# TARGET T0361 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.002 0.011 0.020 0.013 0.012 0.934 2 A 0.103 0.028 0.064 0.148 0.029 0.091 0.537 3 T 0.126 0.023 0.073 0.118 0.125 0.098 0.437 4 L 0.085 0.012 0.072 0.200 0.139 0.112 0.380 5 T 0.091 0.017 0.045 0.185 0.122 0.130 0.410 6 E 0.054 0.009 0.053 0.481 0.120 0.077 0.206 7 D 0.064 0.007 0.031 0.525 0.101 0.043 0.229 8 D 0.048 0.004 0.032 0.773 0.031 0.030 0.082 9 V 0.059 0.006 0.027 0.818 0.016 0.025 0.048 10 L 0.061 0.005 0.029 0.841 0.014 0.024 0.026 11 E 0.073 0.003 0.056 0.746 0.024 0.059 0.039 12 Q 0.043 0.006 0.061 0.708 0.033 0.111 0.039 13 L 0.023 0.005 0.082 0.581 0.084 0.117 0.108 14 D 0.020 0.006 0.124 0.272 0.134 0.263 0.181 15 A 0.019 0.004 0.137 0.163 0.124 0.388 0.165 16 Q 0.017 0.006 0.171 0.112 0.137 0.303 0.253 17 D 0.033 0.023 0.068 0.108 0.376 0.109 0.282 18 N 0.031 0.044 0.017 0.160 0.159 0.037 0.552 19 L 0.001 0.001 0.008 0.972 0.005 0.006 0.007 20 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 21 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 22 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 23 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 27 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 28 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 29 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.002 31 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.010 0.001 32 Q 0.001 0.001 0.001 0.972 0.004 0.021 0.002 33 G 0.001 0.001 0.002 0.968 0.004 0.021 0.004 34 I 0.001 0.001 0.003 0.960 0.004 0.023 0.009 35 R 0.001 0.001 0.008 0.949 0.005 0.033 0.004 36 Q 0.001 0.001 0.011 0.882 0.005 0.092 0.009 37 F 0.001 0.001 0.008 0.897 0.020 0.054 0.019 38 L 0.003 0.001 0.014 0.889 0.018 0.027 0.047 39 P 0.003 0.001 0.029 0.898 0.016 0.037 0.017 40 S 0.003 0.001 0.016 0.921 0.007 0.045 0.008 41 L 0.002 0.002 0.013 0.916 0.012 0.043 0.013 42 F 0.010 0.005 0.011 0.846 0.016 0.090 0.022 43 V 0.013 0.003 0.017 0.732 0.049 0.123 0.063 44 D 0.005 0.002 0.014 0.740 0.063 0.137 0.039 45 N 0.005 0.006 0.007 0.384 0.194 0.061 0.343 46 D 0.001 0.002 0.023 0.796 0.030 0.079 0.069 47 E 0.001 0.001 0.013 0.929 0.008 0.038 0.010 48 E 0.001 0.001 0.010 0.942 0.006 0.035 0.006 49 I 0.002 0.001 0.008 0.958 0.005 0.019 0.007 50 V 0.005 0.002 0.008 0.963 0.003 0.012 0.007 51 E 0.009 0.001 0.009 0.959 0.006 0.011 0.005 52 Y 0.027 0.001 0.016 0.916 0.004 0.028 0.007 53 A 0.018 0.004 0.022 0.875 0.010 0.060 0.010 54 V 0.050 0.004 0.028 0.791 0.030 0.065 0.032 55 K 0.014 0.001 0.104 0.768 0.019 0.065 0.030 56 P 0.012 0.001 0.131 0.632 0.025 0.170 0.030 57 L 0.015 0.007 0.184 0.424 0.035 0.286 0.048 58 L 0.047 0.041 0.110 0.259 0.178 0.124 0.241 59 A 0.035 0.016 0.163 0.165 0.118 0.186 0.316 60 Q 0.014 0.005 0.067 0.102 0.176 0.533 0.103 61 S 0.015 0.006 0.026 0.050 0.253 0.488 0.162 62 G 0.026 0.015 0.010 0.031 0.436 0.068 0.415 63 P 0.036 0.019 0.022 0.039 0.188 0.139 0.556 64 L 0.045 0.010 0.055 0.065 0.215 0.192 0.419 65 D 0.071 0.008 0.060 0.213 0.207 0.112 0.330 66 D 0.153 0.012 0.037 0.454 0.068 0.049 0.226 67 I 0.145 0.011 0.016 0.662 0.025 0.012 0.130 68 D 0.145 0.009 0.009 0.735 0.011 0.008 0.084 69 V 0.084 0.002 0.005 0.878 0.005 0.005 0.021 70 A 0.055 0.001 0.003 0.921 0.004 0.004 0.013 71 L 0.028 0.001 0.003 0.956 0.002 0.003 0.007 72 R 0.022 0.001 0.005 0.958 0.003 0.007 0.005 73 L 0.018 0.001 0.006 0.958 0.004 0.009 0.005 74 I 0.010 0.001 0.014 0.955 0.005 0.009 0.007 75 Y 0.006 0.001 0.024 0.908 0.010 0.044 0.007 76 A 0.005 0.001 0.040 0.845 0.007 0.092 0.010 77 L 0.009 0.003 0.061 0.559 0.038 0.305 0.025 78 G 0.015 0.001 0.036 0.346 0.086 0.463 0.053 79 K 0.051 0.020 0.034 0.152 0.194 0.134 0.415 80 M 0.139 0.128 0.023 0.143 0.207 0.027 0.333 81 D 0.105 0.011 0.009 0.098 0.097 0.031 0.649 82 K 0.001 0.001 0.096 0.851 0.008 0.040 0.004 83 W 0.001 0.001 0.089 0.842 0.011 0.050 0.006 84 L 0.001 0.001 0.068 0.901 0.003 0.023 0.004 85 Y 0.001 0.001 0.023 0.955 0.003 0.013 0.005 86 A 0.001 0.001 0.028 0.925 0.007 0.030 0.008 87 D 0.001 0.001 0.008 0.960 0.006 0.017 0.008 88 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.001 89 T 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 90 H 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.010 0.001 91 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 92 S 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.007 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.974 0.001 0.022 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.002 0.974 0.005 0.013 0.006 95 W 0.001 0.001 0.006 0.979 0.002 0.007 0.004 96 H 0.001 0.001 0.007 0.965 0.003 0.021 0.003 97 Y 0.001 0.001 0.008 0.941 0.003 0.045 0.003 98 L 0.002 0.004 0.008 0.882 0.024 0.062 0.018 99 N 0.005 0.005 0.021 0.678 0.043 0.188 0.059 100 E 0.008 0.004 0.020 0.414 0.209 0.202 0.144 101 Q 0.009 0.004 0.025 0.187 0.190 0.245 0.339 102 D 0.008 0.006 0.068 0.112 0.196 0.388 0.223 103 E 0.024 0.007 0.112 0.116 0.268 0.232 0.241 104 T 0.060 0.024 0.122 0.160 0.211 0.118 0.305 105 P 0.099 0.030 0.062 0.144 0.180 0.091 0.395 106 G 0.139 0.021 0.041 0.082 0.128 0.195 0.393 107 F 0.167 0.050 0.044 0.067 0.139 0.119 0.414 108 A 0.194 0.050 0.023 0.083 0.201 0.063 0.387 109 D 0.118 0.011 0.014 0.163 0.190 0.036 0.468 110 D 0.005 0.001 0.061 0.874 0.016 0.029 0.014 111 I 0.007 0.003 0.098 0.837 0.008 0.037 0.010 112 T 0.006 0.002 0.092 0.852 0.005 0.035 0.008 113 W 0.007 0.002 0.046 0.897 0.008 0.024 0.016 114 D 0.006 0.001 0.054 0.846 0.014 0.065 0.015 115 F 0.005 0.001 0.052 0.829 0.022 0.067 0.025 116 I 0.001 0.001 0.082 0.847 0.011 0.040 0.018 117 S 0.002 0.001 0.080 0.754 0.021 0.130 0.013 118 N 0.003 0.001 0.062 0.754 0.019 0.131 0.030 119 V 0.006 0.006 0.028 0.811 0.033 0.056 0.060 120 N 0.020 0.005 0.024 0.782 0.034 0.072 0.062 121 S 0.022 0.003 0.041 0.768 0.032 0.057 0.076 122 I 0.018 0.006 0.051 0.831 0.018 0.038 0.038 123 T 0.027 0.004 0.042 0.780 0.031 0.069 0.048 124 R 0.018 0.003 0.037 0.638 0.049 0.190 0.066 125 N 0.019 0.007 0.025 0.270 0.203 0.104 0.373 126 A 0.026 0.009 0.049 0.184 0.130 0.071 0.532 127 T 0.029 0.013 0.087 0.209 0.092 0.123 0.447 128 L 0.024 0.010 0.118 0.212 0.083 0.123 0.430 129 Y 0.027 0.009 0.115 0.229 0.098 0.111 0.411 130 D 0.025 0.006 0.177 0.398 0.076 0.140 0.178 131 A 0.030 0.008 0.202 0.352 0.072 0.129 0.208 132 L 0.031 0.015 0.202 0.339 0.086 0.111 0.216 133 K 0.041 0.020 0.148 0.326 0.097 0.141 0.227 134 A 0.022 0.010 0.098 0.297 0.145 0.165 0.263 135 M 0.008 0.005 0.067 0.237 0.155 0.195 0.334 136 K 0.004 0.004 0.042 0.253 0.190 0.195 0.312 137 F 0.003 0.004 0.036 0.324 0.173 0.184 0.277 138 A 0.003 0.003 0.036 0.650 0.064 0.128 0.117 139 D 0.003 0.002 0.024 0.784 0.030 0.067 0.089 140 F 0.004 0.002 0.010 0.911 0.019 0.017 0.036 141 A 0.006 0.001 0.004 0.945 0.011 0.009 0.025 142 V 0.003 0.001 0.002 0.959 0.007 0.012 0.015 143 W 0.002 0.001 0.002 0.961 0.005 0.017 0.011 144 S 0.001 0.001 0.002 0.967 0.005 0.019 0.006 145 E 0.001 0.001 0.001 0.967 0.007 0.015 0.008 146 A 0.001 0.001 0.001 0.966 0.009 0.011 0.012 147 R 0.001 0.001 0.001 0.965 0.006 0.013 0.014 148 F 0.001 0.001 0.004 0.953 0.003 0.031 0.009 149 S 0.001 0.001 0.002 0.898 0.006 0.088 0.005 150 G 0.001 0.001 0.002 0.888 0.008 0.090 0.011 151 M 0.002 0.002 0.003 0.892 0.023 0.038 0.040 152 V 0.004 0.001 0.002 0.925 0.010 0.017 0.041 153 K 0.002 0.001 0.002 0.959 0.020 0.010 0.007 154 T 0.003 0.001 0.001 0.981 0.003 0.010 0.002 155 A 0.002 0.001 0.001 0.987 0.001 0.007 0.002 156 L 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 157 T 0.004 0.001 0.001 0.984 0.002 0.005 0.003 158 L 0.006 0.001 0.002 0.978 0.003 0.006 0.004 159 A 0.003 0.001 0.003 0.981 0.002 0.007 0.004 160 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 161 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.001 162 T 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.001 163 T 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.007 0.002 164 L 0.001 0.001 0.005 0.976 0.002 0.013 0.002 165 K 0.001 0.001 0.009 0.933 0.005 0.048 0.004 166 E 0.002 0.001 0.015 0.809 0.018 0.144 0.011 167 L 0.007 0.008 0.016 0.504 0.163 0.158 0.145 168 T 0.006 0.013 0.014 0.140 0.006 0.205 0.615 169 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996