# TARGET T0362 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1459 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.002 0.002 0.010 0.032 0.034 0.122 0.004 0.001 0.027 0.755 2 N 0.505 0.026 0.002 0.006 0.009 0.007 0.069 0.012 0.001 0.080 0.283 3 P 0.153 0.024 0.002 0.009 0.003 0.007 0.110 0.004 0.001 0.061 0.625 4 E 0.025 0.016 0.002 0.017 0.010 0.033 0.132 0.003 0.001 0.035 0.725 5 N 0.017 0.007 0.001 0.037 0.164 0.268 0.099 0.004 0.001 0.067 0.336 6 W 0.011 0.003 0.001 0.054 0.135 0.251 0.076 0.001 0.001 0.052 0.415 7 L 0.004 0.001 0.001 0.058 0.306 0.402 0.035 0.001 0.001 0.028 0.163 8 L 0.005 0.001 0.001 0.065 0.202 0.382 0.054 0.001 0.001 0.044 0.245 9 L 0.003 0.001 0.001 0.085 0.271 0.395 0.038 0.001 0.001 0.041 0.165 10 R 0.003 0.001 0.001 0.079 0.221 0.405 0.043 0.001 0.001 0.030 0.218 11 R 0.001 0.001 0.001 0.067 0.357 0.367 0.024 0.001 0.001 0.022 0.161 12 V 0.001 0.001 0.001 0.085 0.363 0.350 0.032 0.001 0.001 0.040 0.128 13 V 0.002 0.001 0.001 0.209 0.186 0.193 0.064 0.001 0.001 0.029 0.316 14 R 0.189 0.005 0.001 0.185 0.110 0.114 0.070 0.003 0.002 0.101 0.219 15 F 0.049 0.004 0.002 0.074 0.012 0.021 0.122 0.002 0.001 0.062 0.651 16 G 0.017 0.007 0.001 0.022 0.010 0.022 0.110 0.003 0.001 0.024 0.786 17 D 0.131 0.050 0.005 0.030 0.022 0.033 0.159 0.006 0.003 0.089 0.472 18 T 0.104 0.032 0.008 0.022 0.017 0.023 0.138 0.006 0.004 0.075 0.572 19 D 0.302 0.045 0.002 0.011 0.021 0.030 0.080 0.013 0.001 0.079 0.415 20 A 0.195 0.055 0.002 0.015 0.013 0.022 0.120 0.006 0.001 0.054 0.518 21 A 0.035 0.038 0.002 0.028 0.027 0.073 0.163 0.006 0.001 0.033 0.595 22 G 0.024 0.018 0.002 0.042 0.090 0.150 0.124 0.004 0.001 0.067 0.478 23 V 0.049 0.025 0.002 0.056 0.129 0.129 0.125 0.003 0.001 0.095 0.387 24 M 0.039 0.089 0.003 0.085 0.080 0.120 0.124 0.004 0.001 0.049 0.407 25 H 0.085 0.333 0.003 0.036 0.035 0.062 0.082 0.009 0.002 0.061 0.291 26 F 0.042 0.589 0.003 0.023 0.022 0.035 0.046 0.008 0.001 0.048 0.184 27 H 0.024 0.674 0.002 0.017 0.029 0.045 0.031 0.004 0.001 0.029 0.144 28 Q 0.023 0.697 0.003 0.023 0.044 0.054 0.023 0.004 0.001 0.050 0.079 29 L 0.011 0.836 0.002 0.010 0.018 0.015 0.014 0.004 0.001 0.027 0.061 30 F 0.018 0.870 0.003 0.008 0.014 0.015 0.009 0.003 0.001 0.022 0.037 31 R 0.016 0.875 0.003 0.008 0.005 0.009 0.009 0.002 0.001 0.028 0.044 32 W 0.021 0.523 0.008 0.008 0.008 0.009 0.023 0.004 0.002 0.323 0.072 33 C 0.007 0.845 0.005 0.002 0.003 0.003 0.011 0.003 0.001 0.078 0.042 34 H 0.006 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 0.019 35 E 0.007 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 0.019 36 S 0.004 0.766 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.181 0.032 37 W 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 38 E 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 39 E 0.006 0.279 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.670 0.031 40 S 0.027 0.586 0.023 0.002 0.001 0.001 0.021 0.008 0.007 0.270 0.057 41 L 0.127 0.094 0.320 0.006 0.001 0.001 0.022 0.070 0.103 0.180 0.075 42 E 0.417 0.037 0.014 0.009 0.001 0.002 0.064 0.013 0.018 0.071 0.353 43 S 0.052 0.012 0.001 0.004 0.001 0.002 0.097 0.001 0.001 0.015 0.816 44 Y 0.017 0.005 0.001 0.015 0.001 0.003 0.149 0.004 0.001 0.038 0.765 45 G 0.051 0.012 0.002 0.017 0.004 0.009 0.223 0.003 0.001 0.043 0.635 46 L 0.006 0.011 0.001 0.014 0.003 0.008 0.129 0.003 0.001 0.016 0.808 47 N 0.532 0.206 0.004 0.011 0.002 0.003 0.050 0.013 0.002 0.038 0.139 48 P 0.330 0.261 0.004 0.027 0.002 0.005 0.061 0.027 0.002 0.088 0.194 49 A 0.166 0.063 0.001 0.021 0.007 0.022 0.103 0.002 0.001 0.040 0.574 50 D 0.018 0.067 0.006 0.074 0.023 0.048 0.166 0.001 0.002 0.036 0.559 51 I 0.032 0.035 0.004 0.025 0.025 0.025 0.131 0.006 0.002 0.068 0.648 52 F 0.325 0.248 0.003 0.009 0.021 0.018 0.060 0.031 0.002 0.091 0.191 53 P 0.109 0.083 0.009 0.008 0.004 0.010 0.094 0.006 0.003 0.060 0.613 54 G 0.117 0.052 0.020 0.017 0.010 0.027 0.088 0.008 0.005 0.117 0.540 55 S 0.174 0.037 0.002 0.009 0.017 0.033 0.097 0.009 0.001 0.123 0.497 56 R 0.127 0.028 0.005 0.019 0.010 0.021 0.089 0.008 0.002 0.080 0.611 57 K 0.044 0.012 0.002 0.022 0.018 0.033 0.134 0.005 0.001 0.054 0.675 58 S 0.036 0.004 0.001 0.012 0.033 0.055 0.129 0.002 0.001 0.051 0.677 59 E 0.028 0.004 0.003 0.024 0.019 0.027 0.168 0.002 0.001 0.049 0.675 60 V 0.067 0.005 0.002 0.019 0.024 0.033 0.140 0.011 0.001 0.041 0.657 61 T 0.379 0.005 0.001 0.009 0.010 0.014 0.095 0.007 0.001 0.051 0.427 62 P 0.022 0.001 0.001 0.017 0.013 0.029 0.143 0.006 0.001 0.025 0.742 63 E 0.015 0.001 0.001 0.036 0.020 0.056 0.126 0.001 0.001 0.030 0.713 64 V 0.003 0.002 0.001 0.131 0.222 0.209 0.084 0.001 0.001 0.038 0.311 65 A 0.002 0.001 0.001 0.107 0.130 0.240 0.068 0.001 0.001 0.044 0.407 66 L 0.001 0.001 0.001 0.144 0.328 0.228 0.034 0.001 0.001 0.029 0.234 67 P 0.001 0.001 0.001 0.209 0.268 0.345 0.021 0.001 0.001 0.039 0.114 68 I 0.003 0.001 0.001 0.149 0.238 0.309 0.025 0.001 0.001 0.045 0.229 69 I 0.002 0.001 0.001 0.145 0.333 0.370 0.018 0.001 0.001 0.027 0.102 70 H 0.017 0.002 0.001 0.102 0.210 0.294 0.052 0.001 0.001 0.045 0.276 71 C 0.005 0.001 0.001 0.104 0.319 0.342 0.034 0.002 0.001 0.021 0.173 72 Q 0.016 0.002 0.001 0.114 0.164 0.291 0.082 0.002 0.001 0.038 0.288 73 A 0.006 0.001 0.001 0.088 0.297 0.310 0.040 0.002 0.001 0.025 0.230 74 D 0.033 0.002 0.001 0.092 0.163 0.246 0.067 0.001 0.001 0.046 0.349 75 F 0.009 0.001 0.001 0.066 0.175 0.216 0.063 0.003 0.001 0.029 0.438 76 R 0.023 0.004 0.001 0.053 0.045 0.076 0.088 0.002 0.001 0.028 0.679 77 R 0.025 0.001 0.001 0.033 0.182 0.183 0.096 0.009 0.001 0.051 0.419 78 P 0.014 0.002 0.002 0.036 0.038 0.059 0.145 0.001 0.001 0.037 0.667 79 I 0.020 0.001 0.003 0.038 0.093 0.179 0.097 0.003 0.002 0.038 0.527 80 H 0.446 0.001 0.001 0.017 0.027 0.037 0.069 0.003 0.001 0.075 0.322 81 T 0.027 0.001 0.001 0.014 0.010 0.036 0.169 0.002 0.001 0.034 0.706 82 G 0.002 0.001 0.001 0.017 0.015 0.062 0.128 0.001 0.001 0.030 0.745 83 D 0.001 0.001 0.001 0.041 0.261 0.446 0.060 0.001 0.001 0.044 0.147 84 A 0.001 0.001 0.001 0.047 0.177 0.471 0.032 0.001 0.001 0.049 0.223 85 L 0.001 0.001 0.001 0.037 0.411 0.501 0.003 0.001 0.001 0.024 0.023 86 A 0.001 0.001 0.001 0.048 0.320 0.508 0.008 0.001 0.001 0.047 0.069 87 M 0.001 0.001 0.001 0.054 0.526 0.372 0.003 0.001 0.001 0.017 0.028 88 E 0.001 0.001 0.001 0.046 0.394 0.489 0.007 0.001 0.001 0.018 0.045 89 L 0.001 0.001 0.001 0.028 0.488 0.354 0.012 0.001 0.001 0.012 0.105 90 R 0.042 0.003 0.001 0.050 0.359 0.354 0.032 0.006 0.002 0.056 0.095 91 P 0.202 0.007 0.004 0.051 0.069 0.124 0.071 0.010 0.003 0.066 0.392 92 E 0.074 0.001 0.001 0.031 0.050 0.090 0.068 0.002 0.001 0.036 0.647 93 R 0.015 0.001 0.001 0.024 0.039 0.061 0.099 0.001 0.001 0.025 0.733 94 L 0.006 0.001 0.001 0.017 0.023 0.031 0.105 0.001 0.001 0.016 0.798 95 N 0.157 0.003 0.001 0.011 0.075 0.063 0.130 0.018 0.001 0.090 0.452 96 P 0.037 0.002 0.001 0.013 0.008 0.016 0.146 0.001 0.001 0.051 0.723 97 N 0.002 0.001 0.001 0.032 0.098 0.275 0.118 0.001 0.001 0.046 0.426 98 S 0.002 0.001 0.001 0.060 0.139 0.390 0.063 0.001 0.001 0.072 0.273 99 F 0.001 0.001 0.001 0.077 0.300 0.456 0.021 0.001 0.001 0.034 0.111 100 Q 0.001 0.001 0.001 0.070 0.316 0.504 0.010 0.001 0.001 0.028 0.071 101 V 0.001 0.001 0.001 0.036 0.405 0.477 0.006 0.001 0.001 0.025 0.050 102 H 0.001 0.001 0.001 0.058 0.353 0.431 0.013 0.001 0.001 0.032 0.110 103 F 0.001 0.001 0.001 0.030 0.387 0.512 0.009 0.001 0.001 0.013 0.048 104 E 0.003 0.001 0.001 0.048 0.336 0.492 0.015 0.001 0.001 0.027 0.079 105 F 0.002 0.001 0.002 0.051 0.404 0.410 0.022 0.001 0.001 0.022 0.083 106 R 0.069 0.002 0.005 0.044 0.159 0.295 0.058 0.003 0.008 0.033 0.323 107 C 0.626 0.004 0.002 0.009 0.024 0.037 0.037 0.011 0.002 0.040 0.208 108 E 0.040 0.004 0.001 0.007 0.007 0.020 0.078 0.002 0.001 0.022 0.818 109 E 0.004 0.004 0.001 0.016 0.043 0.132 0.107 0.002 0.001 0.019 0.672 110 Q 0.002 0.004 0.001 0.018 0.338 0.405 0.039 0.001 0.001 0.042 0.153 111 I 0.003 0.003 0.001 0.019 0.409 0.323 0.022 0.001 0.001 0.044 0.175 112 A 0.002 0.002 0.001 0.026 0.351 0.423 0.022 0.001 0.001 0.022 0.150 113 A 0.002 0.002 0.001 0.022 0.337 0.496 0.016 0.001 0.001 0.032 0.092 114 H 0.004 0.001 0.001 0.035 0.309 0.452 0.025 0.001 0.001 0.070 0.103 115 A 0.001 0.001 0.001 0.035 0.382 0.451 0.022 0.001 0.001 0.021 0.087 116 L 0.001 0.001 0.001 0.056 0.370 0.461 0.020 0.001 0.001 0.027 0.063 117 I 0.001 0.001 0.001 0.102 0.337 0.406 0.020 0.001 0.001 0.029 0.105 118 R 0.001 0.001 0.001 0.123 0.320 0.471 0.008 0.001 0.001 0.045 0.031 119 H 0.001 0.001 0.001 0.153 0.305 0.384 0.014 0.001 0.001 0.041 0.103 120 L 0.001 0.001 0.001 0.188 0.351 0.364 0.009 0.001 0.001 0.023 0.065 121 A 0.003 0.001 0.001 0.102 0.299 0.412 0.022 0.001 0.001 0.060 0.100 122 I 0.006 0.002 0.001 0.101 0.261 0.323 0.036 0.001 0.001 0.044 0.224 123 N 0.289 0.024 0.008 0.042 0.084 0.133 0.082 0.010 0.015 0.098 0.215 124 A 0.357 0.023 0.009 0.017 0.017 0.024 0.062 0.014 0.006 0.058 0.412 125 Q 0.114 0.005 0.001 0.009 0.021 0.041 0.081 0.005 0.001 0.025 0.697 126 T 0.015 0.005 0.001 0.029 0.087 0.165 0.089 0.002 0.001 0.024 0.582 127 R 0.023 0.004 0.002 0.032 0.046 0.083 0.089 0.002 0.001 0.042 0.676 128 H 0.017 0.001 0.001 0.021 0.262 0.156 0.072 0.009 0.001 0.038 0.424 129 R 0.014 0.001 0.001 0.019 0.023 0.042 0.090 0.001 0.001 0.013 0.797 130 C 0.005 0.001 0.001 0.030 0.094 0.093 0.096 0.001 0.001 0.025 0.654 131 A 0.005 0.004 0.001 0.027 0.019 0.021 0.121 0.001 0.001 0.018 0.782 132 L 0.026 0.086 0.001 0.012 0.028 0.022 0.111 0.031 0.001 0.039 0.643 133 P 0.162 0.705 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.006 0.001 0.015 0.094 134 E 0.044 0.657 0.004 0.006 0.001 0.002 0.024 0.003 0.001 0.078 0.180 135 G 0.014 0.847 0.002 0.002 0.002 0.002 0.015 0.002 0.001 0.039 0.075 136 I 0.012 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.004 0.019 137 D 0.009 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.008 0.023 138 R 0.013 0.918 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.015 0.040 139 W 0.040 0.398 0.023 0.003 0.001 0.002 0.018 0.010 0.008 0.406 0.090 140 L 0.074 0.332 0.072 0.003 0.001 0.002 0.037 0.021 0.031 0.323 0.104 141 E 0.205 0.287 0.014 0.004 0.001 0.004 0.045 0.012 0.010 0.054 0.365 142 A 0.081 0.184 0.017 0.005 0.001 0.004 0.063 0.006 0.011 0.037 0.591 143 S 0.127 0.074 0.004 0.004 0.003 0.009 0.083 0.008 0.002 0.037 0.650 144 G 0.139 0.087 0.005 0.007 0.002 0.009 0.064 0.011 0.002 0.051 0.622 145 V 0.110 0.039 0.005 0.007 0.005 0.013 0.087 0.006 0.002 0.049 0.677 146 G 0.087 0.021 0.007 0.015 0.005 0.016 0.077 0.002 0.002 0.041 0.728 147 K 0.052 0.007 0.002 0.011 0.019 0.028 0.095 0.006 0.001 0.052 0.728 148 I 0.130 0.007 0.001 0.011 0.007 0.010 0.082 0.003 0.001 0.037 0.711 149 G 0.057 0.003 0.001 0.010 0.013 0.015 0.100 0.005 0.001 0.033 0.763 150 S 0.016 0.003 0.001 0.006 0.008 0.012 0.109 0.002 0.001 0.014 0.830 151 I 0.019 0.003 0.001 0.012 0.024 0.030 0.119 0.008 0.001 0.022 0.761