 0.020 0.019 0.063 0.083 0.110 0.192 0.165 0.159 0.110 0.063 10 R 0.054 0.080 0.089 0.304 0.227 0.119 0.074 0.029 0.015 0.006 0.003 11 R 0.016 0.028 0.034 0.084 0.110 0.157 0.240 0.147 0.105 0.056 0.022 12 V 0.030 0.075 0.074 0.262 0.205 0.134 0.115 0.048 0.033 0.016 0.009 13 V 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.008 0.041 0.091 0.218 0.295 0.334 14 R 0.021 0.091 0.089 0.232 0.208 0.143 0.111 0.049 0.032 0.015 0.009 15 F 0.013 0.014 0.008 0.031 0.036 0.058 0.141 0.159 0.203 0.184 0.153 16 G 0.109 0.087 0.041 0.136 0.121 0.111 0.132 0.093 0.077 0.054 0.038 17 D 0.031 0.041 0.030 0.078 0.077 0.097 0.175 0.141 0.143 0.104 0.083 18 T 0.018 0.015 0.010 0.020 0.018 0.023 0.055 0.076 0.159 0.242 0.366 19 D 0.017 0.043 0.025 0.113 0.132 0.146 0.188 0.121 0.107 0.066 0.041 20 A 0.076 0.052 0.048 0.087 0.081 0.085 0.129 0.112 0.131 0.106 0.093 21 A 0.087 0.053 0.026 0.069 0.076 0.089 0.140 0.110 0.124 0.111 0.115 22 G 0.054 0.042 0.019 0.072 0.076 0.110 0.183 0.138 0.150 0.100 0.056 23 V 0.022 0.031 0.029 0.074 0.093 0.129 0.194 0.127 0.128 0.100 0.074 24 M 0.011 0.012 0.023 0.024 0.022 0.029 0.070 0.099 0.189 0.232 0.289 25 H 0.003 0.016 0.013 0.044 0.063 0.095 0.203 0.172 0.192 0.128 0.072 26 F 0.002 0.006 0.006 0.021 0.026 0.041 0.108 0.146 0.241 0.232 0.171 27 H 0.040 0.027 0.046 0.078 0.123 0.156 0.213 0.121 0.102 0.059 0.035 28 Q 0.010 0.023 0.044 0.125 0.134 0.174 0.242 0.118 0.075 0.038 0.018 29 L 0.001 0.002 0.010 0.012 0.008 0.011 0.058 0.109 0.259 0.296 0.234 30 F 0.001 0.002 0.014 0.019 0.026 0.052 0.142 0.143 0.208 0.220 0.172 31 R 0.006 0.021 0.248 0.217 0.188 0.126 0.101 0.046 0.029 0.013 0.006 32 W 0.001 0.002 0.009 0.013 0.027 0.076 0.266 0.219 0.197 0.126 0.064 33 C 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.011 0.068 0.126 0.273 0.306 0.204 34 H 0.006 0.013 0.047 0.077 0.109 0.179 0.295 0.127 0.086 0.043 0.018 35 E 0.011 0.042 0.196 0.262 0.187 0.132 0.098 0.038 0.020 0.010 0.004 36 S 0.001 0.001 0.006 0.005 0.006 0.014 0.075 0.131 0.259 0.287 0.216 37 W 0.001 0.001 0.002 0.007 0.017 0.045 0.159 0.187 0.250 0.205 0.127 38 E 0.002 0.013 0.122 0.179 0.233 0.204 0.146 0.052 0.032 0.013 0.005 39 E 0.009 0.023 0.087 0.164 0.179 0.214 0.199 0.064 0.036 0.018 0.007 40 S 0.001 0.001 0.005 0.008 0.007 0.014 0.082 0.151 0.272 0.265 0.194 41 L 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.026 0.090 0.149 0.224 0.263 0.230 42 E 0.001 0.013 0.228 0.266 0.252 0.129 0.072 0.022 0.011 0.004 0.001 43 S 0.005 0.024 0.108 0.128 0.159 0.209 0.206 0.084 0.048 0.021 0.008 44 Y 0.007 0.008 0.007 0.028 0.037 0.080 0.234 0.206 0.208 0.133 0.051 45 G 0.173 0.127 0.047 0.112 0.085 0.083 0.127 0.084 0.078 0.051 0.033 46 L 0.012 0.011 0.010 0.022 0.030 0.043 0.109 0.140 0.222 0.223 0.178 47 N 0.100 0.374 0.081 0.188 0.103 0.064 0.049 0.020 0.012 0.006 0.003 48 P 0.108 0.072 0.032 0.094 0.108 0.125 0.156 0.114 0.098 0.061 0.032 49 A 0.357 0.142 0.066 0.130 0.091 0.063 0.061 0.031 0.027 0.018 0.013 50 D 0.072 0.104 0.074 0.196 0.162 0.130 0.127 0.060 0.042 0.022 0.011 51 I 0.010 0.008 0.008 0.021 0.027 0.048 0.131 0.155 0.204 0.204 0.185 52 F 0.024 0.049 0.052 0.091 0.112 0.138 0.198 0.126 0.101 0.068 0.041 53 P 0.183 0.176 0.164 0.180 0.100 0.067 0.061 0.026 0.022 0.014 0.007 54 G 0.301 0.111 0.043 0.119 0.099 0.086 0.092 0.051 0.044 0.032 0.022 55 S 0.192 0.113 0.052 0.102 0.080 0.072 0.094 0.075 0.088 0.073 0.059 56 R 0.176 0.171 0.065 0.160 0.123 0.099 0.091 0.046 0.037 0.021 0.011 57 K 0.217 0.159 0.100 0.149 0.107 0.085 0.082 0.042 0.031 0.017 0.009 58 S 0.206 0.095 0.065 0.115 0.096 0.089 0.112 0.073 0.068 0.048 0.034 59 E 0.278 0.193 0.106 0.199 0.108 0.056 0.032 0.012 0.008 0.005 0.003 60 V 0.124 0.116 0.084 0.163 0.134 0.120 0.117 0.055 0.045 0.026 0.016 61 T 0.054 0.047 0.034 0.083 0.088 0.099 0.148 0.122 0.129 0.106 0.089 62 P 0.072 0.087 0.038 0.129 0.129 0.131 0.165 0.090 0.077 0.052 0.031 63 E 0.265 0.130 0.079 0.159 0.132 0.085 0.066 0.033 0.026 0.015 0.010 64 V 0.019 0.018 0.012 0.054 0.087 0.116 0.205 0.180 0.157 0.099 0.053 65 A 0.007 0.021 0.016 0.096 0.158 0.193 0.218 0.122 0.090 0.052 0.027 66 L 0.001 0.002 0.002 0.008 0.010 0.019 0.073 0.138 0.239 0.264 0.243 67 P 0.003 0.003 0.004 0.012 0.020 0.038 0.129 0.177 0.226 0.205 0.184 68 I 0.002 0.003 0.003 0.010 0.012 0.018 0.058 0.112 0.219 0.274 0.287 69 I 0.003 0.004 0.004 0.024 0.038 0.060 0.154 0.175 0.218 0.187 0.134 70 H 0.021 0.050 0.047 0.182 0.181 0.162 0.156 0.089 0.062 0.032 0.019 71 C 0.006 0.007 0.007 0.019 0.022 0.035 0.109 0.153 0.238 0.225 0.178 72 Q 0.049 0.150 0.093 0.293 0.201 0.107 0.066 0.021 0.012 0.005 0.003 73 A 0.005 0.005 0.003 0.011 0.013 0.023 0.074 0.118 0.234 0.265 0.250 74 D 0.127 0.193 0.084 0.281 0.165 0.079 0.042 0.014 0.008 0.004 0.003 75 F 0.020 0.019 0.011 0.035 0.045 0.070 0.145 0.157 0.200 0.169 0.130 76 R 0.103 0.108 0.054 0.176 0.163 0.129 0.114 0.060 0.045 0.027 0.022 77 R 0.117 0.105 0.046 0.146 0.131 0.126 0.148 0.074 0.057 0.032 0.017 78 P 0.210 0.184 0.072 0.192 0.128 0.087 0.064 0.026 0.019 0.011 0.007 79 I 0.012 0.005 0.002 0.010 0.012 0.017 0.053 0.086 0.177 0.223 0.403 80 H 0.180 0.255 0.078 0.179 0.116 0.080 0.058 0.022 0.016 0.009 0.006 81 T 0.092 0.128 0.062 0.239 0.155 0.116 0.105 0.048 0.031 0.016 0.008 82 G 0.528 0.164 0.062 0.104 0.061 0.033 0.021 0.009 0.008 0.005 0.006 83 D 0.013 0.057 0.033 0.170 0.169 0.167 0.211 0.100 0.053 0.020 0.009 84 A 0.029 0.099 0.066 0.345 0.251 0.124 0.057 0.016 0.007 0.004 0.002 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.072 0.206 0.290 0.398 86 A 0.003 0.035 0.049 0.466 0.283 0.100 0.043 0.012 0.005 0.002 0.001 87 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.039 0.109 0.255 0.322 0.262 88 E 0.009 0.036 0.035 0.351 0.323 0.153 0.068 0.017 0.006 0.001 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.061 0.136 0.279 0.313 0.191 90 R 0.021 0.165 0.089 0.451 0.193 0.055 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 91 P 0.006 0.007 0.003 0.011 0.014 0.023 0.077 0.125 0.235 0.259 0.241 92 E 0.124 0.180 0.065 0.299 0.174 0.084 0.047 0.015 0.007 0.003 0.001 93 R 0.104 0.180 0.050 0.214 0.174 0.122 0.093 0.034 0.019 0.007 0.003 94 L 0.037 0.023 0.013 0.051 0.060 0.083 0.150 0.145 0.165 0.153 0.119 95 N 0.321 0.328 0.062 0.161 0.072 0.031 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 96 P 0.403 0.167 0.061 0.130 0.079 0.055 0.048 0.024 0.017 0.010 0.006 97 N 0.237 0.189 0.047 0.183 0.128 0.093 0.071 0.026 0.016 0.007 0.003 98 S 0.029 0.087 0.063 0.268 0.218 0.147 0.095 0.043 0.028 0.015 0.007 99 F 0.004 0.004 0.003 0.014 0.024 0.045 0.148 0.182 0.244 0.201 0.131 100 Q 0.006 0.058 0.092 0.419 0.265 0.104 0.039 0.011 0.004 0.001 0.001 101 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.021 0.101 0.189 0.296 0.247 0.128 102 H 0.009 0.041 0.042 0.336 0.304 0.157 0.077 0.020 0.009 0.003 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.068 0.134 0.281 0.306 0.188 104 E 0.006 0.045 0.055 0.409 0.290 0.113 0.056 0.016 0.007 0.002 0.001 105 F 0.001 0.002 0.002 0.005 0.009 0.019 0.083 0.153 0.278 0.262 0.185 106 R 0.011 0.046 0.036 0.291 0.280 0.168 0.103 0.037 0.018 0.006 0.002 107 C 0.037 0.082 0.032 0.107 0.135 0.170 0.217 0.104 0.070 0.031 0.013 108 E 0.257 0.229 0.093 0.235 0.105 0.047 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 109 E 0.685 0.159 0.036 0.078 0.028 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.057 0.155 0.059 0.254 0.201 0.130 0.089 0.032 0.015 0.006 0.002 111 I 0.005 0.022 0.011 0.078 0.132 0.202 0.267 0.147 0.085 0.037 0.013 112 A 0.008 0.013 0.017 0.077 0.100 0.134 0.205 0.146 0.132 0.096 0.073 113 A 0.005 0.005 0.010 0.019 0.025 0.043 0.149 0.172 0.226 0.208 0.138 114 H 0.006 0.028 0.048 0.342 0.253 0.146 0.092 0.039 0.026 0.013 0.006 115 A 0.003 0.004 0.005 0.008 0.008 0.015 0.064 0.127 0.247 0.287 0.232 116 L 0.007 0.026 0.044 0.268 0.259 0.177 0.131 0.049 0.027 0.009 0.003 117 I 0.002 0.005 0.008 0.011 0.011 0.020 0.088 0.165 0.286 0.264 0.140 118 R 0.004 0.019 0.040 0.219 0.243 0.196 0.161 0.065 0.037 0.013 0.004 119 H 0.002 0.006 0.007 0.014 0.015 0.029 0.104 0.155 0.243 0.250 0.176 120 L 0.005 0.011 0.018 0.058 0.064 0.081 0.190 0.191 0.194 0.127 0.060 121 A 0.006 0.012 0.013 0.028 0.033 0.051 0.145 0.182 0.230 0.177 0.122 122 I 0.004 0.010 0.011 0.036 0.050 0.067 0.140 0.168 0.224 0.186 0.104 123 N 0.024 0.095 0.055 0.232 0.202 0.162 0.133 0.054 0.031 0.010 0.003 124 A 0.129 0.105 0.053 0.155 0.139 0.133 0.136 0.072 0.045 0.023 0.009 125 Q 0.468 0.204 0.087 0.131 0.058 0.026 0.015 0.005 0.003 0.002 0.001 126 T 0.131 0.122 0.047 0.133 0.111 0.103 0.135 0.080 0.069 0.043 0.027 127 R 0.154 0.106 0.046 0.129 0.120 0.122 0.122 0.073 0.064 0.041 0.022 128 H 0.169 0.227 0.110 0.158 0.105 0.081 0.074 0.032 0.025 0.012 0.007 129 R 0.108 0.076 0.073 0.145 0.148 0.132 0.139 0.071 0.055 0.034 0.019 130 C 0.035 0.046 0.024 0.086 0.110 0.130 0.225 0.137 0.113 0.064 0.031 131 A 0.263 0.203 0.108 0.183 0.118 0.061 0.037 0.013 0.009 0.004 0.002 132 L 0.005 0.009 0.006 0.014 0.020 0.034 0.093 0.114 0.194 0.243 0.267 133 P 0.027 0.143 0.049 0.123 0.152 0.162 0.180 0.082 0.053 0.020 0.009 134 E 0.851 0.078 0.034 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 G 0.374 0.168 0.090 0.159 0.097 0.057 0.037 0.010 0.005 0.002 0.001 136 I 0.001 0.002 0.003 0.007 0.017 0.057 0.173 0.195 0.246 0.181 0.118 137 D 0.008 0.018 0.059 0.181 0.217 0.249 0.185 0.047 0.024 0.010 0.003 138 R 0.027 0.059 0.790 0.080 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 139 W 0.003 0.007 0.041 0.052 0.080 0.167 0.309 0.149 0.107 0.055 0.029 140 L 0.002 0.002 0.007 0.006 0.007 0.016 0.070 0.115 0.211 0.271 0.295 141 E 0.005 0.042 0.373 0.230 0.194 0.095 0.044 0.010 0.004 0.001 0.001 142 A 0.043 0.080 0.507 0.163 0.086 0.059 0.037 0.011 0.008 0.004 0.002 143 S 0.096 0.071 0.036 0.086 0.090 0.121 0.205 0.117 0.091 0.058 0.030 144 G 0.336 0.170 0.063 0.095 0.071 0.069 0.080 0.041 0.037 0.023 0.013 145 V 0.135 0.111 0.083 0.129 0.113 0.103 0.115 0.072 0.065 0.046 0.030 146 G 0.341 0.204 0.095 0.115 0.077 0.059 0.049 0.024 0.019 0.011 0.006 147 K 0.318 0.228 0.078 0.143 0.091 0.061 0.042 0.017 0.012 0.006 0.004 148 I 0.180 0.075 0.030 0.076 0.072 0.078 0.109 0.092 0.107 0.097 0.083 149 G 0.252 0.161 0.064 0.116 0.100 0.089 0.087 0.048 0.042 0.025 0.015 150 S 0.413 0.247 0.083 0.125 0.057 0.030 0.021 0.010 0.008 0.005 0.003 151 I 0.244 0.095 0.039 0.090 0.089 0.100 0.117 0.077 0.070 0.050 0.030