# TARGET T0362 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1472 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.779 0.162 0.043 0.013 0.002 0.001 0.001 2 N 0.845 0.120 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 3 P 0.903 0.078 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 4 E 0.853 0.117 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 5 N 0.439 0.321 0.168 0.060 0.011 0.001 0.001 6 W 0.196 0.300 0.276 0.161 0.059 0.009 0.001 7 L 0.084 0.106 0.162 0.248 0.271 0.122 0.008 8 L 0.097 0.218 0.276 0.234 0.120 0.048 0.006 9 L 0.025 0.054 0.099 0.223 0.322 0.238 0.039 10 R 0.051 0.167 0.202 0.249 0.199 0.110 0.023 11 R 0.016 0.058 0.122 0.240 0.281 0.230 0.052 12 V 0.009 0.044 0.130 0.234 0.256 0.249 0.078 13 V 0.006 0.010 0.018 0.049 0.154 0.425 0.338 14 R 0.020 0.053 0.087 0.144 0.199 0.304 0.192 15 F 0.017 0.038 0.059 0.107 0.193 0.332 0.254 16 G 0.036 0.070 0.093 0.155 0.201 0.257 0.189 17 D 0.039 0.062 0.091 0.141 0.188 0.260 0.219 18 T 0.061 0.046 0.050 0.078 0.139 0.290 0.336 19 D 0.053 0.074 0.105 0.156 0.188 0.237 0.186 20 A 0.087 0.079 0.082 0.108 0.143 0.226 0.275 21 A 0.068 0.073 0.067 0.094 0.143 0.262 0.293 22 G 0.046 0.062 0.087 0.131 0.160 0.241 0.273 23 V 0.048 0.060 0.076 0.120 0.171 0.265 0.262 24 M 0.036 0.038 0.048 0.089 0.159 0.314 0.316 25 H 0.021 0.036 0.059 0.102 0.162 0.323 0.297 26 F 0.014 0.030 0.040 0.069 0.136 0.313 0.398 27 H 0.011 0.035 0.067 0.156 0.283 0.298 0.149 28 Q 0.007 0.042 0.115 0.242 0.282 0.228 0.084 29 L 0.001 0.004 0.009 0.031 0.105 0.407 0.444 30 F 0.001 0.006 0.014 0.042 0.143 0.498 0.295 31 R 0.002 0.023 0.107 0.256 0.312 0.225 0.075 32 W 0.001 0.002 0.011 0.061 0.217 0.474 0.235 33 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.338 0.634 34 H 0.001 0.008 0.043 0.175 0.323 0.352 0.099 35 E 0.002 0.030 0.178 0.346 0.296 0.127 0.021 36 S 0.001 0.002 0.006 0.037 0.190 0.528 0.237 37 W 0.001 0.006 0.014 0.049 0.174 0.505 0.251 38 E 0.008 0.059 0.176 0.308 0.275 0.150 0.025 39 E 0.009 0.074 0.240 0.356 0.229 0.078 0.014 40 S 0.007 0.018 0.038 0.120 0.279 0.390 0.148 41 L 0.019 0.038 0.061 0.153 0.310 0.344 0.074 42 E 0.046 0.174 0.264 0.271 0.162 0.069 0.015 43 S 0.070 0.164 0.211 0.243 0.177 0.105 0.030 44 Y 0.023 0.064 0.138 0.249 0.263 0.209 0.055 45 G 0.123 0.193 0.202 0.187 0.143 0.112 0.039 46 L 0.094 0.093 0.107 0.171 0.239 0.224 0.071 47 N 0.151 0.233 0.232 0.190 0.115 0.064 0.014 48 P 0.127 0.173 0.203 0.220 0.166 0.090 0.020 49 A 0.272 0.249 0.175 0.138 0.095 0.055 0.016 50 D 0.153 0.222 0.216 0.196 0.130 0.069 0.015 51 I 0.052 0.072 0.116 0.219 0.286 0.219 0.036 52 F 0.109 0.182 0.223 0.227 0.161 0.083 0.015 53 P 0.347 0.267 0.179 0.114 0.058 0.028 0.007 54 G 0.323 0.239 0.179 0.138 0.080 0.036 0.005 55 S 0.354 0.265 0.172 0.118 0.062 0.026 0.004 56 R 0.486 0.268 0.132 0.074 0.030 0.009 0.001 57 K 0.446 0.246 0.147 0.103 0.044 0.012 0.001 58 S 0.398 0.227 0.172 0.129 0.055 0.017 0.002 59 E 0.493 0.261 0.137 0.074 0.027 0.008 0.001 60 V 0.398 0.293 0.170 0.095 0.035 0.009 0.001 61 T 0.107 0.166 0.197 0.237 0.190 0.095 0.008 62 P 0.048 0.087 0.140 0.249 0.276 0.169 0.032 63 E 0.079 0.238 0.256 0.213 0.125 0.068 0.021 64 V 0.008 0.030 0.080 0.212 0.323 0.279 0.068 65 A 0.005 0.016 0.046 0.133 0.265 0.391 0.145 66 L 0.001 0.003 0.008 0.023 0.080 0.402 0.483 67 P 0.002 0.004 0.010 0.024 0.071 0.319 0.570 68 I 0.001 0.003 0.005 0.014 0.053 0.268 0.656 69 I 0.002 0.006 0.012 0.040 0.125 0.366 0.448 70 H 0.006 0.038 0.095 0.186 0.239 0.277 0.159 71 C 0.005 0.016 0.033 0.090 0.225 0.429 0.201 72 Q 0.038 0.134 0.209 0.258 0.193 0.133 0.035 73 A 0.023 0.051 0.092 0.179 0.282 0.296 0.077 74 D 0.102 0.249 0.259 0.225 0.110 0.046 0.010 75 F 0.025 0.049 0.088 0.213 0.319 0.268 0.037 76 R 0.125 0.235 0.254 0.224 0.113 0.044 0.005 77 R 0.138 0.254 0.239 0.205 0.109 0.047 0.007 78 P 0.176 0.259 0.243 0.178 0.092 0.044 0.007 79 I 0.073 0.092 0.138 0.249 0.262 0.165 0.021 80 H 0.193 0.282 0.231 0.157 0.085 0.045 0.008 81 T 0.235 0.246 0.192 0.177 0.105 0.040 0.005 82 G 0.296 0.361 0.199 0.099 0.034 0.009 0.001 83 D 0.113 0.243 0.256 0.219 0.122 0.043 0.004 84 A 0.058 0.241 0.330 0.242 0.099 0.026 0.003 85 L 0.006 0.025 0.055 0.155 0.342 0.377 0.041 86 A 0.006 0.078 0.285 0.380 0.186 0.059 0.007 87 M 0.002 0.011 0.021 0.065 0.246 0.531 0.125 88 E 0.004 0.059 0.229 0.401 0.225 0.074 0.008 89 L 0.004 0.020 0.048 0.151 0.349 0.381 0.048 90 R 0.012 0.128 0.336 0.350 0.140 0.033 0.002 91 P 0.015 0.060 0.124 0.301 0.346 0.145 0.007 92 E 0.156 0.407 0.303 0.110 0.021 0.003 0.001 93 R 0.249 0.389 0.233 0.106 0.020 0.002 0.001 94 L 0.192 0.215 0.223 0.214 0.121 0.034 0.001 95 N 0.618 0.264 0.082 0.029 0.006 0.001 0.001 96 P 0.394 0.363 0.168 0.060 0.013 0.002 0.001 97 N 0.222 0.354 0.227 0.136 0.050 0.011 0.001 98 S 0.042 0.219 0.336 0.256 0.115 0.029 0.002 99 F 0.009 0.040 0.094 0.201 0.352 0.281 0.023 100 Q 0.005 0.081 0.288 0.367 0.192 0.060 0.007 101 V 0.001 0.008 0.021 0.077 0.291 0.506 0.095 102 H 0.002 0.058 0.257 0.408 0.212 0.059 0.005 103 F 0.001 0.005 0.014 0.075 0.298 0.521 0.086 104 E 0.003 0.078 0.309 0.370 0.173 0.063 0.004 105 F 0.002 0.014 0.047 0.193 0.379 0.339 0.026 106 R 0.027 0.209 0.369 0.284 0.095 0.016 0.001 107 C 0.088 0.284 0.334 0.235 0.054 0.004 0.001 108 E 0.658 0.271 0.056 0.013 0.002 0.001 0.001 109 E 0.698 0.242 0.049 0.010 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.207 0.441 0.264 0.074 0.012 0.001 0.001 111 I 0.026 0.087 0.171 0.312 0.316 0.086 0.002 112 A 0.005 0.043 0.148 0.256 0.314 0.217 0.017 113 A 0.002 0.011 0.024 0.070 0.258 0.506 0.129 114 H 0.003 0.030 0.136 0.306 0.325 0.160 0.039 115 A 0.002 0.008 0.018 0.062 0.234 0.481 0.195 116 L 0.006 0.048 0.197 0.357 0.230 0.119 0.043 117 I 0.001 0.007 0.018 0.065 0.198 0.523 0.187 118 R 0.003 0.019 0.101 0.294 0.310 0.214 0.058 119 H 0.004 0.014 0.029 0.063 0.169 0.520 0.201 120 L 0.005 0.012 0.025 0.071 0.185 0.462 0.240 121 A 0.005 0.016 0.038 0.104 0.260 0.462 0.115 122 I 0.012 0.030 0.080 0.223 0.380 0.245 0.028 123 N 0.052 0.227 0.301 0.283 0.116 0.020 0.001 124 A 0.182 0.360 0.285 0.134 0.033 0.005 0.001 125 Q 0.703 0.208 0.055 0.023 0.007 0.002 0.001 126 T 0.633 0.219 0.086 0.044 0.014 0.003 0.001 127 R 0.427 0.280 0.178 0.087 0.024 0.004 0.001 128 H 0.330 0.336 0.197 0.100 0.032 0.005 0.001 129 R 0.249 0.343 0.244 0.119 0.036 0.008 0.001 130 C 0.271 0.217 0.201 0.187 0.100 0.023 0.001 131 A 0.331 0.351 0.212 0.081 0.020 0.004 0.001 132 L 0.154 0.170 0.208 0.272 0.156 0.038 0.001 133 P 0.212 0.349 0.268 0.122 0.039 0.010 0.001 134 E 0.738 0.196 0.045 0.015 0.005 0.001 0.001 135 G 0.229 0.362 0.262 0.115 0.027 0.004 0.001 136 I 0.040 0.058 0.132 0.333 0.327 0.107 0.003 137 D 0.118 0.314 0.349 0.166 0.046 0.007 0.001 138 R 0.349 0.494 0.126 0.026 0.005 0.001 0.001 139 W 0.053 0.119 0.275 0.360 0.163 0.029 0.001 140 L 0.029 0.042 0.091 0.282 0.414 0.138 0.004 141 E 0.177 0.401 0.284 0.110 0.024 0.003 0.001 142 A 0.559 0.328 0.082 0.025 0.004 0.001 0.001 143 S 0.196 0.246 0.272 0.205 0.068 0.013 0.001 144 G 0.421 0.257 0.170 0.109 0.037 0.006 0.001 145 V 0.519 0.250 0.126 0.071 0.027 0.006 0.001 146 G 0.649 0.220 0.086 0.034 0.009 0.002 0.001 147 K 0.664 0.222 0.077 0.028 0.008 0.002 0.001 148 I 0.497 0.213 0.145 0.099 0.036 0.009 0.001 149 G 0.613 0.207 0.105 0.053 0.017 0.004 0.001 150 S 0.763 0.167 0.046 0.017 0.005 0.001 0.001 151 I 0.624 0.189 0.102 0.059 0.020 0.005 0.001