# TARGET T0361 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.840 0.120 0.031 0.008 0.001 0.001 0.001 2 A 0.779 0.139 0.048 0.027 0.007 0.001 0.001 3 T 0.802 0.146 0.034 0.013 0.004 0.001 0.001 4 L 0.584 0.208 0.113 0.059 0.028 0.007 0.001 5 T 0.450 0.244 0.147 0.103 0.042 0.012 0.002 6 E 0.476 0.205 0.151 0.092 0.048 0.023 0.004 7 D 0.663 0.196 0.083 0.040 0.013 0.004 0.001 8 D 0.399 0.307 0.172 0.084 0.031 0.006 0.001 9 V 0.318 0.156 0.142 0.200 0.135 0.045 0.003 10 L 0.359 0.221 0.168 0.161 0.074 0.017 0.001 11 E 0.561 0.276 0.095 0.047 0.018 0.003 0.001 12 Q 0.412 0.254 0.187 0.115 0.028 0.004 0.001 13 L 0.278 0.167 0.173 0.211 0.140 0.030 0.001 14 D 0.612 0.243 0.095 0.038 0.010 0.002 0.001 15 A 0.518 0.256 0.119 0.072 0.027 0.007 0.001 16 Q 0.126 0.179 0.257 0.235 0.150 0.050 0.004 17 D 0.410 0.308 0.167 0.081 0.027 0.006 0.001 18 N 0.225 0.270 0.210 0.160 0.098 0.033 0.004 19 L 0.042 0.037 0.057 0.159 0.320 0.337 0.047 20 F 0.015 0.085 0.204 0.338 0.264 0.085 0.008 21 S 0.050 0.153 0.213 0.269 0.213 0.089 0.014 22 F 0.013 0.018 0.025 0.074 0.211 0.496 0.164 23 M 0.003 0.005 0.011 0.056 0.184 0.511 0.229 24 K 0.016 0.098 0.231 0.316 0.204 0.104 0.032 25 T 0.032 0.059 0.107 0.267 0.333 0.171 0.031 26 A 0.006 0.009 0.008 0.025 0.091 0.502 0.359 27 H 0.004 0.019 0.057 0.209 0.349 0.317 0.045 28 S 0.017 0.170 0.324 0.309 0.146 0.032 0.002 29 I 0.005 0.020 0.075 0.286 0.411 0.188 0.016 30 L 0.010 0.019 0.017 0.055 0.228 0.573 0.098 31 L 0.016 0.116 0.278 0.374 0.182 0.033 0.001 32 Q 0.086 0.393 0.341 0.145 0.030 0.004 0.001 33 G 0.021 0.050 0.128 0.300 0.350 0.143 0.009 34 I 0.022 0.048 0.076 0.208 0.370 0.259 0.017 35 R 0.121 0.381 0.316 0.143 0.034 0.004 0.001 36 Q 0.192 0.276 0.246 0.192 0.075 0.016 0.002 37 F 0.052 0.064 0.087 0.171 0.284 0.301 0.040 38 L 0.098 0.094 0.133 0.243 0.280 0.133 0.019 39 P 0.212 0.322 0.244 0.156 0.050 0.014 0.002 40 S 0.110 0.158 0.233 0.265 0.171 0.055 0.006 41 L 0.115 0.091 0.082 0.156 0.227 0.283 0.045 42 F 0.120 0.143 0.201 0.291 0.192 0.051 0.002 43 V 0.381 0.373 0.157 0.064 0.021 0.003 0.001 44 D 0.590 0.276 0.096 0.034 0.005 0.001 0.001 45 N 0.437 0.279 0.148 0.093 0.035 0.007 0.001 46 D 0.573 0.252 0.105 0.054 0.014 0.002 0.001 47 E 0.741 0.191 0.050 0.015 0.003 0.001 0.001 48 E 0.504 0.248 0.165 0.064 0.016 0.003 0.001 49 I 0.272 0.199 0.161 0.195 0.133 0.037 0.002 50 V 0.215 0.206 0.179 0.208 0.144 0.045 0.003 51 E 0.166 0.321 0.273 0.159 0.060 0.017 0.004 52 Y 0.060 0.135 0.185 0.269 0.229 0.108 0.015 53 A 0.045 0.068 0.096 0.180 0.289 0.268 0.054 54 V 0.129 0.151 0.172 0.243 0.194 0.097 0.014 55 K 0.292 0.294 0.197 0.138 0.061 0.017 0.002 56 P 0.177 0.216 0.202 0.213 0.125 0.060 0.008 57 L 0.167 0.157 0.151 0.237 0.191 0.090 0.008 58 L 0.263 0.212 0.184 0.193 0.119 0.027 0.002 59 A 0.545 0.295 0.115 0.038 0.007 0.001 0.001 60 Q 0.631 0.249 0.081 0.030 0.007 0.002 0.001 61 S 0.559 0.281 0.101 0.041 0.014 0.003 0.001 62 G 0.424 0.245 0.150 0.117 0.049 0.014 0.001 63 P 0.530 0.181 0.120 0.089 0.054 0.022 0.002 64 L 0.438 0.198 0.135 0.107 0.075 0.041 0.005 65 D 0.310 0.198 0.167 0.157 0.113 0.047 0.008 66 D 0.264 0.321 0.170 0.144 0.068 0.029 0.005 67 I 0.254 0.146 0.125 0.165 0.194 0.104 0.013 68 D 0.086 0.149 0.200 0.256 0.188 0.096 0.024 69 V 0.077 0.105 0.111 0.149 0.178 0.267 0.114 70 A 0.048 0.063 0.130 0.291 0.239 0.159 0.069 71 L 0.026 0.025 0.058 0.078 0.210 0.423 0.181 72 R 0.030 0.036 0.083 0.180 0.247 0.258 0.165 73 L 0.048 0.043 0.068 0.069 0.109 0.337 0.327 74 I 0.088 0.049 0.072 0.152 0.177 0.316 0.148 75 Y 0.171 0.104 0.111 0.135 0.198 0.195 0.087 76 A 0.148 0.112 0.080 0.140 0.161 0.242 0.117 77 L 0.178 0.091 0.071 0.127 0.164 0.268 0.100 78 G 0.219 0.150 0.133 0.177 0.176 0.122 0.023 79 K 0.151 0.159 0.200 0.222 0.182 0.074 0.011 80 M 0.080 0.074 0.103 0.190 0.313 0.217 0.023 81 D 0.119 0.182 0.214 0.285 0.154 0.044 0.003 82 K 0.329 0.310 0.201 0.105 0.044 0.011 0.001 83 W 0.299 0.311 0.196 0.131 0.052 0.011 0.001 84 L 0.211 0.199 0.184 0.217 0.139 0.049 0.002 85 Y 0.205 0.217 0.230 0.198 0.119 0.030 0.001 86 A 0.352 0.342 0.188 0.086 0.027 0.005 0.001 87 D 0.117 0.154 0.189 0.252 0.193 0.090 0.006 88 I 0.120 0.107 0.120 0.200 0.272 0.168 0.013 89 T 0.229 0.298 0.240 0.149 0.065 0.018 0.002 90 H 0.104 0.209 0.271 0.268 0.118 0.029 0.001 91 F 0.075 0.079 0.089 0.170 0.291 0.277 0.019 92 S 0.150 0.226 0.278 0.222 0.099 0.024 0.002 93 Q 0.142 0.417 0.308 0.108 0.022 0.003 0.001 94 Y 0.077 0.063 0.095 0.245 0.374 0.142 0.005 95 W 0.069 0.177 0.301 0.314 0.121 0.017 0.001 96 H 0.370 0.462 0.130 0.029 0.007 0.001 0.001 97 Y 0.115 0.233 0.364 0.234 0.050 0.005 0.001 98 L 0.072 0.097 0.159 0.358 0.274 0.039 0.001 99 N 0.489 0.398 0.095 0.016 0.002 0.001 0.001 100 E 0.676 0.236 0.068 0.018 0.002 0.001 0.001 101 Q 0.572 0.253 0.105 0.055 0.013 0.001 0.001 102 D 0.642 0.245 0.085 0.023 0.004 0.001 0.001 103 E 0.778 0.170 0.039 0.012 0.002 0.001 0.001 104 T 0.506 0.347 0.106 0.033 0.007 0.001 0.001 105 P 0.059 0.131 0.237 0.351 0.185 0.035 0.001 106 G 0.147 0.379 0.296 0.138 0.035 0.005 0.001 107 F 0.055 0.079 0.108 0.247 0.335 0.163 0.013 108 A 0.076 0.255 0.300 0.261 0.089 0.018 0.001 109 D 0.070 0.135 0.195 0.275 0.223 0.093 0.008 110 D 0.290 0.379 0.205 0.090 0.028 0.007 0.001 111 I 0.115 0.256 0.259 0.227 0.108 0.032 0.004 112 T 0.028 0.044 0.080 0.182 0.314 0.315 0.036 113 W 0.020 0.069 0.145 0.292 0.319 0.145 0.010 114 D 0.090 0.336 0.281 0.178 0.083 0.029 0.003 115 F 0.027 0.093 0.234 0.340 0.225 0.076 0.006 116 I 0.017 0.041 0.076 0.202 0.358 0.281 0.026 117 S 0.068 0.262 0.297 0.228 0.110 0.031 0.003 118 N 0.129 0.269 0.249 0.203 0.102 0.043 0.005 119 V 0.037 0.064 0.112 0.214 0.325 0.227 0.020 120 N 0.084 0.215 0.275 0.244 0.129 0.048 0.004 121 S 0.044 0.093 0.160 0.262 0.273 0.154 0.013 122 I 0.035 0.043 0.074 0.189 0.340 0.278 0.041 123 T 0.109 0.178 0.219 0.242 0.154 0.079 0.018 124 R 0.332 0.305 0.178 0.106 0.052 0.022 0.005 125 N 0.191 0.224 0.217 0.178 0.119 0.060 0.012 126 A 0.229 0.200 0.192 0.194 0.118 0.057 0.009 127 T 0.300 0.200 0.155 0.142 0.120 0.070 0.013 128 L 0.305 0.206 0.172 0.161 0.103 0.045 0.007 129 Y 0.358 0.250 0.177 0.131 0.062 0.019 0.002 130 D 0.486 0.247 0.134 0.080 0.037 0.013 0.002 131 A 0.536 0.225 0.114 0.076 0.035 0.013 0.002 132 L 0.300 0.199 0.178 0.172 0.107 0.040 0.006 133 K 0.415 0.277 0.153 0.097 0.041 0.015 0.002 134 A 0.401 0.228 0.151 0.118 0.071 0.027 0.003 135 M 0.538 0.237 0.120 0.070 0.027 0.007 0.001 136 K 0.467 0.271 0.143 0.082 0.029 0.008 0.001 137 F 0.365 0.242 0.180 0.127 0.064 0.019 0.002 138 A 0.572 0.247 0.105 0.049 0.019 0.006 0.001 139 D 0.288 0.233 0.183 0.163 0.091 0.037 0.004 140 F 0.190 0.119 0.149 0.194 0.210 0.126 0.012 141 A 0.378 0.261 0.163 0.122 0.056 0.018 0.002 142 V 0.378 0.262 0.161 0.110 0.060 0.026 0.003 143 W 0.195 0.112 0.130 0.193 0.222 0.133 0.016 144 S 0.262 0.187 0.164 0.201 0.120 0.057 0.009 145 E 0.473 0.268 0.131 0.072 0.037 0.017 0.003 146 A 0.503 0.204 0.139 0.088 0.045 0.017 0.003 147 R 0.313 0.167 0.139 0.166 0.128 0.075 0.012 148 F 0.286 0.146 0.140 0.168 0.154 0.095 0.011 149 S 0.352 0.220 0.165 0.132 0.084 0.042 0.006 150 G 0.313 0.218 0.162 0.152 0.103 0.045 0.008 151 M 0.119 0.103 0.117 0.188 0.257 0.185 0.031 152 V 0.076 0.042 0.052 0.125 0.241 0.374 0.089 153 K 0.242 0.169 0.167 0.175 0.140 0.089 0.019 154 T 0.327 0.174 0.117 0.104 0.131 0.125 0.023 155 A 0.090 0.064 0.091 0.212 0.215 0.258 0.070 156 L 0.105 0.054 0.049 0.123 0.229 0.348 0.091 157 T 0.191 0.154 0.153 0.151 0.213 0.114 0.025 158 L 0.293 0.180 0.167 0.161 0.102 0.079 0.018 159 A 0.141 0.100 0.089 0.196 0.204 0.206 0.064 160 V 0.120 0.061 0.056 0.094 0.166 0.334 0.169 161 T 0.370 0.197 0.135 0.157 0.105 0.033 0.004 162 T 0.270 0.338 0.216 0.115 0.047 0.011 0.002 163 T 0.171 0.091 0.143 0.251 0.206 0.129 0.009 164 L 0.238 0.219 0.183 0.209 0.132 0.019 0.001 165 K 0.502 0.373 0.100 0.021 0.002 0.001 0.001 166 E 0.554 0.271 0.128 0.040 0.007 0.001 0.001 167 L 0.272 0.253 0.215 0.179 0.074 0.007 0.001 168 T 0.706 0.219 0.063 0.012 0.001 0.001 0.001 169 P 0.878 0.106 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001