# TARGET T0360 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.1055 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.066 0.003 0.027 0.039 0.036 0.094 0.005 0.001 0.157 0.546 2 T 0.046 0.543 0.002 0.006 0.013 0.017 0.050 0.011 0.001 0.044 0.270 3 Q 0.067 0.631 0.007 0.007 0.005 0.006 0.026 0.013 0.002 0.033 0.203 4 E 0.039 0.633 0.009 0.007 0.006 0.008 0.035 0.011 0.003 0.041 0.209 5 T 0.066 0.761 0.001 0.002 0.003 0.004 0.019 0.007 0.001 0.016 0.121 6 A 0.019 0.837 0.009 0.004 0.002 0.002 0.012 0.008 0.003 0.015 0.089 7 L 0.018 0.887 0.004 0.002 0.001 0.001 0.011 0.006 0.001 0.005 0.063 8 G 0.032 0.849 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.007 0.001 0.015 0.079 9 A 0.054 0.581 0.012 0.004 0.003 0.003 0.031 0.009 0.004 0.145 0.153 10 A 0.059 0.574 0.033 0.006 0.003 0.005 0.040 0.011 0.015 0.103 0.152 11 L 0.234 0.378 0.018 0.004 0.004 0.008 0.041 0.018 0.007 0.038 0.249 12 K 0.114 0.243 0.006 0.007 0.005 0.009 0.052 0.007 0.004 0.043 0.508 13 S 0.087 0.101 0.005 0.008 0.005 0.014 0.079 0.006 0.002 0.073 0.620 14 A 0.097 0.118 0.008 0.016 0.007 0.022 0.081 0.014 0.002 0.092 0.543 15 V 0.138 0.050 0.006 0.010 0.009 0.016 0.077 0.003 0.002 0.044 0.645 16 Q 0.035 0.067 0.002 0.017 0.014 0.017 0.078 0.002 0.001 0.020 0.748 17 T 0.071 0.167 0.001 0.006 0.006 0.008 0.075 0.006 0.001 0.020 0.640 18 M 0.045 0.216 0.002 0.011 0.011 0.009 0.099 0.030 0.001 0.082 0.495 19 S 0.054 0.741 0.002 0.004 0.001 0.002 0.024 0.004 0.001 0.022 0.146 20 K 0.035 0.191 0.003 0.011 0.002 0.002 0.021 0.002 0.001 0.617 0.115 21 K 0.004 0.411 0.003 0.006 0.005 0.004 0.025 0.002 0.001 0.415 0.123 22 K 0.006 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.005 0.034 23 Q 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 0.019 24 T 0.014 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.004 0.027 25 E 0.015 0.828 0.008 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.005 0.077 0.049 26 M 0.038 0.641 0.083 0.001 0.001 0.001 0.019 0.020 0.040 0.097 0.060 27 I 0.174 0.572 0.010 0.001 0.001 0.001 0.033 0.018 0.006 0.034 0.150 28 A 0.087 0.355 0.006 0.003 0.001 0.002 0.054 0.007 0.003 0.040 0.442 29 D 0.053 0.236 0.019 0.009 0.002 0.006 0.105 0.007 0.007 0.083 0.473 30 H 0.122 0.180 0.028 0.010 0.003 0.012 0.071 0.016 0.013 0.078 0.466 31 I 0.373 0.103 0.007 0.004 0.003 0.007 0.048 0.012 0.004 0.046 0.393 32 Y 0.157 0.069 0.002 0.008 0.003 0.008 0.065 0.003 0.001 0.026 0.658 33 G 0.050 0.075 0.002 0.014 0.006 0.018 0.081 0.004 0.001 0.028 0.721 34 K 0.043 0.084 0.003 0.014 0.030 0.043 0.103 0.005 0.001 0.037 0.637 35 Y 0.045 0.056 0.004 0.018 0.056 0.069 0.102 0.006 0.002 0.038 0.603 36 D 0.099 0.136 0.006 0.017 0.030 0.041 0.077 0.007 0.003 0.037 0.547 37 V 0.358 0.099 0.005 0.013 0.014 0.021 0.063 0.017 0.002 0.046 0.362 38 F 0.192 0.153 0.002 0.017 0.010 0.025 0.071 0.014 0.001 0.038 0.477 39 K 0.085 0.028 0.001 0.015 0.019 0.030 0.081 0.002 0.001 0.017 0.722 40 R 0.006 0.037 0.001 0.028 0.111 0.084 0.103 0.001 0.001 0.010 0.618 41 F 0.015 0.112 0.001 0.010 0.034 0.027 0.073 0.005 0.001 0.007 0.714 42 K 0.256 0.319 0.002 0.018 0.069 0.028 0.056 0.049 0.001 0.058 0.143 43 P 0.124 0.341 0.016 0.029 0.005 0.011 0.069 0.005 0.006 0.059 0.334 44 L 0.124 0.342 0.005 0.031 0.022 0.039 0.055 0.010 0.001 0.055 0.315 45 A 0.094 0.262 0.002 0.045 0.043 0.055 0.065 0.005 0.001 0.078 0.351 46 L 0.013 0.151 0.001 0.066 0.030 0.041 0.114 0.003 0.001 0.040 0.539 47 G 0.024 0.403 0.005 0.068 0.041 0.045 0.071 0.006 0.001 0.087 0.247 48 I 0.009 0.798 0.002 0.008 0.007 0.005 0.019 0.004 0.001 0.008 0.140 49 D 0.013 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.003 0.016 50 Q 0.016 0.844 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.072 0.050 51 D 0.035 0.488 0.055 0.003 0.002 0.002 0.023 0.020 0.027 0.270 0.077 52 L 0.365 0.341 0.016 0.003 0.001 0.002 0.018 0.052 0.007 0.104 0.092 53 I 0.214 0.063 0.013 0.008 0.002 0.005 0.057 0.007 0.014 0.094 0.523 54 A 0.027 0.043 0.003 0.010 0.002 0.006 0.124 0.001 0.002 0.023 0.758 55 A 0.021 0.083 0.007 0.009 0.003 0.008 0.088 0.006 0.003 0.024 0.748 56 L 0.562 0.050 0.002 0.002 0.002 0.002 0.057 0.024 0.001 0.060 0.238 57 P 0.135 0.051 0.001 0.007 0.001 0.003 0.085 0.002 0.001 0.048 0.668 58 Q 0.022 0.081 0.001 0.007 0.001 0.002 0.074 0.001 0.001 0.028 0.783 59 Y 0.017 0.621 0.002 0.007 0.003 0.003 0.047 0.007 0.001 0.039 0.253 60 D 0.013 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.008 0.025 61 A 0.008 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.014 62 A 0.014 0.738 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.212 0.025 63 L 0.003 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.090 0.013 64 I 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 65 A 0.005 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.042 0.015 66 R 0.007 0.739 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.202 0.035 67 V 0.042 0.756 0.016 0.002 0.001 0.001 0.011 0.016 0.004 0.118 0.034 68 L 0.092 0.642 0.035 0.006 0.001 0.001 0.019 0.021 0.017 0.083 0.083 69 A 0.167 0.317 0.006 0.007 0.002 0.003 0.081 0.006 0.004 0.060 0.347 70 N 0.081 0.203 0.003 0.015 0.002 0.004 0.118 0.008 0.001 0.057 0.507 71 H 0.157 0.057 0.008 0.024 0.002 0.004 0.162 0.007 0.002 0.231 0.345 72 C 0.037 0.077 0.006 0.048 0.003 0.008 0.175 0.004 0.002 0.161 0.479 73 R 0.031 0.467 0.002 0.005 0.001 0.003 0.062 0.004 0.001 0.064 0.360 74 R 0.028 0.885 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.025 0.044 75 P 0.010 0.930 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.017 0.031 76 R 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 77 Y 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 78 L 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.006 79 K 0.005 0.915 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.053 0.017 80 A 0.014 0.019 0.560 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.222 0.150 0.023 81 L 0.709 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.030 0.025 0.007 0.087 0.111 82 A 0.090 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.043 0.002 0.004 0.035 0.816 83 R 0.013 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.092 0.001 0.001 0.009 0.873 84 G 0.004 0.001 0.001 0.006 0.008 0.021 0.116 0.006 0.001 0.033 0.805 85 G 0.029 0.005 0.001 0.016 0.011 0.012 0.136 0.003 0.001 0.046 0.743 86 K 0.012 0.004 0.001 0.287 0.034 0.106 0.077 0.002 0.001 0.070 0.409 87 R 0.015 0.005 0.001 0.150 0.038 0.108 0.093 0.001 0.001 0.088 0.501 88 F 0.002 0.001 0.002 0.504 0.066 0.076 0.079 0.002 0.001 0.030 0.237 89 D 0.435 0.011 0.003 0.143 0.026 0.034 0.051 0.012 0.003 0.084 0.198 90 L 0.323 0.003 0.001 0.055 0.004 0.006 0.062 0.003 0.001 0.052 0.490 91 N 0.004 0.001 0.001 0.010 0.004 0.016 0.089 0.001 0.001 0.012 0.863 92 N 0.010 0.001 0.002 0.029 0.013 0.029 0.118 0.001 0.001 0.025 0.771 93 R 0.174 0.008 0.002 0.026 0.078 0.040 0.113 0.007 0.001 0.113 0.438 94 F 0.115 0.007 0.001 0.015 0.014 0.013 0.100 0.005 0.001 0.046 0.684 95 K 0.019 0.008 0.001 0.014 0.014 0.031 0.173 0.006 0.001 0.017 0.718 96 G 0.041 0.009 0.001 0.031 0.024 0.035 0.179 0.002 0.001 0.035 0.643 97 E 0.005 0.009 0.001 0.043 0.040 0.047 0.170 0.001 0.001 0.041 0.643 98 V 0.004 0.107 0.001 0.030 0.018 0.024 0.095 0.003 0.001 0.022 0.696 99 T 0.029 0.898 0.001 0.003 0.002 0.001 0.009 0.004 0.001 0.019 0.034 100 P 0.012 0.941 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 0.020 101 E 0.004 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 0.024 102 E 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.008 103 Q 0.022 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.040 0.014 104 A 0.005 0.073 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.880 0.026 105 I 0.049 0.377 0.014 0.002 0.001 0.001 0.030 0.010 0.003 0.411 0.102 106 A 0.118 0.267 0.053 0.007 0.001 0.001 0.037 0.022 0.015 0.247 0.234 107 Q 0.066 0.307 0.007 0.006 0.001 0.001 0.071 0.004 0.003 0.081 0.453 108 N 0.016 0.658 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 0.011 0.290 109 H 0.021 0.847 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.001 0.030 0.074 110 P 0.022 0.895 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.036 0.033 111 F 0.008 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 0.025 112 V 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.009 113 Q 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.009 114 Q 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 115 A 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.005 116 L 0.003 0.475 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.507 0.008 117 Q 0.001 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 118 Q 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 119 Q 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 120 S 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 121 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 122 Q 0.013 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.047 0.009 123 A 0.006 0.044 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.916 0.020 124 A 0.040 0.444 0.037 0.002 0.001 0.001 0.028 0.016 0.011 0.344 0.078 125 A 0.233 0.141 0.062 0.006 0.001 0.001 0.042 0.025 0.028 0.140 0.321 126 E 0.068 0.269 0.004 0.005 0.001 0.002 0.050 0.003 0.003 0.027 0.567 127 T 0.082 0.226 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.003 0.001 0.011 0.629 128 L 0.022 0.433 0.007 0.004 0.001 0.002 0.045 0.024 0.002 0.029 0.432 129 S 0.108 0.660 0.005 0.001 0.001 0.001 0.025 0.007 0.002 0.015 0.175 130 V 0.047 0.753 0.004 0.002 0.001 0.001 0.016 0.005 0.001 0.018 0.154 131 E 0.038 0.788 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 0.009 0.002 0.022 0.114 132 A 0.113 0.625 0.019 0.005 0.001 0.002 0.024 0.015 0.007 0.051 0.139 133 E 0.111 0.411 0.012 0.006 0.004 0.006 0.043 0.017 0.008 0.086 0.298 134 A 0.174 0.118 0.015 0.006 0.003 0.005 0.065 0.007 0.006 0.088 0.514 135 A 0.099 0.172 0.007 0.011 0.004 0.007 0.067 0.007 0.003 0.047 0.576 136 E 0.088 0.142 0.003 0.006 0.004 0.008 0.068 0.005 0.001 0.035 0.640 137 S 0.052 0.113 0.004 0.010 0.009 0.016 0.088 0.007 0.001 0.050 0.649 138 S 0.105 0.132 0.003 0.012 0.012 0.023 0.093 0.011 0.001 0.077 0.532 139 A 0.155 0.143 0.007 0.018 0.013 0.023 0.091 0.008 0.003 0.074 0.464 140 A 0.159 0.088 0.006 0.024 0.015 0.026 0.097 0.007 0.003 0.049 0.527 141 E 0.104 0.052 0.003 0.023 0.016 0.028 0.104 0.007 0.002 0.041 0.620