# TARGET T0361 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.19624 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.002 0.006 0.062 0.082 0.835 2 A 0.060 0.011 0.019 0.134 0.128 0.647 3 T 0.071 0.018 0.028 0.104 0.155 0.625 4 L 0.056 0.021 0.021 0.092 0.186 0.624 5 T 0.081 0.012 0.018 0.109 0.343 0.436 6 E 0.040 0.004 0.028 0.508 0.284 0.135 7 D 0.032 0.005 0.024 0.436 0.352 0.152 8 D 0.107 0.014 0.023 0.487 0.284 0.086 9 V 0.220 0.021 0.031 0.501 0.104 0.123 10 L 0.194 0.012 0.070 0.554 0.093 0.076 11 E 0.189 0.004 0.093 0.538 0.096 0.080 12 Q 0.130 0.015 0.065 0.591 0.096 0.103 13 L 0.043 0.011 0.041 0.610 0.128 0.167 14 D 0.021 0.006 0.044 0.357 0.264 0.308 15 A 0.010 0.004 0.091 0.355 0.350 0.190 16 Q 0.012 0.005 0.067 0.317 0.365 0.235 17 D 0.008 0.007 0.048 0.406 0.322 0.209 18 N 0.009 0.014 0.026 0.387 0.184 0.380 19 L 0.001 0.001 0.014 0.962 0.013 0.010 20 F 0.001 0.001 0.006 0.984 0.006 0.003 21 S 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 22 F 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 23 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 25 T 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 26 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 27 H 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 28 S 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 29 I 0.001 0.001 0.005 0.986 0.006 0.002 30 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 31 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 32 Q 0.001 0.001 0.003 0.987 0.006 0.004 33 G 0.001 0.001 0.006 0.968 0.011 0.015 34 I 0.001 0.001 0.013 0.969 0.010 0.007 35 R 0.001 0.001 0.044 0.922 0.026 0.006 36 Q 0.002 0.001 0.037 0.898 0.049 0.014 37 F 0.003 0.002 0.031 0.880 0.049 0.034 38 L 0.011 0.003 0.069 0.724 0.130 0.063 39 P 0.016 0.001 0.174 0.547 0.189 0.072 40 S 0.043 0.002 0.108 0.639 0.134 0.075 41 L 0.119 0.007 0.045 0.676 0.087 0.065 42 F 0.322 0.017 0.019 0.354 0.109 0.179 43 V 0.373 0.018 0.013 0.280 0.126 0.191 44 D 0.229 0.016 0.013 0.111 0.276 0.355 45 N 0.048 0.009 0.014 0.089 0.325 0.515 46 D 0.021 0.004 0.017 0.163 0.237 0.557 47 E 0.007 0.001 0.013 0.916 0.047 0.016 48 E 0.009 0.001 0.008 0.950 0.027 0.006 49 I 0.024 0.001 0.005 0.950 0.016 0.005 50 V 0.034 0.001 0.005 0.952 0.006 0.003 51 E 0.027 0.001 0.007 0.959 0.004 0.003 52 Y 0.034 0.001 0.007 0.944 0.006 0.008 53 A 0.056 0.002 0.008 0.884 0.016 0.034 54 V 0.082 0.010 0.006 0.835 0.019 0.048 55 K 0.071 0.004 0.035 0.770 0.058 0.063 56 P 0.040 0.003 0.078 0.733 0.090 0.055 57 L 0.031 0.007 0.140 0.666 0.102 0.054 58 L 0.034 0.017 0.085 0.674 0.135 0.055 59 A 0.038 0.007 0.085 0.584 0.212 0.074 60 Q 0.031 0.006 0.041 0.284 0.411 0.227 61 S 0.032 0.009 0.019 0.098 0.398 0.445 62 G 0.046 0.019 0.010 0.012 0.357 0.556 63 P 0.052 0.025 0.018 0.014 0.365 0.526 64 L 0.030 0.013 0.350 0.093 0.354 0.160 65 D 0.058 0.005 0.304 0.186 0.264 0.184 66 D 0.065 0.005 0.339 0.316 0.168 0.107 67 I 0.109 0.013 0.046 0.454 0.164 0.214 68 D 0.136 0.012 0.012 0.542 0.063 0.235 69 V 0.114 0.004 0.011 0.817 0.019 0.035 70 A 0.090 0.002 0.007 0.868 0.012 0.021 71 L 0.059 0.001 0.008 0.908 0.013 0.012 72 R 0.045 0.001 0.010 0.921 0.015 0.008 73 L 0.043 0.001 0.020 0.912 0.020 0.005 74 I 0.075 0.001 0.048 0.822 0.050 0.006 75 Y 0.089 0.001 0.062 0.751 0.083 0.014 76 A 0.056 0.003 0.021 0.829 0.058 0.033 77 L 0.021 0.001 0.033 0.774 0.051 0.120 78 G 0.030 0.002 0.020 0.094 0.113 0.742 79 K 0.136 0.018 0.040 0.173 0.111 0.523 80 M 0.096 0.033 0.021 0.216 0.097 0.538 81 D 0.037 0.009 0.006 0.130 0.097 0.722 82 K 0.001 0.001 0.030 0.946 0.015 0.009 83 W 0.003 0.001 0.041 0.924 0.024 0.007 84 L 0.004 0.001 0.045 0.922 0.023 0.005 85 Y 0.007 0.001 0.032 0.926 0.019 0.015 86 A 0.005 0.002 0.022 0.928 0.022 0.021 87 D 0.002 0.001 0.011 0.958 0.013 0.016 88 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 89 T 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 90 H 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.001 91 F 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.003 92 S 0.001 0.001 0.003 0.985 0.007 0.004 93 Q 0.002 0.001 0.004 0.975 0.012 0.007 94 Y 0.001 0.001 0.005 0.970 0.012 0.012 95 W 0.001 0.001 0.011 0.970 0.012 0.006 96 H 0.001 0.001 0.010 0.973 0.011 0.005 97 Y 0.001 0.001 0.006 0.971 0.009 0.012 98 L 0.002 0.001 0.009 0.940 0.020 0.028 99 N 0.005 0.004 0.015 0.742 0.124 0.111 100 E 0.008 0.006 0.028 0.512 0.241 0.205 101 Q 0.015 0.005 0.049 0.127 0.560 0.244 102 D 0.013 0.004 0.057 0.030 0.658 0.239 103 E 0.031 0.019 0.056 0.015 0.506 0.373 104 T 0.057 0.022 0.025 0.005 0.412 0.480 105 P 0.071 0.018 0.023 0.006 0.304 0.578 106 G 0.162 0.074 0.027 0.011 0.300 0.426 107 F 0.165 0.062 0.046 0.037 0.354 0.337 108 A 0.137 0.036 0.034 0.078 0.375 0.339 109 D 0.064 0.009 0.051 0.156 0.433 0.286 110 D 0.028 0.002 0.152 0.492 0.247 0.080 111 I 0.080 0.015 0.123 0.578 0.145 0.059 112 T 0.169 0.030 0.067 0.610 0.080 0.044 113 W 0.117 0.009 0.037 0.724 0.064 0.050 114 D 0.098 0.008 0.049 0.673 0.112 0.060 115 F 0.027 0.003 0.089 0.755 0.086 0.039 116 I 0.009 0.002 0.105 0.788 0.075 0.020 117 S 0.009 0.002 0.143 0.722 0.092 0.033 118 N 0.017 0.003 0.095 0.606 0.158 0.121 119 V 0.047 0.010 0.022 0.498 0.190 0.232 120 N 0.099 0.008 0.023 0.407 0.167 0.295 121 S 0.241 0.012 0.040 0.370 0.140 0.197 122 I 0.264 0.014 0.052 0.398 0.121 0.151 123 T 0.184 0.012 0.041 0.450 0.146 0.167 124 R 0.119 0.012 0.032 0.421 0.156 0.261 125 N 0.053 0.007 0.026 0.222 0.223 0.469 126 A 0.036 0.005 0.077 0.304 0.266 0.311 127 T 0.055 0.016 0.071 0.291 0.254 0.314 128 L 0.033 0.011 0.065 0.515 0.152 0.224 129 Y 0.014 0.004 0.056 0.698 0.084 0.144 130 D 0.013 0.003 0.068 0.744 0.089 0.082 131 A 0.008 0.002 0.087 0.807 0.060 0.036 132 L 0.010 0.002 0.061 0.804 0.075 0.048 133 K 0.012 0.003 0.078 0.763 0.088 0.056 134 A 0.010 0.003 0.062 0.709 0.114 0.103 135 M 0.012 0.006 0.054 0.663 0.152 0.114 136 K 0.011 0.007 0.042 0.615 0.156 0.171 137 F 0.010 0.004 0.037 0.364 0.239 0.346 138 A 0.009 0.002 0.046 0.486 0.214 0.243 139 D 0.016 0.004 0.032 0.616 0.143 0.189 140 F 0.010 0.002 0.015 0.892 0.041 0.041 141 A 0.019 0.001 0.013 0.915 0.029 0.024 142 V 0.038 0.002 0.015 0.899 0.028 0.018 143 W 0.053 0.002 0.010 0.866 0.036 0.032 144 S 0.029 0.001 0.008 0.901 0.027 0.033 145 E 0.014 0.001 0.013 0.929 0.023 0.021 146 A 0.010 0.001 0.014 0.908 0.035 0.031 147 R 0.011 0.002 0.018 0.878 0.047 0.043 148 F 0.015 0.004 0.016 0.800 0.100 0.065 149 S 0.005 0.001 0.010 0.827 0.093 0.064 150 G 0.008 0.001 0.012 0.734 0.131 0.114 151 M 0.025 0.004 0.010 0.864 0.045 0.053 152 V 0.041 0.003 0.008 0.910 0.014 0.025 153 K 0.020 0.001 0.010 0.924 0.018 0.028 154 T 0.013 0.001 0.009 0.950 0.012 0.017 155 A 0.007 0.001 0.008 0.970 0.008 0.008 156 L 0.004 0.001 0.012 0.977 0.005 0.001 157 T 0.004 0.001 0.007 0.984 0.005 0.001 158 L 0.003 0.001 0.006 0.985 0.005 0.001 159 A 0.002 0.001 0.004 0.989 0.004 0.001 160 V 0.002 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 161 T 0.002 0.001 0.006 0.985 0.006 0.001 162 T 0.003 0.001 0.004 0.983 0.008 0.002 163 T 0.001 0.001 0.004 0.982 0.006 0.007 164 L 0.001 0.001 0.007 0.984 0.005 0.004 165 K 0.001 0.001 0.012 0.975 0.007 0.006 166 E 0.001 0.001 0.009 0.937 0.014 0.039 167 L 0.001 0.003 0.010 0.677 0.029 0.281 168 T 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.974 169 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.982