# TARGET T0360 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.116 0.194 0.128 0.063 0.195 0.024 0.026 0.057 0.043 0.091 0.065 2 T 0.047 0.402 0.259 0.027 0.135 0.009 0.008 0.039 0.023 0.031 0.021 3 Q 0.095 0.154 0.073 0.012 0.155 0.011 0.020 0.264 0.122 0.058 0.038 4 E 0.062 0.104 0.049 0.016 0.089 0.019 0.036 0.355 0.156 0.077 0.036 5 T 0.032 0.206 0.121 0.033 0.102 0.024 0.033 0.331 0.065 0.036 0.016 6 A 0.054 0.123 0.048 0.009 0.088 0.008 0.022 0.476 0.091 0.059 0.022 7 L 0.024 0.087 0.047 0.013 0.036 0.012 0.015 0.587 0.115 0.049 0.013 8 G 0.013 0.064 0.036 0.015 0.028 0.014 0.010 0.687 0.103 0.020 0.011 9 A 0.014 0.027 0.021 0.009 0.023 0.007 0.014 0.741 0.108 0.027 0.010 10 A 0.009 0.020 0.014 0.005 0.017 0.004 0.012 0.709 0.149 0.054 0.007 11 L 0.014 0.041 0.011 0.005 0.032 0.005 0.015 0.657 0.149 0.062 0.007 12 K 0.012 0.107 0.032 0.017 0.045 0.029 0.081 0.522 0.107 0.041 0.006 13 S 0.064 0.064 0.033 0.014 0.072 0.010 0.028 0.201 0.081 0.332 0.101 14 A 0.065 0.235 0.108 0.016 0.164 0.013 0.019 0.162 0.094 0.078 0.046 15 V 0.091 0.132 0.039 0.007 0.165 0.009 0.022 0.280 0.131 0.080 0.045 16 Q 0.036 0.138 0.069 0.018 0.100 0.028 0.081 0.290 0.120 0.098 0.022 17 T 0.078 0.232 0.126 0.024 0.171 0.015 0.021 0.119 0.053 0.125 0.035 18 M 0.036 0.322 0.129 0.017 0.124 0.016 0.031 0.209 0.066 0.035 0.017 19 S 0.074 0.141 0.057 0.007 0.112 0.006 0.015 0.284 0.098 0.158 0.046 20 K 0.023 0.038 0.011 0.003 0.047 0.004 0.007 0.667 0.165 0.027 0.008 21 K 0.003 0.008 0.003 0.001 0.006 0.002 0.005 0.896 0.070 0.006 0.001 22 K 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.910 0.054 0.014 0.002 23 Q 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.931 0.048 0.006 0.001 24 T 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.931 0.051 0.004 0.001 25 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.921 0.058 0.004 0.001 26 M 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.009 0.881 0.082 0.013 0.001 27 I 0.003 0.005 0.002 0.002 0.005 0.002 0.016 0.769 0.170 0.022 0.002 28 A 0.006 0.025 0.006 0.005 0.014 0.010 0.069 0.644 0.157 0.061 0.004 29 D 0.018 0.101 0.039 0.015 0.061 0.022 0.111 0.302 0.137 0.173 0.020 30 H 0.090 0.109 0.081 0.026 0.095 0.015 0.045 0.143 0.089 0.224 0.083 31 I 0.038 0.352 0.226 0.030 0.131 0.016 0.025 0.085 0.048 0.030 0.020 32 Y 0.075 0.227 0.118 0.022 0.176 0.015 0.029 0.150 0.093 0.057 0.037 33 G 0.055 0.166 0.119 0.023 0.137 0.023 0.048 0.172 0.140 0.089 0.028 34 K 0.072 0.162 0.071 0.015 0.192 0.014 0.038 0.170 0.121 0.110 0.036 35 Y 0.082 0.169 0.072 0.015 0.199 0.013 0.034 0.172 0.106 0.101 0.038 36 D 0.083 0.115 0.073 0.027 0.137 0.036 0.085 0.151 0.084 0.163 0.046 37 V 0.095 0.186 0.119 0.043 0.219 0.020 0.030 0.112 0.063 0.075 0.038 38 F 0.030 0.123 0.094 0.094 0.058 0.035 0.064 0.208 0.128 0.132 0.033 39 K 0.022 0.119 0.092 0.067 0.050 0.050 0.100 0.174 0.121 0.176 0.029 40 R 0.054 0.276 0.172 0.028 0.143 0.010 0.028 0.098 0.079 0.082 0.029 41 F 0.136 0.223 0.125 0.021 0.175 0.016 0.039 0.094 0.068 0.055 0.049 42 K 0.025 0.427 0.259 0.019 0.131 0.011 0.018 0.061 0.026 0.011 0.010 43 P 0.095 0.141 0.038 0.007 0.164 0.012 0.049 0.253 0.151 0.044 0.047 44 L 0.078 0.074 0.040 0.017 0.118 0.018 0.033 0.247 0.174 0.160 0.040 45 A 0.069 0.137 0.061 0.023 0.137 0.032 0.069 0.305 0.080 0.060 0.025 46 L 0.058 0.107 0.027 0.037 0.084 0.030 0.039 0.311 0.141 0.108 0.057 47 G 0.016 0.086 0.112 0.167 0.059 0.030 0.016 0.389 0.076 0.031 0.018 48 I 0.009 0.019 0.010 0.002 0.010 0.002 0.005 0.800 0.114 0.022 0.007 49 D 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.886 0.085 0.013 0.003 50 Q 0.001 0.008 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.923 0.053 0.003 0.001 51 D 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.009 0.926 0.047 0.005 0.001 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.864 0.103 0.023 0.001 53 I 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.752 0.215 0.011 0.001 54 A 0.001 0.006 0.001 0.002 0.002 0.006 0.073 0.732 0.157 0.019 0.002 55 A 0.008 0.010 0.009 0.001 0.011 0.005 0.041 0.200 0.190 0.484 0.041 56 L 0.113 0.058 0.006 0.002 0.078 0.002 0.004 0.111 0.222 0.289 0.114 57 P 0.002 0.014 0.006 0.003 0.008 0.028 0.099 0.467 0.359 0.013 0.002 58 Q 0.013 0.006 0.002 0.002 0.007 0.001 0.006 0.024 0.056 0.855 0.029 59 Y 0.039 0.536 0.101 0.002 0.248 0.002 0.006 0.009 0.009 0.038 0.011 60 D 0.030 0.593 0.288 0.004 0.054 0.001 0.001 0.010 0.003 0.007 0.010 61 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.790 0.188 0.009 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.045 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.047 0.013 0.001 64 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.043 0.004 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.037 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.026 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.953 0.038 0.003 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.873 0.117 0.006 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.882 0.095 0.003 0.001 70 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.102 0.799 0.074 0.014 0.001 71 H 0.013 0.006 0.002 0.003 0.011 0.022 0.135 0.495 0.182 0.118 0.013 72 C 0.035 0.102 0.011 0.005 0.096 0.012 0.100 0.427 0.129 0.066 0.017 73 R 0.016 0.020 0.011 0.022 0.019 0.053 0.066 0.147 0.136 0.482 0.028 74 R 0.040 0.337 0.301 0.044 0.155 0.006 0.008 0.057 0.022 0.020 0.011 75 P 0.017 0.015 0.004 0.003 0.024 0.004 0.017 0.578 0.271 0.053 0.015 76 R 0.006 0.017 0.006 0.003 0.011 0.007 0.053 0.759 0.113 0.022 0.004 77 Y 0.014 0.015 0.005 0.002 0.018 0.002 0.007 0.783 0.118 0.029 0.006 78 L 0.013 0.004 0.001 0.001 0.013 0.002 0.006 0.705 0.235 0.016 0.005 79 K 0.004 0.007 0.004 0.002 0.009 0.002 0.010 0.746 0.210 0.004 0.001 80 A 0.005 0.009 0.005 0.002 0.014 0.001 0.022 0.711 0.151 0.078 0.002 81 L 0.053 0.037 0.010 0.002 0.056 0.005 0.050 0.525 0.167 0.071 0.023 82 A 0.029 0.158 0.406 0.121 0.047 0.022 0.014 0.134 0.023 0.032 0.013 83 R 0.002 0.155 0.067 0.025 0.019 0.150 0.419 0.142 0.017 0.003 0.001 84 G 0.058 0.003 0.004 0.004 0.011 0.001 0.001 0.004 0.010 0.580 0.325 85 G 0.062 0.443 0.122 0.035 0.262 0.014 0.010 0.010 0.007 0.018 0.017 86 K 0.154 0.179 0.034 0.028 0.492 0.015 0.014 0.023 0.007 0.018 0.036 87 R 0.209 0.222 0.041 0.005 0.423 0.005 0.014 0.017 0.004 0.011 0.049 88 F 0.050 0.455 0.020 0.002 0.439 0.005 0.003 0.006 0.002 0.007 0.011 89 D 0.392 0.085 0.161 0.007 0.157 0.003 0.002 0.006 0.004 0.007 0.176 90 L 0.019 0.014 0.035 0.081 0.015 0.116 0.083 0.314 0.263 0.045 0.016 91 N 0.004 0.327 0.193 0.251 0.025 0.028 0.044 0.042 0.028 0.052 0.004 92 N 0.016 0.021 0.022 0.043 0.016 0.023 0.010 0.017 0.030 0.653 0.148 93 R 0.065 0.402 0.135 0.013 0.248 0.008 0.013 0.042 0.031 0.024 0.019 94 F 0.231 0.150 0.048 0.014 0.250 0.016 0.032 0.059 0.048 0.059 0.095 95 K 0.070 0.268 0.086 0.061 0.181 0.029 0.051 0.058 0.074 0.092 0.029 96 G 0.038 0.124 0.230 0.129 0.087 0.068 0.036 0.064 0.090 0.094 0.040 97 E 0.179 0.306 0.081 0.002 0.255 0.001 0.006 0.018 0.018 0.055 0.078 98 V 0.181 0.300 0.070 0.007 0.341 0.008 0.014 0.012 0.008 0.033 0.026 99 T 0.001 0.600 0.385 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.853 0.132 0.003 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.049 0.002 0.001 102 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.039 0.012 0.001 103 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.031 0.002 0.001 104 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.954 0.031 0.003 0.001 105 I 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.928 0.036 0.022 0.001 106 A 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.922 0.045 0.011 0.004 107 Q 0.001 0.012 0.002 0.002 0.004 0.005 0.019 0.898 0.046 0.010 0.002 108 N 0.002 0.015 0.007 0.004 0.007 0.011 0.023 0.839 0.047 0.041 0.006 109 H 0.010 0.020 0.011 0.004 0.014 0.006 0.012 0.798 0.064 0.042 0.019 110 P 0.004 0.011 0.004 0.003 0.007 0.008 0.021 0.822 0.074 0.039 0.009 111 F 0.005 0.022 0.006 0.004 0.013 0.011 0.030 0.817 0.058 0.024 0.011 112 V 0.003 0.015 0.005 0.006 0.009 0.024 0.049 0.778 0.059 0.044 0.007 113 Q 0.024 0.093 0.026 0.005 0.049 0.010 0.024 0.616 0.051 0.072 0.030 114 Q 0.015 0.035 0.013 0.005 0.016 0.008 0.013 0.690 0.065 0.107 0.033 115 A 0.005 0.049 0.012 0.006 0.019 0.019 0.022 0.793 0.046 0.019 0.009 116 L 0.007 0.028 0.008 0.010 0.018 0.017 0.028 0.795 0.044 0.030 0.013 117 Q 0.011 0.017 0.012 0.004 0.015 0.009 0.015 0.761 0.053 0.084 0.020 118 Q 0.006 0.021 0.005 0.003 0.011 0.007 0.007 0.837 0.048 0.039 0.016 119 Q 0.006 0.050 0.008 0.006 0.023 0.017 0.021 0.813 0.034 0.014 0.007 120 S 0.007 0.022 0.012 0.006 0.016 0.012 0.023 0.789 0.040 0.059 0.014 121 A 0.008 0.020 0.011 0.004 0.013 0.012 0.012 0.797 0.044 0.058 0.019 122 Q 0.010 0.052 0.007 0.004 0.023 0.007 0.010 0.805 0.039 0.024 0.019 123 A 0.003 0.022 0.010 0.005 0.011 0.013 0.019 0.825 0.047 0.037 0.008 124 A 0.006 0.016 0.010 0.005 0.012 0.007 0.015 0.819 0.051 0.047 0.013 125 A 0.007 0.036 0.009 0.004 0.015 0.010 0.021 0.781 0.058 0.044 0.013 126 E 0.007 0.038 0.009 0.006 0.021 0.016 0.034 0.740 0.060 0.052 0.017 127 T 0.012 0.028 0.015 0.009 0.020 0.013 0.042 0.635 0.066 0.133 0.028 128 L 0.016 0.143 0.040 0.005 0.043 0.008 0.028 0.534 0.077 0.085 0.020 129 S 0.012 0.061 0.012 0.007 0.029 0.013 0.031 0.636 0.116 0.068 0.016 130 V 0.012 0.044 0.022 0.008 0.034 0.014 0.053 0.655 0.109 0.038 0.012 131 E 0.014 0.012 0.008 0.006 0.016 0.012 0.035 0.552 0.157 0.165 0.023 132 A 0.026 0.077 0.027 0.007 0.067 0.009 0.024 0.523 0.147 0.075 0.018 133 E 0.015 0.060 0.027 0.012 0.044 0.020 0.049 0.570 0.138 0.054 0.012 134 A 0.036 0.089 0.067 0.017 0.078 0.015 0.036 0.405 0.095 0.139 0.021 135 A 0.034 0.142 0.049 0.010 0.077 0.012 0.038 0.464 0.114 0.046 0.013 136 E 0.031 0.068 0.031 0.017 0.048 0.016 0.026 0.468 0.150 0.120 0.025 137 S 0.036 0.072 0.034 0.018 0.075 0.018 0.038 0.503 0.112 0.070 0.026 138 S 0.026 0.038 0.026 0.011 0.038 0.010 0.017 0.532 0.157 0.119 0.025 139 A 0.021 0.037 0.020 0.011 0.037 0.008 0.016 0.583 0.179 0.073 0.015 140 A 0.021 0.059 0.028 0.013 0.048 0.012 0.030 0.565 0.155 0.058 0.012 141 E 0.028 0.065 0.031 0.013 0.063 0.018 0.078 0.506 0.122 0.060 0.015