# TARGET T0360 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.789 0.154 0.043 0.013 0.002 0.001 0.001 2 T 0.834 0.125 0.029 0.010 0.002 0.001 0.001 3 Q 0.781 0.146 0.047 0.020 0.005 0.001 0.001 4 E 0.814 0.137 0.033 0.011 0.003 0.001 0.001 5 T 0.698 0.199 0.069 0.025 0.006 0.001 0.001 6 A 0.689 0.177 0.081 0.040 0.011 0.002 0.001 7 L 0.668 0.222 0.070 0.028 0.010 0.002 0.001 8 G 0.653 0.226 0.082 0.033 0.005 0.001 0.001 9 A 0.685 0.228 0.065 0.019 0.003 0.001 0.001 10 A 0.675 0.217 0.072 0.029 0.006 0.001 0.001 11 L 0.588 0.187 0.116 0.083 0.023 0.002 0.001 12 K 0.702 0.207 0.065 0.021 0.005 0.001 0.001 13 S 0.737 0.186 0.054 0.019 0.004 0.001 0.001 14 A 0.572 0.238 0.111 0.059 0.017 0.003 0.001 15 V 0.491 0.241 0.138 0.081 0.038 0.010 0.001 16 Q 0.370 0.259 0.179 0.132 0.050 0.010 0.001 17 T 0.414 0.253 0.167 0.105 0.047 0.013 0.001 18 M 0.440 0.220 0.143 0.115 0.061 0.019 0.002 19 S 0.534 0.241 0.111 0.069 0.033 0.011 0.001 20 K 0.307 0.245 0.201 0.153 0.071 0.020 0.003 21 K 0.510 0.298 0.118 0.051 0.017 0.005 0.001 22 K 0.261 0.355 0.215 0.113 0.043 0.011 0.001 23 Q 0.075 0.117 0.177 0.272 0.246 0.104 0.008 24 T 0.082 0.141 0.176 0.244 0.222 0.123 0.012 25 E 0.190 0.305 0.232 0.170 0.074 0.027 0.003 26 M 0.097 0.159 0.197 0.246 0.205 0.089 0.006 27 I 0.076 0.082 0.114 0.216 0.278 0.207 0.027 28 A 0.155 0.182 0.195 0.226 0.154 0.076 0.012 29 D 0.298 0.325 0.194 0.113 0.051 0.018 0.002 30 H 0.174 0.220 0.221 0.206 0.123 0.050 0.006 31 I 0.159 0.175 0.195 0.222 0.166 0.075 0.008 32 Y 0.193 0.194 0.207 0.200 0.142 0.060 0.005 33 G 0.147 0.160 0.174 0.231 0.201 0.080 0.006 34 K 0.142 0.201 0.218 0.217 0.156 0.061 0.005 35 Y 0.097 0.126 0.178 0.262 0.230 0.098 0.009 36 D 0.263 0.281 0.213 0.154 0.068 0.020 0.002 37 V 0.310 0.253 0.196 0.160 0.066 0.014 0.001 38 F 0.560 0.251 0.108 0.056 0.020 0.004 0.001 39 K 0.629 0.218 0.091 0.046 0.014 0.003 0.001 40 R 0.624 0.263 0.079 0.026 0.006 0.001 0.001 41 F 0.191 0.244 0.220 0.204 0.109 0.029 0.002 42 K 0.065 0.175 0.241 0.277 0.177 0.060 0.005 43 P 0.028 0.056 0.101 0.206 0.285 0.271 0.052 44 L 0.006 0.010 0.023 0.081 0.212 0.482 0.185 45 A 0.007 0.023 0.051 0.131 0.254 0.379 0.154 46 L 0.036 0.071 0.120 0.181 0.227 0.252 0.113 47 G 0.027 0.073 0.120 0.222 0.256 0.229 0.072 48 I 0.008 0.015 0.021 0.068 0.194 0.504 0.191 49 D 0.004 0.019 0.055 0.173 0.348 0.350 0.051 50 Q 0.055 0.274 0.331 0.215 0.095 0.028 0.002 51 D 0.019 0.085 0.240 0.387 0.215 0.050 0.003 52 L 0.011 0.016 0.023 0.089 0.338 0.494 0.029 53 I 0.041 0.191 0.318 0.315 0.119 0.015 0.001 54 A 0.265 0.503 0.181 0.042 0.008 0.001 0.001 55 A 0.056 0.144 0.334 0.343 0.111 0.010 0.001 56 L 0.088 0.154 0.213 0.324 0.195 0.026 0.001 57 P 0.430 0.433 0.108 0.025 0.004 0.001 0.001 58 Q 0.546 0.332 0.087 0.027 0.006 0.001 0.001 59 Y 0.096 0.174 0.285 0.281 0.140 0.023 0.001 60 D 0.350 0.411 0.172 0.056 0.010 0.001 0.001 61 A 0.250 0.399 0.231 0.099 0.019 0.002 0.001 62 A 0.581 0.337 0.067 0.012 0.002 0.001 0.001 63 L 0.062 0.279 0.372 0.223 0.058 0.007 0.001 64 I 0.006 0.023 0.070 0.242 0.479 0.174 0.006 65 A 0.026 0.208 0.343 0.292 0.114 0.017 0.001 66 R 0.142 0.447 0.282 0.102 0.021 0.004 0.001 67 V 0.013 0.038 0.098 0.265 0.361 0.203 0.022 68 L 0.008 0.010 0.024 0.099 0.308 0.464 0.087 69 A 0.064 0.221 0.289 0.264 0.117 0.036 0.010 70 N 0.107 0.254 0.257 0.219 0.119 0.038 0.007 71 H 0.016 0.035 0.077 0.171 0.282 0.330 0.090 72 C 0.043 0.091 0.116 0.186 0.260 0.241 0.063 73 R 0.147 0.269 0.224 0.205 0.104 0.040 0.011 74 R 0.178 0.290 0.206 0.151 0.101 0.057 0.017 75 P 0.152 0.202 0.202 0.234 0.142 0.059 0.009 76 R 0.166 0.252 0.232 0.212 0.101 0.031 0.006 77 Y 0.121 0.119 0.118 0.192 0.256 0.164 0.029 78 L 0.112 0.110 0.132 0.218 0.226 0.176 0.026 79 K 0.070 0.212 0.239 0.270 0.140 0.061 0.008 80 A 0.074 0.121 0.156 0.230 0.247 0.151 0.021 81 L 0.028 0.045 0.076 0.200 0.375 0.252 0.024 82 A 0.086 0.250 0.289 0.255 0.098 0.019 0.002 83 R 0.193 0.357 0.278 0.129 0.036 0.006 0.001 84 G 0.194 0.309 0.219 0.160 0.086 0.030 0.002 85 G 0.053 0.132 0.225 0.305 0.206 0.073 0.007 86 K 0.111 0.220 0.234 0.204 0.150 0.072 0.009 87 R 0.048 0.069 0.106 0.188 0.271 0.267 0.050 88 F 0.064 0.086 0.141 0.240 0.265 0.178 0.027 89 D 0.146 0.225 0.261 0.215 0.115 0.035 0.003 90 L 0.150 0.135 0.179 0.262 0.193 0.072 0.009 91 N 0.425 0.317 0.150 0.074 0.026 0.007 0.001 92 N 0.435 0.259 0.158 0.101 0.038 0.008 0.001 93 R 0.496 0.297 0.134 0.054 0.016 0.003 0.001 94 F 0.411 0.282 0.162 0.100 0.037 0.007 0.001 95 K 0.312 0.293 0.219 0.129 0.041 0.007 0.001 96 G 0.512 0.316 0.114 0.047 0.010 0.001 0.001 97 E 0.308 0.409 0.201 0.065 0.015 0.002 0.001 98 V 0.048 0.099 0.193 0.405 0.227 0.026 0.001 99 T 0.396 0.413 0.149 0.038 0.004 0.001 0.001 100 P 0.757 0.209 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 101 E 0.394 0.346 0.176 0.068 0.015 0.002 0.001 102 E 0.061 0.125 0.202 0.320 0.242 0.048 0.001 103 Q 0.197 0.387 0.291 0.103 0.020 0.002 0.001 104 A 0.484 0.431 0.075 0.008 0.001 0.001 0.001 105 I 0.089 0.208 0.320 0.280 0.092 0.010 0.001 106 A 0.175 0.152 0.153 0.255 0.225 0.040 0.001 107 Q 0.310 0.423 0.201 0.058 0.007 0.001 0.001 108 N 0.541 0.364 0.083 0.012 0.001 0.001 0.001 109 H 0.297 0.238 0.211 0.168 0.075 0.010 0.001 110 P 0.404 0.225 0.197 0.136 0.034 0.003 0.001 111 F 0.764 0.204 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 112 V 0.759 0.202 0.033 0.005 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.474 0.268 0.166 0.076 0.014 0.001 0.001 114 Q 0.724 0.201 0.055 0.016 0.003 0.001 0.001 115 A 0.890 0.097 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 116 L 0.786 0.171 0.036 0.007 0.001 0.001 0.001 117 Q 0.695 0.197 0.074 0.030 0.004 0.001 0.001 118 Q 0.827 0.143 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 119 Q 0.883 0.105 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 120 S 0.828 0.132 0.032 0.007 0.001 0.001 0.001 121 A 0.749 0.174 0.056 0.017 0.003 0.001 0.001 122 Q 0.877 0.106 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 123 A 0.845 0.130 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 124 A 0.777 0.157 0.048 0.015 0.002 0.001 0.001 125 A 0.856 0.115 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 126 E 0.874 0.108 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 127 T 0.878 0.100 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 128 L 0.829 0.135 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 129 S 0.886 0.092 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 130 V 0.934 0.059 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 131 E 0.912 0.076 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 132 A 0.904 0.079 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 133 E 0.931 0.062 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.913 0.075 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 135 A 0.846 0.109 0.033 0.010 0.001 0.001 0.001 136 E 0.863 0.111 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 137 S 0.860 0.109 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 138 S 0.830 0.135 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 139 A 0.805 0.136 0.041 0.015 0.003 0.001 0.001 140 A 0.778 0.145 0.052 0.020 0.004 0.001 0.001 141 E 0.837 0.119 0.029 0.011 0.003 0.001 0.001