# TARGET T0362 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1472 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.160 0.025 0.016 0.022 0.021 0.026 0.034 0.009 0.001 0.003 0.685 2 N 0.048 0.007 0.007 0.020 0.033 0.037 0.123 0.003 0.001 0.003 0.718 3 P 0.005 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.974 4 E 0.022 0.001 0.001 0.016 0.012 0.022 0.217 0.001 0.001 0.005 0.704 5 N 0.508 0.002 0.002 0.022 0.010 0.011 0.090 0.001 0.001 0.021 0.333 6 W 0.179 0.016 0.006 0.097 0.045 0.061 0.152 0.001 0.001 0.010 0.434 7 L 0.021 0.007 0.003 0.224 0.192 0.237 0.091 0.001 0.001 0.003 0.222 8 L 0.014 0.008 0.001 0.222 0.151 0.329 0.050 0.001 0.001 0.003 0.223 9 L 0.007 0.007 0.001 0.154 0.280 0.400 0.022 0.001 0.001 0.001 0.127 10 R 0.007 0.005 0.001 0.113 0.189 0.353 0.033 0.001 0.001 0.003 0.295 11 R 0.009 0.002 0.002 0.114 0.248 0.374 0.034 0.001 0.001 0.004 0.213 12 V 0.013 0.003 0.003 0.118 0.195 0.310 0.045 0.001 0.001 0.004 0.307 13 V 0.006 0.002 0.003 0.095 0.189 0.322 0.041 0.001 0.001 0.003 0.338 14 R 0.008 0.002 0.002 0.059 0.176 0.284 0.064 0.001 0.001 0.003 0.401 15 F 0.004 0.001 0.001 0.017 0.044 0.073 0.019 0.001 0.001 0.002 0.839 16 G 0.009 0.001 0.001 0.026 0.081 0.182 0.141 0.001 0.001 0.005 0.555 17 D 0.128 0.003 0.001 0.012 0.040 0.051 0.145 0.001 0.001 0.019 0.599 18 T 0.185 0.019 0.003 0.032 0.065 0.067 0.146 0.002 0.001 0.017 0.465 19 D 0.059 0.018 0.002 0.017 0.057 0.053 0.372 0.001 0.001 0.014 0.407 20 A 0.054 0.018 0.002 0.008 0.018 0.023 0.123 0.001 0.001 0.013 0.738 21 A 0.093 0.027 0.003 0.011 0.031 0.056 0.359 0.002 0.001 0.035 0.381 22 G 0.250 0.016 0.009 0.017 0.064 0.059 0.350 0.005 0.001 0.062 0.168 23 V 0.132 0.057 0.048 0.054 0.087 0.116 0.177 0.002 0.001 0.011 0.317 24 M 0.009 0.027 0.006 0.111 0.192 0.295 0.069 0.001 0.001 0.002 0.287 25 H 0.011 0.027 0.001 0.100 0.132 0.309 0.079 0.001 0.001 0.003 0.336 26 F 0.037 0.037 0.002 0.045 0.049 0.087 0.054 0.002 0.001 0.003 0.683 27 H 0.058 0.079 0.009 0.091 0.041 0.127 0.128 0.002 0.001 0.011 0.453 28 Q 0.026 0.052 0.002 0.053 0.049 0.071 0.198 0.002 0.001 0.005 0.541 29 L 0.045 0.230 0.003 0.054 0.034 0.058 0.121 0.002 0.001 0.005 0.449 30 F 0.024 0.636 0.002 0.028 0.021 0.039 0.048 0.002 0.001 0.002 0.199 31 R 0.024 0.692 0.001 0.006 0.005 0.012 0.059 0.002 0.001 0.002 0.197 32 W 0.027 0.838 0.002 0.002 0.002 0.006 0.016 0.002 0.001 0.001 0.104 33 C 0.017 0.937 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.035 34 H 0.006 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.047 35 E 0.015 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.105 36 S 0.024 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.023 37 W 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 38 E 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 39 E 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 40 S 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 41 L 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 42 E 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 43 S 0.036 0.944 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 44 Y 0.102 0.693 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.001 0.001 0.038 45 G 0.514 0.189 0.030 0.001 0.001 0.001 0.003 0.205 0.001 0.003 0.053 46 L 0.017 0.011 0.923 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.038 47 N 0.027 0.012 0.008 0.025 0.005 0.005 0.145 0.013 0.001 0.001 0.759 48 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 49 A 0.003 0.002 0.001 0.009 0.001 0.003 0.319 0.001 0.001 0.002 0.660 50 D 0.275 0.006 0.001 0.016 0.004 0.007 0.513 0.003 0.001 0.042 0.135 51 I 0.639 0.214 0.001 0.029 0.002 0.004 0.016 0.002 0.001 0.002 0.090 52 F 0.158 0.465 0.006 0.047 0.016 0.027 0.037 0.003 0.001 0.002 0.238 53 P 0.010 0.019 0.001 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.959 54 G 0.125 0.049 0.003 0.016 0.011 0.024 0.049 0.011 0.001 0.002 0.709 55 S 0.496 0.103 0.011 0.012 0.008 0.009 0.055 0.010 0.001 0.005 0.291 56 R 0.093 0.195 0.004 0.018 0.019 0.022 0.062 0.005 0.001 0.003 0.579 57 K 0.092 0.108 0.006 0.038 0.035 0.056 0.126 0.003 0.001 0.007 0.529 58 S 0.266 0.105 0.005 0.035 0.035 0.051 0.149 0.009 0.001 0.011 0.334 59 E 0.228 0.089 0.014 0.043 0.047 0.053 0.093 0.016 0.001 0.010 0.405 60 V 0.133 0.058 0.040 0.068 0.061 0.092 0.114 0.013 0.001 0.012 0.409 61 T 0.079 0.016 0.007 0.069 0.161 0.135 0.193 0.007 0.001 0.007 0.324 62 P 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.979 63 E 0.012 0.001 0.001 0.042 0.037 0.072 0.315 0.001 0.001 0.008 0.512 64 V 0.387 0.001 0.005 0.044 0.021 0.028 0.088 0.001 0.001 0.041 0.384 65 A 0.077 0.008 0.005 0.168 0.057 0.102 0.136 0.001 0.001 0.011 0.434 66 L 0.017 0.001 0.004 0.299 0.155 0.187 0.079 0.001 0.001 0.004 0.253 67 P 0.006 0.001 0.001 0.288 0.068 0.110 0.037 0.001 0.001 0.001 0.487 68 I 0.003 0.002 0.001 0.246 0.194 0.402 0.037 0.001 0.001 0.002 0.113 69 I 0.005 0.006 0.001 0.269 0.229 0.383 0.027 0.001 0.001 0.002 0.079 70 H 0.007 0.015 0.001 0.214 0.178 0.360 0.040 0.001 0.001 0.002 0.183 71 C 0.015 0.014 0.001 0.168 0.227 0.401 0.038 0.001 0.001 0.003 0.131 72 Q 0.017 0.021 0.002 0.100 0.146 0.284 0.082 0.002 0.001 0.006 0.339 73 A 0.021 0.025 0.007 0.106 0.165 0.264 0.077 0.002 0.001 0.006 0.327 74 D 0.037 0.031 0.004 0.077 0.137 0.169 0.085 0.004 0.001 0.005 0.452 75 F 0.080 0.044 0.006 0.060 0.109 0.200 0.077 0.004 0.001 0.009 0.410 76 R 0.074 0.043 0.013 0.071 0.112 0.261 0.077 0.005 0.001 0.009 0.336 77 R 0.054 0.020 0.011 0.051 0.147 0.180 0.060 0.003 0.001 0.003 0.471 78 P 0.003 0.001 0.001 0.008 0.015 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.946 79 I 0.022 0.003 0.001 0.050 0.161 0.305 0.065 0.001 0.001 0.004 0.387 80 H 0.098 0.009 0.002 0.037 0.095 0.150 0.100 0.002 0.001 0.008 0.499 81 T 0.049 0.011 0.001 0.027 0.074 0.103 0.079 0.002 0.001 0.005 0.651 82 G 0.070 0.005 0.002 0.031 0.052 0.075 0.165 0.001 0.001 0.016 0.583 83 D 0.168 0.004 0.004 0.037 0.052 0.043 0.230 0.001 0.001 0.023 0.437 84 A 0.112 0.003 0.017 0.040 0.047 0.074 0.159 0.001 0.001 0.024 0.522 85 L 0.026 0.001 0.006 0.143 0.360 0.266 0.099 0.001 0.001 0.007 0.091 86 A 0.007 0.001 0.002 0.188 0.179 0.266 0.086 0.001 0.001 0.003 0.267 87 M 0.001 0.001 0.001 0.181 0.336 0.409 0.014 0.001 0.001 0.001 0.058 88 E 0.001 0.001 0.001 0.219 0.210 0.430 0.028 0.001 0.001 0.001 0.111 89 L 0.001 0.001 0.001 0.147 0.217 0.471 0.020 0.001 0.001 0.002 0.141 90 R 0.001 0.001 0.001 0.231 0.254 0.352 0.038 0.001 0.001 0.002 0.120 91 P 0.001 0.001 0.001 0.056 0.058 0.102 0.025 0.001 0.001 0.001 0.756 92 E 0.005 0.001 0.001 0.146 0.196 0.356 0.072 0.001 0.001 0.005 0.219 93 R 0.045 0.003 0.001 0.033 0.082 0.161 0.063 0.001 0.001 0.008 0.604 94 L 0.071 0.011 0.002 0.070 0.141 0.208 0.080 0.003 0.001 0.009 0.406 95 N 0.045 0.004 0.002 0.024 0.109 0.114 0.169 0.001 0.001 0.006 0.526 96 P 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.965 97 N 0.026 0.001 0.001 0.019 0.044 0.066 0.317 0.001 0.001 0.013 0.513 98 S 0.448 0.002 0.004 0.017 0.021 0.025 0.113 0.001 0.001 0.046 0.322 99 F 0.085 0.011 0.006 0.148 0.181 0.162 0.148 0.001 0.001 0.009 0.249 100 Q 0.012 0.003 0.004 0.223 0.186 0.347 0.077 0.001 0.001 0.004 0.144 101 V 0.002 0.002 0.001 0.308 0.272 0.355 0.016 0.001 0.001 0.001 0.044 102 H 0.001 0.002 0.001 0.184 0.230 0.456 0.022 0.001 0.001 0.001 0.103 103 F 0.002 0.001 0.001 0.160 0.317 0.443 0.012 0.001 0.001 0.001 0.063 104 E 0.002 0.002 0.001 0.201 0.255 0.384 0.030 0.001 0.001 0.002 0.123 105 F 0.005 0.002 0.001 0.118 0.260 0.402 0.034 0.001 0.001 0.003 0.174 106 R 0.008 0.004 0.001 0.139 0.258 0.387 0.057 0.001 0.001 0.004 0.142 107 C 0.011 0.005 0.001 0.041 0.128 0.205 0.101 0.001 0.001 0.005 0.502 108 E 0.016 0.004 0.002 0.022 0.047 0.078 0.101 0.001 0.001 0.009 0.720 109 E 0.084 0.004 0.004 0.016 0.025 0.043 0.183 0.001 0.001 0.029 0.610 110 Q 0.190 0.010 0.012 0.027 0.044 0.045 0.215 0.001 0.001 0.028 0.428 111 I 0.053 0.021 0.006 0.071 0.131 0.130 0.181 0.001 0.001 0.007 0.399 112 A 0.019 0.031 0.003 0.091 0.175 0.346 0.078 0.001 0.001 0.003 0.254 113 A 0.007 0.033 0.001 0.100 0.292 0.434 0.034 0.001 0.001 0.002 0.098 114 H 0.016 0.050 0.001 0.059 0.190 0.338 0.044 0.001 0.001 0.003 0.299 115 A 0.017 0.035 0.003 0.094 0.319 0.415 0.023 0.001 0.001 0.003 0.089 116 L 0.009 0.027 0.003 0.127 0.253 0.410 0.048 0.002 0.001 0.004 0.116 117 I 0.008 0.017 0.005 0.134 0.235 0.452 0.028 0.002 0.001 0.004 0.113 118 R 0.005 0.012 0.003 0.209 0.259 0.463 0.016 0.001 0.001 0.002 0.029 119 H 0.008 0.017 0.005 0.203 0.283 0.342 0.021 0.001 0.001 0.002 0.118 120 L 0.003 0.010 0.002 0.215 0.326 0.384 0.012 0.001 0.001 0.001 0.046 121 A 0.003 0.007 0.001 0.143 0.296 0.472 0.016 0.001 0.001 0.001 0.060 122 I 0.004 0.007 0.001 0.117 0.325 0.465 0.023 0.001 0.001 0.002 0.056 123 N 0.009 0.010 0.001 0.097 0.266 0.392 0.090 0.002 0.001 0.004 0.129 124 A 0.011 0.008 0.004 0.063 0.112 0.141 0.118 0.002 0.001 0.008 0.534 125 Q 0.017 0.006 0.001 0.013 0.033 0.043 0.560 0.001 0.001 0.027 0.299 126 T 0.283 0.013 0.004 0.011 0.015 0.019 0.328 0.003 0.001 0.079 0.244 127 R 0.312 0.059 0.017 0.016 0.026 0.023 0.208 0.004 0.001 0.040 0.294 128 H 0.111 0.029 0.021 0.023 0.066 0.065 0.266 0.001 0.001 0.018 0.400 129 R 0.027 0.008 0.012 0.015 0.044 0.108 0.054 0.001 0.001 0.003 0.728 130 C 0.023 0.007 0.002 0.056 0.172 0.334 0.057 0.001 0.001 0.002 0.347 131 A 0.013 0.003 0.001 0.014 0.038 0.077 0.025 0.001 0.001 0.001 0.827 132 L 0.030 0.005 0.002 0.061 0.117 0.270 0.088 0.001 0.001 0.002 0.424 133 P 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.975 134 E 0.011 0.003 0.001 0.036 0.005 0.022 0.133 0.001 0.001 0.002 0.786 135 G 0.127 0.006 0.001 0.008 0.003 0.004 0.144 0.001 0.001 0.005 0.702 136 I 0.290 0.144 0.002 0.018 0.005 0.010 0.125 0.001 0.001 0.004 0.401 137 D 0.028 0.256 0.001 0.010 0.003 0.008 0.080 0.001 0.001 0.002 0.612 138 R 0.025 0.358 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.001 0.001 0.001 0.544 139 W 0.039 0.777 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.142 140 L 0.026 0.924 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.003 0.001 0.001 0.029 141 E 0.015 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 142 A 0.028 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.031 143 S 0.075 0.849 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.031 144 G 0.244 0.581 0.020 0.001 0.001 0.001 0.006 0.059 0.001 0.001 0.086 145 V 0.061 0.301 0.258 0.006 0.003 0.005 0.026 0.017 0.001 0.001 0.323 146 G 0.080 0.135 0.011 0.020 0.007 0.016 0.079 0.018 0.001 0.002 0.633 147 K 0.252 0.060 0.015 0.009 0.003 0.003 0.021 0.004 0.001 0.002 0.632 148 I 0.119 0.109 0.010 0.030 0.011 0.020 0.069 0.005 0.001 0.004 0.621 149 G 0.085 0.038 0.007 0.034 0.016 0.027 0.062 0.004 0.001 0.004 0.722 150 S 0.142 0.048 0.004 0.031 0.017 0.027 0.055 0.003 0.001 0.004 0.669 151 I 0.118 0.075 0.008 0.039 0.032 0.055 0.069 0.003 0.001 0.005 0.597