# TARGET T0361 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.8219 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.045 0.003 0.036 0.036 0.051 0.101 0.006 0.001 0.075 0.546 2 A 0.030 0.031 0.002 0.057 0.049 0.067 0.126 0.003 0.001 0.052 0.581 3 T 0.039 0.030 0.002 0.033 0.046 0.075 0.121 0.003 0.001 0.065 0.585 4 L 0.024 0.094 0.004 0.048 0.028 0.036 0.133 0.008 0.002 0.053 0.571 5 T 0.112 0.625 0.003 0.008 0.007 0.008 0.040 0.009 0.001 0.023 0.165 6 E 0.046 0.774 0.002 0.005 0.001 0.002 0.015 0.008 0.001 0.011 0.135 7 D 0.027 0.684 0.002 0.006 0.003 0.004 0.025 0.005 0.001 0.059 0.185 8 D 0.031 0.735 0.010 0.007 0.003 0.004 0.019 0.007 0.002 0.108 0.075 9 V 0.043 0.800 0.004 0.004 0.003 0.003 0.017 0.013 0.001 0.035 0.077 10 L 0.121 0.496 0.015 0.010 0.008 0.011 0.032 0.014 0.005 0.099 0.188 11 E 0.046 0.577 0.003 0.011 0.004 0.007 0.048 0.005 0.002 0.041 0.258 12 Q 0.067 0.477 0.017 0.007 0.003 0.007 0.058 0.014 0.007 0.063 0.278 13 L 0.135 0.398 0.013 0.012 0.003 0.005 0.058 0.013 0.005 0.086 0.273 14 D 0.099 0.323 0.006 0.008 0.003 0.006 0.069 0.007 0.004 0.114 0.363 15 A 0.053 0.541 0.005 0.006 0.002 0.003 0.049 0.005 0.001 0.057 0.279 16 Q 0.033 0.779 0.002 0.003 0.001 0.003 0.020 0.006 0.001 0.016 0.135 17 D 0.040 0.642 0.001 0.008 0.002 0.005 0.028 0.003 0.001 0.111 0.161 18 N 0.007 0.801 0.003 0.004 0.001 0.002 0.015 0.002 0.001 0.101 0.063 19 L 0.006 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.014 20 F 0.011 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.013 21 S 0.007 0.305 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.640 0.032 22 F 0.002 0.646 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.309 0.028 23 M 0.011 0.905 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.058 0.016 24 K 0.008 0.475 0.004 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.463 0.038 25 T 0.003 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 0.029 26 A 0.003 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.010 27 H 0.008 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.027 0.009 28 S 0.012 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.046 0.037 29 I 0.015 0.690 0.012 0.001 0.001 0.001 0.017 0.009 0.002 0.213 0.041 30 L 0.011 0.790 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.001 0.141 0.032 31 L 0.007 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.037 0.037 32 Q 0.008 0.892 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.046 0.043 33 G 0.014 0.850 0.014 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.004 0.067 0.029 34 I 0.099 0.798 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.002 0.023 0.043 35 R 0.178 0.234 0.015 0.008 0.002 0.005 0.044 0.006 0.007 0.281 0.220 36 Q 0.102 0.071 0.011 0.012 0.003 0.006 0.162 0.003 0.005 0.122 0.504 37 F 0.067 0.108 0.024 0.060 0.005 0.009 0.179 0.016 0.008 0.104 0.421 38 L 0.309 0.087 0.011 0.039 0.009 0.013 0.155 0.038 0.005 0.083 0.251 39 P 0.065 0.031 0.002 0.055 0.014 0.042 0.165 0.009 0.002 0.059 0.557 40 S 0.020 0.008 0.001 0.044 0.021 0.067 0.121 0.004 0.001 0.071 0.643 41 L 0.020 0.009 0.002 0.214 0.045 0.111 0.140 0.003 0.001 0.081 0.374 42 F 0.021 0.004 0.001 0.240 0.048 0.121 0.110 0.002 0.001 0.065 0.387 43 V 0.031 0.003 0.001 0.158 0.066 0.070 0.088 0.001 0.001 0.055 0.527 44 D 0.003 0.002 0.001 0.067 0.018 0.035 0.131 0.001 0.001 0.023 0.719 45 N 0.041 0.143 0.003 0.023 0.004 0.007 0.100 0.011 0.002 0.032 0.633 46 D 0.170 0.662 0.004 0.003 0.001 0.001 0.015 0.008 0.001 0.059 0.075 47 E 0.041 0.819 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.020 0.100 48 E 0.082 0.677 0.002 0.002 0.010 0.019 0.022 0.008 0.001 0.029 0.148 49 I 0.084 0.638 0.005 0.006 0.015 0.018 0.027 0.009 0.002 0.075 0.122 50 V 0.162 0.465 0.006 0.013 0.028 0.046 0.063 0.013 0.002 0.069 0.133 51 E 0.092 0.338 0.005 0.034 0.045 0.122 0.052 0.008 0.001 0.076 0.228 52 Y 0.093 0.096 0.005 0.032 0.067 0.095 0.098 0.003 0.002 0.091 0.419 53 A 0.010 0.103 0.008 0.081 0.114 0.113 0.130 0.003 0.002 0.043 0.392 54 V 0.025 0.290 0.007 0.021 0.031 0.037 0.076 0.012 0.003 0.014 0.485 55 K 0.271 0.310 0.006 0.014 0.037 0.030 0.043 0.051 0.003 0.046 0.187 56 P 0.101 0.145 0.017 0.026 0.008 0.018 0.076 0.008 0.011 0.125 0.465 57 L 0.180 0.036 0.050 0.036 0.013 0.034 0.081 0.008 0.017 0.127 0.417 58 L 0.266 0.016 0.007 0.040 0.014 0.024 0.066 0.012 0.003 0.082 0.469 59 A 0.102 0.004 0.001 0.014 0.009 0.012 0.072 0.001 0.001 0.027 0.760 60 Q 0.004 0.001 0.001 0.017 0.012 0.023 0.096 0.001 0.001 0.014 0.830 61 S 0.011 0.002 0.001 0.007 0.014 0.020 0.116 0.002 0.001 0.019 0.808 62 G 0.057 0.005 0.002 0.019 0.056 0.062 0.162 0.015 0.001 0.082 0.540 63 P 0.170 0.039 0.002 0.020 0.010 0.021 0.102 0.004 0.001 0.052 0.580 64 L 0.091 0.053 0.003 0.031 0.017 0.042 0.115 0.005 0.001 0.051 0.592 65 D 0.017 0.131 0.001 0.042 0.046 0.081 0.109 0.003 0.001 0.054 0.515 66 D 0.010 0.329 0.001 0.036 0.057 0.096 0.069 0.002 0.001 0.072 0.326 67 I 0.004 0.537 0.001 0.034 0.104 0.087 0.026 0.001 0.001 0.071 0.135 68 D 0.003 0.805 0.001 0.016 0.030 0.043 0.009 0.001 0.001 0.044 0.048 69 V 0.002 0.875 0.001 0.010 0.030 0.023 0.004 0.001 0.001 0.034 0.021 70 A 0.002 0.946 0.001 0.005 0.010 0.013 0.002 0.001 0.001 0.016 0.006 71 L 0.005 0.864 0.001 0.007 0.015 0.012 0.003 0.001 0.001 0.081 0.013 72 R 0.009 0.706 0.006 0.017 0.022 0.021 0.008 0.003 0.001 0.185 0.023 73 L 0.051 0.682 0.009 0.022 0.015 0.015 0.017 0.008 0.002 0.124 0.057 74 I 0.069 0.195 0.108 0.057 0.024 0.022 0.055 0.012 0.041 0.249 0.168 75 Y 0.194 0.165 0.009 0.037 0.015 0.020 0.112 0.011 0.005 0.078 0.354 76 A 0.150 0.137 0.006 0.028 0.008 0.016 0.095 0.013 0.005 0.061 0.482 77 L 0.071 0.047 0.003 0.028 0.010 0.020 0.190 0.009 0.002 0.044 0.576 78 G 0.047 0.051 0.004 0.057 0.015 0.047 0.154 0.004 0.002 0.063 0.555 79 K 0.071 0.077 0.006 0.046 0.026 0.036 0.162 0.003 0.002 0.055 0.516 80 M 0.039 0.289 0.004 0.042 0.018 0.024 0.094 0.008 0.002 0.022 0.458 81 D 0.120 0.744 0.002 0.005 0.003 0.005 0.019 0.014 0.001 0.007 0.082 82 K 0.087 0.588 0.004 0.015 0.005 0.007 0.034 0.011 0.002 0.047 0.200 83 W 0.049 0.517 0.016 0.011 0.009 0.016 0.054 0.010 0.005 0.094 0.217 84 L 0.214 0.420 0.006 0.010 0.007 0.010 0.046 0.015 0.002 0.081 0.189 85 Y 0.128 0.129 0.009 0.018 0.011 0.013 0.069 0.006 0.003 0.336 0.278 86 A 0.013 0.321 0.003 0.013 0.006 0.012 0.081 0.003 0.001 0.102 0.444 87 D 0.026 0.858 0.002 0.002 0.001 0.003 0.010 0.005 0.001 0.018 0.075 88 I 0.034 0.496 0.008 0.005 0.003 0.003 0.023 0.005 0.001 0.317 0.103 89 T 0.010 0.834 0.002 0.001 0.001 0.003 0.013 0.002 0.001 0.063 0.071 90 H 0.017 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.016 0.041 91 F 0.016 0.868 0.006 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.053 0.038 92 S 0.024 0.880 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.024 0.055 93 Q 0.022 0.797 0.023 0.003 0.001 0.002 0.015 0.013 0.008 0.037 0.079 94 Y 0.098 0.723 0.018 0.003 0.001 0.002 0.023 0.034 0.008 0.023 0.068 95 W 0.188 0.318 0.010 0.008 0.003 0.006 0.060 0.016 0.007 0.087 0.295 96 H 0.093 0.175 0.008 0.015 0.005 0.011 0.120 0.008 0.004 0.084 0.476 97 Y 0.079 0.065 0.018 0.029 0.008 0.024 0.153 0.008 0.007 0.099 0.510 98 L 0.073 0.037 0.010 0.036 0.017 0.031 0.125 0.005 0.005 0.059 0.603 99 N 0.100 0.030 0.004 0.017 0.013 0.027 0.119 0.005 0.003 0.054 0.628 100 E 0.106 0.010 0.004 0.014 0.005 0.014 0.090 0.007 0.002 0.063 0.684 101 Q 0.135 0.007 0.001 0.012 0.006 0.013 0.086 0.005 0.001 0.065 0.669 102 D 0.046 0.007 0.001 0.022 0.007 0.015 0.108 0.002 0.001 0.042 0.749 103 E 0.034 0.012 0.001 0.019 0.010 0.013 0.100 0.003 0.001 0.031 0.776 104 T 0.076 0.009 0.001 0.012 0.037 0.021 0.134 0.008 0.001 0.045 0.657 105 P 0.015 0.004 0.001 0.017 0.020 0.024 0.175 0.004 0.001 0.023 0.717 106 G 0.062 0.029 0.002 0.045 0.016 0.034 0.148 0.004 0.001 0.040 0.619 107 F 0.206 0.072 0.004 0.037 0.012 0.020 0.112 0.009 0.002 0.065 0.462 108 A 0.098 0.064 0.003 0.031 0.008 0.014 0.122 0.005 0.001 0.111 0.542 109 D 0.053 0.172 0.003 0.038 0.019 0.033 0.105 0.007 0.001 0.098 0.470 110 D 0.074 0.187 0.003 0.042 0.030 0.042 0.122 0.009 0.001 0.062 0.428 111 I 0.027 0.276 0.003 0.037 0.063 0.056 0.088 0.005 0.001 0.029 0.415 112 T 0.055 0.519 0.001 0.014 0.022 0.041 0.054 0.015 0.001 0.014 0.265 113 W 0.056 0.198 0.002 0.029 0.015 0.017 0.053 0.008 0.001 0.307 0.314 114 D 0.013 0.307 0.018 0.010 0.006 0.008 0.049 0.005 0.007 0.445 0.131 115 F 0.096 0.710 0.006 0.004 0.002 0.003 0.019 0.009 0.001 0.060 0.091 116 I 0.054 0.414 0.015 0.011 0.005 0.007 0.029 0.008 0.005 0.278 0.173 117 S 0.027 0.502 0.002 0.006 0.006 0.010 0.057 0.004 0.001 0.143 0.243 118 N 0.015 0.852 0.003 0.003 0.001 0.003 0.011 0.009 0.001 0.016 0.086 119 V 0.043 0.245 0.006 0.006 0.004 0.006 0.028 0.007 0.001 0.552 0.101 120 N 0.018 0.641 0.008 0.007 0.002 0.005 0.033 0.004 0.003 0.142 0.137 121 S 0.165 0.371 0.021 0.009 0.003 0.005 0.045 0.032 0.004 0.134 0.211 122 I 0.096 0.316 0.040 0.030 0.005 0.008 0.062 0.027 0.019 0.127 0.270 123 T 0.168 0.061 0.004 0.008 0.005 0.008 0.111 0.004 0.003 0.095 0.533 124 R 0.024 0.129 0.009 0.018 0.004 0.008 0.109 0.014 0.004 0.072 0.608 125 N 0.231 0.248 0.007 0.007 0.004 0.006 0.094 0.022 0.004 0.032 0.345 126 A 0.152 0.139 0.008 0.017 0.005 0.010 0.096 0.013 0.004 0.055 0.501 127 T 0.068 0.149 0.003 0.008 0.007 0.011 0.112 0.004 0.001 0.031 0.607 128 L 0.059 0.452 0.008 0.013 0.004 0.007 0.058 0.015 0.003 0.024 0.357 129 Y 0.120 0.672 0.003 0.004 0.003 0.003 0.024 0.013 0.001 0.017 0.139 130 D 0.065 0.702 0.005 0.003 0.003 0.005 0.026 0.008 0.002 0.020 0.160 131 A 0.040 0.758 0.005 0.003 0.004 0.007 0.022 0.006 0.002 0.016 0.136 132 L 0.170 0.524 0.019 0.004 0.010 0.013 0.031 0.018 0.008 0.042 0.161 133 K 0.190 0.370 0.004 0.004 0.012 0.018 0.056 0.020 0.003 0.028 0.295 134 A 0.109 0.145 0.004 0.007 0.007 0.017 0.057 0.004 0.002 0.023 0.624 135 M 0.049 0.119 0.010 0.012 0.011 0.017 0.080 0.002 0.003 0.036 0.662 136 K 0.023 0.324 0.003 0.006 0.008 0.012 0.056 0.004 0.001 0.025 0.538 137 F 0.053 0.784 0.002 0.002 0.002 0.002 0.016 0.004 0.001 0.015 0.120 138 A 0.021 0.818 0.001 0.004 0.003 0.003 0.017 0.003 0.001 0.023 0.105 139 D 0.021 0.831 0.001 0.003 0.002 0.004 0.016 0.003 0.001 0.034 0.085 140 F 0.026 0.418 0.002 0.010 0.008 0.007 0.027 0.003 0.001 0.414 0.083 141 A 0.008 0.828 0.002 0.006 0.004 0.005 0.015 0.003 0.001 0.073 0.054 142 V 0.015 0.922 0.002 0.003 0.002 0.002 0.006 0.005 0.001 0.008 0.036 143 W 0.013 0.868 0.005 0.005 0.002 0.003 0.008 0.008 0.001 0.025 0.059 144 S 0.044 0.802 0.004 0.002 0.001 0.003 0.014 0.009 0.002 0.043 0.075 145 E 0.082 0.355 0.042 0.005 0.002 0.004 0.027 0.014 0.022 0.285 0.162 146 A 0.141 0.170 0.049 0.005 0.002 0.003 0.077 0.012 0.033 0.200 0.308 147 R 0.155 0.215 0.007 0.006 0.002 0.003 0.077 0.009 0.005 0.067 0.454 148 F 0.061 0.389 0.004 0.005 0.001 0.002 0.062 0.005 0.001 0.047 0.422 149 S 0.038 0.400 0.002 0.009 0.002 0.006 0.081 0.006 0.001 0.080 0.376 150 G 0.020 0.250 0.003 0.017 0.005 0.013 0.059 0.003 0.001 0.349 0.280 151 M 0.021 0.535 0.005 0.013 0.008 0.015 0.041 0.004 0.001 0.153 0.203 152 V 0.016 0.813 0.002 0.009 0.003 0.006 0.013 0.002 0.001 0.047 0.088 153 K 0.008 0.755 0.002 0.009 0.004 0.008 0.011 0.001 0.001 0.155 0.048 154 T 0.002 0.948 0.001 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.021 0.018 155 A 0.001 0.964 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.013 0.012 156 L 0.003 0.969 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 0.007 157 T 0.002 0.170 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.807 0.011 158 L 0.001 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.910 0.006 159 A 0.003 0.239 0.002 0.004 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.726 0.017 160 V 0.002 0.962 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.005 0.018 161 T 0.019 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.002 0.035 162 T 0.020 0.763 0.021 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.026 0.055 0.091 163 T 0.194 0.448 0.041 0.001 0.001 0.001 0.031 0.036 0.049 0.071 0.130 164 L 0.288 0.121 0.058 0.003 0.001 0.001 0.060 0.044 0.058 0.098 0.268 165 K 0.179 0.016 0.004 0.007 0.001 0.002 0.154 0.003 0.002 0.046 0.588 166 E 0.007 0.005 0.001 0.022 0.001 0.004 0.179 0.001 0.001 0.026 0.753 167 L 0.017 0.005 0.003 0.020 0.004 0.007 0.171 0.005 0.001 0.045 0.722 168 T 0.278 0.012 0.002 0.012 0.006 0.009 0.128 0.019 0.002 0.093 0.440 169 P 0.074 0.005 0.001 0.008 0.002 0.005 0.091 0.006 0.001 0.030 0.777