# TARGET T0361 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.19624 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 2 A 0.049 0.019 0.017 0.038 0.006 0.024 0.847 3 T 0.091 0.018 0.065 0.098 0.151 0.093 0.483 4 L 0.069 0.010 0.060 0.109 0.120 0.090 0.542 5 T 0.056 0.010 0.041 0.182 0.100 0.082 0.530 6 E 0.033 0.007 0.029 0.300 0.182 0.073 0.376 7 D 0.019 0.003 0.020 0.321 0.248 0.084 0.305 8 D 0.020 0.005 0.025 0.579 0.116 0.101 0.153 9 V 0.056 0.009 0.018 0.762 0.038 0.037 0.080 10 L 0.069 0.016 0.030 0.788 0.020 0.026 0.052 11 E 0.061 0.007 0.066 0.716 0.030 0.059 0.061 12 Q 0.055 0.007 0.076 0.609 0.030 0.129 0.095 13 L 0.023 0.008 0.101 0.406 0.090 0.126 0.246 14 D 0.010 0.007 0.086 0.308 0.092 0.261 0.236 15 A 0.009 0.006 0.079 0.243 0.220 0.249 0.196 16 Q 0.010 0.004 0.036 0.169 0.315 0.067 0.400 17 D 0.005 0.003 0.057 0.409 0.212 0.158 0.156 18 N 0.007 0.015 0.034 0.615 0.116 0.081 0.132 19 L 0.001 0.001 0.006 0.971 0.003 0.010 0.009 20 F 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.003 21 S 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.003 0.002 22 F 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.004 0.001 23 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.009 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 27 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 28 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 29 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 32 Q 0.001 0.001 0.001 0.964 0.001 0.034 0.001 33 G 0.001 0.001 0.003 0.923 0.001 0.069 0.004 34 I 0.001 0.001 0.009 0.963 0.004 0.013 0.010 35 R 0.001 0.001 0.039 0.931 0.005 0.021 0.004 36 Q 0.001 0.001 0.017 0.890 0.002 0.089 0.002 37 F 0.002 0.002 0.027 0.792 0.007 0.151 0.018 38 L 0.008 0.003 0.073 0.801 0.029 0.044 0.041 39 P 0.018 0.001 0.148 0.629 0.052 0.087 0.066 40 S 0.022 0.002 0.130 0.664 0.030 0.124 0.027 41 L 0.088 0.011 0.072 0.486 0.053 0.221 0.069 42 F 0.207 0.031 0.045 0.231 0.109 0.205 0.172 43 V 0.220 0.030 0.023 0.087 0.106 0.086 0.447 44 D 0.058 0.007 0.014 0.043 0.111 0.136 0.631 45 N 0.028 0.015 0.018 0.099 0.217 0.229 0.394 46 D 0.012 0.006 0.028 0.316 0.110 0.113 0.415 47 E 0.002 0.001 0.019 0.822 0.037 0.095 0.024 48 E 0.004 0.001 0.007 0.951 0.005 0.023 0.010 49 I 0.013 0.002 0.006 0.956 0.003 0.006 0.013 50 V 0.012 0.001 0.003 0.971 0.002 0.005 0.006 51 E 0.022 0.001 0.007 0.945 0.003 0.019 0.002 52 Y 0.023 0.001 0.010 0.898 0.004 0.058 0.006 53 A 0.054 0.010 0.022 0.724 0.018 0.114 0.057 54 V 0.032 0.008 0.031 0.730 0.038 0.069 0.092 55 K 0.007 0.001 0.043 0.826 0.043 0.027 0.054 56 P 0.002 0.001 0.069 0.837 0.010 0.057 0.025 57 L 0.004 0.004 0.079 0.813 0.009 0.072 0.019 58 L 0.012 0.022 0.099 0.553 0.042 0.172 0.101 59 A 0.008 0.006 0.074 0.342 0.069 0.438 0.063 60 Q 0.003 0.002 0.014 0.069 0.104 0.760 0.049 61 S 0.004 0.005 0.011 0.013 0.280 0.508 0.179 62 G 0.009 0.022 0.003 0.002 0.460 0.015 0.490 63 P 0.023 0.054 0.020 0.006 0.130 0.108 0.658 64 L 0.007 0.009 0.342 0.153 0.041 0.370 0.078 65 D 0.007 0.002 0.348 0.295 0.042 0.255 0.051 66 D 0.007 0.002 0.159 0.650 0.016 0.121 0.045 67 I 0.060 0.006 0.006 0.769 0.021 0.009 0.129 68 D 0.052 0.002 0.002 0.876 0.006 0.010 0.053 69 V 0.056 0.001 0.001 0.932 0.002 0.005 0.003 70 A 0.027 0.001 0.001 0.968 0.001 0.001 0.003 71 L 0.055 0.001 0.001 0.938 0.001 0.002 0.004 72 R 0.021 0.001 0.001 0.970 0.002 0.003 0.003 73 L 0.017 0.001 0.002 0.971 0.001 0.006 0.003 74 I 0.021 0.001 0.002 0.958 0.003 0.013 0.002 75 Y 0.012 0.001 0.004 0.934 0.002 0.046 0.003 76 A 0.017 0.002 0.006 0.887 0.005 0.075 0.009 77 L 0.009 0.002 0.034 0.698 0.010 0.227 0.019 78 G 0.012 0.001 0.024 0.210 0.116 0.583 0.054 79 K 0.065 0.014 0.039 0.274 0.131 0.199 0.278 80 M 0.104 0.063 0.008 0.145 0.095 0.025 0.559 81 D 0.044 0.009 0.004 0.160 0.038 0.018 0.728 82 K 0.002 0.001 0.021 0.889 0.016 0.065 0.007 83 W 0.002 0.001 0.037 0.877 0.011 0.061 0.011 84 L 0.003 0.001 0.050 0.885 0.005 0.041 0.015 85 Y 0.003 0.002 0.020 0.925 0.011 0.028 0.011 86 A 0.003 0.003 0.028 0.890 0.010 0.050 0.016 87 D 0.001 0.001 0.021 0.898 0.009 0.042 0.028 88 I 0.001 0.001 0.005 0.982 0.002 0.007 0.003 89 T 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.009 0.001 90 H 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.011 0.001 91 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 92 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.014 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.012 0.004 95 W 0.001 0.001 0.005 0.985 0.002 0.006 0.002 96 H 0.001 0.001 0.011 0.950 0.003 0.032 0.003 97 Y 0.001 0.001 0.016 0.914 0.003 0.060 0.006 98 L 0.005 0.007 0.027 0.814 0.022 0.098 0.027 99 N 0.005 0.004 0.032 0.573 0.023 0.297 0.067 100 E 0.009 0.003 0.047 0.320 0.152 0.239 0.229 101 Q 0.014 0.007 0.063 0.123 0.265 0.180 0.347 102 D 0.012 0.006 0.075 0.041 0.203 0.398 0.264 103 E 0.030 0.015 0.082 0.030 0.341 0.222 0.282 104 T 0.042 0.030 0.049 0.018 0.358 0.059 0.444 105 P 0.046 0.025 0.091 0.030 0.150 0.259 0.400 106 G 0.072 0.027 0.096 0.021 0.168 0.338 0.278 107 F 0.066 0.054 0.082 0.024 0.162 0.152 0.460 108 A 0.063 0.050 0.035 0.040 0.170 0.110 0.531 109 D 0.037 0.013 0.023 0.091 0.307 0.046 0.482 110 D 0.004 0.001 0.092 0.729 0.032 0.111 0.032 111 I 0.007 0.003 0.094 0.774 0.016 0.089 0.018 112 T 0.010 0.004 0.065 0.846 0.008 0.044 0.022 113 W 0.018 0.006 0.041 0.853 0.018 0.037 0.027 114 D 0.022 0.005 0.055 0.788 0.023 0.071 0.035 115 F 0.019 0.003 0.080 0.769 0.021 0.082 0.026 116 I 0.017 0.004 0.077 0.825 0.015 0.041 0.021 117 S 0.020 0.002 0.079 0.702 0.030 0.142 0.024 118 N 0.018 0.001 0.047 0.726 0.020 0.168 0.020 119 V 0.051 0.007 0.016 0.761 0.026 0.056 0.083 120 N 0.060 0.006 0.023 0.671 0.033 0.080 0.127 121 S 0.140 0.006 0.034 0.625 0.047 0.047 0.101 122 I 0.159 0.009 0.038 0.677 0.029 0.039 0.048 123 T 0.134 0.010 0.055 0.586 0.036 0.079 0.100 124 R 0.071 0.007 0.062 0.492 0.075 0.153 0.140 125 N 0.044 0.004 0.035 0.354 0.160 0.141 0.264 126 A 0.028 0.004 0.045 0.411 0.131 0.156 0.225 127 T 0.037 0.013 0.047 0.487 0.091 0.119 0.206 128 L 0.037 0.009 0.040 0.644 0.036 0.069 0.165 129 Y 0.023 0.004 0.051 0.771 0.018 0.035 0.098 130 D 0.015 0.002 0.062 0.803 0.018 0.042 0.058 131 A 0.010 0.002 0.073 0.819 0.016 0.051 0.029 132 L 0.013 0.006 0.057 0.818 0.017 0.058 0.031 133 K 0.014 0.003 0.055 0.737 0.020 0.133 0.037 134 A 0.012 0.003 0.068 0.599 0.038 0.220 0.060 135 M 0.017 0.010 0.056 0.395 0.125 0.190 0.207 136 K 0.018 0.014 0.048 0.218 0.154 0.254 0.293 137 F 0.015 0.008 0.079 0.335 0.120 0.131 0.312 138 A 0.013 0.003 0.087 0.443 0.096 0.158 0.198 139 D 0.024 0.007 0.058 0.580 0.085 0.128 0.118 140 F 0.028 0.005 0.016 0.836 0.021 0.021 0.073 141 A 0.026 0.002 0.008 0.892 0.011 0.015 0.046 142 V 0.033 0.002 0.005 0.917 0.008 0.010 0.025 143 W 0.034 0.002 0.007 0.902 0.007 0.010 0.037 144 S 0.016 0.001 0.006 0.926 0.008 0.015 0.028 145 E 0.006 0.001 0.004 0.960 0.007 0.013 0.009 146 A 0.003 0.001 0.004 0.968 0.005 0.013 0.007 147 R 0.003 0.001 0.004 0.960 0.004 0.019 0.009 148 F 0.003 0.001 0.007 0.946 0.007 0.024 0.012 149 S 0.001 0.001 0.009 0.887 0.010 0.084 0.008 150 G 0.001 0.001 0.005 0.783 0.018 0.185 0.006 151 M 0.008 0.002 0.004 0.897 0.014 0.041 0.035 152 V 0.017 0.002 0.002 0.926 0.006 0.008 0.038 153 K 0.015 0.001 0.005 0.940 0.005 0.006 0.028 154 T 0.010 0.001 0.003 0.966 0.006 0.005 0.009 155 A 0.005 0.001 0.004 0.980 0.002 0.006 0.003 156 L 0.004 0.001 0.002 0.985 0.001 0.005 0.003 157 T 0.002 0.001 0.001 0.990 0.001 0.004 0.001 158 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.013 0.001 160 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 161 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 162 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 163 T 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.007 0.001 164 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.007 0.001 165 K 0.001 0.001 0.014 0.934 0.004 0.045 0.003 166 E 0.001 0.001 0.017 0.826 0.010 0.138 0.008 167 L 0.003 0.006 0.017 0.552 0.042 0.329 0.052 168 T 0.004 0.007 0.008 0.111 0.017 0.144 0.708 169 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.991