# TARGET T0361 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.19624 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.006 0.930 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.003 0.018 0.004 0.006 0.019 2 A 0.002 0.015 0.722 0.005 0.025 0.056 0.001 0.001 0.010 0.074 0.028 0.031 0.030 3 T 0.004 0.017 0.511 0.013 0.047 0.096 0.003 0.001 0.017 0.117 0.060 0.029 0.084 4 L 0.004 0.023 0.443 0.004 0.061 0.148 0.002 0.001 0.014 0.105 0.074 0.036 0.082 5 T 0.006 0.020 0.434 0.005 0.024 0.162 0.002 0.002 0.016 0.108 0.088 0.067 0.066 6 E 0.008 0.013 0.211 0.002 0.026 0.349 0.002 0.001 0.006 0.142 0.184 0.011 0.047 7 D 0.003 0.005 0.270 0.002 0.016 0.418 0.001 0.001 0.003 0.204 0.055 0.015 0.009 8 D 0.002 0.002 0.049 0.001 0.031 0.813 0.001 0.001 0.001 0.035 0.058 0.003 0.006 9 V 0.009 0.006 0.022 0.001 0.032 0.859 0.001 0.001 0.002 0.009 0.037 0.005 0.017 10 L 0.028 0.005 0.017 0.011 0.055 0.804 0.003 0.002 0.006 0.007 0.033 0.009 0.020 11 E 0.023 0.002 0.028 0.005 0.064 0.758 0.003 0.002 0.005 0.018 0.057 0.022 0.014 12 Q 0.021 0.003 0.036 0.001 0.056 0.754 0.005 0.003 0.008 0.018 0.056 0.011 0.027 13 L 0.014 0.028 0.088 0.003 0.038 0.589 0.005 0.003 0.008 0.067 0.107 0.016 0.033 14 D 0.003 0.015 0.188 0.005 0.028 0.326 0.001 0.001 0.004 0.094 0.314 0.007 0.015 15 A 0.001 0.006 0.221 0.003 0.041 0.163 0.001 0.001 0.002 0.134 0.417 0.003 0.008 16 Q 0.001 0.004 0.382 0.001 0.058 0.188 0.001 0.001 0.002 0.146 0.212 0.002 0.003 17 D 0.001 0.009 0.184 0.001 0.046 0.231 0.001 0.001 0.002 0.333 0.189 0.004 0.002 18 N 0.001 0.024 0.332 0.001 0.027 0.321 0.001 0.001 0.007 0.172 0.107 0.001 0.008 19 L 0.001 0.002 0.025 0.001 0.014 0.916 0.001 0.001 0.001 0.013 0.028 0.001 0.001 20 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 21 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 22 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 23 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 27 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 28 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 32 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 33 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.012 0.001 0.029 0.891 0.001 0.001 0.001 0.012 0.056 0.001 0.001 36 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 0.767 0.001 0.001 0.001 0.007 0.203 0.001 0.001 37 F 0.001 0.001 0.007 0.001 0.023 0.555 0.001 0.001 0.001 0.011 0.402 0.001 0.001 38 L 0.001 0.004 0.062 0.001 0.075 0.646 0.001 0.001 0.003 0.072 0.136 0.001 0.002 39 P 0.001 0.001 0.044 0.004 0.365 0.426 0.001 0.001 0.001 0.020 0.135 0.001 0.001 40 S 0.001 0.001 0.020 0.001 0.350 0.468 0.001 0.002 0.009 0.047 0.099 0.001 0.003 41 L 0.004 0.012 0.080 0.002 0.087 0.451 0.004 0.036 0.046 0.074 0.178 0.006 0.021 42 F 0.007 0.051 0.270 0.020 0.011 0.088 0.014 0.108 0.135 0.111 0.125 0.040 0.021 43 V 0.003 0.025 0.510 0.019 0.006 0.020 0.004 0.029 0.077 0.224 0.042 0.016 0.025 44 D 0.001 0.012 0.652 0.004 0.006 0.011 0.001 0.002 0.025 0.216 0.053 0.010 0.008 45 N 0.001 0.017 0.269 0.001 0.027 0.057 0.001 0.001 0.005 0.303 0.313 0.001 0.005 46 D 0.001 0.005 0.389 0.001 0.024 0.166 0.001 0.001 0.002 0.250 0.161 0.001 0.002 47 E 0.001 0.001 0.023 0.001 0.019 0.898 0.001 0.001 0.001 0.024 0.034 0.001 0.001 48 E 0.001 0.002 0.007 0.001 0.007 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 49 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 50 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 51 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 52 Y 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.003 53 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.929 0.001 0.001 0.001 0.009 0.044 0.001 0.001 54 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.929 0.001 0.001 0.001 0.006 0.048 0.001 0.001 55 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.013 0.939 0.001 0.001 0.001 0.008 0.031 0.001 0.001 56 P 0.001 0.001 0.008 0.001 0.050 0.867 0.001 0.001 0.001 0.004 0.070 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.108 0.766 0.001 0.001 0.001 0.011 0.103 0.001 0.001 58 L 0.001 0.009 0.021 0.001 0.069 0.685 0.001 0.001 0.001 0.025 0.187 0.001 0.002 59 A 0.001 0.004 0.050 0.001 0.072 0.447 0.001 0.001 0.001 0.036 0.383 0.002 0.002 60 Q 0.001 0.002 0.054 0.001 0.035 0.155 0.001 0.001 0.001 0.085 0.665 0.001 0.001 61 S 0.001 0.009 0.337 0.002 0.016 0.020 0.001 0.001 0.001 0.304 0.307 0.002 0.002 62 G 0.001 0.023 0.562 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.358 0.037 0.005 0.003 63 P 0.001 0.046 0.592 0.002 0.023 0.014 0.001 0.001 0.004 0.182 0.121 0.003 0.014 64 L 0.001 0.019 0.276 0.002 0.211 0.089 0.001 0.001 0.003 0.155 0.235 0.001 0.007 65 D 0.001 0.007 0.154 0.004 0.215 0.160 0.001 0.001 0.002 0.260 0.188 0.007 0.002 66 D 0.001 0.008 0.248 0.003 0.150 0.309 0.001 0.001 0.006 0.076 0.162 0.002 0.033 67 I 0.005 0.022 0.560 0.008 0.011 0.215 0.002 0.001 0.017 0.078 0.024 0.040 0.018 68 D 0.012 0.031 0.384 0.001 0.003 0.404 0.003 0.005 0.024 0.027 0.009 0.021 0.077 69 V 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 75 Y 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.893 0.001 0.001 0.001 0.007 0.086 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.022 0.735 0.001 0.001 0.001 0.011 0.215 0.001 0.001 77 L 0.001 0.002 0.099 0.001 0.043 0.555 0.001 0.001 0.001 0.074 0.214 0.001 0.008 78 G 0.006 0.007 0.125 0.005 0.081 0.253 0.001 0.001 0.003 0.104 0.375 0.030 0.011 79 K 0.020 0.017 0.244 0.001 0.071 0.212 0.004 0.001 0.013 0.092 0.190 0.009 0.126 80 M 0.015 0.031 0.444 0.002 0.015 0.129 0.003 0.001 0.017 0.158 0.050 0.101 0.033 81 D 0.002 0.007 0.593 0.001 0.011 0.191 0.001 0.001 0.008 0.082 0.045 0.005 0.053 82 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.096 0.782 0.001 0.001 0.001 0.021 0.091 0.001 0.001 83 W 0.001 0.001 0.009 0.001 0.111 0.771 0.001 0.001 0.001 0.012 0.091 0.001 0.002 84 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.063 0.874 0.001 0.001 0.002 0.007 0.038 0.001 0.003 85 Y 0.001 0.001 0.015 0.001 0.012 0.949 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.001 0.001 86 A 0.001 0.001 0.021 0.001 0.011 0.929 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 0.002 0.002 87 D 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.001 0.002 88 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 89 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 90 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 91 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 92 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 95 W 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 96 H 0.001 0.001 0.004 0.001 0.039 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 97 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 98 L 0.001 0.002 0.013 0.001 0.016 0.922 0.001 0.001 0.001 0.015 0.029 0.001 0.001 99 N 0.001 0.003 0.024 0.001 0.035 0.746 0.001 0.001 0.001 0.016 0.169 0.002 0.002 100 E 0.001 0.002 0.042 0.001 0.048 0.474 0.001 0.001 0.001 0.047 0.383 0.001 0.001 101 Q 0.001 0.005 0.327 0.001 0.083 0.139 0.001 0.001 0.002 0.200 0.239 0.001 0.004 102 D 0.001 0.007 0.256 0.001 0.077 0.042 0.001 0.001 0.001 0.181 0.429 0.003 0.002 103 E 0.001 0.020 0.245 0.001 0.047 0.028 0.001 0.001 0.004 0.309 0.333 0.002 0.009 104 T 0.001 0.021 0.509 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.006 0.419 0.016 0.010 0.005 105 P 0.001 0.017 0.552 0.003 0.039 0.035 0.001 0.001 0.004 0.153 0.178 0.002 0.016 106 G 0.002 0.040 0.357 0.007 0.069 0.038 0.001 0.001 0.012 0.196 0.245 0.017 0.015 107 F 0.003 0.066 0.368 0.004 0.092 0.066 0.002 0.002 0.019 0.173 0.152 0.012 0.042 108 A 0.003 0.023 0.368 0.004 0.051 0.176 0.001 0.004 0.014 0.192 0.128 0.012 0.023 109 D 0.001 0.006 0.246 0.002 0.035 0.387 0.001 0.002 0.007 0.229 0.065 0.012 0.008 110 D 0.001 0.003 0.051 0.001 0.060 0.734 0.001 0.001 0.002 0.047 0.092 0.002 0.006 111 I 0.009 0.009 0.039 0.001 0.039 0.786 0.002 0.001 0.006 0.021 0.064 0.011 0.009 112 T 0.026 0.008 0.035 0.002 0.035 0.794 0.004 0.003 0.012 0.011 0.034 0.010 0.028 113 W 0.020 0.002 0.047 0.004 0.055 0.786 0.003 0.002 0.005 0.019 0.035 0.010 0.012 114 D 0.018 0.003 0.035 0.001 0.061 0.755 0.003 0.001 0.004 0.023 0.059 0.021 0.016 115 F 0.011 0.005 0.022 0.001 0.064 0.791 0.001 0.001 0.002 0.013 0.072 0.004 0.013 116 I 0.003 0.003 0.034 0.001 0.056 0.816 0.001 0.001 0.001 0.015 0.058 0.003 0.009 117 S 0.002 0.001 0.022 0.003 0.076 0.724 0.001 0.001 0.001 0.019 0.146 0.003 0.003 118 N 0.001 0.001 0.025 0.001 0.087 0.649 0.001 0.001 0.001 0.024 0.206 0.001 0.004 119 V 0.002 0.004 0.192 0.002 0.043 0.568 0.001 0.001 0.006 0.091 0.069 0.007 0.013 120 N 0.003 0.016 0.218 0.009 0.046 0.443 0.001 0.004 0.012 0.075 0.130 0.019 0.020 121 S 0.017 0.007 0.100 0.002 0.054 0.554 0.009 0.018 0.044 0.040 0.080 0.022 0.054 122 I 0.027 0.011 0.074 0.009 0.064 0.558 0.012 0.023 0.037 0.054 0.070 0.031 0.030 123 T 0.025 0.012 0.104 0.007 0.046 0.487 0.010 0.013 0.038 0.067 0.102 0.033 0.056 124 R 0.009 0.008 0.159 0.006 0.036 0.451 0.003 0.003 0.015 0.091 0.166 0.024 0.027 125 N 0.001 0.005 0.335 0.008 0.026 0.334 0.001 0.002 0.009 0.126 0.136 0.005 0.012 126 A 0.001 0.005 0.246 0.004 0.056 0.397 0.001 0.001 0.005 0.111 0.159 0.008 0.008 127 T 0.003 0.013 0.234 0.002 0.052 0.459 0.002 0.001 0.013 0.092 0.094 0.012 0.022 128 L 0.005 0.014 0.187 0.002 0.046 0.578 0.003 0.003 0.021 0.050 0.046 0.013 0.031 129 Y 0.004 0.005 0.098 0.003 0.041 0.751 0.001 0.002 0.007 0.033 0.033 0.009 0.013 130 D 0.006 0.003 0.078 0.002 0.057 0.747 0.002 0.001 0.006 0.027 0.041 0.014 0.016 131 A 0.007 0.005 0.048 0.001 0.064 0.782 0.002 0.001 0.006 0.016 0.044 0.008 0.017 132 L 0.006 0.007 0.076 0.004 0.044 0.738 0.002 0.001 0.005 0.033 0.059 0.008 0.017 133 K 0.005 0.004 0.103 0.002 0.038 0.646 0.001 0.001 0.004 0.047 0.116 0.020 0.013 134 A 0.002 0.004 0.102 0.001 0.049 0.595 0.001 0.001 0.002 0.048 0.182 0.003 0.011 135 M 0.001 0.004 0.196 0.001 0.068 0.426 0.001 0.001 0.002 0.080 0.211 0.006 0.006 136 K 0.001 0.007 0.161 0.001 0.058 0.387 0.001 0.001 0.001 0.106 0.264 0.003 0.009 137 F 0.001 0.005 0.238 0.001 0.060 0.376 0.001 0.001 0.002 0.127 0.174 0.005 0.010 138 A 0.001 0.005 0.150 0.001 0.048 0.488 0.001 0.001 0.002 0.131 0.162 0.006 0.006 139 D 0.003 0.009 0.154 0.001 0.040 0.538 0.001 0.001 0.004 0.086 0.139 0.007 0.018 140 F 0.005 0.002 0.056 0.001 0.021 0.847 0.001 0.001 0.005 0.019 0.020 0.003 0.018 141 A 0.003 0.001 0.008 0.001 0.008 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.005 0.001 142 V 0.005 0.001 0.007 0.001 0.005 0.958 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.003 0.007 143 W 0.005 0.001 0.015 0.001 0.005 0.952 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.003 0.007 144 S 0.005 0.001 0.011 0.001 0.004 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.005 0.004 145 E 0.005 0.001 0.007 0.001 0.007 0.950 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.002 0.008 146 A 0.004 0.001 0.014 0.001 0.011 0.922 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.005 0.004 147 R 0.003 0.002 0.027 0.001 0.015 0.861 0.001 0.001 0.001 0.017 0.064 0.001 0.008 148 F 0.001 0.001 0.031 0.001 0.011 0.811 0.001 0.001 0.001 0.016 0.121 0.003 0.003 149 S 0.001 0.001 0.024 0.001 0.009 0.466 0.001 0.001 0.001 0.050 0.446 0.001 0.001 150 G 0.001 0.001 0.048 0.001 0.007 0.235 0.001 0.001 0.001 0.093 0.614 0.001 0.001 151 M 0.003 0.016 0.394 0.001 0.010 0.372 0.001 0.001 0.009 0.059 0.098 0.004 0.035 152 V 0.016 0.018 0.215 0.001 0.008 0.519 0.007 0.002 0.025 0.047 0.032 0.068 0.042 153 K 0.011 0.001 0.061 0.001 0.005 0.850 0.004 0.002 0.004 0.015 0.011 0.007 0.028 154 T 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 0.949 0.003 0.003 0.003 0.003 0.003 0.008 0.003 155 A 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 156 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 157 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 158 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 160 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 161 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 162 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 163 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 164 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.014 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.002 165 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.033 0.899 0.001 0.001 0.001 0.008 0.048 0.001 0.001 166 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.031 0.835 0.001 0.001 0.001 0.003 0.119 0.001 0.001 167 L 0.001 0.002 0.059 0.001 0.012 0.466 0.001 0.001 0.001 0.074 0.385 0.001 0.001 168 T 0.001 0.002 0.574 0.001 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.026 0.362 0.001 0.001 169 P 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001