# TARGET T0362 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1459 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.294 0.083 0.042 0.076 0.067 0.077 0.097 0.086 0.079 0.059 0.039 2 N 0.156 0.358 0.073 0.155 0.093 0.053 0.049 0.028 0.018 0.011 0.005 3 P 0.441 0.177 0.045 0.104 0.084 0.059 0.042 0.023 0.015 0.007 0.003 4 E 0.717 0.132 0.027 0.060 0.033 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 5 N 0.215 0.165 0.102 0.220 0.113 0.068 0.061 0.026 0.017 0.009 0.004 6 W 0.043 0.077 0.059 0.222 0.180 0.155 0.136 0.064 0.039 0.017 0.007 7 L 0.013 0.017 0.020 0.039 0.052 0.096 0.203 0.191 0.173 0.120 0.074 8 L 0.013 0.058 0.113 0.244 0.191 0.143 0.119 0.058 0.036 0.017 0.007 9 L 0.009 0.015 0.017 0.062 0.080 0.103 0.203 0.180 0.167 0.107 0.057 10 R 0.053 0.080 0.092 0.284 0.201 0.123 0.081 0.043 0.024 0.011 0.007 11 R 0.015 0.022 0.025 0.074 0.110 0.165 0.249 0.157 0.107 0.056 0.020 12 V 0.027 0.081 0.061 0.279 0.218 0.136 0.100 0.049 0.027 0.014 0.008 13 V 0.002 0.002 0.002 0.005 0.007 0.012 0.057 0.117 0.228 0.279 0.287 14 R 0.025 0.086 0.076 0.238 0.209 0.138 0.122 0.054 0.031 0.013 0.008 15 F 0.014 0.018 0.010 0.040 0.049 0.076 0.150 0.161 0.181 0.167 0.133 16 G 0.131 0.087 0.040 0.138 0.127 0.119 0.127 0.091 0.071 0.042 0.026 17 D 0.072 0.057 0.031 0.084 0.080 0.095 0.177 0.131 0.125 0.089 0.060 18 T 0.019 0.013 0.009 0.023 0.021 0.028 0.063 0.095 0.172 0.236 0.322 19 D 0.018 0.039 0.019 0.095 0.119 0.138 0.184 0.144 0.123 0.072 0.051 20 A 0.051 0.034 0.028 0.070 0.078 0.091 0.148 0.127 0.145 0.125 0.104 21 A 0.064 0.037 0.022 0.073 0.095 0.116 0.155 0.123 0.128 0.104 0.083 22 G 0.028 0.027 0.011 0.054 0.064 0.090 0.177 0.170 0.176 0.126 0.077 23 V 0.023 0.028 0.024 0.059 0.070 0.104 0.158 0.137 0.155 0.139 0.103 24 M 0.011 0.009 0.018 0.025 0.025 0.034 0.087 0.122 0.208 0.226 0.235 25 H 0.002 0.015 0.015 0.045 0.068 0.101 0.202 0.181 0.179 0.118 0.075 26 F 0.001 0.003 0.006 0.014 0.019 0.031 0.104 0.143 0.239 0.244 0.196 27 H 0.031 0.018 0.039 0.077 0.108 0.157 0.200 0.124 0.120 0.075 0.050 28 Q 0.005 0.014 0.040 0.120 0.136 0.180 0.276 0.126 0.062 0.027 0.013 29 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.004 0.006 0.039 0.104 0.234 0.322 0.280 30 F 0.001 0.001 0.009 0.015 0.022 0.047 0.147 0.153 0.207 0.216 0.181 31 R 0.003 0.010 0.232 0.187 0.196 0.138 0.117 0.057 0.037 0.016 0.007 32 W 0.001 0.001 0.005 0.007 0.015 0.062 0.242 0.223 0.196 0.160 0.090 33 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.042 0.119 0.273 0.339 0.217 34 H 0.007 0.014 0.037 0.061 0.091 0.165 0.272 0.140 0.111 0.066 0.037 35 E 0.018 0.042 0.210 0.230 0.170 0.126 0.114 0.047 0.026 0.012 0.005 36 S 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.010 0.054 0.126 0.242 0.305 0.246 37 W 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.044 0.178 0.195 0.233 0.197 0.135 38 E 0.002 0.007 0.130 0.140 0.197 0.203 0.177 0.068 0.047 0.019 0.008 39 E 0.007 0.020 0.071 0.121 0.141 0.228 0.241 0.093 0.048 0.022 0.010 40 S 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.012 0.067 0.146 0.269 0.290 0.200 41 L 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.021 0.073 0.137 0.202 0.276 0.273 42 E 0.002 0.013 0.231 0.225 0.240 0.153 0.085 0.030 0.014 0.005 0.002 43 S 0.007 0.022 0.094 0.113 0.133 0.199 0.220 0.104 0.062 0.031 0.014 44 Y 0.006 0.007 0.004 0.019 0.031 0.072 0.230 0.224 0.205 0.149 0.055 45 G 0.225 0.151 0.057 0.130 0.081 0.078 0.105 0.061 0.054 0.036 0.022 46 L 0.006 0.006 0.006 0.014 0.020 0.033 0.081 0.126 0.201 0.247 0.259 47 N 0.096 0.332 0.086 0.200 0.125 0.068 0.048 0.021 0.013 0.007 0.004 48 P 0.126 0.098 0.039 0.118 0.126 0.131 0.145 0.089 0.066 0.042 0.020 49 A 0.342 0.113 0.056 0.127 0.095 0.083 0.070 0.039 0.034 0.025 0.017 50 D 0.097 0.106 0.061 0.166 0.147 0.114 0.113 0.071 0.060 0.038 0.027 51 I 0.016 0.017 0.013 0.038 0.048 0.072 0.164 0.169 0.166 0.158 0.140 52 F 0.028 0.041 0.040 0.067 0.079 0.103 0.179 0.128 0.119 0.117 0.099 53 P 0.204 0.172 0.128 0.179 0.114 0.071 0.057 0.030 0.024 0.015 0.007 54 G 0.214 0.107 0.054 0.146 0.120 0.093 0.100 0.056 0.044 0.038 0.027 55 S 0.135 0.103 0.065 0.100 0.072 0.065 0.108 0.079 0.091 0.094 0.086 56 R 0.095 0.075 0.053 0.136 0.133 0.152 0.154 0.084 0.064 0.036 0.017 57 K 0.272 0.182 0.121 0.159 0.097 0.060 0.049 0.025 0.018 0.011 0.007 58 S 0.205 0.117 0.078 0.114 0.078 0.074 0.114 0.071 0.061 0.052 0.036 59 E 0.257 0.115 0.057 0.133 0.108 0.091 0.089 0.050 0.048 0.033 0.020 60 V 0.091 0.079 0.045 0.093 0.079 0.099 0.131 0.105 0.105 0.088 0.086 61 T 0.084 0.108 0.067 0.120 0.108 0.099 0.131 0.089 0.079 0.063 0.052 62 P 0.223 0.114 0.065 0.155 0.125 0.096 0.093 0.052 0.038 0.024 0.014 63 E 0.196 0.148 0.071 0.192 0.161 0.096 0.071 0.031 0.019 0.011 0.006 64 V 0.006 0.011 0.013 0.046 0.071 0.095 0.183 0.191 0.172 0.131 0.080 65 A 0.006 0.020 0.016 0.094 0.145 0.193 0.230 0.130 0.085 0.050 0.032 66 L 0.001 0.003 0.003 0.009 0.014 0.030 0.106 0.179 0.252 0.231 0.172 67 P 0.003 0.003 0.002 0.014 0.022 0.039 0.126 0.173 0.212 0.210 0.197 68 I 0.002 0.003 0.003 0.012 0.014 0.023 0.067 0.122 0.227 0.254 0.275 69 I 0.003 0.004 0.004 0.031 0.044 0.072 0.165 0.192 0.206 0.166 0.111 70 H 0.019 0.044 0.042 0.158 0.181 0.172 0.174 0.103 0.061 0.032 0.015 71 C 0.004 0.004 0.006 0.017 0.019 0.029 0.092 0.155 0.236 0.250 0.188 72 Q 0.040 0.142 0.098 0.276 0.201 0.115 0.076 0.027 0.015 0.007 0.004 73 A 0.003 0.004 0.004 0.010 0.012 0.020 0.074 0.124 0.235 0.267 0.249 74 D 0.116 0.183 0.090 0.292 0.182 0.080 0.037 0.011 0.005 0.002 0.001 75 F 0.010 0.015 0.008 0.031 0.042 0.061 0.148 0.169 0.218 0.168 0.129 76 R 0.094 0.096 0.049 0.187 0.169 0.130 0.120 0.066 0.045 0.025 0.019 77 R 0.120 0.108 0.044 0.152 0.148 0.143 0.145 0.065 0.043 0.023 0.010 78 P 0.302 0.199 0.079 0.171 0.096 0.058 0.045 0.021 0.015 0.009 0.005 79 I 0.014 0.009 0.004 0.017 0.021 0.030 0.081 0.123 0.192 0.225 0.284 80 H 0.137 0.259 0.105 0.183 0.122 0.084 0.061 0.022 0.015 0.007 0.005 81 T 0.156 0.137 0.065 0.194 0.124 0.100 0.098 0.056 0.038 0.021 0.011 82 G 0.532 0.169 0.052 0.110 0.067 0.034 0.019 0.008 0.005 0.003 0.002 83 D 0.028 0.074 0.048 0.203 0.181 0.165 0.168 0.072 0.038 0.016 0.007 84 A 0.033 0.094 0.082 0.288 0.234 0.160 0.071 0.020 0.010 0.005 0.002 85 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.049 0.123 0.243 0.293 0.278 86 A 0.003 0.029 0.051 0.399 0.309 0.128 0.051 0.018 0.007 0.003 0.001 87 M 0.001 0.002 0.002 0.005 0.006 0.012 0.058 0.119 0.256 0.295 0.244 88 E 0.013 0.040 0.060 0.408 0.280 0.124 0.054 0.014 0.005 0.002 0.001 89 L 0.001 0.002 0.001 0.004 0.006 0.013 0.074 0.135 0.267 0.294 0.204 90 R 0.029 0.177 0.096 0.421 0.191 0.055 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 91 P 0.009 0.012 0.006 0.020 0.024 0.036 0.111 0.146 0.244 0.221 0.170 92 E 0.089 0.143 0.086 0.286 0.197 0.102 0.061 0.021 0.010 0.004 0.002 93 R 0.135 0.178 0.051 0.196 0.149 0.113 0.099 0.043 0.025 0.009 0.004 94 L 0.030 0.028 0.015 0.060 0.066 0.095 0.148 0.154 0.166 0.142 0.094 95 N 0.253 0.334 0.059 0.161 0.091 0.048 0.030 0.013 0.007 0.003 0.001 96 P 0.405 0.165 0.065 0.147 0.086 0.051 0.040 0.020 0.012 0.007 0.003 97 N 0.316 0.192 0.050 0.177 0.108 0.073 0.049 0.018 0.009 0.004 0.002 98 S 0.036 0.114 0.074 0.287 0.211 0.137 0.083 0.031 0.017 0.007 0.003 99 F 0.004 0.002 0.002 0.009 0.015 0.034 0.126 0.194 0.261 0.213 0.138 100 Q 0.007 0.057 0.094 0.392 0.259 0.125 0.047 0.013 0.005 0.002 0.001 101 V 0.001 0.002 0.002 0.007 0.011 0.022 0.112 0.196 0.268 0.240 0.140 102 H 0.010 0.036 0.042 0.342 0.278 0.168 0.081 0.025 0.011 0.004 0.002 103 F 0.001 0.002 0.002 0.006 0.010 0.021 0.111 0.176 0.293 0.248 0.130 104 E 0.007 0.044 0.049 0.389 0.298 0.125 0.059 0.018 0.008 0.003 0.001 105 F 0.001 0.003 0.003 0.007 0.011 0.018 0.085 0.144 0.275 0.268 0.186 106 R 0.015 0.053 0.050 0.282 0.263 0.160 0.110 0.040 0.019 0.006 0.002 107 C 0.035 0.097 0.034 0.107 0.130 0.163 0.218 0.110 0.066 0.029 0.011 108 E 0.352 0.274 0.084 0.166 0.071 0.030 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 109 E 0.756 0.122 0.027 0.059 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.109 0.229 0.066 0.219 0.171 0.097 0.066 0.025 0.012 0.005 0.002 111 I 0.010 0.030 0.014 0.090 0.126 0.197 0.263 0.142 0.078 0.037 0.014 112 A 0.010 0.015 0.019 0.082 0.133 0.194 0.225 0.128 0.096 0.064 0.036 113 A 0.008 0.006 0.011 0.020 0.023 0.042 0.180 0.219 0.227 0.181 0.083 114 H 0.006 0.035 0.052 0.372 0.266 0.141 0.069 0.031 0.016 0.008 0.004 115 A 0.004 0.003 0.006 0.006 0.006 0.012 0.066 0.124 0.235 0.300 0.237 116 L 0.010 0.032 0.078 0.306 0.269 0.147 0.095 0.034 0.018 0.007 0.003 117 I 0.001 0.003 0.009 0.007 0.007 0.012 0.087 0.147 0.282 0.291 0.154 118 R 0.006 0.023 0.058 0.282 0.253 0.174 0.116 0.049 0.025 0.010 0.004 119 H 0.003 0.008 0.014 0.016 0.017 0.037 0.128 0.169 0.247 0.225 0.136 120 L 0.004 0.009 0.017 0.065 0.081 0.089 0.183 0.204 0.200 0.104 0.043 121 A 0.007 0.014 0.015 0.028 0.031 0.055 0.168 0.188 0.226 0.172 0.095 122 I 0.005 0.012 0.021 0.058 0.072 0.076 0.142 0.172 0.216 0.151 0.076 123 N 0.022 0.099 0.045 0.186 0.183 0.158 0.151 0.085 0.048 0.017 0.005 124 A 0.127 0.100 0.067 0.173 0.155 0.117 0.112 0.069 0.047 0.024 0.008 125 Q 0.435 0.171 0.092 0.141 0.075 0.040 0.026 0.011 0.006 0.002 0.001 126 T 0.136 0.111 0.046 0.132 0.108 0.105 0.143 0.092 0.066 0.039 0.021 127 R 0.154 0.118 0.050 0.120 0.123 0.117 0.124 0.083 0.059 0.035 0.017 128 H 0.188 0.247 0.098 0.148 0.108 0.073 0.068 0.033 0.021 0.011 0.006 129 R 0.130 0.066 0.061 0.142 0.151 0.124 0.139 0.079 0.055 0.036 0.017 130 C 0.038 0.034 0.016 0.074 0.101 0.110 0.221 0.155 0.133 0.080 0.037 131 A 0.265 0.234 0.117 0.171 0.100 0.052 0.035 0.013 0.007 0.003 0.002 132 L 0.003 0.011 0.007 0.017 0.025 0.050 0.108 0.147 0.199 0.234 0.200 133 P 0.036 0.164 0.054 0.140 0.176 0.157 0.149 0.063 0.039 0.015 0.007 134 E 0.871 0.072 0.029 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 G 0.346 0.184 0.103 0.183 0.097 0.049 0.027 0.006 0.003 0.001 0.001 136 I 0.001 0.003 0.005 0.009 0.016 0.055 0.176 0.204 0.243 0.175 0.111 137 D 0.009 0.017 0.069 0.228 0.242 0.234 0.141 0.036 0.015 0.006 0.002 138 R 0.017 0.040 0.845 0.068 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 139 W 0.002 0.005 0.043 0.055 0.082 0.168 0.305 0.158 0.101 0.056 0.025 140 L 0.002 0.001 0.008 0.005 0.007 0.015 0.079 0.130 0.219 0.276 0.257 141 E 0.005 0.027 0.446 0.213 0.167 0.088 0.039 0.010 0.004 0.001 0.001 142 A 0.029 0.055 0.587 0.133 0.082 0.059 0.034 0.010 0.006 0.003 0.001 143 S 0.051 0.048 0.034 0.068 0.091 0.124 0.240 0.137 0.105 0.068 0.034 144 G 0.235 0.124 0.066 0.079 0.072 0.088 0.128 0.075 0.065 0.042 0.026 145 V 0.101 0.124 0.122 0.137 0.119 0.093 0.115 0.070 0.055 0.040 0.024 146 G 0.292 0.180 0.108 0.131 0.094 0.065 0.060 0.030 0.022 0.013 0.006 147 K 0.290 0.205 0.096 0.150 0.097 0.059 0.050 0.024 0.015 0.009 0.005 148 I 0.204 0.096 0.049 0.106 0.092 0.092 0.119 0.082 0.073 0.053 0.033 149 G 0.271 0.135 0.062 0.100 0.089 0.089 0.094 0.061 0.051 0.032 0.016 150 S 0.509 0.223 0.070 0.098 0.044 0.022 0.016 0.008 0.005 0.003 0.002 151 I 0.359 0.113 0.043 0.087 0.077 0.071 0.083 0.058 0.049 0.037 0.025