# TARGET T0362 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1459 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.002 0.010 0.022 0.026 0.112 0.021 0.793 2 N 0.521 0.041 0.007 0.020 0.017 0.061 0.073 0.261 3 P 0.184 0.076 0.006 0.011 0.020 0.088 0.041 0.573 4 E 0.049 0.039 0.015 0.014 0.051 0.107 0.024 0.701 5 N 0.053 0.059 0.027 0.101 0.201 0.087 0.089 0.383 6 W 0.010 0.017 0.037 0.125 0.222 0.098 0.058 0.432 7 L 0.007 0.010 0.073 0.210 0.444 0.042 0.068 0.145 8 L 0.015 0.006 0.060 0.202 0.346 0.042 0.089 0.242 9 L 0.026 0.006 0.054 0.316 0.330 0.036 0.057 0.174 10 R 0.007 0.003 0.038 0.163 0.380 0.048 0.023 0.337 11 R 0.004 0.002 0.071 0.213 0.438 0.049 0.024 0.198 12 V 0.003 0.003 0.080 0.263 0.357 0.050 0.031 0.214 13 V 0.008 0.004 0.104 0.220 0.208 0.063 0.041 0.351 14 R 0.088 0.017 0.085 0.156 0.134 0.079 0.151 0.291 15 F 0.103 0.046 0.056 0.049 0.056 0.117 0.126 0.447 16 G 0.072 0.054 0.043 0.026 0.039 0.113 0.037 0.616 17 D 0.059 0.066 0.063 0.041 0.067 0.124 0.100 0.480 18 T 0.047 0.052 0.056 0.029 0.051 0.135 0.110 0.519 19 D 0.477 0.045 0.030 0.032 0.034 0.090 0.095 0.197 20 A 0.082 0.033 0.015 0.019 0.026 0.136 0.056 0.634 21 A 0.010 0.019 0.037 0.013 0.070 0.158 0.035 0.658 22 G 0.022 0.047 0.109 0.082 0.208 0.106 0.121 0.305 23 V 0.033 0.077 0.116 0.177 0.172 0.098 0.072 0.256 24 M 0.036 0.074 0.203 0.087 0.147 0.073 0.088 0.291 25 H 0.061 0.272 0.062 0.095 0.143 0.073 0.093 0.201 26 F 0.041 0.388 0.053 0.027 0.064 0.060 0.083 0.285 27 H 0.017 0.447 0.048 0.064 0.106 0.054 0.068 0.197 28 Q 0.016 0.527 0.049 0.083 0.103 0.032 0.088 0.103 29 L 0.019 0.804 0.014 0.020 0.025 0.016 0.052 0.050 30 F 0.017 0.744 0.025 0.023 0.027 0.010 0.111 0.043 31 R 0.016 0.764 0.019 0.025 0.027 0.016 0.078 0.055 32 W 0.021 0.551 0.023 0.009 0.013 0.019 0.308 0.055 33 C 0.013 0.870 0.004 0.003 0.003 0.005 0.085 0.017 34 H 0.010 0.936 0.002 0.001 0.001 0.004 0.022 0.024 35 E 0.008 0.878 0.004 0.001 0.002 0.010 0.044 0.052 36 S 0.013 0.384 0.011 0.003 0.003 0.015 0.546 0.025 37 W 0.013 0.802 0.003 0.001 0.001 0.006 0.161 0.014 38 E 0.022 0.914 0.002 0.001 0.001 0.006 0.026 0.029 39 E 0.018 0.299 0.055 0.009 0.007 0.037 0.459 0.117 40 S 0.024 0.234 0.041 0.005 0.005 0.042 0.577 0.071 41 L 0.331 0.092 0.092 0.006 0.006 0.044 0.289 0.140 42 E 0.654 0.017 0.008 0.003 0.004 0.044 0.014 0.256 43 S 0.030 0.002 0.004 0.001 0.002 0.045 0.018 0.898 44 Y 0.007 0.004 0.017 0.002 0.006 0.243 0.013 0.707 45 G 0.012 0.008 0.032 0.009 0.016 0.222 0.022 0.680 46 L 0.009 0.005 0.012 0.005 0.002 0.084 0.006 0.877 47 N 0.463 0.289 0.028 0.003 0.003 0.030 0.073 0.111 48 P 0.495 0.304 0.011 0.002 0.002 0.031 0.031 0.126 49 A 0.147 0.125 0.045 0.005 0.007 0.055 0.057 0.557 50 D 0.048 0.107 0.032 0.011 0.016 0.108 0.064 0.615 51 I 0.063 0.045 0.031 0.010 0.019 0.173 0.076 0.584 52 F 0.208 0.076 0.041 0.019 0.022 0.121 0.125 0.387 53 P 0.101 0.051 0.015 0.006 0.012 0.092 0.043 0.679 54 G 0.054 0.029 0.015 0.008 0.014 0.104 0.039 0.737 55 S 0.099 0.030 0.018 0.015 0.020 0.115 0.090 0.612 56 R 0.142 0.031 0.015 0.013 0.018 0.102 0.060 0.619 57 K 0.046 0.010 0.019 0.020 0.039 0.099 0.054 0.713 58 S 0.031 0.008 0.022 0.029 0.046 0.117 0.077 0.670 59 E 0.011 0.004 0.038 0.053 0.072 0.147 0.049 0.626 60 V 0.035 0.003 0.021 0.021 0.033 0.093 0.027 0.767 61 T 0.295 0.012 0.021 0.033 0.035 0.072 0.107 0.424 62 P 0.055 0.009 0.027 0.022 0.055 0.115 0.031 0.686 63 E 0.015 0.004 0.045 0.036 0.129 0.108 0.044 0.618 64 V 0.006 0.004 0.070 0.126 0.176 0.104 0.036 0.477 65 A 0.009 0.008 0.098 0.133 0.279 0.082 0.058 0.333 66 L 0.006 0.008 0.129 0.217 0.251 0.046 0.066 0.276 67 P 0.005 0.008 0.220 0.264 0.358 0.021 0.052 0.072 68 I 0.005 0.007 0.209 0.195 0.338 0.020 0.076 0.151 69 I 0.010 0.005 0.157 0.368 0.338 0.018 0.031 0.073 70 H 0.035 0.006 0.126 0.191 0.305 0.036 0.060 0.241 71 C 0.012 0.004 0.060 0.197 0.281 0.073 0.035 0.337 72 Q 0.010 0.003 0.087 0.114 0.298 0.071 0.039 0.380 73 A 0.030 0.004 0.041 0.147 0.205 0.062 0.046 0.466 74 D 0.042 0.003 0.060 0.278 0.217 0.056 0.062 0.282 75 F 0.011 0.002 0.034 0.112 0.223 0.072 0.036 0.510 76 R 0.013 0.001 0.036 0.128 0.219 0.053 0.022 0.528 77 R 0.034 0.001 0.030 0.310 0.225 0.053 0.047 0.299 78 P 0.008 0.001 0.029 0.107 0.165 0.077 0.043 0.570 79 I 0.031 0.001 0.033 0.078 0.130 0.100 0.027 0.602 80 H 0.269 0.001 0.021 0.046 0.040 0.069 0.049 0.505 81 T 0.075 0.002 0.009 0.018 0.040 0.082 0.022 0.753 82 G 0.019 0.001 0.029 0.015 0.085 0.106 0.019 0.725 83 D 0.013 0.002 0.063 0.220 0.396 0.060 0.028 0.220 84 A 0.002 0.001 0.068 0.162 0.343 0.029 0.021 0.375 85 L 0.001 0.001 0.079 0.349 0.500 0.009 0.008 0.053 86 A 0.001 0.001 0.068 0.336 0.529 0.006 0.012 0.047 87 M 0.002 0.001 0.073 0.513 0.316 0.010 0.009 0.077 88 E 0.002 0.002 0.090 0.299 0.482 0.018 0.008 0.099 89 L 0.006 0.003 0.066 0.245 0.358 0.028 0.029 0.265 90 R 0.071 0.010 0.049 0.414 0.281 0.024 0.042 0.110 91 P 0.071 0.005 0.031 0.176 0.239 0.043 0.054 0.383 92 E 0.039 0.003 0.014 0.176 0.178 0.064 0.027 0.499 93 R 0.009 0.001 0.011 0.069 0.151 0.076 0.027 0.657 94 L 0.011 0.001 0.005 0.020 0.028 0.078 0.021 0.838 95 N 0.383 0.009 0.009 0.057 0.063 0.063 0.103 0.314 96 P 0.053 0.004 0.006 0.012 0.030 0.085 0.017 0.792 97 N 0.017 0.006 0.044 0.074 0.356 0.094 0.027 0.381 98 S 0.003 0.005 0.053 0.127 0.427 0.051 0.034 0.301 99 F 0.002 0.004 0.060 0.325 0.497 0.021 0.015 0.077 100 Q 0.002 0.005 0.082 0.327 0.483 0.009 0.024 0.067 101 V 0.002 0.004 0.039 0.464 0.430 0.007 0.014 0.041 102 H 0.002 0.003 0.061 0.290 0.579 0.007 0.016 0.041 103 F 0.002 0.002 0.016 0.489 0.448 0.005 0.009 0.030 104 E 0.002 0.001 0.020 0.434 0.494 0.007 0.006 0.036 105 F 0.002 0.001 0.018 0.324 0.521 0.017 0.014 0.104 106 R 0.032 0.003 0.031 0.292 0.357 0.040 0.037 0.208 107 C 0.265 0.012 0.010 0.108 0.113 0.046 0.042 0.404 108 E 0.044 0.028 0.007 0.032 0.068 0.070 0.019 0.731 109 E 0.015 0.053 0.019 0.056 0.237 0.091 0.032 0.497 110 Q 0.008 0.052 0.030 0.229 0.320 0.049 0.055 0.257 111 I 0.007 0.068 0.027 0.370 0.350 0.022 0.039 0.118 112 A 0.007 0.071 0.050 0.237 0.412 0.025 0.077 0.121 113 A 0.006 0.056 0.027 0.342 0.446 0.013 0.064 0.046 114 H 0.007 0.056 0.040 0.209 0.496 0.016 0.111 0.064 115 A 0.004 0.048 0.034 0.286 0.498 0.018 0.063 0.048 116 L 0.007 0.043 0.034 0.237 0.582 0.015 0.040 0.042 117 I 0.005 0.019 0.038 0.295 0.472 0.020 0.061 0.090 118 R 0.005 0.008 0.044 0.355 0.493 0.017 0.027 0.051 119 H 0.007 0.006 0.046 0.303 0.477 0.022 0.036 0.104 120 L 0.007 0.013 0.066 0.336 0.356 0.044 0.020 0.159 121 A 0.006 0.012 0.089 0.237 0.411 0.041 0.030 0.173 122 I 0.014 0.009 0.058 0.166 0.151 0.075 0.140 0.387 123 N 0.210 0.084 0.036 0.085 0.067 0.047 0.347 0.123 124 A 0.259 0.052 0.017 0.019 0.031 0.097 0.064 0.461 125 Q 0.085 0.019 0.020 0.020 0.033 0.090 0.048 0.685 126 T 0.065 0.021 0.014 0.019 0.043 0.091 0.057 0.691 127 R 0.050 0.008 0.020 0.028 0.056 0.125 0.049 0.665 128 H 0.062 0.007 0.025 0.087 0.092 0.121 0.031 0.576 129 R 0.020 0.003 0.021 0.023 0.043 0.085 0.034 0.772 130 C 0.014 0.009 0.049 0.049 0.071 0.152 0.032 0.624 131 A 0.014 0.018 0.050 0.036 0.044 0.108 0.031 0.700 132 L 0.118 0.204 0.022 0.018 0.013 0.071 0.070 0.485 133 P 0.207 0.597 0.010 0.004 0.004 0.019 0.071 0.088 134 E 0.052 0.578 0.015 0.005 0.005 0.045 0.081 0.219 135 G 0.023 0.813 0.010 0.002 0.003 0.017 0.043 0.090 136 I 0.030 0.925 0.003 0.001 0.001 0.005 0.016 0.019 137 D 0.019 0.936 0.004 0.001 0.001 0.005 0.012 0.023 138 R 0.027 0.883 0.006 0.001 0.002 0.008 0.022 0.051 139 W 0.063 0.275 0.040 0.004 0.004 0.029 0.496 0.090 140 L 0.070 0.247 0.035 0.006 0.005 0.035 0.480 0.122 141 E 0.250 0.269 0.015 0.003 0.004 0.038 0.068 0.353 142 A 0.078 0.090 0.019 0.005 0.006 0.076 0.060 0.666 143 S 0.041 0.045 0.019 0.007 0.010 0.111 0.045 0.723 144 G 0.150 0.049 0.013 0.008 0.011 0.091 0.062 0.615 145 V 0.111 0.034 0.016 0.010 0.010 0.124 0.046 0.650 146 G 0.053 0.015 0.030 0.014 0.018 0.118 0.060 0.693 147 K 0.049 0.015 0.019 0.013 0.017 0.104 0.049 0.734 148 I 0.098 0.013 0.037 0.014 0.017 0.101 0.063 0.658 149 G 0.089 0.011 0.022 0.018 0.021 0.114 0.041 0.684 150 S 0.051 0.011 0.013 0.010 0.019 0.079 0.040 0.778 151 I 0.037 0.013 0.022 0.022 0.035 0.122 0.042 0.708