# TARGET T0362 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1459 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.148 0.021 0.016 0.021 0.020 0.026 0.034 0.008 0.001 0.003 0.704 2 N 0.045 0.005 0.006 0.017 0.026 0.030 0.116 0.003 0.001 0.003 0.748 3 P 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.974 4 E 0.017 0.001 0.001 0.013 0.009 0.017 0.207 0.001 0.001 0.005 0.731 5 N 0.472 0.002 0.002 0.023 0.011 0.012 0.116 0.001 0.001 0.024 0.337 6 W 0.216 0.020 0.005 0.097 0.041 0.059 0.156 0.001 0.001 0.012 0.393 7 L 0.023 0.010 0.003 0.232 0.204 0.238 0.086 0.001 0.001 0.003 0.200 8 L 0.014 0.010 0.001 0.216 0.154 0.337 0.049 0.001 0.001 0.003 0.216 9 L 0.007 0.008 0.001 0.149 0.288 0.410 0.019 0.001 0.001 0.001 0.115 10 R 0.007 0.006 0.001 0.112 0.195 0.364 0.031 0.001 0.001 0.003 0.280 11 R 0.009 0.003 0.002 0.106 0.255 0.382 0.032 0.001 0.001 0.003 0.207 12 V 0.014 0.003 0.003 0.121 0.196 0.311 0.044 0.001 0.001 0.004 0.303 13 V 0.007 0.003 0.003 0.098 0.188 0.320 0.041 0.001 0.001 0.003 0.336 14 R 0.008 0.002 0.002 0.061 0.175 0.281 0.065 0.001 0.001 0.003 0.402 15 F 0.004 0.001 0.001 0.018 0.043 0.073 0.020 0.001 0.001 0.002 0.838 16 G 0.009 0.001 0.001 0.027 0.079 0.181 0.141 0.001 0.001 0.005 0.555 17 D 0.126 0.003 0.001 0.013 0.040 0.051 0.146 0.001 0.001 0.019 0.600 18 T 0.185 0.019 0.003 0.032 0.065 0.066 0.145 0.002 0.001 0.017 0.467 19 D 0.059 0.018 0.002 0.017 0.057 0.053 0.368 0.001 0.001 0.014 0.412 20 A 0.054 0.019 0.002 0.008 0.019 0.023 0.124 0.001 0.001 0.013 0.737 21 A 0.093 0.029 0.003 0.011 0.032 0.058 0.358 0.003 0.001 0.035 0.378 22 G 0.249 0.017 0.009 0.017 0.065 0.061 0.348 0.005 0.001 0.061 0.169 23 V 0.133 0.060 0.049 0.055 0.088 0.117 0.170 0.002 0.001 0.011 0.315 24 M 0.009 0.029 0.006 0.112 0.195 0.296 0.067 0.001 0.001 0.002 0.282 25 H 0.012 0.028 0.001 0.102 0.134 0.313 0.078 0.001 0.001 0.003 0.328 26 F 0.036 0.039 0.002 0.048 0.051 0.090 0.052 0.002 0.001 0.003 0.676 27 H 0.054 0.081 0.009 0.093 0.042 0.131 0.126 0.002 0.001 0.011 0.453 28 Q 0.026 0.053 0.002 0.055 0.053 0.077 0.198 0.002 0.001 0.006 0.528 29 L 0.046 0.236 0.003 0.056 0.036 0.061 0.118 0.002 0.001 0.005 0.436 30 F 0.025 0.641 0.002 0.029 0.023 0.041 0.046 0.002 0.001 0.002 0.190 31 R 0.025 0.695 0.001 0.007 0.006 0.013 0.058 0.002 0.001 0.002 0.192 32 W 0.029 0.830 0.003 0.002 0.002 0.007 0.016 0.002 0.001 0.001 0.108 33 C 0.018 0.930 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.039 34 H 0.007 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.054 35 E 0.016 0.854 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.121 36 S 0.026 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.027 37 W 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 38 E 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 39 E 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 40 S 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 41 L 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 42 E 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 43 S 0.044 0.936 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 44 Y 0.105 0.667 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.001 0.001 0.039 45 G 0.576 0.112 0.025 0.001 0.001 0.001 0.003 0.234 0.001 0.003 0.045 46 L 0.008 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 47 N 0.013 0.006 0.005 0.022 0.004 0.003 0.141 0.009 0.001 0.001 0.796 48 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 49 A 0.002 0.003 0.001 0.008 0.001 0.003 0.382 0.001 0.001 0.002 0.599 50 D 0.200 0.005 0.001 0.013 0.003 0.006 0.631 0.003 0.001 0.048 0.091 51 I 0.625 0.263 0.001 0.027 0.001 0.003 0.012 0.002 0.001 0.002 0.064 52 F 0.132 0.623 0.006 0.034 0.011 0.017 0.025 0.003 0.001 0.002 0.147 53 P 0.011 0.029 0.001 0.004 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.947 54 G 0.147 0.058 0.005 0.014 0.009 0.018 0.062 0.020 0.001 0.003 0.665 55 S 0.585 0.097 0.017 0.009 0.007 0.007 0.069 0.012 0.001 0.006 0.193 56 R 0.070 0.181 0.005 0.021 0.014 0.015 0.059 0.006 0.001 0.003 0.626 57 K 0.084 0.093 0.005 0.029 0.022 0.034 0.159 0.004 0.001 0.009 0.561 58 S 0.434 0.088 0.005 0.017 0.010 0.016 0.167 0.009 0.001 0.015 0.239 59 E 0.297 0.076 0.015 0.019 0.011 0.012 0.105 0.015 0.001 0.010 0.438 60 V 0.151 0.039 0.049 0.032 0.016 0.023 0.127 0.007 0.001 0.013 0.545 61 T 0.118 0.018 0.008 0.036 0.050 0.057 0.260 0.005 0.001 0.010 0.438 62 P 0.005 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.979 63 E 0.031 0.002 0.001 0.028 0.030 0.048 0.231 0.001 0.001 0.007 0.620 64 V 0.495 0.005 0.005 0.040 0.026 0.040 0.091 0.001 0.001 0.029 0.268 65 A 0.074 0.022 0.007 0.161 0.067 0.133 0.086 0.001 0.001 0.006 0.443 66 L 0.017 0.004 0.004 0.302 0.166 0.235 0.055 0.001 0.001 0.003 0.214 67 P 0.007 0.003 0.001 0.262 0.070 0.097 0.027 0.001 0.001 0.001 0.531 68 I 0.005 0.005 0.001 0.300 0.175 0.346 0.037 0.001 0.001 0.002 0.128 69 I 0.006 0.010 0.001 0.305 0.214 0.355 0.028 0.001 0.001 0.002 0.079 70 H 0.009 0.023 0.001 0.228 0.166 0.329 0.042 0.001 0.001 0.002 0.200 71 C 0.017 0.019 0.002 0.173 0.225 0.388 0.038 0.001 0.001 0.003 0.134 72 Q 0.018 0.025 0.003 0.103 0.142 0.275 0.083 0.002 0.001 0.006 0.342 73 A 0.022 0.028 0.007 0.112 0.162 0.255 0.077 0.002 0.001 0.006 0.331 74 D 0.037 0.032 0.004 0.079 0.137 0.171 0.086 0.004 0.001 0.005 0.447 75 F 0.078 0.043 0.006 0.060 0.108 0.198 0.076 0.004 0.001 0.009 0.418 76 R 0.073 0.041 0.012 0.071 0.112 0.261 0.077 0.005 0.001 0.010 0.337 77 R 0.055 0.019 0.010 0.049 0.145 0.177 0.061 0.003 0.001 0.003 0.478 78 P 0.003 0.001 0.001 0.008 0.015 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.947 79 I 0.022 0.003 0.001 0.049 0.160 0.305 0.066 0.001 0.001 0.004 0.389 80 H 0.099 0.009 0.002 0.036 0.095 0.150 0.102 0.002 0.001 0.008 0.497 81 T 0.048 0.011 0.001 0.026 0.070 0.099 0.079 0.002 0.001 0.005 0.660 82 G 0.072 0.004 0.002 0.030 0.051 0.073 0.166 0.001 0.001 0.016 0.583 83 D 0.173 0.004 0.004 0.037 0.052 0.042 0.233 0.001 0.001 0.024 0.430 84 A 0.110 0.003 0.018 0.041 0.048 0.073 0.158 0.001 0.001 0.023 0.525 85 L 0.024 0.001 0.006 0.145 0.361 0.271 0.097 0.001 0.001 0.006 0.088 86 A 0.007 0.001 0.002 0.189 0.178 0.268 0.085 0.001 0.001 0.003 0.267 87 M 0.001 0.001 0.001 0.181 0.335 0.411 0.014 0.001 0.001 0.001 0.058 88 E 0.001 0.001 0.001 0.215 0.210 0.430 0.028 0.001 0.001 0.001 0.115 89 L 0.001 0.001 0.001 0.145 0.216 0.469 0.020 0.001 0.001 0.002 0.146 90 R 0.001 0.001 0.001 0.225 0.251 0.353 0.039 0.001 0.001 0.002 0.128 91 P 0.001 0.001 0.001 0.055 0.058 0.101 0.025 0.001 0.001 0.001 0.758 92 E 0.005 0.001 0.001 0.140 0.192 0.352 0.073 0.001 0.001 0.005 0.232 93 R 0.044 0.003 0.001 0.032 0.081 0.160 0.062 0.001 0.001 0.008 0.608 94 L 0.072 0.010 0.002 0.066 0.136 0.201 0.079 0.003 0.001 0.008 0.422 95 N 0.047 0.004 0.002 0.024 0.108 0.113 0.169 0.001 0.001 0.006 0.527 96 P 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.965 97 N 0.025 0.001 0.001 0.018 0.043 0.066 0.313 0.001 0.001 0.013 0.519 98 S 0.451 0.002 0.004 0.017 0.021 0.025 0.112 0.001 0.001 0.046 0.320 99 F 0.088 0.012 0.006 0.142 0.177 0.160 0.150 0.001 0.001 0.009 0.255 100 Q 0.012 0.003 0.004 0.218 0.187 0.347 0.079 0.001 0.001 0.004 0.146 101 V 0.002 0.002 0.001 0.302 0.271 0.357 0.017 0.001 0.001 0.001 0.047 102 H 0.001 0.002 0.001 0.180 0.230 0.456 0.022 0.001 0.001 0.001 0.106 103 F 0.002 0.001 0.001 0.156 0.318 0.444 0.012 0.001 0.001 0.001 0.066 104 E 0.003 0.002 0.001 0.197 0.256 0.384 0.030 0.001 0.001 0.002 0.127 105 F 0.005 0.002 0.001 0.117 0.261 0.400 0.034 0.001 0.001 0.003 0.176 106 R 0.008 0.004 0.001 0.138 0.257 0.386 0.057 0.001 0.001 0.004 0.144 107 C 0.011 0.005 0.001 0.041 0.129 0.207 0.101 0.001 0.001 0.005 0.499 108 E 0.016 0.004 0.002 0.022 0.046 0.078 0.102 0.001 0.001 0.009 0.721 109 E 0.083 0.004 0.004 0.016 0.025 0.043 0.184 0.001 0.001 0.029 0.611 110 Q 0.192 0.010 0.012 0.027 0.043 0.044 0.217 0.001 0.001 0.028 0.426 111 I 0.054 0.022 0.006 0.067 0.126 0.126 0.182 0.001 0.001 0.007 0.408 112 A 0.019 0.034 0.003 0.089 0.176 0.346 0.078 0.001 0.001 0.003 0.251 113 A 0.008 0.038 0.001 0.093 0.285 0.431 0.036 0.001 0.001 0.002 0.108 114 H 0.017 0.055 0.001 0.055 0.188 0.336 0.044 0.001 0.001 0.003 0.298 115 A 0.019 0.039 0.003 0.088 0.315 0.410 0.024 0.002 0.001 0.003 0.097 116 L 0.010 0.030 0.003 0.123 0.255 0.404 0.050 0.002 0.001 0.005 0.118 117 I 0.009 0.019 0.006 0.131 0.231 0.443 0.030 0.002 0.001 0.004 0.125 118 R 0.006 0.013 0.003 0.213 0.259 0.457 0.017 0.001 0.001 0.002 0.029 119 H 0.009 0.018 0.006 0.200 0.275 0.339 0.023 0.001 0.001 0.002 0.127 120 L 0.003 0.010 0.003 0.221 0.326 0.378 0.012 0.001 0.001 0.001 0.045 121 A 0.003 0.008 0.001 0.147 0.290 0.469 0.017 0.001 0.001 0.001 0.063 122 I 0.004 0.007 0.001 0.119 0.326 0.463 0.022 0.001 0.001 0.002 0.054 123 N 0.009 0.010 0.001 0.100 0.265 0.393 0.088 0.002 0.001 0.004 0.128 124 A 0.011 0.008 0.003 0.066 0.118 0.148 0.115 0.002 0.001 0.008 0.520 125 Q 0.017 0.006 0.001 0.014 0.034 0.045 0.554 0.001 0.001 0.026 0.302 126 T 0.272 0.014 0.004 0.012 0.016 0.020 0.333 0.003 0.001 0.078 0.248 127 R 0.313 0.060 0.017 0.017 0.027 0.024 0.207 0.004 0.001 0.041 0.290 128 H 0.112 0.030 0.021 0.023 0.066 0.064 0.263 0.002 0.001 0.018 0.400 129 R 0.028 0.008 0.012 0.015 0.044 0.107 0.053 0.001 0.001 0.003 0.728 130 C 0.023 0.007 0.002 0.057 0.169 0.331 0.056 0.001 0.001 0.002 0.351 131 A 0.014 0.003 0.001 0.014 0.037 0.076 0.025 0.001 0.001 0.001 0.828 132 L 0.030 0.005 0.002 0.060 0.117 0.270 0.087 0.001 0.001 0.003 0.425 133 P 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.975 134 E 0.012 0.003 0.001 0.036 0.005 0.023 0.132 0.001 0.001 0.002 0.787 135 G 0.130 0.006 0.001 0.008 0.003 0.005 0.147 0.001 0.001 0.006 0.694 136 I 0.278 0.146 0.002 0.017 0.005 0.010 0.129 0.001 0.001 0.004 0.407 137 D 0.028 0.257 0.001 0.010 0.004 0.008 0.078 0.001 0.001 0.002 0.612 138 R 0.027 0.362 0.001 0.001 0.001 0.002 0.068 0.001 0.001 0.001 0.537 139 W 0.042 0.775 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.002 0.001 0.001 0.135 140 L 0.028 0.919 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.004 0.001 0.001 0.031 141 E 0.015 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 142 A 0.029 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.035 143 S 0.075 0.851 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.030 144 G 0.230 0.587 0.022 0.001 0.001 0.001 0.008 0.061 0.001 0.001 0.087 145 V 0.060 0.304 0.229 0.007 0.004 0.006 0.022 0.016 0.001 0.001 0.352 146 G 0.072 0.145 0.010 0.022 0.008 0.018 0.070 0.017 0.001 0.002 0.638 147 K 0.301 0.068 0.014 0.010 0.004 0.004 0.025 0.005 0.001 0.002 0.568 148 I 0.126 0.105 0.012 0.028 0.009 0.017 0.048 0.006 0.001 0.003 0.648 149 G 0.082 0.032 0.006 0.028 0.013 0.024 0.071 0.005 0.001 0.003 0.737 150 S 0.120 0.027 0.003 0.017 0.007 0.012 0.037 0.002 0.001 0.003 0.771 151 I 0.100 0.053 0.005 0.023 0.015 0.026 0.073 0.003 0.001 0.004 0.699