# TARGET T0360 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.1055 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.058 0.040 0.069 0.075 0.098 0.137 0.126 0.130 0.112 0.084 2 T 0.140 0.273 0.078 0.127 0.093 0.068 0.070 0.050 0.043 0.035 0.023 3 Q 0.330 0.126 0.088 0.131 0.107 0.078 0.064 0.033 0.024 0.012 0.006 4 E 0.346 0.159 0.107 0.131 0.098 0.061 0.053 0.022 0.014 0.007 0.003 5 T 0.119 0.138 0.174 0.239 0.127 0.075 0.059 0.029 0.021 0.012 0.008 6 A 0.159 0.070 0.077 0.083 0.080 0.104 0.131 0.097 0.088 0.070 0.042 7 L 0.088 0.106 0.184 0.115 0.094 0.105 0.127 0.071 0.056 0.035 0.018 8 G 0.182 0.161 0.219 0.143 0.086 0.068 0.067 0.031 0.024 0.013 0.006 9 A 0.267 0.097 0.187 0.139 0.084 0.066 0.068 0.032 0.028 0.020 0.013 10 A 0.142 0.102 0.231 0.135 0.091 0.079 0.093 0.045 0.039 0.025 0.016 11 L 0.047 0.035 0.166 0.075 0.064 0.101 0.157 0.115 0.113 0.082 0.044 12 K 0.058 0.082 0.355 0.192 0.119 0.083 0.068 0.023 0.012 0.005 0.002 13 S 0.135 0.103 0.531 0.094 0.050 0.035 0.028 0.011 0.008 0.004 0.002 14 A 0.100 0.064 0.173 0.130 0.116 0.123 0.146 0.064 0.045 0.027 0.013 15 V 0.125 0.088 0.183 0.120 0.095 0.093 0.128 0.067 0.053 0.033 0.016 16 Q 0.060 0.084 0.320 0.159 0.125 0.096 0.087 0.036 0.020 0.010 0.004 17 T 0.219 0.164 0.269 0.151 0.082 0.050 0.037 0.014 0.009 0.005 0.002 18 M 0.106 0.067 0.096 0.081 0.087 0.098 0.155 0.105 0.097 0.071 0.036 19 S 0.313 0.238 0.143 0.104 0.068 0.045 0.040 0.020 0.015 0.009 0.004 20 K 0.135 0.166 0.146 0.154 0.110 0.093 0.090 0.045 0.033 0.019 0.008 21 K 0.210 0.104 0.138 0.154 0.129 0.100 0.084 0.035 0.027 0.013 0.006 22 K 0.177 0.106 0.272 0.181 0.093 0.068 0.053 0.022 0.016 0.008 0.004 23 Q 0.022 0.032 0.093 0.119 0.110 0.137 0.188 0.122 0.101 0.054 0.023 24 T 0.026 0.016 0.103 0.046 0.041 0.072 0.164 0.155 0.175 0.129 0.073 25 E 0.017 0.033 0.393 0.211 0.132 0.098 0.066 0.023 0.016 0.007 0.003 26 M 0.010 0.024 0.249 0.100 0.092 0.114 0.148 0.087 0.084 0.057 0.035 27 I 0.008 0.010 0.045 0.043 0.048 0.086 0.177 0.154 0.189 0.149 0.093 28 A 0.013 0.016 0.092 0.063 0.077 0.113 0.214 0.152 0.144 0.081 0.035 29 D 0.044 0.065 0.366 0.200 0.131 0.089 0.056 0.024 0.015 0.007 0.004 30 H 0.036 0.069 0.141 0.134 0.139 0.153 0.165 0.075 0.052 0.025 0.010 31 I 0.059 0.050 0.052 0.072 0.065 0.081 0.144 0.127 0.144 0.122 0.083 32 Y 0.052 0.069 0.056 0.107 0.118 0.121 0.175 0.115 0.097 0.058 0.031 33 G 0.202 0.131 0.092 0.128 0.105 0.084 0.094 0.061 0.052 0.033 0.019 34 K 0.157 0.154 0.065 0.185 0.140 0.105 0.098 0.044 0.029 0.015 0.008 35 Y 0.037 0.024 0.018 0.046 0.059 0.094 0.160 0.148 0.183 0.137 0.095 36 D 0.271 0.257 0.125 0.165 0.082 0.045 0.028 0.012 0.009 0.005 0.003 37 V 0.079 0.067 0.031 0.073 0.074 0.088 0.161 0.135 0.124 0.099 0.069 38 F 0.168 0.109 0.061 0.124 0.107 0.106 0.122 0.073 0.060 0.038 0.030 39 K 0.214 0.152 0.134 0.204 0.122 0.076 0.056 0.020 0.012 0.006 0.004 40 R 0.200 0.173 0.140 0.219 0.114 0.064 0.044 0.019 0.012 0.008 0.006 41 F 0.019 0.031 0.024 0.078 0.116 0.141 0.202 0.161 0.120 0.073 0.035 42 K 0.050 0.096 0.067 0.174 0.187 0.159 0.143 0.062 0.037 0.017 0.010 43 P 0.007 0.009 0.014 0.037 0.055 0.091 0.177 0.176 0.184 0.149 0.102 44 L 0.002 0.003 0.003 0.015 0.026 0.045 0.145 0.192 0.219 0.189 0.162 45 A 0.009 0.019 0.024 0.058 0.059 0.085 0.184 0.175 0.177 0.123 0.088 46 L 0.009 0.009 0.014 0.029 0.030 0.049 0.132 0.159 0.226 0.201 0.142 47 G 0.026 0.052 0.043 0.115 0.116 0.119 0.170 0.137 0.103 0.071 0.049 48 I 0.001 0.006 0.004 0.012 0.014 0.020 0.067 0.119 0.215 0.281 0.261 49 D 0.007 0.020 0.021 0.087 0.169 0.199 0.235 0.117 0.081 0.038 0.027 50 Q 0.197 0.129 0.164 0.207 0.128 0.078 0.058 0.020 0.012 0.005 0.003 51 D 0.023 0.037 0.049 0.171 0.191 0.187 0.177 0.075 0.046 0.025 0.018 52 L 0.001 0.002 0.005 0.006 0.006 0.009 0.037 0.081 0.209 0.294 0.351 53 I 0.002 0.003 0.023 0.053 0.123 0.199 0.317 0.135 0.086 0.039 0.020 54 A 0.041 0.050 0.696 0.139 0.045 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 55 A 0.003 0.010 0.023 0.045 0.091 0.213 0.380 0.128 0.062 0.031 0.015 56 L 0.002 0.003 0.006 0.009 0.013 0.023 0.094 0.148 0.244 0.243 0.214 57 P 0.407 0.189 0.224 0.103 0.045 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.555 0.142 0.160 0.093 0.032 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 59 Y 0.003 0.006 0.002 0.009 0.021 0.052 0.175 0.210 0.204 0.187 0.130 60 D 0.089 0.598 0.099 0.106 0.042 0.031 0.019 0.007 0.005 0.003 0.003 61 A 0.080 0.053 0.103 0.157 0.222 0.210 0.125 0.030 0.014 0.004 0.001 62 A 0.808 0.098 0.052 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.003 0.015 0.050 0.259 0.223 0.205 0.161 0.054 0.022 0.007 0.003 64 I 0.002 0.002 0.013 0.005 0.007 0.015 0.080 0.146 0.231 0.271 0.229 65 A 0.001 0.004 0.212 0.160 0.182 0.244 0.141 0.035 0.013 0.005 0.002 66 R 0.003 0.022 0.581 0.213 0.104 0.047 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 67 V 0.001 0.003 0.024 0.021 0.033 0.080 0.282 0.186 0.161 0.120 0.088 68 L 0.002 0.002 0.047 0.012 0.010 0.014 0.097 0.144 0.250 0.261 0.160 69 A 0.002 0.010 0.224 0.169 0.207 0.161 0.124 0.052 0.026 0.016 0.009 70 N 0.012 0.044 0.420 0.175 0.133 0.103 0.067 0.025 0.013 0.007 0.002 71 H 0.012 0.017 0.028 0.034 0.059 0.110 0.278 0.177 0.153 0.092 0.041 72 C 0.025 0.023 0.030 0.033 0.030 0.041 0.126 0.130 0.183 0.185 0.193 73 R 0.086 0.153 0.152 0.164 0.158 0.108 0.100 0.038 0.023 0.012 0.006 74 R 0.094 0.160 0.095 0.211 0.148 0.102 0.100 0.044 0.028 0.013 0.005 75 P 0.184 0.121 0.077 0.140 0.130 0.115 0.101 0.050 0.042 0.025 0.015 76 R 0.050 0.073 0.059 0.145 0.146 0.175 0.210 0.079 0.038 0.016 0.008 77 Y 0.002 0.005 0.009 0.026 0.033 0.052 0.154 0.197 0.230 0.187 0.105 78 L 0.005 0.007 0.031 0.027 0.027 0.048 0.138 0.160 0.209 0.201 0.146 79 K 0.006 0.021 0.151 0.321 0.227 0.122 0.075 0.038 0.023 0.011 0.005 80 A 0.002 0.008 0.036 0.033 0.042 0.071 0.176 0.193 0.197 0.154 0.089 81 L 0.001 0.002 0.016 0.024 0.021 0.024 0.079 0.140 0.222 0.248 0.222 82 A 0.007 0.017 0.075 0.095 0.143 0.167 0.256 0.115 0.073 0.033 0.019 83 R 0.033 0.057 0.221 0.201 0.156 0.147 0.111 0.039 0.021 0.010 0.004 84 G 0.153 0.135 0.067 0.135 0.114 0.098 0.126 0.065 0.053 0.035 0.019 85 G 0.023 0.015 0.009 0.020 0.018 0.027 0.071 0.114 0.191 0.237 0.275 86 K 0.119 0.206 0.114 0.202 0.161 0.099 0.062 0.020 0.010 0.004 0.003 87 R 0.019 0.024 0.016 0.056 0.060 0.083 0.156 0.162 0.169 0.141 0.113 88 F 0.019 0.014 0.009 0.027 0.040 0.061 0.140 0.150 0.187 0.181 0.173 89 D 0.026 0.046 0.039 0.118 0.119 0.120 0.158 0.113 0.121 0.080 0.061 90 L 0.007 0.009 0.007 0.018 0.022 0.036 0.090 0.120 0.192 0.229 0.270 91 N 0.097 0.129 0.084 0.188 0.156 0.111 0.117 0.056 0.035 0.017 0.009 92 N 0.422 0.130 0.046 0.109 0.086 0.064 0.068 0.031 0.022 0.013 0.010 93 R 0.192 0.241 0.099 0.216 0.120 0.060 0.039 0.016 0.009 0.005 0.003 94 F 0.050 0.061 0.027 0.089 0.126 0.144 0.193 0.114 0.095 0.057 0.045 95 K 0.086 0.124 0.087 0.236 0.196 0.113 0.095 0.037 0.016 0.007 0.003 96 G 0.441 0.139 0.046 0.102 0.081 0.068 0.071 0.027 0.015 0.008 0.004 97 E 0.097 0.160 0.158 0.255 0.163 0.090 0.052 0.015 0.006 0.003 0.001 98 V 0.002 0.004 0.002 0.005 0.009 0.023 0.070 0.109 0.189 0.284 0.303 99 T 0.018 0.459 0.200 0.204 0.081 0.023 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 100 P 0.928 0.039 0.018 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.632 0.089 0.169 0.073 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.001 0.003 0.021 0.015 0.020 0.118 0.437 0.210 0.120 0.043 0.012 103 Q 0.001 0.006 0.123 0.272 0.258 0.204 0.097 0.027 0.009 0.003 0.001 104 A 0.011 0.020 0.951 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 I 0.003 0.011 0.320 0.166 0.155 0.166 0.127 0.033 0.015 0.005 0.001 106 A 0.004 0.003 0.122 0.007 0.009 0.018 0.161 0.161 0.214 0.195 0.107 107 Q 0.003 0.008 0.680 0.186 0.086 0.027 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 108 N 0.004 0.020 0.906 0.041 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 109 H 0.015 0.053 0.133 0.074 0.079 0.142 0.251 0.116 0.078 0.043 0.016 110 P 0.357 0.192 0.262 0.071 0.036 0.029 0.036 0.010 0.005 0.002 0.001 111 F 0.223 0.106 0.544 0.079 0.026 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 112 V 0.108 0.077 0.553 0.136 0.052 0.033 0.030 0.007 0.003 0.001 0.001 113 Q 0.039 0.033 0.652 0.082 0.034 0.043 0.071 0.025 0.013 0.005 0.001 114 Q 0.011 0.015 0.801 0.104 0.034 0.021 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 115 A 0.005 0.009 0.935 0.033 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 116 L 0.004 0.008 0.853 0.056 0.028 0.024 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 117 Q 0.002 0.004 0.933 0.021 0.009 0.010 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 118 Q 0.001 0.002 0.957 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 Q 0.001 0.004 0.977 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 S 0.001 0.003 0.951 0.022 0.011 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.001 0.002 0.968 0.009 0.005 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 122 Q 0.001 0.002 0.966 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 A 0.001 0.003 0.979 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.001 0.003 0.953 0.015 0.009 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.001 0.003 0.953 0.017 0.010 0.006 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 126 E 0.001 0.003 0.958 0.022 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 127 T 0.003 0.009 0.938 0.027 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 128 L 0.005 0.020 0.803 0.039 0.038 0.032 0.045 0.010 0.005 0.002 0.001 129 S 0.021 0.038 0.874 0.044 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 130 V 0.028 0.047 0.858 0.038 0.018 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 131 E 0.047 0.060 0.796 0.054 0.023 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 132 A 0.039 0.040 0.690 0.078 0.054 0.041 0.045 0.009 0.003 0.001 0.001 133 E 0.057 0.050 0.814 0.051 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.046 0.046 0.674 0.110 0.062 0.036 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 135 A 0.045 0.067 0.470 0.081 0.089 0.092 0.091 0.034 0.019 0.010 0.004 136 E 0.079 0.089 0.656 0.100 0.040 0.017 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 137 S 0.066 0.080 0.602 0.129 0.069 0.028 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 138 S 0.113 0.111 0.567 0.108 0.051 0.025 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 139 A 0.080 0.050 0.521 0.092 0.065 0.065 0.074 0.025 0.016 0.009 0.004 140 A 0.054 0.074 0.502 0.082 0.069 0.065 0.083 0.036 0.021 0.011 0.004 141 E 0.125 0.148 0.381 0.163 0.086 0.041 0.026 0.014 0.009 0.005 0.002