# TARGET T0362 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1472 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.388 0.194 0.013 0.215 0.006 0.021 0.021 0.014 0.022 0.026 2 N 0.035 0.438 0.308 0.012 0.176 0.003 0.004 0.008 0.004 0.004 0.008 3 P 0.021 0.068 0.035 0.011 0.041 0.019 0.055 0.366 0.344 0.031 0.009 4 E 0.012 0.054 0.044 0.025 0.025 0.047 0.161 0.210 0.219 0.183 0.020 5 N 0.095 0.138 0.060 0.022 0.159 0.010 0.026 0.078 0.064 0.260 0.088 6 W 0.180 0.174 0.033 0.006 0.349 0.011 0.023 0.074 0.059 0.052 0.041 7 L 0.189 0.188 0.026 0.003 0.538 0.003 0.006 0.014 0.007 0.009 0.018 8 L 0.358 0.078 0.013 0.004 0.467 0.006 0.007 0.009 0.004 0.012 0.042 9 L 0.134 0.210 0.034 0.005 0.588 0.002 0.003 0.005 0.001 0.003 0.014 10 R 0.411 0.039 0.004 0.004 0.351 0.010 0.014 0.013 0.008 0.032 0.114 11 R 0.063 0.395 0.065 0.002 0.461 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.007 12 V 0.322 0.144 0.011 0.001 0.442 0.001 0.003 0.006 0.003 0.012 0.055 13 V 0.141 0.328 0.083 0.041 0.301 0.019 0.014 0.017 0.010 0.012 0.034 14 R 0.006 0.408 0.471 0.037 0.049 0.004 0.002 0.007 0.006 0.007 0.002 15 F 0.022 0.015 0.007 0.014 0.018 0.037 0.113 0.452 0.282 0.025 0.013 16 G 0.014 0.031 0.061 0.073 0.026 0.039 0.048 0.175 0.200 0.289 0.045 17 D 0.178 0.105 0.018 0.007 0.208 0.009 0.041 0.154 0.075 0.153 0.053 18 T 0.061 0.149 0.074 0.016 0.164 0.011 0.020 0.133 0.119 0.208 0.044 19 D 0.111 0.145 0.225 0.037 0.148 0.020 0.031 0.097 0.065 0.061 0.058 20 A 0.013 0.025 0.013 0.007 0.019 0.008 0.028 0.492 0.294 0.091 0.011 21 A 0.013 0.265 0.120 0.051 0.057 0.034 0.101 0.172 0.098 0.079 0.010 22 G 0.042 0.050 0.039 0.062 0.035 0.033 0.038 0.180 0.128 0.298 0.094 23 V 0.090 0.097 0.024 0.009 0.162 0.021 0.065 0.315 0.105 0.073 0.040 24 M 0.122 0.082 0.023 0.021 0.167 0.030 0.040 0.261 0.109 0.081 0.065 25 H 0.048 0.135 0.109 0.047 0.096 0.027 0.041 0.292 0.090 0.088 0.026 26 F 0.055 0.032 0.017 0.008 0.055 0.006 0.015 0.538 0.127 0.098 0.049 27 H 0.008 0.016 0.004 0.003 0.018 0.004 0.012 0.742 0.168 0.017 0.006 28 Q 0.003 0.004 0.002 0.001 0.005 0.002 0.019 0.849 0.102 0.010 0.001 29 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.921 0.058 0.007 0.001 30 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.911 0.075 0.004 0.001 31 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.949 0.034 0.001 0.001 32 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.039 0.009 0.001 33 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.929 0.063 0.004 0.001 34 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.948 0.041 0.002 0.001 35 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.951 0.035 0.004 0.001 36 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.942 0.047 0.006 0.001 37 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.049 0.006 0.001 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.965 0.027 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.967 0.018 0.003 0.001 40 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.954 0.033 0.008 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.932 0.057 0.004 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.845 0.135 0.004 0.001 43 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.147 0.760 0.080 0.005 0.001 44 Y 0.005 0.683 0.212 0.005 0.073 0.001 0.002 0.005 0.003 0.009 0.002 45 G 0.096 0.012 0.013 0.012 0.017 0.007 0.005 0.020 0.017 0.431 0.370 46 L 0.042 0.463 0.178 0.016 0.182 0.021 0.022 0.018 0.009 0.027 0.023 47 N 0.125 0.303 0.119 0.003 0.406 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.032 48 P 0.005 0.009 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.315 0.628 0.027 0.003 49 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.025 0.626 0.328 0.009 0.001 50 D 0.007 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.022 0.579 0.233 0.137 0.006 51 I 0.021 0.026 0.014 0.004 0.035 0.008 0.050 0.427 0.217 0.185 0.013 52 F 0.053 0.189 0.184 0.019 0.121 0.009 0.018 0.236 0.072 0.071 0.028 53 P 0.014 0.083 0.047 0.032 0.035 0.056 0.141 0.366 0.141 0.076 0.009 54 G 0.034 0.088 0.095 0.064 0.059 0.028 0.044 0.155 0.110 0.264 0.057 55 S 0.073 0.129 0.051 0.020 0.141 0.020 0.047 0.215 0.139 0.125 0.040 56 R 0.061 0.086 0.035 0.016 0.098 0.025 0.076 0.265 0.162 0.136 0.040 57 K 0.072 0.100 0.049 0.037 0.109 0.032 0.064 0.137 0.124 0.212 0.065 58 S 0.095 0.132 0.076 0.036 0.186 0.025 0.032 0.103 0.115 0.143 0.060 59 E 0.106 0.153 0.068 0.015 0.185 0.017 0.052 0.168 0.114 0.085 0.038 60 V 0.100 0.233 0.209 0.028 0.157 0.016 0.048 0.060 0.038 0.067 0.045 61 T 0.093 0.362 0.169 0.039 0.180 0.017 0.028 0.040 0.019 0.017 0.034 62 P 0.035 0.171 0.059 0.021 0.084 0.024 0.032 0.192 0.269 0.093 0.020 63 E 0.037 0.058 0.031 0.008 0.071 0.025 0.060 0.222 0.258 0.201 0.029 64 V 0.113 0.123 0.031 0.007 0.243 0.005 0.025 0.150 0.123 0.108 0.072 65 A 0.194 0.142 0.109 0.012 0.298 0.006 0.012 0.033 0.042 0.086 0.066 66 L 0.032 0.489 0.195 0.003 0.266 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.002 67 P 0.249 0.256 0.021 0.001 0.432 0.001 0.004 0.010 0.002 0.002 0.022 68 I 0.497 0.028 0.005 0.015 0.334 0.032 0.026 0.011 0.003 0.003 0.046 69 I 0.086 0.093 0.007 0.042 0.378 0.127 0.129 0.109 0.015 0.007 0.007 70 H 0.421 0.039 0.004 0.002 0.449 0.003 0.004 0.015 0.003 0.011 0.048 71 C 0.170 0.103 0.007 0.002 0.659 0.002 0.003 0.013 0.002 0.013 0.026 72 Q 0.396 0.025 0.002 0.001 0.341 0.001 0.002 0.009 0.005 0.049 0.170 73 A 0.170 0.239 0.020 0.001 0.540 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.021 74 D 0.351 0.060 0.008 0.001 0.424 0.002 0.006 0.007 0.006 0.043 0.093 75 F 0.246 0.153 0.037 0.005 0.489 0.003 0.005 0.016 0.009 0.010 0.027 76 R 0.121 0.054 0.026 0.042 0.146 0.084 0.154 0.083 0.064 0.152 0.073 77 R 0.019 0.369 0.415 0.034 0.131 0.006 0.007 0.009 0.003 0.003 0.004 78 P 0.132 0.333 0.069 0.005 0.356 0.004 0.009 0.021 0.014 0.018 0.038 79 I 0.183 0.234 0.085 0.022 0.271 0.021 0.033 0.035 0.029 0.028 0.058 80 H 0.040 0.144 0.468 0.151 0.075 0.037 0.011 0.017 0.015 0.025 0.018 81 T 0.004 0.017 0.022 0.130 0.006 0.180 0.477 0.117 0.037 0.006 0.003 82 G 0.014 0.018 0.026 0.047 0.010 0.017 0.010 0.015 0.068 0.684 0.092 83 D 0.061 0.438 0.072 0.005 0.333 0.003 0.005 0.014 0.020 0.040 0.010 84 A 0.344 0.077 0.005 0.001 0.536 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.024 85 L 0.205 0.104 0.007 0.002 0.667 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 86 A 0.314 0.034 0.004 0.001 0.620 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 87 M 0.231 0.131 0.020 0.006 0.561 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 88 E 0.386 0.049 0.005 0.001 0.398 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.137 89 L 0.255 0.202 0.049 0.003 0.436 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.045 90 R 0.015 0.674 0.136 0.001 0.170 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 P 0.680 0.028 0.009 0.001 0.175 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.097 92 E 0.009 0.034 0.009 0.097 0.037 0.527 0.201 0.028 0.044 0.008 0.006 93 R 0.361 0.119 0.039 0.001 0.411 0.001 0.002 0.003 0.004 0.022 0.038 94 L 0.234 0.039 0.010 0.198 0.104 0.149 0.024 0.016 0.020 0.060 0.146 95 N 0.039 0.069 0.239 0.446 0.104 0.038 0.013 0.009 0.013 0.013 0.017 96 P 0.046 0.058 0.017 0.021 0.060 0.022 0.034 0.190 0.309 0.201 0.041 97 N 0.052 0.068 0.025 0.023 0.105 0.022 0.065 0.120 0.151 0.331 0.038 98 S 0.425 0.062 0.012 0.009 0.350 0.009 0.014 0.011 0.008 0.025 0.075 99 F 0.180 0.124 0.011 0.001 0.669 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 100 Q 0.309 0.043 0.002 0.001 0.628 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 101 V 0.479 0.025 0.002 0.001 0.466 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 102 H 0.517 0.016 0.002 0.004 0.368 0.007 0.004 0.001 0.001 0.004 0.079 103 F 0.252 0.069 0.005 0.001 0.664 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 104 E 0.485 0.020 0.001 0.001 0.432 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 105 F 0.278 0.149 0.006 0.001 0.540 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 106 R 0.497 0.053 0.007 0.003 0.308 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.110 107 C 0.024 0.013 0.030 0.709 0.018 0.170 0.006 0.004 0.008 0.008 0.009 108 E 0.001 0.006 0.010 0.598 0.001 0.136 0.131 0.095 0.021 0.001 0.001 109 E 0.005 0.002 0.003 0.008 0.002 0.004 0.009 0.027 0.089 0.814 0.037 110 Q 0.007 0.676 0.142 0.004 0.151 0.001 0.004 0.008 0.004 0.002 0.001 111 I 0.576 0.026 0.001 0.001 0.341 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 112 A 0.247 0.089 0.032 0.042 0.452 0.052 0.031 0.006 0.004 0.008 0.036 113 A 0.313 0.099 0.014 0.010 0.481 0.010 0.008 0.005 0.001 0.011 0.048 114 H 0.412 0.035 0.006 0.012 0.407 0.010 0.011 0.006 0.002 0.016 0.085 115 A 0.200 0.114 0.017 0.003 0.648 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 116 L 0.290 0.046 0.002 0.001 0.633 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 117 I 0.457 0.043 0.004 0.002 0.450 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 118 R 0.295 0.037 0.003 0.021 0.474 0.049 0.050 0.010 0.003 0.010 0.048 119 H 0.299 0.067 0.008 0.002 0.604 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 120 L 0.273 0.078 0.003 0.002 0.579 0.003 0.002 0.006 0.002 0.005 0.047 121 A 0.312 0.087 0.017 0.001 0.504 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.056 122 I 0.076 0.475 0.053 0.008 0.321 0.009 0.010 0.009 0.004 0.012 0.023 123 N 0.098 0.270 0.110 0.003 0.497 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.011 124 A 0.004 0.010 0.017 0.004 0.004 0.004 0.014 0.523 0.405 0.011 0.004 125 Q 0.003 0.036 0.027 0.010 0.011 0.040 0.286 0.446 0.111 0.028 0.002 126 T 0.020 0.587 0.073 0.019 0.147 0.005 0.012 0.024 0.013 0.083 0.017 127 R 0.101 0.040 0.038 0.009 0.048 0.009 0.010 0.056 0.064 0.328 0.295 128 H 0.014 0.478 0.244 0.015 0.157 0.006 0.011 0.047 0.017 0.008 0.004 129 R 0.282 0.124 0.032 0.004 0.312 0.005 0.011 0.033 0.039 0.073 0.087 130 C 0.019 0.504 0.270 0.007 0.151 0.003 0.012 0.017 0.008 0.004 0.004 131 A 0.100 0.388 0.165 0.003 0.247 0.002 0.023 0.022 0.010 0.014 0.024 132 L 0.026 0.461 0.343 0.017 0.084 0.005 0.017 0.024 0.009 0.005 0.009 133 P 0.010 0.556 0.252 0.016 0.063 0.006 0.004 0.060 0.024 0.006 0.004 134 E 0.003 0.026 0.014 0.006 0.013 0.052 0.069 0.592 0.210 0.013 0.002 135 G 0.011 0.014 0.012 0.003 0.008 0.002 0.006 0.608 0.085 0.223 0.027 136 I 0.008 0.012 0.004 0.001 0.010 0.001 0.003 0.830 0.084 0.042 0.005 137 D 0.003 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.925 0.048 0.003 0.001 138 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.956 0.031 0.002 0.001 139 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.952 0.031 0.005 0.001 140 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.884 0.075 0.025 0.002 141 E 0.003 0.008 0.004 0.002 0.004 0.003 0.020 0.804 0.132 0.017 0.002 142 A 0.005 0.011 0.008 0.005 0.010 0.023 0.173 0.610 0.115 0.037 0.004 143 S 0.020 0.410 0.246 0.033 0.093 0.016 0.050 0.073 0.022 0.028 0.009 144 G 0.081 0.023 0.020 0.031 0.029 0.025 0.033 0.121 0.078 0.400 0.160 145 V 0.060 0.185 0.072 0.057 0.111 0.076 0.110 0.109 0.092 0.089 0.038 146 G 0.022 0.087 0.133 0.267 0.046 0.095 0.046 0.098 0.079 0.096 0.032 147 K 0.074 0.163 0.151 0.035 0.127 0.030 0.073 0.143 0.085 0.088 0.030 148 I 0.065 0.232 0.118 0.039 0.109 0.024 0.060 0.134 0.088 0.089 0.042 149 G 0.021 0.165 0.197 0.193 0.062 0.074 0.038 0.097 0.071 0.062 0.020 150 S 0.093 0.188 0.102 0.016 0.181 0.014 0.031 0.147 0.094 0.095 0.039 151 I 0.095 0.185 0.073 0.016 0.167 0.015 0.030 0.181 0.106 0.083 0.050