# TARGET T0361 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.103 0.090 0.050 0.032 0.131 0.028 0.036 0.253 0.124 0.097 0.057 2 A 0.098 0.116 0.039 0.021 0.144 0.028 0.042 0.301 0.100 0.071 0.039 3 T 0.133 0.125 0.043 0.015 0.222 0.011 0.018 0.194 0.095 0.089 0.053 4 L 0.061 0.100 0.048 0.056 0.095 0.058 0.048 0.311 0.127 0.063 0.033 5 T 0.054 0.143 0.075 0.026 0.105 0.015 0.035 0.352 0.088 0.084 0.023 6 E 0.069 0.060 0.027 0.018 0.051 0.024 0.028 0.263 0.127 0.270 0.063 7 D 0.028 0.412 0.157 0.035 0.131 0.008 0.007 0.156 0.033 0.018 0.013 8 D 0.017 0.029 0.013 0.007 0.026 0.005 0.020 0.719 0.111 0.037 0.016 9 V 0.009 0.011 0.004 0.001 0.011 0.004 0.014 0.832 0.092 0.017 0.003 10 L 0.013 0.007 0.002 0.003 0.013 0.005 0.009 0.810 0.107 0.024 0.008 11 E 0.009 0.027 0.011 0.006 0.017 0.005 0.018 0.765 0.122 0.014 0.005 12 Q 0.011 0.023 0.010 0.004 0.023 0.006 0.029 0.687 0.143 0.057 0.007 13 L 0.018 0.044 0.012 0.007 0.046 0.012 0.036 0.485 0.255 0.073 0.012 14 D 0.021 0.035 0.012 0.013 0.033 0.020 0.047 0.413 0.316 0.075 0.015 15 A 0.047 0.030 0.017 0.008 0.042 0.012 0.023 0.150 0.198 0.422 0.051 16 Q 0.141 0.220 0.043 0.006 0.249 0.006 0.011 0.080 0.060 0.112 0.071 17 D 0.022 0.074 0.031 0.018 0.056 0.066 0.148 0.319 0.171 0.074 0.021 18 N 0.026 0.402 0.321 0.012 0.070 0.001 0.001 0.063 0.028 0.060 0.015 19 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.767 0.199 0.017 0.002 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.924 0.068 0.001 0.001 21 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.058 0.004 0.001 22 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.053 0.001 0.001 23 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.054 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.966 0.030 0.001 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.026 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.052 0.001 0.001 27 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.038 0.001 0.001 28 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.964 0.025 0.001 0.001 29 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.949 0.039 0.004 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.065 0.002 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.940 0.049 0.003 0.001 32 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.038 0.894 0.046 0.008 0.001 33 G 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.893 0.067 0.014 0.002 34 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.808 0.148 0.029 0.002 35 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.817 0.158 0.010 0.001 36 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.879 0.081 0.004 0.001 37 F 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.004 0.040 0.665 0.165 0.111 0.003 38 L 0.022 0.005 0.001 0.001 0.025 0.001 0.006 0.602 0.279 0.047 0.012 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.041 0.752 0.191 0.005 0.001 40 S 0.003 0.002 0.002 0.002 0.006 0.004 0.085 0.701 0.136 0.056 0.003 41 L 0.015 0.011 0.003 0.002 0.022 0.008 0.060 0.624 0.201 0.050 0.006 42 F 0.061 0.047 0.011 0.006 0.082 0.007 0.027 0.351 0.154 0.213 0.041 43 V 0.023 0.212 0.085 0.028 0.095 0.037 0.096 0.286 0.061 0.064 0.012 44 D 0.016 0.082 0.049 0.042 0.039 0.083 0.159 0.230 0.078 0.190 0.032 45 N 0.121 0.267 0.141 0.009 0.216 0.003 0.008 0.130 0.038 0.027 0.039 46 D 0.003 0.030 0.018 0.005 0.010 0.007 0.005 0.695 0.183 0.039 0.005 47 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.008 0.898 0.075 0.005 0.001 48 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.899 0.079 0.013 0.001 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.901 0.087 0.007 0.001 50 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.858 0.127 0.004 0.001 51 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.060 0.836 0.095 0.003 0.001 52 Y 0.004 0.005 0.002 0.003 0.009 0.016 0.152 0.689 0.085 0.034 0.002 53 A 0.045 0.017 0.005 0.002 0.034 0.004 0.061 0.651 0.112 0.050 0.019 54 V 0.008 0.053 0.051 0.010 0.017 0.017 0.027 0.432 0.231 0.143 0.009 55 K 0.004 0.042 0.032 0.008 0.027 0.006 0.023 0.644 0.207 0.007 0.002 56 P 0.002 0.003 0.003 0.002 0.003 0.006 0.040 0.752 0.182 0.006 0.001 57 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.012 0.164 0.539 0.157 0.110 0.003 58 L 0.054 0.030 0.004 0.010 0.053 0.009 0.014 0.259 0.201 0.319 0.046 59 A 0.012 0.182 0.190 0.096 0.046 0.046 0.108 0.179 0.084 0.052 0.006 60 Q 0.046 0.109 0.075 0.028 0.074 0.044 0.163 0.256 0.105 0.069 0.031 61 S 0.059 0.169 0.119 0.084 0.082 0.016 0.032 0.036 0.058 0.272 0.074 62 G 0.009 0.116 0.262 0.403 0.026 0.058 0.037 0.027 0.018 0.031 0.013 63 P 0.052 0.328 0.116 0.015 0.130 0.025 0.053 0.133 0.075 0.046 0.027 64 L 0.107 0.056 0.023 0.011 0.093 0.037 0.066 0.126 0.206 0.163 0.112 65 D 0.030 0.129 0.148 0.054 0.091 0.038 0.035 0.170 0.150 0.124 0.030 66 D 0.124 0.082 0.024 0.005 0.153 0.006 0.020 0.241 0.169 0.120 0.058 67 I 0.066 0.197 0.058 0.012 0.232 0.011 0.021 0.246 0.099 0.042 0.015 68 D 0.069 0.041 0.008 0.001 0.135 0.002 0.019 0.570 0.113 0.015 0.027 69 V 0.013 0.022 0.005 0.002 0.025 0.002 0.006 0.802 0.105 0.013 0.005 70 A 0.009 0.005 0.001 0.001 0.017 0.001 0.009 0.900 0.054 0.002 0.002 71 L 0.006 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.006 0.880 0.086 0.001 0.001 72 R 0.003 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.027 0.900 0.050 0.001 0.001 73 L 0.007 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.029 0.884 0.062 0.002 0.001 74 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.051 0.801 0.125 0.006 0.001 75 Y 0.005 0.006 0.008 0.005 0.004 0.014 0.071 0.695 0.170 0.017 0.003 76 A 0.003 0.008 0.008 0.003 0.006 0.012 0.094 0.677 0.162 0.024 0.002 77 L 0.007 0.242 0.097 0.037 0.031 0.051 0.063 0.221 0.172 0.070 0.006 78 G 0.028 0.072 0.080 0.041 0.051 0.022 0.024 0.219 0.137 0.263 0.063 79 K 0.079 0.109 0.019 0.003 0.107 0.005 0.022 0.331 0.182 0.104 0.040 80 M 0.048 0.277 0.070 0.017 0.160 0.022 0.041 0.243 0.065 0.041 0.015 81 D 0.045 0.361 0.126 0.022 0.173 0.011 0.013 0.142 0.056 0.038 0.015 82 K 0.003 0.004 0.003 0.007 0.006 0.011 0.028 0.510 0.380 0.043 0.005 83 W 0.007 0.014 0.005 0.001 0.016 0.003 0.025 0.690 0.190 0.042 0.006 84 L 0.005 0.014 0.003 0.001 0.011 0.002 0.019 0.597 0.239 0.105 0.005 85 Y 0.022 0.012 0.003 0.001 0.027 0.002 0.011 0.647 0.227 0.040 0.008 86 A 0.001 0.009 0.003 0.003 0.006 0.007 0.044 0.781 0.133 0.010 0.003 87 D 0.049 0.058 0.027 0.002 0.056 0.002 0.011 0.591 0.092 0.096 0.015 88 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.769 0.210 0.016 0.001 89 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.933 0.060 0.001 0.001 90 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.906 0.069 0.020 0.001 91 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.926 0.066 0.004 0.001 92 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.942 0.051 0.001 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.043 0.007 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.060 0.003 0.001 95 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.921 0.073 0.002 0.001 96 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.916 0.063 0.004 0.001 97 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.891 0.074 0.013 0.001 98 L 0.006 0.013 0.001 0.001 0.016 0.002 0.017 0.717 0.194 0.032 0.003 99 N 0.005 0.010 0.003 0.003 0.009 0.010 0.102 0.676 0.143 0.037 0.003 100 E 0.018 0.041 0.023 0.012 0.029 0.023 0.162 0.393 0.102 0.180 0.018 101 Q 0.106 0.270 0.107 0.022 0.195 0.013 0.023 0.086 0.055 0.067 0.057 102 D 0.051 0.062 0.019 0.024 0.063 0.045 0.088 0.246 0.220 0.125 0.057 103 E 0.033 0.080 0.055 0.038 0.066 0.036 0.057 0.194 0.184 0.218 0.039 104 T 0.104 0.192 0.075 0.026 0.218 0.022 0.043 0.090 0.087 0.102 0.040 105 P 0.123 0.279 0.055 0.013 0.319 0.016 0.019 0.057 0.054 0.030 0.036 106 G 0.123 0.149 0.059 0.017 0.233 0.014 0.030 0.064 0.082 0.141 0.086 107 F 0.096 0.144 0.072 0.012 0.205 0.006 0.019 0.149 0.129 0.110 0.058 108 A 0.023 0.147 0.104 0.040 0.060 0.031 0.046 0.191 0.146 0.183 0.029 109 D 0.083 0.136 0.073 0.009 0.306 0.002 0.005 0.191 0.141 0.034 0.018 110 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.565 0.403 0.017 0.002 111 I 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 0.002 0.066 0.774 0.126 0.017 0.001 112 T 0.005 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.755 0.159 0.050 0.003 113 W 0.005 0.007 0.003 0.002 0.007 0.005 0.016 0.720 0.177 0.049 0.008 114 D 0.005 0.015 0.009 0.004 0.011 0.002 0.018 0.825 0.098 0.008 0.005 115 F 0.002 0.008 0.005 0.001 0.003 0.002 0.011 0.800 0.134 0.030 0.001 116 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.805 0.160 0.015 0.001 117 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.896 0.080 0.005 0.001 118 N 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.824 0.090 0.066 0.002 119 V 0.008 0.027 0.006 0.001 0.025 0.003 0.005 0.775 0.129 0.017 0.004 120 N 0.008 0.009 0.002 0.002 0.010 0.002 0.012 0.841 0.098 0.011 0.006 121 S 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.009 0.834 0.110 0.032 0.002 122 I 0.006 0.005 0.001 0.002 0.009 0.003 0.020 0.754 0.171 0.023 0.004 123 T 0.006 0.016 0.004 0.003 0.015 0.006 0.057 0.691 0.177 0.021 0.004 124 R 0.008 0.018 0.007 0.006 0.017 0.017 0.155 0.490 0.126 0.145 0.009 125 N 0.058 0.200 0.138 0.020 0.127 0.013 0.030 0.115 0.077 0.169 0.052 126 A 0.048 0.246 0.141 0.030 0.112 0.018 0.033 0.189 0.105 0.047 0.029 127 T 0.056 0.169 0.074 0.010 0.155 0.013 0.039 0.242 0.130 0.084 0.029 128 L 0.084 0.138 0.063 0.013 0.146 0.016 0.047 0.243 0.106 0.107 0.038 129 Y 0.047 0.150 0.063 0.021 0.096 0.018 0.027 0.251 0.149 0.142 0.036 130 D 0.025 0.112 0.052 0.019 0.072 0.013 0.031 0.413 0.197 0.051 0.014 131 A 0.031 0.044 0.024 0.010 0.056 0.015 0.045 0.438 0.212 0.106 0.020 132 L 0.048 0.069 0.023 0.009 0.088 0.013 0.049 0.416 0.177 0.084 0.025 133 K 0.061 0.080 0.030 0.012 0.082 0.015 0.042 0.267 0.169 0.186 0.056 134 A 0.038 0.275 0.088 0.029 0.113 0.022 0.041 0.167 0.104 0.097 0.027 135 M 0.049 0.211 0.106 0.030 0.112 0.019 0.033 0.180 0.139 0.091 0.029 136 K 0.030 0.061 0.047 0.024 0.039 0.040 0.098 0.271 0.197 0.156 0.037 137 F 0.074 0.106 0.044 0.019 0.112 0.015 0.016 0.128 0.123 0.293 0.070 138 A 0.030 0.106 0.043 0.009 0.078 0.007 0.015 0.397 0.199 0.094 0.023 139 D 0.008 0.022 0.009 0.002 0.015 0.003 0.015 0.692 0.171 0.058 0.006 140 F 0.008 0.011 0.003 0.001 0.016 0.002 0.006 0.804 0.124 0.021 0.004 141 A 0.005 0.007 0.002 0.001 0.008 0.002 0.008 0.916 0.045 0.004 0.002 142 V 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.914 0.058 0.010 0.003 143 W 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.925 0.053 0.004 0.001 144 S 0.002 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 0.924 0.051 0.006 0.001 145 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.924 0.048 0.006 0.001 146 A 0.003 0.004 0.002 0.002 0.005 0.004 0.022 0.897 0.046 0.012 0.004 147 R 0.005 0.009 0.005 0.002 0.004 0.004 0.020 0.849 0.070 0.027 0.005 148 F 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.006 0.010 0.873 0.083 0.014 0.002 149 S 0.002 0.025 0.010 0.002 0.006 0.003 0.012 0.853 0.075 0.009 0.002 150 G 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.840 0.101 0.043 0.002 151 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.890 0.095 0.004 0.001 152 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.912 0.076 0.002 0.001 153 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.936 0.043 0.002 0.001 154 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.941 0.052 0.002 0.001 155 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.067 0.001 0.001 156 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.044 0.001 0.001 157 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.946 0.047 0.001 0.001 158 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.942 0.045 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.034 0.002 0.001 160 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.087 0.003 0.001 161 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.940 0.054 0.001 0.001 162 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.949 0.038 0.001 0.001 163 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.918 0.071 0.002 0.001 164 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.776 0.209 0.008 0.001 165 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.058 0.771 0.156 0.006 0.001 166 E 0.003 0.011 0.002 0.001 0.006 0.006 0.195 0.487 0.126 0.160 0.003 167 L 0.055 0.198 0.100 0.018 0.112 0.025 0.080 0.117 0.083 0.168 0.042 168 T 0.074 0.218 0.151 0.050 0.110 0.022 0.047 0.130 0.076 0.077 0.046 169 P 0.031 0.130 0.094 0.040 0.072 0.049 0.069 0.207 0.154 0.123 0.030