# TARGET T0360 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0360/T0360.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.6402 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.101 0.066 0.169 0.203 0.010 0.088 0.018 0.007 0.008 0.011 0.083 0.063 0.134 0.006 0.005 0.027 2 T 0.022 0.064 0.101 0.110 0.004 0.326 0.005 0.020 0.002 0.004 0.054 0.129 0.146 0.001 0.008 0.005 3 Q 0.004 0.040 0.028 0.063 0.002 0.163 0.002 0.007 0.006 0.003 0.333 0.081 0.255 0.002 0.002 0.009 4 E 0.010 0.048 0.026 0.068 0.002 0.025 0.005 0.002 0.002 0.001 0.087 0.318 0.394 0.002 0.004 0.006 5 T 0.003 0.009 0.044 0.037 0.001 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 0.022 0.069 0.769 0.002 0.004 0.009 6 A 0.005 0.007 0.038 0.023 0.042 0.037 0.075 0.003 0.001 0.001 0.032 0.021 0.459 0.234 0.003 0.018 7 L 0.003 0.028 0.036 0.033 0.001 0.018 0.008 0.073 0.001 0.001 0.028 0.028 0.478 0.004 0.255 0.006 8 G 0.003 0.010 0.027 0.034 0.001 0.021 0.008 0.003 0.030 0.023 0.028 0.027 0.566 0.007 0.006 0.206 9 A 0.198 0.014 0.027 0.039 0.001 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.052 0.045 0.567 0.005 0.007 0.014 10 A 0.009 0.075 0.187 0.066 0.002 0.045 0.014 0.004 0.002 0.001 0.026 0.068 0.438 0.014 0.012 0.038 11 L 0.010 0.029 0.105 0.110 0.005 0.102 0.024 0.003 0.002 0.001 0.027 0.033 0.510 0.006 0.016 0.019 12 K 0.012 0.105 0.140 0.146 0.004 0.053 0.012 0.010 0.003 0.002 0.059 0.036 0.367 0.008 0.011 0.031 13 S 0.022 0.047 0.072 0.156 0.002 0.137 0.008 0.008 0.006 0.003 0.058 0.074 0.365 0.006 0.011 0.024 14 A 0.017 0.060 0.139 0.096 0.004 0.054 0.019 0.003 0.003 0.001 0.092 0.053 0.414 0.010 0.008 0.026 15 V 0.012 0.072 0.121 0.170 0.003 0.045 0.015 0.005 0.002 0.001 0.041 0.090 0.389 0.005 0.012 0.018 16 Q 0.016 0.056 0.155 0.220 0.009 0.054 0.021 0.008 0.005 0.003 0.026 0.035 0.311 0.016 0.010 0.056 17 T 0.022 0.043 0.123 0.125 0.012 0.173 0.025 0.009 0.004 0.004 0.053 0.030 0.329 0.007 0.017 0.026 18 M 0.015 0.095 0.113 0.098 0.007 0.064 0.012 0.014 0.004 0.007 0.164 0.068 0.298 0.006 0.009 0.025 19 S 0.010 0.013 0.011 0.018 0.002 0.277 0.003 0.007 0.002 0.006 0.072 0.227 0.345 0.001 0.003 0.004 20 K 0.002 0.008 0.003 0.002 0.001 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.386 0.074 0.481 0.001 0.001 0.003 21 K 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.405 0.536 0.001 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.037 0.951 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 24 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.990 0.001 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.996 0.001 0.001 0.001 26 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.001 0.001 29 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.016 0.009 0.010 30 H 0.002 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.701 0.016 0.035 0.217 31 I 0.008 0.001 0.042 0.001 0.002 0.006 0.147 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.606 0.130 0.007 0.045 32 Y 0.009 0.023 0.062 0.004 0.001 0.035 0.025 0.019 0.001 0.001 0.024 0.008 0.649 0.010 0.120 0.012 33 G 0.005 0.078 0.015 0.025 0.001 0.018 0.009 0.006 0.024 0.009 0.179 0.055 0.386 0.016 0.012 0.161 34 K 0.190 0.058 0.125 0.055 0.002 0.007 0.034 0.002 0.007 0.001 0.018 0.092 0.290 0.021 0.027 0.072 35 Y 0.011 0.018 0.645 0.077 0.001 0.019 0.023 0.003 0.001 0.001 0.005 0.012 0.142 0.003 0.015 0.023 36 D 0.013 0.030 0.102 0.079 0.017 0.442 0.027 0.007 0.002 0.006 0.026 0.019 0.200 0.005 0.004 0.020 37 V 0.015 0.087 0.023 0.085 0.011 0.075 0.009 0.021 0.004 0.002 0.502 0.033 0.110 0.011 0.004 0.008 38 F 0.011 0.128 0.073 0.090 0.009 0.033 0.023 0.013 0.015 0.005 0.035 0.382 0.111 0.020 0.035 0.016 39 K 0.026 0.031 0.142 0.082 0.008 0.060 0.045 0.017 0.010 0.008 0.054 0.034 0.340 0.013 0.051 0.081 40 R 0.060 0.114 0.244 0.150 0.003 0.029 0.016 0.014 0.019 0.004 0.053 0.034 0.135 0.006 0.018 0.101 41 F 0.102 0.080 0.299 0.319 0.003 0.030 0.017 0.003 0.011 0.004 0.007 0.030 0.054 0.003 0.004 0.035 42 K 0.028 0.047 0.370 0.410 0.003 0.068 0.006 0.003 0.002 0.001 0.011 0.006 0.034 0.001 0.002 0.008 43 P 0.009 0.054 0.119 0.532 0.009 0.180 0.004 0.004 0.002 0.001 0.033 0.011 0.034 0.001 0.001 0.005 44 L 0.008 0.158 0.067 0.626 0.004 0.038 0.001 0.006 0.003 0.001 0.034 0.025 0.024 0.001 0.002 0.003 45 A 0.014 0.031 0.103 0.529 0.119 0.043 0.033 0.004 0.004 0.002 0.022 0.016 0.026 0.041 0.001 0.011 46 L 0.017 0.027 0.234 0.480 0.006 0.025 0.002 0.083 0.002 0.001 0.014 0.006 0.038 0.001 0.056 0.005 47 G 0.009 0.040 0.053 0.418 0.017 0.122 0.006 0.003 0.031 0.157 0.020 0.016 0.035 0.002 0.001 0.071 48 I 0.068 0.014 0.004 0.060 0.005 0.658 0.001 0.016 0.001 0.002 0.065 0.048 0.057 0.001 0.001 0.001 49 D 0.001 0.011 0.003 0.004 0.001 0.199 0.001 0.006 0.002 0.003 0.623 0.064 0.080 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.016 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.189 0.570 0.205 0.001 0.002 0.001 51 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.122 0.853 0.001 0.001 0.001 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 53 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.973 0.001 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.904 0.054 0.006 0.031 55 A 0.002 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.588 0.081 0.079 0.171 56 L 0.002 0.001 0.122 0.001 0.001 0.009 0.164 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.628 0.011 0.017 0.043 57 P 0.026 0.034 0.047 0.004 0.001 0.037 0.049 0.008 0.001 0.001 0.132 0.016 0.540 0.026 0.015 0.063 58 Q 0.026 0.477 0.024 0.015 0.001 0.010 0.007 0.002 0.016 0.001 0.032 0.074 0.122 0.016 0.022 0.157 59 Y 0.021 0.059 0.655 0.028 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.132 0.001 0.022 0.036 60 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.052 0.001 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 64 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 0.001 70 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.006 0.004 71 H 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.670 0.076 0.019 0.198 72 C 0.009 0.004 0.031 0.003 0.001 0.014 0.053 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.769 0.022 0.037 0.049 73 R 0.013 0.168 0.140 0.022 0.001 0.003 0.010 0.007 0.001 0.001 0.022 0.008 0.369 0.010 0.033 0.193 74 R 0.027 0.007 0.020 0.010 0.001 0.330 0.005 0.002 0.003 0.009 0.017 0.070 0.473 0.002 0.007 0.016 75 P 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.739 0.011 0.210 0.001 0.001 0.001 76 R 0.001 0.024 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.890 0.064 0.001 0.001 0.001 77 Y 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 0.931 0.001 0.001 0.005 78 L 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 79 K 0.001 0.011 0.001 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.951 0.001 0.001 0.002 80 A 0.001 0.002 0.003 0.038 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.919 0.004 0.001 0.014 81 L 0.002 0.004 0.099 0.029 0.002 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.812 0.005 0.009 0.018 82 A 0.001 0.003 0.008 0.007 0.119 0.009 0.135 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.069 0.634 0.002 0.010 83 R 0.003 0.007 0.007 0.010 0.006 0.009 0.015 0.301 0.001 0.001 0.012 0.002 0.045 0.016 0.561 0.004 84 G 0.002 0.053 0.014 0.011 0.001 0.001 0.004 0.006 0.276 0.051 0.005 0.006 0.023 0.003 0.020 0.522 85 G 0.916 0.003 0.021 0.024 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.013 86 K 0.040 0.010 0.866 0.065 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 87 R 0.009 0.013 0.083 0.836 0.013 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 88 F 0.002 0.018 0.021 0.927 0.007 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 D 0.001 0.004 0.001 0.018 0.019 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 90 L 0.001 0.025 0.002 0.006 0.116 0.003 0.023 0.006 0.001 0.001 0.784 0.003 0.002 0.027 0.001 0.001 91 N 0.001 0.030 0.006 0.008 0.001 0.005 0.001 0.136 0.008 0.001 0.001 0.113 0.001 0.001 0.687 0.001 92 N 0.003 0.003 0.024 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.097 0.028 0.003 0.001 0.006 0.001 0.003 0.826 93 R 0.896 0.020 0.032 0.015 0.001 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.010 0.004 0.001 0.001 0.006 94 F 0.018 0.006 0.161 0.010 0.171 0.314 0.185 0.004 0.001 0.001 0.033 0.010 0.013 0.070 0.001 0.002 95 K 0.002 0.684 0.027 0.047 0.001 0.004 0.002 0.116 0.004 0.001 0.007 0.018 0.004 0.001 0.080 0.003 96 G 0.008 0.010 0.040 0.442 0.001 0.012 0.002 0.005 0.207 0.059 0.029 0.018 0.014 0.001 0.004 0.149 97 E 0.372 0.020 0.496 0.081 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.018 98 V 0.006 0.024 0.409 0.555 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.987 0.001 0.001 0.001 103 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 105 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 106 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.001 0.001 107 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.009 0.008 0.009 108 N 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.896 0.012 0.015 0.065 109 H 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.964 0.002 0.003 0.007 110 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.006 0.931 0.001 0.001 0.001 111 F 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.188 0.784 0.001 0.001 0.001 112 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.974 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.987 0.001 0.002 0.001 114 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.985 0.002 0.001 0.001 116 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.989 0.002 0.002 0.001 117 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 118 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.987 0.003 0.001 0.004 119 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.988 0.001 0.002 0.001 120 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.985 0.002 0.001 0.003 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.986 0.001 0.002 0.001 122 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.986 0.001 0.001 0.002 123 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.985 0.001 0.001 0.002 124 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.980 0.004 0.002 0.003 125 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.982 0.002 0.004 0.003 126 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.953 0.007 0.004 0.014 127 T 0.005 0.004 0.020 0.003 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.851 0.034 0.020 0.041 128 L 0.003 0.006 0.071 0.004 0.001 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.816 0.006 0.028 0.031 129 S 0.004 0.007 0.025 0.004 0.001 0.045 0.007 0.001 0.001 0.001 0.024 0.017 0.842 0.003 0.004 0.017 130 V 0.007 0.025 0.015 0.010 0.001 0.019 0.003 0.002 0.001 0.001 0.124 0.056 0.721 0.005 0.003 0.009 131 E 0.003 0.024 0.023 0.015 0.001 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.020 0.133 0.721 0.010 0.011 0.011 132 A 0.001 0.003 0.030 0.008 0.001 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.025 0.013 0.871 0.004 0.010 0.010 133 E 0.002 0.011 0.026 0.013 0.001 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.035 0.040 0.819 0.006 0.006 0.015 134 A 0.007 0.011 0.024 0.020 0.001 0.018 0.012 0.002 0.001 0.001 0.023 0.037 0.788 0.018 0.011 0.027 135 A 0.005 0.019 0.077 0.023 0.001 0.019 0.015 0.002 0.001 0.001 0.024 0.024 0.720 0.009 0.024 0.036 136 E 0.011 0.027 0.113 0.037 0.002 0.034 0.024 0.003 0.002 0.001 0.021 0.023 0.601 0.018 0.015 0.067 137 S 0.022 0.040 0.119 0.055 0.003 0.055 0.029 0.006 0.002 0.001 0.056 0.031 0.514 0.016 0.020 0.030 138 S 0.015 0.096 0.124 0.063 0.004 0.059 0.028 0.008 0.005 0.002 0.060 0.048 0.385 0.021 0.019 0.062 139 A 0.022 0.071 0.167 0.113 0.005 0.044 0.025 0.007 0.005 0.002 0.045 0.059 0.368 0.009 0.019 0.039 140 A 0.017 0.033 0.121 0.060 0.056 0.112 0.112 0.006 0.003 0.004 0.046 0.053 0.301 0.044 0.008 0.024 141 E 0.016 0.086 0.085 0.090 0.024 0.048 0.040 0.104 0.005 0.003 0.127 0.042 0.199 0.039 0.071 0.022