# TARGET T0362 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0362.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1459 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.307 0.145 0.018 0.237 0.012 0.025 0.030 0.023 0.061 0.047 2 N 0.031 0.445 0.345 0.006 0.152 0.001 0.002 0.006 0.003 0.004 0.006 3 P 0.007 0.026 0.017 0.002 0.018 0.003 0.014 0.445 0.448 0.016 0.003 4 E 0.007 0.025 0.015 0.005 0.012 0.018 0.103 0.519 0.232 0.056 0.008 5 N 0.039 0.083 0.020 0.008 0.086 0.004 0.021 0.170 0.133 0.407 0.030 6 W 0.219 0.092 0.019 0.003 0.259 0.008 0.024 0.174 0.080 0.072 0.052 7 L 0.124 0.264 0.041 0.007 0.443 0.007 0.012 0.036 0.020 0.027 0.021 8 L 0.280 0.114 0.019 0.005 0.470 0.007 0.017 0.030 0.011 0.018 0.029 9 L 0.183 0.188 0.029 0.007 0.532 0.005 0.007 0.013 0.005 0.010 0.022 10 R 0.303 0.074 0.012 0.008 0.381 0.012 0.027 0.027 0.018 0.047 0.091 11 R 0.099 0.324 0.059 0.003 0.461 0.003 0.007 0.010 0.004 0.008 0.022 12 V 0.307 0.141 0.027 0.001 0.394 0.002 0.005 0.008 0.007 0.025 0.083 13 V 0.111 0.391 0.110 0.023 0.267 0.013 0.016 0.014 0.010 0.013 0.033 14 R 0.005 0.381 0.547 0.018 0.036 0.002 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 15 F 0.008 0.009 0.004 0.010 0.008 0.034 0.101 0.483 0.324 0.013 0.006 16 G 0.010 0.019 0.014 0.022 0.013 0.021 0.036 0.169 0.292 0.368 0.036 17 D 0.148 0.060 0.009 0.002 0.197 0.005 0.040 0.148 0.118 0.225 0.046 18 T 0.067 0.140 0.063 0.014 0.149 0.016 0.029 0.156 0.137 0.184 0.046 19 D 0.152 0.115 0.171 0.042 0.162 0.018 0.037 0.072 0.057 0.092 0.082 20 A 0.019 0.033 0.014 0.007 0.029 0.011 0.042 0.435 0.274 0.125 0.010 21 A 0.022 0.245 0.113 0.035 0.072 0.017 0.048 0.181 0.119 0.124 0.024 22 G 0.039 0.064 0.070 0.129 0.046 0.071 0.038 0.200 0.095 0.188 0.061 23 V 0.116 0.134 0.035 0.010 0.222 0.012 0.044 0.255 0.076 0.054 0.041 24 M 0.119 0.098 0.035 0.021 0.165 0.043 0.041 0.235 0.089 0.076 0.079 25 H 0.069 0.176 0.095 0.037 0.124 0.018 0.048 0.286 0.068 0.054 0.024 26 F 0.027 0.028 0.019 0.015 0.028 0.010 0.012 0.546 0.174 0.117 0.023 27 H 0.005 0.015 0.005 0.004 0.012 0.007 0.016 0.788 0.134 0.012 0.004 28 Q 0.005 0.007 0.003 0.001 0.007 0.002 0.013 0.867 0.085 0.009 0.003 29 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.900 0.071 0.011 0.001 30 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.919 0.064 0.003 0.001 31 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.946 0.035 0.001 0.001 32 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.938 0.043 0.010 0.001 33 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.911 0.078 0.006 0.001 34 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.948 0.045 0.001 0.001 35 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.967 0.024 0.001 0.001 36 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.950 0.041 0.006 0.001 37 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.061 0.003 0.001 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.026 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.965 0.016 0.004 0.001 40 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.023 0.009 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.047 0.004 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.840 0.138 0.003 0.001 43 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.148 0.792 0.050 0.003 0.001 44 Y 0.002 0.648 0.289 0.005 0.043 0.001 0.003 0.004 0.002 0.004 0.001 45 G 0.060 0.006 0.009 0.012 0.008 0.009 0.004 0.017 0.009 0.503 0.363 46 L 0.035 0.535 0.138 0.010 0.193 0.012 0.013 0.016 0.006 0.020 0.021 47 N 0.153 0.250 0.090 0.002 0.472 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.027 48 P 0.005 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.275 0.678 0.025 0.003 49 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.025 0.631 0.320 0.012 0.001 50 D 0.008 0.009 0.002 0.001 0.013 0.002 0.031 0.646 0.162 0.122 0.006 51 I 0.025 0.021 0.012 0.004 0.037 0.014 0.051 0.453 0.177 0.191 0.014 52 F 0.069 0.099 0.122 0.028 0.095 0.015 0.017 0.245 0.111 0.147 0.052 53 P 0.011 0.091 0.057 0.037 0.033 0.066 0.138 0.344 0.166 0.051 0.006 54 G 0.018 0.036 0.033 0.033 0.025 0.017 0.046 0.174 0.166 0.409 0.044 55 S 0.052 0.160 0.085 0.025 0.128 0.028 0.067 0.147 0.127 0.151 0.028 56 R 0.073 0.156 0.071 0.024 0.164 0.025 0.049 0.184 0.120 0.094 0.042 57 K 0.066 0.080 0.043 0.026 0.098 0.031 0.056 0.142 0.178 0.218 0.060 58 S 0.086 0.193 0.098 0.021 0.227 0.013 0.031 0.088 0.092 0.111 0.041 59 E 0.157 0.137 0.059 0.007 0.229 0.009 0.027 0.106 0.098 0.109 0.063 60 V 0.113 0.269 0.135 0.021 0.188 0.015 0.040 0.061 0.047 0.059 0.051 61 T 0.045 0.418 0.291 0.030 0.139 0.008 0.006 0.022 0.014 0.010 0.017 62 P 0.019 0.121 0.052 0.023 0.049 0.047 0.109 0.326 0.215 0.030 0.010 63 E 0.042 0.037 0.023 0.007 0.046 0.014 0.037 0.135 0.254 0.343 0.062 64 V 0.100 0.305 0.074 0.006 0.297 0.006 0.016 0.059 0.046 0.059 0.033 65 A 0.256 0.169 0.065 0.005 0.378 0.003 0.013 0.018 0.016 0.032 0.048 66 L 0.045 0.457 0.117 0.002 0.368 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 67 P 0.165 0.268 0.011 0.001 0.538 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 68 I 0.476 0.026 0.005 0.006 0.409 0.013 0.010 0.003 0.001 0.003 0.046 69 I 0.073 0.085 0.009 0.061 0.417 0.175 0.129 0.034 0.007 0.004 0.006 70 H 0.319 0.057 0.004 0.002 0.566 0.002 0.003 0.004 0.002 0.005 0.038 71 C 0.260 0.085 0.009 0.004 0.563 0.005 0.005 0.007 0.002 0.013 0.047 72 Q 0.332 0.037 0.003 0.001 0.399 0.002 0.004 0.006 0.004 0.052 0.160 73 A 0.169 0.284 0.030 0.004 0.458 0.003 0.002 0.003 0.003 0.008 0.035 74 D 0.394 0.039 0.007 0.002 0.373 0.002 0.005 0.005 0.006 0.047 0.121 75 F 0.241 0.149 0.041 0.006 0.458 0.004 0.007 0.019 0.022 0.021 0.031 76 R 0.100 0.061 0.036 0.047 0.137 0.078 0.152 0.123 0.112 0.104 0.049 77 R 0.043 0.366 0.281 0.023 0.191 0.009 0.022 0.033 0.012 0.008 0.011 78 P 0.110 0.246 0.083 0.008 0.339 0.010 0.011 0.042 0.037 0.062 0.053 79 I 0.186 0.250 0.084 0.014 0.253 0.017 0.031 0.052 0.032 0.028 0.054 80 H 0.065 0.145 0.385 0.131 0.102 0.049 0.013 0.024 0.018 0.033 0.035 81 T 0.001 0.015 0.016 0.130 0.004 0.154 0.569 0.086 0.019 0.003 0.001 82 G 0.011 0.009 0.012 0.025 0.005 0.009 0.004 0.011 0.044 0.751 0.120 83 D 0.065 0.403 0.053 0.005 0.382 0.003 0.008 0.012 0.017 0.042 0.010 84 A 0.316 0.058 0.006 0.001 0.590 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.017 85 L 0.134 0.134 0.007 0.003 0.710 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 86 A 0.431 0.025 0.003 0.001 0.503 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 87 M 0.189 0.181 0.019 0.004 0.563 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.032 88 E 0.400 0.063 0.007 0.001 0.368 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.138 89 L 0.255 0.243 0.050 0.003 0.390 0.002 0.002 0.001 0.002 0.009 0.043 90 R 0.019 0.590 0.159 0.003 0.220 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 91 P 0.635 0.021 0.005 0.002 0.187 0.002 0.007 0.002 0.004 0.007 0.128 92 E 0.018 0.087 0.029 0.090 0.088 0.365 0.182 0.055 0.060 0.017 0.008 93 R 0.336 0.119 0.033 0.001 0.416 0.001 0.002 0.005 0.007 0.029 0.052 94 L 0.236 0.103 0.024 0.087 0.191 0.071 0.034 0.029 0.030 0.072 0.123 95 N 0.091 0.124 0.214 0.236 0.185 0.042 0.019 0.014 0.017 0.023 0.035 96 P 0.081 0.078 0.024 0.015 0.108 0.016 0.041 0.168 0.264 0.141 0.063 97 N 0.075 0.103 0.030 0.017 0.121 0.027 0.095 0.118 0.143 0.224 0.046 98 S 0.319 0.097 0.020 0.013 0.352 0.020 0.041 0.017 0.015 0.039 0.067 99 F 0.201 0.133 0.009 0.001 0.639 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 100 Q 0.224 0.077 0.005 0.001 0.677 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 101 V 0.478 0.025 0.001 0.001 0.471 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 102 H 0.426 0.021 0.002 0.006 0.467 0.008 0.006 0.001 0.001 0.004 0.059 103 F 0.274 0.060 0.005 0.001 0.648 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 104 E 0.301 0.050 0.002 0.001 0.618 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 105 F 0.388 0.068 0.004 0.001 0.502 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 106 R 0.407 0.060 0.015 0.019 0.323 0.009 0.007 0.005 0.005 0.027 0.124 107 C 0.030 0.026 0.072 0.595 0.026 0.152 0.019 0.021 0.030 0.021 0.011 108 E 0.001 0.027 0.032 0.528 0.004 0.135 0.132 0.107 0.027 0.006 0.001 109 E 0.015 0.010 0.009 0.022 0.010 0.010 0.014 0.034 0.078 0.734 0.064 110 Q 0.014 0.598 0.138 0.003 0.230 0.002 0.005 0.005 0.003 0.002 0.001 111 I 0.409 0.046 0.002 0.001 0.523 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 112 A 0.333 0.051 0.011 0.016 0.520 0.020 0.015 0.002 0.001 0.002 0.029 113 A 0.215 0.106 0.009 0.008 0.622 0.009 0.003 0.002 0.001 0.003 0.024 114 H 0.421 0.047 0.005 0.007 0.399 0.005 0.010 0.004 0.002 0.015 0.085 115 A 0.180 0.168 0.022 0.004 0.598 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 116 L 0.229 0.092 0.005 0.001 0.630 0.001 0.004 0.003 0.002 0.006 0.028 117 I 0.482 0.046 0.005 0.002 0.405 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.053 118 R 0.178 0.059 0.010 0.054 0.424 0.081 0.103 0.025 0.011 0.019 0.036 119 H 0.341 0.062 0.009 0.003 0.556 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.017 120 L 0.180 0.094 0.004 0.002 0.689 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.021 121 A 0.426 0.042 0.004 0.001 0.431 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.080 122 I 0.067 0.494 0.058 0.007 0.293 0.011 0.011 0.009 0.004 0.020 0.027 123 N 0.132 0.187 0.069 0.002 0.581 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.017 124 A 0.010 0.013 0.023 0.003 0.008 0.002 0.009 0.440 0.466 0.019 0.007 125 Q 0.002 0.023 0.021 0.011 0.004 0.050 0.262 0.485 0.120 0.020 0.001 126 T 0.004 0.779 0.087 0.017 0.066 0.002 0.005 0.007 0.005 0.024 0.004 127 R 0.049 0.011 0.017 0.004 0.013 0.004 0.004 0.018 0.030 0.409 0.440 128 H 0.005 0.589 0.277 0.005 0.091 0.001 0.004 0.018 0.006 0.003 0.001 129 R 0.277 0.158 0.037 0.002 0.371 0.002 0.008 0.030 0.023 0.032 0.060 130 C 0.015 0.463 0.316 0.012 0.124 0.005 0.017 0.022 0.012 0.007 0.005 131 A 0.094 0.379 0.225 0.003 0.198 0.003 0.017 0.022 0.009 0.016 0.034 132 L 0.012 0.441 0.441 0.015 0.061 0.002 0.006 0.009 0.003 0.003 0.006 133 P 0.003 0.689 0.220 0.004 0.037 0.002 0.001 0.027 0.011 0.003 0.002 134 E 0.002 0.013 0.008 0.002 0.006 0.017 0.045 0.580 0.318 0.009 0.002 135 G 0.006 0.019 0.011 0.007 0.007 0.004 0.014 0.670 0.088 0.159 0.014 136 I 0.007 0.012 0.003 0.002 0.007 0.003 0.008 0.683 0.123 0.146 0.005 137 D 0.002 0.005 0.001 0.002 0.006 0.003 0.004 0.879 0.088 0.007 0.002 138 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.909 0.069 0.006 0.001 139 W 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.940 0.033 0.009 0.001 140 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.867 0.088 0.025 0.002 141 E 0.003 0.007 0.004 0.002 0.004 0.004 0.029 0.788 0.143 0.016 0.002 142 A 0.005 0.017 0.011 0.005 0.013 0.011 0.122 0.657 0.114 0.041 0.004 143 S 0.021 0.418 0.188 0.019 0.097 0.017 0.059 0.097 0.037 0.038 0.010 144 G 0.078 0.018 0.017 0.033 0.029 0.020 0.038 0.131 0.085 0.395 0.155 145 V 0.052 0.245 0.088 0.056 0.117 0.060 0.100 0.100 0.080 0.071 0.030 146 G 0.029 0.101 0.122 0.229 0.057 0.083 0.036 0.087 0.076 0.133 0.048 147 K 0.091 0.185 0.110 0.027 0.175 0.022 0.061 0.141 0.083 0.076 0.030 148 I 0.062 0.216 0.130 0.036 0.108 0.024 0.060 0.138 0.098 0.088 0.039 149 G 0.019 0.160 0.192 0.168 0.048 0.081 0.048 0.118 0.080 0.065 0.021 150 S 0.066 0.191 0.108 0.021 0.142 0.017 0.037 0.160 0.117 0.102 0.038 151 I 0.077 0.184 0.055 0.009 0.141 0.014 0.038 0.195 0.145 0.101 0.042