# TARGET T0360 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.1055 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.257 0.144 0.219 0.192 0.039 0.041 0.069 0.008 0.024 0.004 0.001 2 T 0.169 0.249 0.402 0.042 0.075 0.024 0.007 0.003 0.023 0.006 0.001 3 Q 0.681 0.049 0.175 0.050 0.006 0.023 0.006 0.002 0.006 0.002 0.001 4 E 0.617 0.079 0.181 0.070 0.005 0.032 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 5 T 0.498 0.178 0.158 0.072 0.042 0.013 0.007 0.002 0.028 0.003 0.001 6 A 0.769 0.010 0.122 0.029 0.011 0.009 0.012 0.015 0.002 0.018 0.004 7 L 0.649 0.044 0.135 0.138 0.010 0.011 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 8 G 0.868 0.006 0.040 0.019 0.009 0.002 0.011 0.023 0.002 0.021 0.001 9 A 0.963 0.003 0.015 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.956 0.003 0.011 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.877 0.011 0.022 0.079 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 12 K 0.866 0.016 0.056 0.046 0.003 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 13 S 0.538 0.034 0.098 0.258 0.019 0.011 0.021 0.011 0.009 0.002 0.001 14 A 0.443 0.074 0.277 0.091 0.030 0.016 0.035 0.012 0.017 0.005 0.001 15 V 0.515 0.103 0.214 0.103 0.010 0.035 0.007 0.002 0.009 0.001 0.002 16 Q 0.309 0.251 0.255 0.092 0.018 0.042 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 17 T 0.188 0.205 0.315 0.099 0.023 0.083 0.013 0.001 0.069 0.001 0.001 18 M 0.595 0.049 0.216 0.079 0.015 0.021 0.009 0.002 0.010 0.003 0.001 19 S 0.665 0.015 0.105 0.164 0.005 0.021 0.008 0.007 0.005 0.003 0.001 20 K 0.674 0.090 0.077 0.113 0.018 0.008 0.006 0.003 0.009 0.002 0.001 21 K 0.738 0.041 0.115 0.052 0.007 0.016 0.016 0.005 0.006 0.003 0.001 22 K 0.702 0.074 0.088 0.077 0.015 0.020 0.009 0.003 0.012 0.001 0.001 23 Q 0.844 0.039 0.051 0.036 0.007 0.011 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 24 T 0.938 0.013 0.024 0.016 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.953 0.010 0.010 0.017 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 M 0.949 0.007 0.008 0.028 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 27 I 0.920 0.016 0.013 0.041 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 28 A 0.905 0.018 0.029 0.031 0.005 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.559 0.019 0.033 0.349 0.009 0.009 0.013 0.004 0.005 0.001 0.001 30 H 0.391 0.080 0.154 0.224 0.022 0.025 0.061 0.009 0.031 0.003 0.001 31 I 0.413 0.155 0.205 0.112 0.017 0.049 0.016 0.003 0.025 0.004 0.001 32 Y 0.305 0.100 0.218 0.236 0.023 0.040 0.036 0.005 0.028 0.007 0.001 33 G 0.258 0.039 0.154 0.092 0.114 0.010 0.058 0.156 0.005 0.113 0.001 34 K 0.310 0.164 0.197 0.199 0.028 0.044 0.021 0.004 0.030 0.002 0.002 35 Y 0.232 0.197 0.346 0.114 0.035 0.041 0.012 0.005 0.016 0.003 0.001 36 D 0.213 0.182 0.252 0.118 0.032 0.112 0.031 0.004 0.051 0.003 0.001 37 V 0.426 0.132 0.127 0.243 0.021 0.019 0.008 0.003 0.017 0.003 0.001 38 F 0.390 0.061 0.172 0.166 0.031 0.029 0.082 0.029 0.024 0.015 0.001 39 K 0.477 0.106 0.147 0.109 0.035 0.024 0.057 0.021 0.017 0.006 0.001 40 R 0.375 0.165 0.218 0.172 0.014 0.029 0.014 0.003 0.009 0.001 0.001 41 F 0.109 0.235 0.367 0.155 0.044 0.035 0.022 0.008 0.021 0.005 0.001 42 K 0.012 0.444 0.269 0.001 0.026 0.015 0.020 0.001 0.213 0.001 0.001 43 P 0.043 0.004 0.877 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 44 L 0.305 0.090 0.419 0.101 0.013 0.046 0.008 0.003 0.011 0.001 0.004 45 A 0.144 0.405 0.231 0.025 0.090 0.037 0.022 0.006 0.031 0.007 0.002 46 L 0.125 0.289 0.408 0.083 0.018 0.039 0.009 0.001 0.026 0.001 0.001 47 G 0.091 0.044 0.118 0.023 0.314 0.011 0.035 0.156 0.005 0.203 0.001 48 I 0.404 0.216 0.180 0.056 0.041 0.070 0.003 0.001 0.024 0.004 0.001 49 D 0.726 0.031 0.141 0.022 0.003 0.056 0.002 0.001 0.015 0.002 0.001 50 Q 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 D 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 I 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.699 0.001 0.002 0.297 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.310 0.022 0.497 0.043 0.002 0.014 0.015 0.003 0.092 0.002 0.001 57 P 0.620 0.002 0.354 0.017 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.188 0.008 0.032 0.708 0.003 0.006 0.016 0.034 0.003 0.001 0.001 59 Y 0.007 0.141 0.751 0.013 0.015 0.049 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 60 D 0.006 0.063 0.751 0.002 0.013 0.142 0.001 0.001 0.020 0.002 0.001 61 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 N 0.919 0.001 0.001 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 H 0.701 0.003 0.010 0.235 0.001 0.007 0.032 0.005 0.005 0.001 0.001 72 C 0.571 0.063 0.130 0.174 0.014 0.029 0.006 0.003 0.008 0.001 0.001 73 R 0.555 0.006 0.016 0.410 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 R 0.085 0.218 0.242 0.012 0.204 0.026 0.004 0.001 0.202 0.007 0.001 75 P 0.987 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 R 0.983 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 Y 0.982 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.993 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.992 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.969 0.004 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.869 0.023 0.042 0.053 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 83 R 0.548 0.020 0.187 0.225 0.009 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 84 G 0.027 0.001 0.006 0.038 0.004 0.001 0.105 0.787 0.001 0.030 0.001 85 G 0.020 0.028 0.790 0.005 0.050 0.011 0.011 0.016 0.008 0.061 0.001 86 K 0.383 0.098 0.259 0.192 0.025 0.026 0.003 0.002 0.002 0.002 0.009 87 R 0.015 0.791 0.078 0.012 0.070 0.009 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 88 F 0.013 0.852 0.066 0.005 0.018 0.017 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 89 D 0.020 0.229 0.325 0.009 0.013 0.271 0.004 0.001 0.127 0.001 0.001 90 L 0.382 0.171 0.089 0.209 0.015 0.071 0.004 0.003 0.051 0.003 0.002 91 N 0.050 0.027 0.075 0.290 0.011 0.030 0.463 0.007 0.036 0.010 0.001 92 N 0.006 0.001 0.008 0.025 0.009 0.002 0.492 0.438 0.001 0.018 0.001 93 R 0.088 0.426 0.316 0.092 0.029 0.018 0.008 0.002 0.020 0.001 0.001 94 F 0.077 0.169 0.624 0.020 0.014 0.057 0.010 0.006 0.012 0.009 0.002 95 K 0.144 0.299 0.172 0.236 0.060 0.020 0.037 0.004 0.026 0.002 0.001 96 G 0.028 0.034 0.124 0.020 0.371 0.003 0.049 0.153 0.003 0.215 0.001 97 E 0.071 0.376 0.433 0.027 0.053 0.022 0.003 0.001 0.007 0.001 0.005 98 V 0.029 0.449 0.435 0.019 0.023 0.033 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 99 T 0.008 0.127 0.772 0.001 0.018 0.026 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 100 P 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 Q 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 I 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 A 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 Q 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 N 0.406 0.001 0.002 0.585 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 109 H 0.260 0.036 0.430 0.008 0.002 0.024 0.018 0.001 0.218 0.002 0.001 110 P 0.887 0.001 0.096 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 111 F 0.966 0.002 0.006 0.015 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 112 V 0.980 0.001 0.004 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.981 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 Q 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 Q 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 Q 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 Q 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 S 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 T 0.900 0.002 0.007 0.085 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 128 L 0.809 0.018 0.078 0.068 0.004 0.005 0.008 0.004 0.004 0.002 0.001 129 S 0.876 0.008 0.057 0.019 0.004 0.010 0.013 0.007 0.002 0.003 0.001 130 V 0.967 0.005 0.010 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 E 0.977 0.001 0.006 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 A 0.963 0.003 0.007 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.968 0.002 0.014 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.870 0.005 0.018 0.095 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 135 A 0.786 0.012 0.129 0.048 0.003 0.012 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 136 E 0.703 0.021 0.049 0.186 0.007 0.014 0.011 0.004 0.005 0.001 0.001 137 S 0.569 0.064 0.198 0.118 0.018 0.016 0.005 0.003 0.008 0.002 0.001 138 S 0.737 0.027 0.087 0.101 0.014 0.007 0.011 0.008 0.005 0.003 0.001 139 A 0.719 0.026 0.088 0.125 0.014 0.008 0.006 0.005 0.005 0.004 0.001 140 A 0.643 0.056 0.138 0.100 0.022 0.014 0.007 0.005 0.007 0.005 0.001 141 E 0.654 0.060 0.120 0.104 0.024 0.013 0.008 0.004 0.006 0.006 0.001