# TARGET T0362 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1472 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.336 0.393 0.046 0.067 0.041 0.010 0.004 0.029 0.004 0.001 2 N 0.017 0.198 0.608 0.002 0.028 0.027 0.010 0.001 0.102 0.006 0.001 3 P 0.416 0.006 0.449 0.033 0.001 0.024 0.001 0.001 0.002 0.002 0.064 4 E 0.417 0.040 0.148 0.264 0.021 0.019 0.043 0.026 0.010 0.011 0.001 5 N 0.062 0.157 0.233 0.198 0.069 0.078 0.141 0.015 0.042 0.003 0.001 6 W 0.078 0.567 0.226 0.043 0.047 0.016 0.006 0.002 0.015 0.001 0.001 7 L 0.017 0.640 0.220 0.014 0.046 0.037 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 8 L 0.009 0.808 0.119 0.007 0.023 0.015 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 9 L 0.005 0.728 0.137 0.002 0.077 0.022 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 10 R 0.027 0.384 0.496 0.014 0.007 0.053 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 11 R 0.003 0.766 0.102 0.002 0.083 0.011 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 12 V 0.004 0.419 0.497 0.001 0.003 0.052 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 13 V 0.008 0.662 0.232 0.005 0.024 0.034 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 14 R 0.015 0.381 0.436 0.005 0.024 0.090 0.006 0.001 0.042 0.002 0.001 15 F 0.344 0.125 0.259 0.111 0.040 0.047 0.027 0.008 0.033 0.005 0.002 16 G 0.353 0.045 0.070 0.075 0.130 0.010 0.056 0.129 0.007 0.124 0.001 17 D 0.247 0.091 0.141 0.340 0.051 0.061 0.016 0.007 0.038 0.004 0.005 18 T 0.150 0.306 0.226 0.194 0.038 0.050 0.009 0.004 0.019 0.004 0.001 19 D 0.042 0.125 0.338 0.024 0.078 0.187 0.053 0.002 0.144 0.007 0.001 20 A 0.826 0.009 0.024 0.120 0.002 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 21 A 0.483 0.011 0.041 0.382 0.007 0.004 0.055 0.011 0.003 0.002 0.001 22 G 0.202 0.006 0.015 0.066 0.050 0.003 0.107 0.494 0.002 0.054 0.001 23 V 0.414 0.276 0.138 0.100 0.023 0.023 0.007 0.002 0.013 0.003 0.001 24 M 0.227 0.379 0.176 0.109 0.023 0.042 0.006 0.002 0.033 0.003 0.001 25 H 0.218 0.231 0.313 0.065 0.057 0.059 0.018 0.004 0.023 0.011 0.001 26 F 0.869 0.006 0.015 0.041 0.006 0.013 0.030 0.010 0.007 0.002 0.001 27 H 0.978 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 Q 0.988 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 R 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 W 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 C 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 H 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 S 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 W 0.985 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 S 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 S 0.975 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Y 0.236 0.002 0.002 0.758 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 G 0.027 0.001 0.009 0.016 0.005 0.003 0.491 0.408 0.005 0.035 0.001 46 L 0.057 0.187 0.558 0.067 0.041 0.074 0.003 0.001 0.007 0.003 0.001 47 N 0.005 0.092 0.642 0.003 0.038 0.135 0.004 0.001 0.079 0.002 0.001 48 P 0.916 0.002 0.032 0.037 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 49 A 0.887 0.005 0.024 0.074 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 50 D 0.457 0.011 0.034 0.444 0.007 0.014 0.018 0.005 0.008 0.001 0.001 51 I 0.392 0.091 0.251 0.199 0.008 0.023 0.018 0.003 0.013 0.001 0.001 52 F 0.137 0.216 0.449 0.005 0.036 0.016 0.014 0.001 0.119 0.006 0.001 53 P 0.167 0.002 0.764 0.014 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 54 G 0.212 0.035 0.129 0.051 0.087 0.006 0.031 0.341 0.007 0.101 0.001 55 S 0.404 0.089 0.279 0.122 0.032 0.037 0.011 0.004 0.014 0.006 0.002 56 R 0.316 0.194 0.182 0.168 0.056 0.027 0.022 0.006 0.021 0.007 0.001 57 K 0.302 0.108 0.202 0.232 0.031 0.041 0.042 0.007 0.031 0.003 0.001 58 S 0.235 0.190 0.262 0.104 0.094 0.032 0.029 0.021 0.019 0.012 0.001 59 E 0.372 0.226 0.201 0.114 0.030 0.028 0.010 0.004 0.013 0.002 0.001 60 V 0.160 0.304 0.302 0.105 0.034 0.045 0.011 0.002 0.033 0.003 0.001 61 T 0.014 0.164 0.307 0.001 0.015 0.034 0.023 0.001 0.439 0.001 0.001 62 P 0.421 0.001 0.283 0.044 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.236 63 E 0.241 0.096 0.183 0.237 0.047 0.062 0.052 0.042 0.033 0.007 0.001 64 V 0.080 0.433 0.288 0.114 0.040 0.018 0.005 0.002 0.017 0.002 0.001 65 A 0.049 0.380 0.369 0.033 0.082 0.025 0.031 0.005 0.019 0.006 0.001 66 L 0.012 0.621 0.280 0.002 0.027 0.016 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 67 P 0.018 0.113 0.779 0.001 0.001 0.080 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 68 I 0.019 0.714 0.175 0.003 0.011 0.043 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 69 I 0.043 0.746 0.083 0.012 0.069 0.027 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 70 H 0.017 0.611 0.175 0.008 0.112 0.035 0.009 0.001 0.031 0.001 0.001 71 C 0.030 0.645 0.082 0.032 0.164 0.018 0.004 0.001 0.022 0.002 0.001 72 Q 0.020 0.662 0.153 0.013 0.061 0.040 0.011 0.001 0.038 0.001 0.001 73 A 0.026 0.665 0.135 0.011 0.115 0.017 0.003 0.001 0.024 0.002 0.001 74 D 0.045 0.477 0.237 0.023 0.028 0.118 0.015 0.001 0.054 0.001 0.001 75 F 0.049 0.500 0.229 0.030 0.108 0.048 0.009 0.002 0.022 0.002 0.001 76 R 0.205 0.321 0.174 0.198 0.016 0.041 0.007 0.001 0.035 0.001 0.001 77 R 0.008 0.552 0.217 0.001 0.117 0.007 0.016 0.001 0.081 0.001 0.001 78 P 0.038 0.012 0.836 0.004 0.001 0.075 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 79 I 0.044 0.425 0.412 0.015 0.044 0.037 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 80 H 0.036 0.422 0.399 0.018 0.039 0.043 0.005 0.001 0.034 0.003 0.001 81 T 0.111 0.043 0.775 0.044 0.003 0.013 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 82 G 0.014 0.001 0.005 0.027 0.006 0.001 0.023 0.870 0.001 0.053 0.001 83 D 0.003 0.084 0.853 0.004 0.008 0.026 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 84 A 0.006 0.345 0.607 0.005 0.012 0.017 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 85 L 0.001 0.846 0.110 0.001 0.026 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 86 A 0.001 0.774 0.178 0.001 0.013 0.023 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 87 M 0.001 0.897 0.042 0.001 0.044 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 88 E 0.001 0.876 0.063 0.001 0.026 0.015 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 89 L 0.004 0.749 0.124 0.004 0.084 0.011 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 90 R 0.001 0.673 0.130 0.001 0.016 0.031 0.008 0.001 0.140 0.001 0.001 91 P 0.006 0.010 0.907 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 92 E 0.709 0.036 0.008 0.236 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 93 R 0.013 0.559 0.039 0.017 0.333 0.007 0.017 0.001 0.014 0.001 0.001 94 L 0.027 0.692 0.138 0.044 0.053 0.017 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 95 N 0.005 0.213 0.271 0.002 0.181 0.074 0.024 0.001 0.222 0.008 0.001 96 P 0.767 0.003 0.079 0.115 0.001 0.013 0.004 0.002 0.001 0.003 0.011 97 N 0.212 0.030 0.020 0.704 0.012 0.005 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 98 S 0.030 0.529 0.082 0.077 0.254 0.004 0.011 0.002 0.009 0.002 0.001 99 F 0.001 0.786 0.123 0.002 0.068 0.006 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 100 Q 0.001 0.903 0.053 0.001 0.030 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 101 V 0.001 0.891 0.045 0.001 0.051 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 102 H 0.001 0.861 0.070 0.001 0.043 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 103 F 0.001 0.806 0.044 0.001 0.134 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 104 E 0.001 0.888 0.069 0.001 0.020 0.008 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 105 F 0.003 0.829 0.117 0.002 0.020 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 106 R 0.029 0.773 0.114 0.020 0.022 0.023 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 107 C 0.035 0.496 0.155 0.028 0.120 0.031 0.020 0.002 0.105 0.008 0.001 108 E 0.322 0.040 0.117 0.182 0.042 0.013 0.174 0.015 0.010 0.085 0.002 109 E 0.106 0.038 0.048 0.238 0.066 0.015 0.297 0.175 0.009 0.006 0.002 110 Q 0.032 0.641 0.238 0.012 0.022 0.016 0.005 0.001 0.034 0.001 0.001 111 I 0.012 0.215 0.676 0.001 0.001 0.083 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 112 A 0.130 0.652 0.053 0.086 0.059 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 113 A 0.006 0.588 0.074 0.002 0.316 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 114 H 0.003 0.863 0.044 0.002 0.065 0.007 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 115 A 0.003 0.701 0.050 0.002 0.228 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 116 L 0.002 0.859 0.091 0.001 0.031 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 117 I 0.001 0.825 0.081 0.001 0.076 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 118 R 0.085 0.757 0.044 0.054 0.032 0.013 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 119 H 0.002 0.888 0.028 0.001 0.071 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 120 L 0.008 0.903 0.031 0.002 0.010 0.011 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 121 A 0.003 0.690 0.229 0.002 0.023 0.029 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 122 I 0.008 0.802 0.096 0.011 0.038 0.028 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 123 N 0.002 0.097 0.583 0.002 0.057 0.188 0.002 0.001 0.064 0.004 0.001 124 A 0.938 0.001 0.004 0.047 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 125 Q 0.875 0.003 0.013 0.103 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 126 T 0.294 0.013 0.021 0.644 0.006 0.003 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 127 R 0.048 0.008 0.038 0.077 0.006 0.011 0.677 0.118 0.008 0.008 0.001 128 H 0.087 0.297 0.456 0.037 0.033 0.029 0.015 0.001 0.042 0.002 0.001 129 R 0.066 0.098 0.728 0.034 0.003 0.055 0.003 0.001 0.008 0.001 0.002 130 C 0.036 0.587 0.221 0.013 0.077 0.021 0.006 0.001 0.037 0.001 0.001 131 A 0.030 0.102 0.728 0.012 0.004 0.101 0.004 0.001 0.017 0.001 0.002 132 L 0.010 0.275 0.604 0.001 0.020 0.024 0.002 0.001 0.062 0.001 0.001 133 P 0.037 0.004 0.931 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 134 E 0.940 0.001 0.032 0.013 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.001 135 G 0.925 0.001 0.007 0.021 0.002 0.001 0.003 0.028 0.001 0.011 0.001 136 I 0.964 0.001 0.004 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 D 0.985 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 R 0.986 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 W 0.981 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 L 0.964 0.004 0.006 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 141 E 0.961 0.008 0.010 0.012 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.938 0.005 0.013 0.039 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 S 0.431 0.006 0.019 0.535 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 144 G 0.155 0.006 0.036 0.044 0.017 0.010 0.307 0.343 0.009 0.073 0.001 145 V 0.224 0.164 0.315 0.219 0.025 0.024 0.008 0.002 0.015 0.005 0.001 146 G 0.122 0.031 0.145 0.045 0.151 0.009 0.051 0.187 0.007 0.252 0.001 147 K 0.317 0.136 0.269 0.124 0.039 0.055 0.026 0.003 0.025 0.003 0.003 148 I 0.261 0.176 0.290 0.172 0.019 0.036 0.013 0.003 0.027 0.001 0.001 149 G 0.176 0.084 0.218 0.046 0.200 0.009 0.020 0.069 0.008 0.170 0.001 150 S 0.207 0.203 0.332 0.117 0.052 0.040 0.014 0.005 0.024 0.004 0.003 151 I 0.192 0.293 0.288 0.091 0.053 0.032 0.013 0.005 0.026 0.006 0.001