# TARGET T0360 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.6402 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.002 0.966 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.001 0.003 2 T 0.001 0.007 0.907 0.001 0.002 0.056 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.002 0.004 3 Q 0.001 0.003 0.436 0.002 0.023 0.384 0.001 0.001 0.001 0.100 0.039 0.005 0.007 4 E 0.001 0.005 0.205 0.001 0.036 0.651 0.001 0.001 0.001 0.045 0.032 0.006 0.016 5 T 0.002 0.004 0.113 0.001 0.030 0.776 0.001 0.001 0.002 0.024 0.021 0.011 0.014 6 A 0.004 0.006 0.100 0.001 0.017 0.795 0.001 0.001 0.001 0.023 0.024 0.011 0.017 7 L 0.003 0.004 0.100 0.004 0.008 0.763 0.001 0.001 0.002 0.031 0.066 0.007 0.011 8 G 0.002 0.002 0.167 0.002 0.009 0.601 0.001 0.001 0.001 0.066 0.139 0.005 0.005 9 A 0.002 0.002 0.240 0.001 0.008 0.608 0.001 0.001 0.001 0.062 0.063 0.006 0.008 10 A 0.002 0.009 0.155 0.001 0.018 0.716 0.001 0.001 0.002 0.023 0.055 0.004 0.014 11 L 0.001 0.005 0.314 0.006 0.023 0.524 0.001 0.001 0.002 0.055 0.050 0.009 0.010 12 K 0.003 0.006 0.316 0.003 0.039 0.431 0.001 0.001 0.004 0.068 0.079 0.021 0.028 13 S 0.004 0.005 0.257 0.002 0.045 0.480 0.001 0.001 0.006 0.075 0.078 0.013 0.033 14 A 0.004 0.007 0.251 0.004 0.039 0.487 0.002 0.001 0.011 0.080 0.067 0.018 0.029 15 V 0.008 0.009 0.227 0.003 0.041 0.470 0.002 0.001 0.012 0.069 0.070 0.042 0.048 16 Q 0.007 0.017 0.307 0.002 0.023 0.403 0.003 0.001 0.016 0.070 0.059 0.026 0.064 17 T 0.003 0.010 0.369 0.001 0.016 0.433 0.001 0.002 0.013 0.054 0.060 0.011 0.026 18 M 0.001 0.009 0.258 0.001 0.011 0.468 0.001 0.001 0.004 0.146 0.084 0.010 0.007 19 S 0.001 0.004 0.368 0.001 0.016 0.396 0.001 0.001 0.002 0.078 0.124 0.002 0.009 20 K 0.001 0.001 0.102 0.001 0.011 0.810 0.001 0.001 0.001 0.030 0.038 0.002 0.003 21 K 0.001 0.001 0.014 0.001 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 24 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 26 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 27 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 29 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 30 H 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 0.878 0.001 0.001 0.001 0.004 0.096 0.001 0.001 31 I 0.001 0.004 0.091 0.001 0.031 0.679 0.001 0.001 0.001 0.078 0.113 0.001 0.001 32 Y 0.001 0.005 0.121 0.002 0.134 0.302 0.001 0.001 0.001 0.048 0.385 0.001 0.002 33 G 0.001 0.002 0.066 0.001 0.107 0.175 0.001 0.001 0.001 0.109 0.537 0.001 0.001 34 K 0.001 0.016 0.224 0.001 0.125 0.187 0.001 0.001 0.005 0.126 0.299 0.002 0.013 35 Y 0.001 0.061 0.430 0.002 0.023 0.076 0.001 0.001 0.012 0.287 0.063 0.030 0.013 36 D 0.001 0.019 0.578 0.004 0.046 0.054 0.001 0.001 0.006 0.097 0.162 0.005 0.027 37 V 0.002 0.013 0.216 0.001 0.108 0.079 0.001 0.001 0.005 0.168 0.384 0.010 0.013 38 F 0.002 0.022 0.277 0.002 0.122 0.085 0.001 0.001 0.004 0.155 0.302 0.010 0.017 39 K 0.001 0.011 0.334 0.002 0.091 0.063 0.001 0.001 0.003 0.276 0.192 0.014 0.013 40 R 0.002 0.016 0.363 0.003 0.049 0.057 0.001 0.001 0.003 0.174 0.299 0.008 0.026 41 F 0.004 0.029 0.480 0.005 0.024 0.061 0.001 0.001 0.005 0.213 0.133 0.007 0.037 42 K 0.001 0.022 0.629 0.002 0.010 0.042 0.001 0.001 0.006 0.191 0.029 0.057 0.009 43 P 0.002 0.024 0.591 0.005 0.031 0.105 0.001 0.001 0.015 0.059 0.065 0.003 0.097 44 L 0.010 0.021 0.368 0.041 0.093 0.182 0.003 0.003 0.023 0.095 0.100 0.041 0.019 45 A 0.018 0.013 0.173 0.006 0.081 0.328 0.011 0.011 0.060 0.112 0.089 0.029 0.069 46 L 0.025 0.011 0.162 0.011 0.038 0.313 0.021 0.036 0.057 0.124 0.102 0.048 0.052 47 G 0.023 0.038 0.291 0.003 0.014 0.239 0.016 0.017 0.081 0.086 0.071 0.068 0.054 48 I 0.007 0.021 0.297 0.002 0.012 0.447 0.004 0.004 0.035 0.073 0.036 0.016 0.046 49 D 0.002 0.003 0.100 0.002 0.009 0.827 0.001 0.001 0.006 0.019 0.018 0.005 0.008 50 Q 0.001 0.001 0.011 0.001 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.001 0.001 51 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 52 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 53 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.049 0.828 0.001 0.001 0.001 0.003 0.117 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.049 0.657 0.001 0.001 0.001 0.007 0.279 0.001 0.001 56 L 0.001 0.004 0.537 0.001 0.032 0.082 0.001 0.001 0.001 0.272 0.071 0.001 0.001 57 P 0.001 0.001 0.116 0.001 0.162 0.024 0.001 0.001 0.001 0.069 0.629 0.001 0.001 58 Q 0.001 0.001 0.069 0.001 0.093 0.017 0.001 0.001 0.001 0.051 0.769 0.001 0.001 59 Y 0.001 0.017 0.654 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.301 0.010 0.002 0.001 60 D 0.001 0.006 0.938 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 0.001 0.003 61 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 64 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 70 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.878 0.001 0.001 0.001 0.002 0.114 0.001 0.001 71 H 0.001 0.001 0.008 0.001 0.034 0.641 0.001 0.001 0.001 0.011 0.305 0.001 0.001 72 C 0.001 0.026 0.220 0.001 0.022 0.317 0.001 0.001 0.008 0.179 0.224 0.001 0.002 73 R 0.001 0.017 0.366 0.001 0.013 0.115 0.001 0.001 0.004 0.334 0.143 0.003 0.004 74 R 0.001 0.003 0.501 0.001 0.003 0.053 0.001 0.001 0.002 0.420 0.012 0.002 0.004 75 P 0.001 0.001 0.034 0.001 0.088 0.763 0.001 0.001 0.001 0.016 0.097 0.001 0.001 76 R 0.001 0.003 0.011 0.001 0.087 0.814 0.001 0.001 0.001 0.012 0.070 0.001 0.001 77 Y 0.001 0.002 0.013 0.001 0.082 0.861 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 0.001 0.003 78 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.035 0.922 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.001 0.002 79 K 0.002 0.001 0.012 0.001 0.046 0.870 0.001 0.001 0.001 0.009 0.052 0.002 0.004 80 A 0.007 0.002 0.014 0.001 0.040 0.845 0.001 0.001 0.004 0.010 0.058 0.007 0.011 81 L 0.009 0.009 0.046 0.001 0.021 0.820 0.002 0.002 0.004 0.028 0.020 0.004 0.035 82 A 0.004 0.016 0.109 0.011 0.021 0.694 0.002 0.001 0.012 0.037 0.050 0.021 0.022 83 R 0.001 0.001 0.006 0.005 0.011 0.132 0.001 0.001 0.001 0.021 0.820 0.001 0.002 84 G 0.001 0.001 0.014 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.958 0.001 0.001 85 G 0.001 0.004 0.785 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.132 0.037 0.014 0.013 86 K 0.005 0.017 0.680 0.004 0.002 0.002 0.005 0.002 0.072 0.059 0.011 0.026 0.115 87 R 0.095 0.035 0.146 0.005 0.003 0.004 0.079 0.027 0.175 0.026 0.004 0.163 0.238 88 F 0.175 0.054 0.148 0.025 0.004 0.005 0.100 0.012 0.060 0.022 0.007 0.133 0.254 89 D 0.061 0.011 0.384 0.013 0.007 0.006 0.022 0.006 0.050 0.039 0.020 0.099 0.282 90 L 0.065 0.005 0.187 0.016 0.065 0.023 0.007 0.002 0.009 0.077 0.344 0.094 0.105 91 N 0.006 0.002 0.071 0.007 0.030 0.010 0.001 0.001 0.001 0.148 0.683 0.024 0.016 92 N 0.009 0.002 0.197 0.022 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.405 0.297 0.014 0.035 93 R 0.019 0.039 0.456 0.001 0.005 0.004 0.005 0.001 0.009 0.142 0.022 0.202 0.095 94 F 0.018 0.090 0.195 0.004 0.007 0.006 0.007 0.001 0.010 0.030 0.011 0.022 0.601 95 K 0.023 0.006 0.296 0.503 0.008 0.006 0.005 0.001 0.004 0.025 0.012 0.022 0.088 96 G 0.026 0.004 0.215 0.004 0.012 0.009 0.006 0.001 0.017 0.074 0.015 0.519 0.098 97 E 0.009 0.016 0.424 0.002 0.006 0.010 0.005 0.001 0.016 0.022 0.010 0.016 0.464 98 V 0.003 0.026 0.770 0.005 0.001 0.008 0.002 0.001 0.007 0.034 0.004 0.110 0.030 99 T 0.001 0.004 0.852 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.004 0.043 0.002 0.006 0.068 100 P 0.001 0.001 0.010 0.001 0.027 0.900 0.001 0.001 0.001 0.013 0.049 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.051 0.892 0.001 0.001 0.001 0.007 0.038 0.001 0.001 102 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.043 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 103 Q 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 105 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 106 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.014 0.927 0.001 0.001 0.001 0.009 0.039 0.001 0.001 107 Q 0.001 0.001 0.013 0.001 0.015 0.715 0.001 0.001 0.001 0.007 0.248 0.001 0.001 108 N 0.001 0.001 0.039 0.001 0.008 0.469 0.001 0.001 0.001 0.047 0.437 0.001 0.001 109 H 0.001 0.001 0.583 0.001 0.002 0.204 0.001 0.001 0.001 0.186 0.023 0.001 0.001 110 P 0.001 0.002 0.206 0.001 0.033 0.649 0.001 0.001 0.001 0.032 0.077 0.001 0.001 111 F 0.001 0.002 0.055 0.001 0.036 0.819 0.001 0.001 0.001 0.027 0.061 0.001 0.001 112 V 0.001 0.001 0.043 0.001 0.023 0.893 0.001 0.001 0.001 0.015 0.023 0.001 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.024 0.001 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 114 Q 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 116 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 117 Q 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.948 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.001 0.001 118 Q 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.943 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.001 0.001 119 Q 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.933 0.001 0.001 0.001 0.007 0.033 0.001 0.001 120 S 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.927 0.001 0.001 0.001 0.009 0.037 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.946 0.001 0.001 0.001 0.008 0.022 0.001 0.001 122 Q 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 123 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 124 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 125 A 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 0.944 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.023 0.001 0.004 0.888 0.001 0.001 0.001 0.008 0.077 0.001 0.001 127 T 0.001 0.001 0.032 0.001 0.006 0.762 0.001 0.001 0.001 0.013 0.187 0.001 0.001 128 L 0.001 0.001 0.133 0.001 0.009 0.675 0.001 0.001 0.001 0.062 0.119 0.001 0.001 129 S 0.001 0.003 0.310 0.001 0.012 0.544 0.001 0.001 0.001 0.045 0.085 0.001 0.001 130 V 0.001 0.002 0.185 0.001 0.016 0.662 0.001 0.001 0.001 0.052 0.081 0.001 0.001 131 E 0.001 0.003 0.137 0.001 0.018 0.754 0.001 0.001 0.001 0.028 0.060 0.001 0.001 132 A 0.001 0.002 0.063 0.001 0.020 0.873 0.001 0.001 0.001 0.018 0.023 0.001 0.001 133 E 0.001 0.002 0.045 0.001 0.024 0.885 0.001 0.001 0.001 0.012 0.029 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.048 0.001 0.031 0.842 0.001 0.001 0.001 0.014 0.060 0.001 0.002 135 A 0.001 0.002 0.110 0.001 0.029 0.721 0.001 0.001 0.001 0.027 0.107 0.001 0.002 136 E 0.001 0.003 0.192 0.001 0.031 0.511 0.001 0.001 0.001 0.068 0.188 0.002 0.003 137 S 0.001 0.005 0.285 0.001 0.021 0.369 0.001 0.001 0.001 0.120 0.190 0.004 0.004 138 S 0.001 0.006 0.614 0.001 0.016 0.188 0.001 0.001 0.001 0.067 0.105 0.001 0.004 139 A 0.001 0.006 0.659 0.001 0.020 0.115 0.001 0.001 0.001 0.088 0.104 0.001 0.005 140 A 0.001 0.004 0.790 0.001 0.019 0.072 0.001 0.001 0.001 0.051 0.060 0.002 0.003 141 E 0.001 0.001 0.957 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.001 0.002