# TARGET T0361 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0361.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.29976 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.214 0.140 0.261 0.165 0.058 0.032 0.074 0.018 0.030 0.008 0.001 2 A 0.305 0.163 0.343 0.074 0.044 0.024 0.015 0.008 0.010 0.011 0.001 3 T 0.225 0.353 0.220 0.084 0.041 0.030 0.013 0.003 0.027 0.002 0.001 4 L 0.151 0.240 0.403 0.054 0.036 0.072 0.012 0.003 0.025 0.002 0.001 5 T 0.168 0.451 0.184 0.058 0.086 0.021 0.005 0.003 0.019 0.005 0.001 6 E 0.481 0.179 0.103 0.081 0.062 0.029 0.016 0.007 0.021 0.022 0.001 7 D 0.396 0.130 0.171 0.109 0.059 0.045 0.035 0.005 0.042 0.006 0.001 8 D 0.745 0.013 0.041 0.075 0.010 0.031 0.059 0.013 0.008 0.001 0.002 9 V 0.908 0.033 0.017 0.031 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 10 L 0.886 0.049 0.021 0.032 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 11 E 0.896 0.045 0.027 0.010 0.011 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 12 Q 0.890 0.014 0.030 0.052 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 13 L 0.805 0.026 0.058 0.092 0.002 0.010 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 14 D 0.644 0.020 0.054 0.219 0.007 0.022 0.018 0.003 0.010 0.001 0.001 15 A 0.619 0.037 0.059 0.231 0.014 0.011 0.011 0.005 0.008 0.006 0.001 16 Q 0.787 0.024 0.085 0.063 0.012 0.009 0.004 0.004 0.004 0.009 0.001 17 D 0.876 0.005 0.020 0.068 0.004 0.012 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 18 N 0.721 0.021 0.032 0.144 0.012 0.035 0.006 0.003 0.025 0.002 0.001 19 L 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 S 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 F 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Q 0.959 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 G 0.976 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.003 0.001 34 I 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 Q 0.975 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 F 0.712 0.001 0.004 0.278 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.678 0.029 0.157 0.013 0.004 0.013 0.028 0.004 0.070 0.005 0.001 39 P 0.927 0.001 0.047 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 S 0.527 0.088 0.098 0.174 0.070 0.011 0.020 0.004 0.008 0.001 0.001 41 L 0.290 0.281 0.094 0.261 0.024 0.017 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 42 F 0.163 0.300 0.181 0.054 0.035 0.157 0.054 0.003 0.050 0.004 0.001 43 V 0.097 0.563 0.108 0.068 0.014 0.061 0.002 0.001 0.087 0.001 0.001 44 D 0.184 0.097 0.433 0.103 0.038 0.070 0.043 0.005 0.017 0.008 0.002 45 N 0.112 0.074 0.076 0.161 0.088 0.058 0.357 0.033 0.031 0.011 0.001 46 D 0.269 0.122 0.370 0.082 0.036 0.072 0.010 0.003 0.031 0.005 0.001 47 E 0.945 0.003 0.012 0.032 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.966 0.003 0.008 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 I 0.987 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 V 0.992 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 E 0.994 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 Y 0.988 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.983 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 V 0.972 0.004 0.003 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 K 0.986 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 P 0.991 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.960 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 L 0.919 0.006 0.025 0.041 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.716 0.018 0.041 0.203 0.004 0.007 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 60 Q 0.357 0.071 0.159 0.287 0.023 0.016 0.063 0.008 0.012 0.002 0.001 61 S 0.236 0.059 0.130 0.449 0.017 0.027 0.048 0.014 0.017 0.002 0.001 62 G 0.027 0.070 0.321 0.005 0.212 0.005 0.018 0.037 0.034 0.270 0.001 63 P 0.254 0.013 0.427 0.075 0.003 0.094 0.005 0.001 0.004 0.002 0.123 64 L 0.277 0.127 0.297 0.185 0.022 0.050 0.015 0.009 0.015 0.002 0.001 65 D 0.461 0.182 0.133 0.122 0.051 0.013 0.014 0.005 0.013 0.006 0.001 66 D 0.339 0.151 0.204 0.200 0.024 0.042 0.013 0.005 0.017 0.002 0.003 67 I 0.079 0.541 0.280 0.015 0.041 0.021 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 68 D 0.194 0.142 0.476 0.009 0.009 0.139 0.003 0.001 0.023 0.001 0.002 69 V 0.870 0.080 0.019 0.010 0.005 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 70 A 0.918 0.038 0.023 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 71 L 0.965 0.012 0.011 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 R 0.976 0.010 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.991 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.985 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Y 0.946 0.008 0.003 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.930 0.016 0.013 0.025 0.004 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 77 L 0.627 0.011 0.058 0.289 0.002 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 78 G 0.209 0.015 0.053 0.093 0.070 0.004 0.135 0.372 0.004 0.045 0.001 79 K 0.293 0.209 0.211 0.134 0.044 0.057 0.030 0.003 0.016 0.004 0.001 80 M 0.085 0.365 0.400 0.037 0.020 0.054 0.007 0.001 0.031 0.001 0.001 81 D 0.065 0.079 0.696 0.011 0.019 0.100 0.004 0.001 0.022 0.002 0.001 82 K 0.968 0.004 0.003 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 W 0.947 0.004 0.008 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.868 0.008 0.013 0.101 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 85 Y 0.899 0.016 0.025 0.041 0.004 0.006 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 86 A 0.935 0.007 0.023 0.025 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 D 0.716 0.013 0.039 0.134 0.008 0.047 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 88 I 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 T 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 H 0.983 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 F 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 S 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 Q 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.982 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 W 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 H 0.986 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 Y 0.958 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.799 0.011 0.018 0.164 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 99 N 0.608 0.033 0.057 0.189 0.010 0.035 0.047 0.006 0.012 0.003 0.001 100 E 0.465 0.108 0.102 0.254 0.022 0.015 0.014 0.005 0.013 0.003 0.001 101 Q 0.339 0.106 0.203 0.224 0.023 0.029 0.023 0.005 0.045 0.004 0.001 102 D 0.393 0.028 0.158 0.214 0.019 0.039 0.103 0.030 0.006 0.010 0.001 103 E 0.236 0.133 0.145 0.327 0.049 0.029 0.045 0.015 0.016 0.005 0.001 104 T 0.028 0.267 0.448 0.007 0.018 0.019 0.011 0.001 0.200 0.001 0.001 105 P 0.110 0.005 0.848 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 106 G 0.223 0.093 0.163 0.074 0.154 0.016 0.024 0.175 0.009 0.069 0.001 107 F 0.254 0.164 0.239 0.148 0.086 0.037 0.021 0.010 0.028 0.012 0.001 108 A 0.477 0.126 0.133 0.185 0.030 0.018 0.007 0.004 0.012 0.008 0.001 109 D 0.377 0.111 0.195 0.104 0.077 0.067 0.031 0.004 0.027 0.007 0.001 110 D 0.699 0.026 0.052 0.148 0.011 0.029 0.016 0.006 0.009 0.001 0.002 111 I 0.661 0.132 0.066 0.084 0.021 0.015 0.005 0.002 0.013 0.001 0.001 112 T 0.703 0.120 0.046 0.080 0.007 0.025 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 113 W 0.670 0.111 0.080 0.044 0.026 0.032 0.013 0.003 0.019 0.002 0.001 114 D 0.684 0.060 0.060 0.058 0.034 0.045 0.029 0.006 0.021 0.002 0.001 115 F 0.878 0.016 0.013 0.071 0.003 0.010 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 116 I 0.747 0.052 0.053 0.120 0.003 0.015 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 117 S 0.891 0.013 0.026 0.049 0.005 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 118 N 0.402 0.017 0.015 0.316 0.016 0.016 0.164 0.035 0.017 0.002 0.001 119 V 0.364 0.297 0.239 0.057 0.008 0.022 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 120 N 0.520 0.148 0.087 0.097 0.014 0.061 0.032 0.003 0.036 0.001 0.001 121 S 0.528 0.208 0.100 0.062 0.062 0.014 0.007 0.004 0.009 0.004 0.001 122 I 0.628 0.182 0.054 0.087 0.021 0.013 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 123 T 0.369 0.281 0.111 0.112 0.057 0.031 0.009 0.002 0.025 0.003 0.001 124 R 0.422 0.156 0.172 0.108 0.032 0.049 0.029 0.004 0.024 0.003 0.001 125 N 0.176 0.117 0.161 0.216 0.041 0.074 0.120 0.010 0.079 0.005 0.001 126 A 0.530 0.070 0.182 0.060 0.047 0.024 0.041 0.015 0.018 0.011 0.003 127 T 0.622 0.074 0.156 0.092 0.014 0.023 0.005 0.003 0.007 0.003 0.002 128 L 0.564 0.082 0.099 0.158 0.009 0.041 0.012 0.002 0.029 0.003 0.001 129 Y 0.750 0.039 0.096 0.057 0.010 0.019 0.013 0.004 0.009 0.004 0.001 130 D 0.794 0.015 0.036 0.060 0.007 0.024 0.046 0.008 0.008 0.002 0.001 131 A 0.933 0.006 0.012 0.039 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 L 0.805 0.019 0.028 0.129 0.003 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 133 K 0.884 0.021 0.045 0.025 0.005 0.005 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 134 A 0.804 0.012 0.045 0.112 0.006 0.006 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 135 M 0.364 0.060 0.194 0.269 0.012 0.036 0.040 0.004 0.020 0.001 0.001 136 K 0.475 0.094 0.160 0.153 0.019 0.031 0.042 0.008 0.014 0.003 0.001 137 F 0.284 0.106 0.253 0.165 0.030 0.066 0.030 0.008 0.051 0.008 0.001 138 A 0.767 0.024 0.113 0.058 0.009 0.008 0.011 0.004 0.002 0.004 0.001 139 D 0.595 0.028 0.062 0.239 0.008 0.030 0.020 0.005 0.010 0.001 0.001 140 F 0.660 0.092 0.101 0.100 0.012 0.016 0.007 0.002 0.009 0.001 0.001 141 A 0.805 0.077 0.057 0.035 0.010 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 142 V 0.757 0.131 0.055 0.029 0.008 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 143 W 0.820 0.071 0.046 0.038 0.007 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 144 S 0.863 0.051 0.035 0.023 0.008 0.009 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 145 E 0.923 0.024 0.020 0.021 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 146 A 0.904 0.020 0.031 0.032 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 147 R 0.865 0.031 0.022 0.062 0.005 0.005 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 148 F 0.832 0.032 0.029 0.075 0.005 0.009 0.009 0.001 0.006 0.002 0.001 149 S 0.706 0.016 0.054 0.181 0.007 0.003 0.024 0.004 0.001 0.004 0.001 150 G 0.306 0.004 0.014 0.060 0.015 0.003 0.233 0.348 0.002 0.015 0.001 151 M 0.758 0.074 0.066 0.074 0.007 0.013 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 152 V 0.607 0.223 0.105 0.019 0.008 0.025 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 153 K 0.933 0.019 0.026 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 T 0.956 0.020 0.008 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.985 0.006 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 L 0.994 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 T 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 T 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 T 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 L 0.980 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 K 0.977 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 E 0.826 0.004 0.009 0.155 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 167 L 0.479 0.052 0.164 0.273 0.004 0.017 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 168 T 0.092 0.146 0.428 0.009 0.039 0.031 0.023 0.002 0.214 0.015 0.001 169 P 0.727 0.002 0.224 0.026 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012