# TARGET T0361 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.19624 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.126 0.035 0.014 0.155 0.014 0.029 0.203 0.144 0.112 0.051 2 A 0.050 0.121 0.036 0.021 0.109 0.052 0.099 0.294 0.146 0.050 0.023 3 T 0.103 0.135 0.061 0.009 0.197 0.008 0.036 0.158 0.111 0.136 0.047 4 L 0.162 0.144 0.034 0.013 0.234 0.019 0.041 0.125 0.087 0.078 0.062 5 T 0.065 0.202 0.186 0.048 0.113 0.021 0.032 0.152 0.066 0.070 0.044 6 E 0.051 0.084 0.043 0.035 0.073 0.036 0.045 0.262 0.159 0.168 0.043 7 D 0.025 0.236 0.129 0.058 0.131 0.029 0.036 0.247 0.069 0.029 0.012 8 D 0.040 0.023 0.011 0.004 0.032 0.003 0.011 0.434 0.174 0.223 0.044 9 V 0.029 0.068 0.021 0.004 0.072 0.006 0.032 0.650 0.088 0.023 0.007 10 L 0.085 0.079 0.013 0.005 0.135 0.008 0.020 0.454 0.114 0.057 0.030 11 E 0.052 0.136 0.050 0.009 0.133 0.012 0.046 0.457 0.070 0.020 0.015 12 Q 0.068 0.172 0.080 0.009 0.136 0.008 0.031 0.356 0.054 0.062 0.024 13 L 0.042 0.216 0.073 0.019 0.138 0.024 0.033 0.278 0.109 0.046 0.022 14 D 0.045 0.082 0.055 0.018 0.073 0.017 0.052 0.348 0.135 0.129 0.046 15 A 0.036 0.061 0.025 0.007 0.043 0.005 0.017 0.330 0.209 0.226 0.043 16 Q 0.051 0.223 0.085 0.016 0.154 0.012 0.015 0.179 0.118 0.108 0.040 17 D 0.008 0.029 0.022 0.042 0.018 0.126 0.238 0.401 0.080 0.029 0.007 18 N 0.024 0.168 0.126 0.014 0.036 0.002 0.008 0.328 0.060 0.206 0.027 19 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.826 0.157 0.009 0.002 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.049 0.001 0.001 21 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.030 0.002 0.001 22 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 23 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.031 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.022 0.001 0.001 27 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.035 0.001 0.001 28 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.971 0.024 0.001 0.001 29 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.026 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.906 0.082 0.009 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.943 0.048 0.002 0.001 32 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.956 0.026 0.001 0.001 33 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.950 0.032 0.011 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.860 0.126 0.011 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.843 0.138 0.002 0.001 36 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.837 0.091 0.012 0.001 37 F 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.040 0.544 0.289 0.114 0.001 38 L 0.010 0.010 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 0.663 0.277 0.014 0.007 39 P 0.001 0.006 0.002 0.002 0.004 0.012 0.062 0.756 0.150 0.004 0.001 40 S 0.009 0.008 0.004 0.004 0.014 0.009 0.061 0.614 0.185 0.088 0.005 41 L 0.073 0.032 0.006 0.006 0.085 0.016 0.054 0.427 0.163 0.105 0.032 42 F 0.073 0.062 0.013 0.004 0.091 0.007 0.032 0.297 0.135 0.215 0.070 43 V 0.059 0.270 0.082 0.011 0.228 0.016 0.063 0.116 0.034 0.092 0.029 44 D 0.109 0.199 0.219 0.024 0.225 0.011 0.025 0.059 0.031 0.050 0.049 45 N 0.022 0.045 0.033 0.020 0.031 0.016 0.041 0.353 0.280 0.124 0.035 46 D 0.039 0.174 0.074 0.021 0.136 0.019 0.045 0.214 0.124 0.117 0.037 47 E 0.018 0.039 0.008 0.003 0.037 0.004 0.011 0.471 0.224 0.161 0.023 48 E 0.021 0.036 0.012 0.003 0.052 0.005 0.023 0.592 0.143 0.101 0.011 49 I 0.063 0.028 0.006 0.002 0.056 0.003 0.008 0.688 0.093 0.030 0.022 50 V 0.023 0.024 0.005 0.003 0.061 0.004 0.012 0.736 0.097 0.027 0.009 51 E 0.013 0.006 0.001 0.002 0.015 0.007 0.047 0.862 0.041 0.004 0.003 52 Y 0.011 0.014 0.009 0.005 0.020 0.011 0.071 0.748 0.081 0.026 0.006 53 A 0.016 0.008 0.002 0.002 0.019 0.003 0.028 0.766 0.120 0.024 0.011 54 V 0.023 0.040 0.012 0.009 0.037 0.008 0.019 0.393 0.257 0.190 0.014 55 K 0.009 0.053 0.028 0.009 0.029 0.005 0.016 0.682 0.156 0.009 0.005 56 P 0.004 0.014 0.008 0.003 0.011 0.005 0.041 0.780 0.127 0.004 0.002 57 L 0.006 0.006 0.003 0.007 0.007 0.015 0.070 0.694 0.147 0.041 0.006 58 L 0.017 0.021 0.006 0.009 0.016 0.019 0.038 0.471 0.262 0.124 0.016 59 A 0.009 0.139 0.053 0.015 0.041 0.036 0.151 0.370 0.145 0.035 0.005 60 Q 0.040 0.041 0.017 0.012 0.053 0.018 0.115 0.091 0.070 0.479 0.064 61 S 0.074 0.206 0.167 0.045 0.111 0.011 0.044 0.019 0.028 0.186 0.110 62 G 0.008 0.209 0.409 0.253 0.036 0.033 0.016 0.015 0.009 0.008 0.005 63 P 0.020 0.515 0.256 0.021 0.067 0.006 0.009 0.041 0.035 0.020 0.009 64 L 0.020 0.024 0.009 0.005 0.021 0.008 0.018 0.279 0.542 0.052 0.021 65 D 0.002 0.005 0.005 0.005 0.004 0.013 0.039 0.559 0.318 0.047 0.004 66 D 0.029 0.024 0.004 0.001 0.041 0.001 0.008 0.347 0.231 0.303 0.010 67 I 0.178 0.090 0.015 0.001 0.262 0.002 0.004 0.203 0.090 0.088 0.067 68 D 0.128 0.054 0.022 0.006 0.253 0.009 0.031 0.356 0.050 0.036 0.054 69 V 0.070 0.048 0.006 0.001 0.127 0.001 0.004 0.575 0.110 0.039 0.019 70 A 0.015 0.013 0.002 0.001 0.027 0.002 0.012 0.851 0.064 0.010 0.003 71 L 0.015 0.003 0.001 0.001 0.019 0.001 0.009 0.903 0.043 0.002 0.003 72 R 0.012 0.008 0.001 0.002 0.030 0.003 0.020 0.875 0.042 0.004 0.002 73 L 0.023 0.009 0.001 0.001 0.032 0.002 0.011 0.868 0.042 0.007 0.004 74 I 0.013 0.007 0.001 0.001 0.019 0.004 0.020 0.865 0.059 0.008 0.003 75 Y 0.013 0.025 0.012 0.004 0.012 0.009 0.062 0.731 0.103 0.022 0.008 76 A 0.022 0.020 0.012 0.007 0.019 0.019 0.128 0.632 0.078 0.052 0.011 77 L 0.015 0.364 0.106 0.042 0.062 0.027 0.050 0.149 0.098 0.078 0.010 78 G 0.030 0.063 0.087 0.140 0.036 0.090 0.048 0.159 0.107 0.163 0.077 79 K 0.138 0.085 0.031 0.004 0.166 0.007 0.046 0.221 0.096 0.145 0.061 80 M 0.070 0.239 0.109 0.030 0.171 0.016 0.020 0.167 0.078 0.059 0.041 81 D 0.059 0.296 0.106 0.027 0.206 0.016 0.025 0.146 0.056 0.042 0.020 82 K 0.009 0.019 0.010 0.007 0.015 0.014 0.036 0.520 0.321 0.040 0.008 83 W 0.014 0.033 0.015 0.006 0.029 0.005 0.049 0.586 0.169 0.081 0.013 84 L 0.028 0.035 0.008 0.006 0.036 0.010 0.042 0.600 0.137 0.081 0.017 85 Y 0.025 0.032 0.007 0.004 0.046 0.008 0.019 0.617 0.173 0.048 0.020 86 A 0.009 0.025 0.015 0.007 0.016 0.018 0.059 0.680 0.134 0.030 0.007 87 D 0.044 0.048 0.023 0.003 0.054 0.002 0.009 0.548 0.088 0.157 0.025 88 I 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.718 0.247 0.018 0.002 89 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.899 0.081 0.002 0.001 90 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.875 0.081 0.037 0.001 91 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.084 0.007 0.001 92 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.926 0.068 0.001 0.001 93 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.940 0.043 0.008 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.892 0.083 0.020 0.001 95 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.857 0.137 0.002 0.001 96 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.907 0.068 0.003 0.001 97 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.803 0.113 0.050 0.001 98 L 0.021 0.033 0.007 0.002 0.030 0.005 0.026 0.659 0.152 0.056 0.009 99 N 0.020 0.062 0.039 0.012 0.039 0.015 0.047 0.405 0.176 0.167 0.020 100 E 0.028 0.083 0.039 0.007 0.067 0.008 0.058 0.425 0.149 0.115 0.019 101 Q 0.033 0.204 0.097 0.022 0.100 0.016 0.039 0.168 0.145 0.144 0.031 102 D 0.083 0.107 0.039 0.037 0.129 0.033 0.092 0.161 0.117 0.128 0.073 103 E 0.046 0.039 0.023 0.014 0.049 0.012 0.034 0.086 0.149 0.462 0.086 104 T 0.034 0.426 0.266 0.017 0.176 0.005 0.011 0.029 0.017 0.012 0.009 105 P 0.064 0.229 0.075 0.016 0.138 0.030 0.093 0.143 0.139 0.046 0.025 106 G 0.082 0.091 0.078 0.030 0.112 0.022 0.048 0.097 0.131 0.213 0.095 107 F 0.096 0.154 0.063 0.014 0.140 0.013 0.035 0.120 0.127 0.172 0.066 108 A 0.036 0.239 0.226 0.064 0.086 0.029 0.030 0.069 0.058 0.127 0.037 109 D 0.055 0.211 0.162 0.044 0.157 0.023 0.027 0.176 0.083 0.038 0.022 110 D 0.013 0.020 0.011 0.006 0.021 0.011 0.028 0.495 0.287 0.089 0.020 111 I 0.021 0.028 0.010 0.003 0.031 0.003 0.023 0.587 0.164 0.109 0.021 112 T 0.014 0.022 0.006 0.003 0.022 0.004 0.013 0.694 0.160 0.052 0.008 113 W 0.009 0.023 0.006 0.003 0.023 0.004 0.011 0.712 0.175 0.028 0.007 114 D 0.008 0.016 0.011 0.003 0.014 0.005 0.033 0.810 0.090 0.008 0.002 115 F 0.005 0.008 0.010 0.006 0.004 0.006 0.033 0.803 0.089 0.030 0.006 116 I 0.018 0.027 0.006 0.006 0.025 0.012 0.029 0.648 0.176 0.042 0.012 117 S 0.003 0.031 0.014 0.012 0.008 0.037 0.075 0.698 0.106 0.013 0.002 118 N 0.030 0.011 0.005 0.001 0.020 0.002 0.012 0.389 0.106 0.384 0.040 119 V 0.178 0.091 0.011 0.004 0.233 0.005 0.009 0.245 0.081 0.070 0.073 120 N 0.039 0.037 0.015 0.022 0.059 0.028 0.046 0.522 0.145 0.058 0.029 121 S 0.093 0.070 0.027 0.008 0.139 0.005 0.022 0.457 0.111 0.044 0.024 122 I 0.063 0.053 0.016 0.011 0.097 0.019 0.044 0.466 0.144 0.062 0.024 123 T 0.054 0.083 0.023 0.011 0.108 0.016 0.063 0.462 0.102 0.052 0.024 124 R 0.048 0.069 0.030 0.020 0.076 0.040 0.115 0.258 0.116 0.185 0.043 125 N 0.130 0.163 0.067 0.016 0.203 0.008 0.021 0.124 0.057 0.124 0.087 126 A 0.032 0.096 0.030 0.007 0.070 0.008 0.022 0.424 0.236 0.056 0.019 127 T 0.027 0.090 0.032 0.004 0.062 0.007 0.041 0.566 0.123 0.038 0.010 128 L 0.026 0.069 0.026 0.007 0.051 0.007 0.017 0.576 0.128 0.082 0.011 129 Y 0.017 0.033 0.009 0.004 0.032 0.006 0.015 0.706 0.148 0.021 0.009 130 D 0.015 0.018 0.011 0.003 0.021 0.004 0.022 0.754 0.119 0.025 0.009 131 A 0.006 0.010 0.006 0.003 0.010 0.006 0.027 0.775 0.119 0.036 0.003 132 L 0.027 0.038 0.011 0.006 0.033 0.008 0.024 0.602 0.164 0.070 0.015 133 K 0.016 0.050 0.030 0.017 0.032 0.019 0.050 0.514 0.187 0.072 0.012 134 A 0.023 0.055 0.028 0.013 0.041 0.019 0.081 0.417 0.179 0.126 0.018 135 M 0.074 0.118 0.051 0.016 0.095 0.014 0.046 0.266 0.149 0.119 0.052 136 K 0.034 0.088 0.045 0.025 0.054 0.040 0.107 0.286 0.156 0.133 0.033 137 F 0.119 0.134 0.040 0.007 0.176 0.006 0.015 0.164 0.123 0.137 0.079 138 A 0.027 0.085 0.029 0.007 0.065 0.014 0.027 0.398 0.247 0.083 0.018 139 D 0.071 0.099 0.030 0.004 0.121 0.003 0.017 0.314 0.114 0.194 0.034 140 F 0.060 0.024 0.005 0.002 0.062 0.002 0.006 0.553 0.200 0.059 0.028 141 A 0.008 0.020 0.005 0.002 0.026 0.006 0.019 0.795 0.105 0.010 0.003 142 V 0.040 0.027 0.007 0.001 0.049 0.002 0.014 0.758 0.061 0.030 0.011 143 W 0.022 0.027 0.010 0.006 0.036 0.006 0.012 0.734 0.098 0.040 0.009 144 S 0.010 0.032 0.014 0.006 0.019 0.009 0.024 0.742 0.113 0.025 0.005 145 E 0.012 0.019 0.007 0.003 0.019 0.004 0.024 0.735 0.114 0.052 0.009 146 A 0.011 0.046 0.016 0.007 0.037 0.013 0.049 0.669 0.112 0.035 0.006 147 R 0.026 0.020 0.016 0.007 0.015 0.010 0.043 0.726 0.086 0.030 0.020 148 F 0.019 0.016 0.010 0.014 0.022 0.026 0.058 0.641 0.114 0.064 0.016 149 S 0.010 0.210 0.067 0.090 0.050 0.055 0.067 0.326 0.083 0.035 0.008 150 G 0.019 0.024 0.033 0.050 0.018 0.027 0.039 0.313 0.138 0.298 0.041 151 M 0.013 0.039 0.017 0.012 0.027 0.018 0.082 0.673 0.091 0.021 0.006 152 V 0.035 0.026 0.007 0.004 0.050 0.008 0.029 0.666 0.123 0.030 0.022 153 K 0.005 0.004 0.001 0.002 0.009 0.007 0.032 0.862 0.073 0.003 0.002 154 T 0.003 0.005 0.002 0.002 0.007 0.002 0.009 0.869 0.088 0.012 0.001 155 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.948 0.039 0.001 0.001 156 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.037 0.001 0.001 157 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.951 0.042 0.001 0.001 158 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.022 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.043 0.001 0.001 160 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.045 0.001 0.001 161 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.037 0.001 0.001 162 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.965 0.027 0.001 0.001 163 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.945 0.043 0.004 0.001 164 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.796 0.189 0.008 0.001 165 K 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.005 0.058 0.745 0.170 0.008 0.001 166 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.094 0.509 0.176 0.203 0.006 167 L 0.097 0.102 0.055 0.010 0.121 0.015 0.085 0.167 0.118 0.166 0.065 168 T 0.037 0.208 0.184 0.064 0.110 0.029 0.051 0.149 0.077 0.068 0.023 169 P 0.018 0.100 0.079 0.026 0.045 0.020 0.042 0.341 0.239 0.077 0.013