# TARGET T0361 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.19624 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.019 0.002 0.028 0.027 0.025 0.115 0.006 0.001 0.062 0.599 2 A 0.033 0.012 0.001 0.029 0.029 0.037 0.146 0.005 0.001 0.045 0.664 3 T 0.032 0.011 0.001 0.023 0.025 0.041 0.138 0.003 0.001 0.044 0.682 4 L 0.018 0.047 0.002 0.059 0.023 0.034 0.160 0.006 0.001 0.043 0.606 5 T 0.139 0.538 0.003 0.012 0.009 0.009 0.052 0.008 0.001 0.026 0.204 6 E 0.054 0.700 0.002 0.007 0.002 0.003 0.024 0.012 0.001 0.012 0.183 7 D 0.028 0.680 0.001 0.006 0.002 0.004 0.027 0.004 0.001 0.049 0.197 8 D 0.028 0.753 0.010 0.008 0.003 0.004 0.021 0.006 0.002 0.094 0.072 9 V 0.045 0.798 0.004 0.004 0.004 0.004 0.018 0.013 0.001 0.034 0.077 10 L 0.122 0.494 0.015 0.010 0.010 0.013 0.031 0.014 0.005 0.104 0.183 11 E 0.047 0.578 0.003 0.011 0.005 0.008 0.048 0.005 0.002 0.042 0.253 12 Q 0.066 0.479 0.018 0.008 0.004 0.009 0.057 0.014 0.007 0.062 0.276 13 L 0.141 0.380 0.013 0.012 0.003 0.006 0.060 0.013 0.005 0.085 0.281 14 D 0.101 0.310 0.006 0.009 0.003 0.007 0.070 0.007 0.004 0.112 0.372 15 A 0.055 0.519 0.005 0.006 0.002 0.003 0.051 0.005 0.001 0.057 0.296 16 Q 0.034 0.763 0.003 0.004 0.001 0.003 0.022 0.007 0.001 0.017 0.146 17 D 0.041 0.633 0.001 0.008 0.003 0.005 0.029 0.003 0.001 0.108 0.170 18 N 0.007 0.797 0.003 0.005 0.001 0.002 0.015 0.002 0.001 0.104 0.065 19 L 0.006 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.014 20 F 0.011 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.013 21 S 0.007 0.308 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.639 0.030 22 F 0.002 0.654 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.303 0.026 23 M 0.010 0.912 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.054 0.014 24 K 0.007 0.486 0.003 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.457 0.034 25 T 0.003 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.017 0.026 26 A 0.003 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.009 27 H 0.009 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.027 0.009 28 S 0.012 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.045 0.039 29 I 0.016 0.676 0.014 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 0.003 0.220 0.043 30 L 0.013 0.790 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.001 0.135 0.034 31 L 0.008 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.038 0.044 32 Q 0.009 0.875 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.050 0.053 33 G 0.017 0.816 0.018 0.002 0.001 0.001 0.012 0.013 0.005 0.081 0.036 34 I 0.147 0.706 0.008 0.002 0.001 0.001 0.012 0.024 0.003 0.034 0.064 35 R 0.203 0.170 0.015 0.009 0.003 0.006 0.053 0.006 0.008 0.256 0.272 36 Q 0.097 0.035 0.010 0.013 0.003 0.007 0.167 0.002 0.005 0.092 0.568 37 F 0.062 0.043 0.019 0.068 0.006 0.011 0.206 0.012 0.006 0.100 0.466 38 L 0.199 0.043 0.007 0.048 0.013 0.018 0.205 0.019 0.003 0.092 0.353 39 P 0.026 0.020 0.002 0.087 0.022 0.060 0.176 0.005 0.001 0.052 0.548 40 S 0.008 0.008 0.001 0.061 0.035 0.120 0.101 0.003 0.001 0.068 0.596 41 L 0.011 0.011 0.002 0.238 0.084 0.125 0.086 0.002 0.001 0.078 0.363 42 F 0.016 0.005 0.001 0.300 0.116 0.184 0.067 0.003 0.001 0.071 0.237 43 V 0.025 0.004 0.001 0.233 0.079 0.095 0.065 0.001 0.001 0.065 0.431 44 D 0.013 0.007 0.001 0.185 0.052 0.067 0.109 0.001 0.001 0.038 0.525 45 N 0.052 0.181 0.003 0.038 0.009 0.019 0.099 0.014 0.002 0.029 0.554 46 D 0.144 0.560 0.005 0.008 0.003 0.002 0.026 0.010 0.002 0.070 0.171 47 E 0.032 0.792 0.007 0.003 0.002 0.002 0.014 0.004 0.002 0.031 0.113 48 E 0.094 0.676 0.002 0.003 0.008 0.014 0.023 0.008 0.001 0.032 0.138 49 I 0.070 0.640 0.009 0.009 0.015 0.018 0.025 0.010 0.003 0.076 0.124 50 V 0.176 0.423 0.006 0.014 0.022 0.033 0.067 0.013 0.002 0.060 0.184 51 E 0.085 0.350 0.005 0.037 0.034 0.097 0.057 0.009 0.001 0.090 0.235 52 Y 0.101 0.096 0.005 0.034 0.045 0.066 0.108 0.003 0.001 0.093 0.449 53 A 0.011 0.099 0.007 0.082 0.087 0.095 0.136 0.003 0.002 0.042 0.435 54 V 0.024 0.320 0.006 0.020 0.026 0.032 0.072 0.012 0.002 0.012 0.472 55 K 0.258 0.350 0.006 0.014 0.035 0.029 0.039 0.055 0.003 0.041 0.170 56 P 0.103 0.171 0.017 0.026 0.008 0.018 0.071 0.009 0.011 0.128 0.439 57 L 0.175 0.041 0.056 0.036 0.013 0.035 0.081 0.008 0.019 0.134 0.402 58 L 0.270 0.017 0.008 0.041 0.015 0.025 0.067 0.013 0.004 0.082 0.459 59 A 0.108 0.004 0.001 0.014 0.009 0.012 0.072 0.001 0.001 0.027 0.750 60 Q 0.004 0.001 0.001 0.018 0.012 0.023 0.097 0.001 0.001 0.013 0.831 61 S 0.011 0.002 0.001 0.007 0.014 0.021 0.113 0.002 0.001 0.019 0.810 62 G 0.059 0.005 0.002 0.019 0.058 0.064 0.161 0.015 0.001 0.085 0.531 63 P 0.147 0.035 0.002 0.022 0.011 0.024 0.104 0.004 0.001 0.052 0.598 64 L 0.086 0.049 0.003 0.035 0.019 0.047 0.113 0.005 0.001 0.051 0.592 65 D 0.018 0.116 0.001 0.046 0.054 0.091 0.108 0.004 0.001 0.056 0.505 66 D 0.010 0.291 0.001 0.039 0.059 0.100 0.072 0.002 0.001 0.070 0.355 67 I 0.005 0.483 0.001 0.038 0.119 0.100 0.029 0.001 0.001 0.071 0.153 68 D 0.004 0.773 0.001 0.019 0.035 0.051 0.011 0.001 0.001 0.046 0.059 69 V 0.002 0.858 0.001 0.012 0.037 0.027 0.005 0.001 0.001 0.034 0.025 70 A 0.002 0.942 0.001 0.005 0.011 0.014 0.002 0.001 0.001 0.014 0.007 71 L 0.006 0.846 0.001 0.008 0.017 0.014 0.003 0.001 0.001 0.088 0.015 72 R 0.010 0.654 0.008 0.021 0.026 0.024 0.009 0.003 0.001 0.219 0.026 73 L 0.062 0.630 0.010 0.027 0.017 0.018 0.020 0.009 0.002 0.139 0.066 74 I 0.071 0.166 0.112 0.067 0.027 0.024 0.058 0.012 0.044 0.240 0.180 75 Y 0.191 0.135 0.008 0.041 0.015 0.021 0.120 0.011 0.005 0.072 0.381 76 A 0.151 0.121 0.005 0.030 0.008 0.017 0.096 0.013 0.004 0.060 0.495 77 L 0.068 0.039 0.003 0.027 0.010 0.021 0.195 0.009 0.002 0.044 0.582 78 G 0.045 0.043 0.003 0.061 0.016 0.050 0.156 0.004 0.002 0.062 0.559 79 K 0.065 0.067 0.006 0.050 0.027 0.039 0.164 0.003 0.002 0.055 0.524 80 M 0.040 0.255 0.004 0.047 0.020 0.026 0.100 0.008 0.002 0.024 0.474 81 D 0.129 0.722 0.002 0.006 0.003 0.006 0.021 0.015 0.001 0.008 0.088 82 K 0.098 0.558 0.004 0.016 0.005 0.008 0.037 0.011 0.002 0.048 0.214 83 W 0.049 0.502 0.015 0.012 0.010 0.018 0.057 0.010 0.005 0.093 0.228 84 L 0.203 0.419 0.006 0.011 0.008 0.011 0.048 0.014 0.002 0.081 0.198 85 Y 0.128 0.128 0.009 0.018 0.012 0.014 0.069 0.006 0.003 0.344 0.268 86 A 0.013 0.322 0.003 0.013 0.007 0.013 0.081 0.003 0.001 0.103 0.442 87 D 0.025 0.868 0.002 0.002 0.001 0.003 0.009 0.005 0.001 0.017 0.069 88 I 0.034 0.505 0.008 0.005 0.002 0.003 0.022 0.005 0.001 0.315 0.099 89 T 0.009 0.827 0.002 0.001 0.001 0.003 0.013 0.002 0.001 0.070 0.071 90 H 0.017 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.016 0.040 91 F 0.015 0.867 0.006 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.055 0.038 92 S 0.022 0.888 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.022 0.052 93 Q 0.019 0.826 0.019 0.002 0.001 0.001 0.013 0.012 0.006 0.031 0.070 94 Y 0.086 0.743 0.019 0.003 0.001 0.001 0.021 0.033 0.008 0.023 0.063 95 W 0.194 0.339 0.011 0.007 0.003 0.005 0.056 0.017 0.008 0.089 0.272 96 H 0.101 0.188 0.008 0.013 0.005 0.010 0.114 0.008 0.004 0.087 0.462 97 Y 0.080 0.065 0.020 0.027 0.007 0.021 0.153 0.008 0.008 0.097 0.515 98 L 0.073 0.037 0.011 0.035 0.015 0.028 0.124 0.005 0.005 0.058 0.609 99 N 0.105 0.028 0.003 0.015 0.012 0.024 0.115 0.005 0.002 0.053 0.637 100 E 0.103 0.008 0.004 0.012 0.005 0.013 0.088 0.007 0.002 0.061 0.697 101 Q 0.119 0.006 0.001 0.011 0.005 0.012 0.084 0.004 0.001 0.060 0.696 102 D 0.048 0.006 0.001 0.020 0.007 0.014 0.105 0.002 0.001 0.041 0.755 103 E 0.036 0.011 0.001 0.018 0.010 0.013 0.099 0.003 0.001 0.032 0.778 104 T 0.065 0.007 0.001 0.012 0.035 0.021 0.135 0.008 0.001 0.043 0.673 105 P 0.016 0.003 0.001 0.018 0.021 0.025 0.173 0.004 0.001 0.024 0.714 106 G 0.056 0.020 0.002 0.055 0.017 0.038 0.152 0.003 0.001 0.043 0.614 107 F 0.145 0.044 0.004 0.049 0.016 0.026 0.127 0.007 0.002 0.061 0.519 108 A 0.097 0.061 0.003 0.038 0.011 0.018 0.131 0.005 0.001 0.086 0.549 109 D 0.066 0.133 0.003 0.048 0.024 0.037 0.116 0.008 0.001 0.090 0.475 110 D 0.061 0.144 0.003 0.060 0.036 0.053 0.134 0.008 0.001 0.057 0.443 111 I 0.029 0.192 0.003 0.051 0.084 0.083 0.096 0.005 0.001 0.031 0.425 112 T 0.051 0.345 0.002 0.032 0.050 0.083 0.074 0.015 0.001 0.021 0.327 113 W 0.063 0.138 0.003 0.048 0.031 0.036 0.069 0.007 0.001 0.213 0.391 114 D 0.025 0.234 0.021 0.026 0.018 0.024 0.077 0.007 0.009 0.357 0.202 115 F 0.165 0.482 0.009 0.011 0.006 0.012 0.043 0.012 0.003 0.082 0.175 116 I 0.094 0.321 0.015 0.022 0.013 0.018 0.049 0.010 0.006 0.193 0.260 117 S 0.034 0.278 0.002 0.014 0.019 0.031 0.096 0.004 0.001 0.131 0.390 118 N 0.026 0.661 0.004 0.011 0.005 0.016 0.031 0.013 0.001 0.030 0.201 119 V 0.058 0.193 0.006 0.015 0.015 0.018 0.050 0.007 0.001 0.446 0.191 120 N 0.022 0.387 0.011 0.024 0.009 0.020 0.057 0.007 0.005 0.250 0.208 121 S 0.191 0.251 0.016 0.021 0.009 0.018 0.059 0.028 0.004 0.160 0.244 122 I 0.103 0.155 0.034 0.059 0.016 0.025 0.081 0.016 0.018 0.125 0.369 123 T 0.130 0.031 0.003 0.014 0.013 0.024 0.123 0.003 0.002 0.083 0.574 124 R 0.019 0.062 0.005 0.026 0.006 0.016 0.112 0.010 0.003 0.061 0.681 125 N 0.273 0.189 0.007 0.009 0.006 0.009 0.094 0.019 0.005 0.035 0.354 126 A 0.170 0.119 0.008 0.016 0.008 0.014 0.093 0.011 0.004 0.051 0.506 127 T 0.055 0.163 0.002 0.007 0.010 0.018 0.100 0.005 0.001 0.023 0.617 128 L 0.104 0.472 0.010 0.012 0.008 0.013 0.053 0.017 0.004 0.027 0.281 129 Y 0.162 0.562 0.004 0.005 0.007 0.007 0.034 0.017 0.002 0.016 0.183 130 D 0.123 0.536 0.003 0.004 0.014 0.025 0.039 0.008 0.001 0.016 0.231 131 A 0.026 0.649 0.007 0.005 0.011 0.020 0.035 0.004 0.002 0.011 0.229 132 L 0.127 0.515 0.021 0.004 0.019 0.022 0.036 0.015 0.008 0.024 0.207 133 K 0.241 0.370 0.004 0.003 0.019 0.021 0.041 0.026 0.002 0.027 0.245 134 A 0.117 0.124 0.003 0.005 0.008 0.020 0.048 0.004 0.001 0.022 0.647 135 M 0.048 0.130 0.011 0.015 0.014 0.023 0.066 0.002 0.002 0.035 0.655 136 K 0.017 0.236 0.003 0.007 0.017 0.019 0.063 0.003 0.001 0.025 0.609 137 F 0.070 0.707 0.002 0.002 0.006 0.004 0.023 0.006 0.001 0.018 0.162 138 A 0.033 0.747 0.001 0.005 0.006 0.005 0.025 0.005 0.001 0.026 0.146 139 D 0.026 0.770 0.001 0.005 0.003 0.006 0.026 0.003 0.001 0.036 0.125 140 F 0.029 0.393 0.002 0.014 0.012 0.010 0.039 0.004 0.001 0.383 0.113 141 A 0.010 0.796 0.003 0.009 0.007 0.008 0.020 0.004 0.001 0.073 0.070 142 V 0.017 0.906 0.002 0.003 0.003 0.004 0.007 0.005 0.001 0.009 0.044 143 W 0.014 0.853 0.005 0.006 0.004 0.005 0.009 0.008 0.001 0.025 0.069 144 S 0.044 0.795 0.004 0.002 0.002 0.004 0.015 0.010 0.002 0.043 0.080 145 E 0.085 0.348 0.037 0.006 0.003 0.004 0.027 0.014 0.018 0.303 0.155 146 A 0.123 0.197 0.046 0.006 0.002 0.003 0.075 0.011 0.029 0.208 0.299 147 R 0.144 0.260 0.007 0.006 0.002 0.004 0.073 0.009 0.005 0.067 0.423 148 F 0.055 0.455 0.004 0.005 0.001 0.002 0.055 0.006 0.002 0.046 0.369 149 S 0.038 0.464 0.002 0.008 0.002 0.006 0.069 0.006 0.001 0.077 0.327 150 G 0.020 0.265 0.004 0.016 0.005 0.013 0.054 0.003 0.001 0.369 0.252 151 M 0.021 0.553 0.006 0.011 0.007 0.014 0.039 0.005 0.001 0.152 0.190 152 V 0.017 0.816 0.002 0.008 0.003 0.005 0.013 0.002 0.001 0.046 0.086 153 K 0.009 0.737 0.002 0.009 0.004 0.008 0.012 0.001 0.001 0.166 0.053 154 T 0.002 0.944 0.001 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.022 0.020 155 A 0.001 0.958 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.015 0.014 156 L 0.003 0.965 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.014 0.008 157 T 0.002 0.155 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.821 0.012 158 L 0.001 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.910 0.007 159 A 0.003 0.235 0.003 0.005 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.725 0.019 160 V 0.003 0.957 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.021 161 T 0.024 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.003 0.043 162 T 0.023 0.707 0.029 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.037 0.070 0.106 163 T 0.229 0.400 0.041 0.001 0.001 0.001 0.034 0.039 0.050 0.068 0.138 164 L 0.301 0.112 0.050 0.004 0.001 0.001 0.061 0.045 0.054 0.081 0.292 165 K 0.159 0.012 0.002 0.006 0.001 0.002 0.152 0.002 0.002 0.035 0.627 166 E 0.005 0.004 0.001 0.022 0.001 0.004 0.169 0.001 0.001 0.023 0.770 167 L 0.015 0.004 0.002 0.018 0.004 0.006 0.170 0.005 0.001 0.044 0.731 168 T 0.293 0.011 0.002 0.013 0.006 0.009 0.127 0.018 0.002 0.102 0.417 169 P 0.068 0.005 0.001 0.007 0.001 0.004 0.090 0.005 0.001 0.029 0.789