# TARGET T0360 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.6402 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.177 0.003 0.014 0.015 0.011 0.062 0.009 0.001 0.223 0.439 2 T 0.027 0.578 0.002 0.003 0.007 0.011 0.039 0.008 0.001 0.080 0.243 3 Q 0.047 0.790 0.008 0.003 0.002 0.003 0.014 0.009 0.002 0.026 0.097 4 E 0.095 0.506 0.049 0.005 0.007 0.007 0.030 0.017 0.023 0.051 0.209 5 T 0.209 0.491 0.001 0.002 0.004 0.006 0.032 0.011 0.001 0.019 0.227 6 A 0.063 0.490 0.007 0.007 0.003 0.007 0.035 0.012 0.004 0.028 0.345 7 L 0.057 0.572 0.014 0.006 0.004 0.006 0.050 0.008 0.003 0.014 0.266 8 G 0.061 0.452 0.005 0.005 0.010 0.018 0.047 0.008 0.003 0.028 0.363 9 A 0.110 0.252 0.013 0.006 0.014 0.015 0.068 0.009 0.004 0.072 0.439 10 A 0.109 0.336 0.012 0.011 0.011 0.019 0.071 0.014 0.006 0.056 0.357 11 L 0.227 0.228 0.008 0.007 0.009 0.018 0.050 0.013 0.004 0.032 0.404 12 K 0.088 0.114 0.005 0.011 0.010 0.017 0.062 0.006 0.002 0.032 0.653 13 S 0.056 0.043 0.004 0.014 0.022 0.042 0.082 0.006 0.001 0.067 0.663 14 A 0.061 0.071 0.003 0.023 0.020 0.039 0.084 0.008 0.001 0.061 0.629 15 V 0.110 0.032 0.002 0.016 0.027 0.028 0.083 0.003 0.001 0.038 0.659 16 Q 0.019 0.038 0.001 0.018 0.029 0.025 0.106 0.002 0.001 0.021 0.740 17 T 0.027 0.112 0.001 0.007 0.008 0.009 0.085 0.005 0.001 0.014 0.733 18 M 0.058 0.380 0.001 0.011 0.011 0.008 0.077 0.032 0.001 0.085 0.335 19 S 0.047 0.757 0.002 0.004 0.001 0.001 0.021 0.004 0.001 0.042 0.120 20 K 0.024 0.221 0.003 0.007 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.644 0.083 21 K 0.006 0.213 0.002 0.003 0.002 0.002 0.014 0.002 0.001 0.693 0.063 22 K 0.007 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.016 0.043 23 Q 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.016 24 T 0.013 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 25 E 0.009 0.839 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.005 0.087 0.043 26 M 0.038 0.548 0.104 0.001 0.001 0.001 0.018 0.021 0.061 0.157 0.051 27 I 0.191 0.569 0.015 0.001 0.001 0.001 0.023 0.057 0.009 0.036 0.099 28 A 0.178 0.128 0.003 0.003 0.001 0.001 0.062 0.004 0.002 0.060 0.557 29 D 0.009 0.085 0.012 0.010 0.001 0.004 0.140 0.001 0.005 0.047 0.687 30 H 0.044 0.090 0.035 0.009 0.002 0.008 0.081 0.010 0.014 0.048 0.660 31 I 0.722 0.073 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.029 0.002 0.049 0.100 32 Y 0.262 0.031 0.001 0.003 0.001 0.002 0.051 0.002 0.001 0.023 0.624 33 G 0.030 0.032 0.001 0.014 0.002 0.012 0.069 0.002 0.001 0.022 0.815 34 K 0.023 0.029 0.002 0.015 0.030 0.043 0.122 0.002 0.001 0.038 0.697 35 Y 0.036 0.025 0.004 0.024 0.068 0.066 0.108 0.008 0.002 0.048 0.611 36 D 0.179 0.092 0.004 0.014 0.027 0.029 0.071 0.007 0.003 0.035 0.540 37 V 0.284 0.039 0.003 0.010 0.010 0.018 0.076 0.014 0.002 0.037 0.508 38 F 0.141 0.107 0.001 0.015 0.007 0.018 0.077 0.012 0.001 0.037 0.584 39 K 0.107 0.025 0.002 0.014 0.019 0.028 0.088 0.002 0.001 0.020 0.694 40 R 0.008 0.020 0.001 0.022 0.131 0.099 0.102 0.002 0.001 0.013 0.603 41 F 0.019 0.046 0.001 0.012 0.036 0.031 0.083 0.003 0.001 0.011 0.756 42 K 0.282 0.109 0.002 0.026 0.113 0.047 0.093 0.044 0.001 0.069 0.213 43 P 0.113 0.132 0.007 0.053 0.008 0.023 0.118 0.006 0.003 0.047 0.490 44 L 0.099 0.115 0.004 0.068 0.036 0.066 0.076 0.009 0.001 0.047 0.479 45 A 0.063 0.077 0.001 0.106 0.082 0.086 0.091 0.004 0.001 0.051 0.439 46 L 0.007 0.021 0.001 0.085 0.045 0.056 0.128 0.002 0.001 0.026 0.630 47 G 0.020 0.135 0.003 0.166 0.070 0.065 0.109 0.005 0.001 0.062 0.363 48 I 0.013 0.666 0.002 0.020 0.008 0.006 0.030 0.006 0.001 0.006 0.243 49 D 0.023 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.003 0.025 50 Q 0.016 0.822 0.005 0.003 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.071 0.068 51 D 0.055 0.447 0.057 0.002 0.002 0.002 0.024 0.023 0.029 0.273 0.086 52 L 0.452 0.257 0.011 0.002 0.001 0.002 0.016 0.058 0.006 0.104 0.092 53 I 0.220 0.045 0.007 0.007 0.003 0.006 0.054 0.006 0.008 0.085 0.559 54 A 0.017 0.034 0.003 0.012 0.002 0.008 0.105 0.001 0.001 0.018 0.799 55 A 0.015 0.048 0.006 0.008 0.004 0.010 0.085 0.005 0.003 0.022 0.793 56 L 0.620 0.030 0.002 0.002 0.002 0.002 0.045 0.019 0.001 0.056 0.221 57 P 0.132 0.039 0.001 0.006 0.001 0.003 0.078 0.002 0.001 0.039 0.700 58 Q 0.026 0.068 0.001 0.006 0.001 0.003 0.069 0.001 0.001 0.016 0.810 59 Y 0.029 0.608 0.002 0.007 0.004 0.004 0.049 0.009 0.001 0.026 0.264 60 D 0.022 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.009 0.047 61 A 0.008 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.020 62 A 0.012 0.828 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.113 0.031 63 L 0.003 0.896 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.076 0.014 64 I 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 65 A 0.005 0.940 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.037 0.012 66 R 0.007 0.801 0.006 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.145 0.028 67 V 0.044 0.766 0.017 0.002 0.001 0.001 0.011 0.015 0.005 0.103 0.034 68 L 0.096 0.612 0.034 0.007 0.001 0.002 0.024 0.021 0.016 0.088 0.098 69 A 0.167 0.285 0.006 0.009 0.002 0.004 0.092 0.006 0.004 0.062 0.362 70 N 0.075 0.157 0.003 0.023 0.002 0.006 0.132 0.008 0.001 0.061 0.532 71 H 0.142 0.047 0.007 0.030 0.003 0.006 0.176 0.006 0.002 0.219 0.362 72 C 0.030 0.058 0.005 0.059 0.004 0.011 0.182 0.004 0.002 0.164 0.480 73 R 0.038 0.467 0.003 0.006 0.002 0.003 0.064 0.006 0.001 0.066 0.345 74 R 0.032 0.876 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.024 0.047 75 P 0.016 0.904 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.021 0.043 76 R 0.010 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.006 0.016 77 Y 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.007 0.020 78 L 0.010 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.009 0.011 79 K 0.013 0.885 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.044 0.042 80 A 0.016 0.023 0.496 0.002 0.001 0.002 0.015 0.005 0.189 0.190 0.061 81 L 0.577 0.023 0.012 0.004 0.002 0.003 0.054 0.027 0.008 0.101 0.189 82 A 0.159 0.003 0.004 0.005 0.002 0.004 0.050 0.004 0.005 0.049 0.716 83 R 0.015 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 0.109 0.001 0.001 0.011 0.851 84 G 0.003 0.001 0.001 0.009 0.009 0.029 0.106 0.004 0.001 0.033 0.806 85 G 0.018 0.003 0.001 0.019 0.019 0.019 0.139 0.002 0.001 0.047 0.733 86 K 0.009 0.002 0.001 0.229 0.056 0.149 0.073 0.002 0.001 0.074 0.405 87 R 0.013 0.003 0.001 0.122 0.048 0.111 0.085 0.001 0.001 0.080 0.535 88 F 0.002 0.001 0.002 0.391 0.098 0.109 0.090 0.002 0.001 0.033 0.272 89 D 0.425 0.011 0.002 0.134 0.029 0.041 0.054 0.011 0.003 0.090 0.202 90 L 0.324 0.003 0.001 0.057 0.006 0.009 0.063 0.003 0.001 0.054 0.480 91 N 0.004 0.001 0.001 0.011 0.005 0.020 0.091 0.001 0.001 0.012 0.857 92 N 0.008 0.001 0.002 0.032 0.012 0.029 0.119 0.001 0.001 0.023 0.773 93 R 0.201 0.009 0.002 0.028 0.078 0.039 0.110 0.008 0.001 0.123 0.402 94 F 0.112 0.007 0.001 0.015 0.012 0.012 0.102 0.005 0.001 0.048 0.686 95 K 0.020 0.008 0.001 0.013 0.013 0.029 0.172 0.007 0.001 0.018 0.720 96 G 0.044 0.010 0.001 0.031 0.023 0.034 0.179 0.002 0.001 0.037 0.639 97 E 0.006 0.009 0.001 0.040 0.035 0.043 0.170 0.001 0.001 0.045 0.650 98 V 0.004 0.091 0.001 0.031 0.020 0.026 0.101 0.003 0.001 0.024 0.698 99 T 0.029 0.886 0.001 0.004 0.002 0.002 0.010 0.005 0.001 0.019 0.042 100 P 0.013 0.941 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 0.021 101 E 0.005 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.018 0.029 102 E 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.010 103 Q 0.029 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.050 0.019 104 A 0.006 0.067 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.880 0.031 105 I 0.050 0.359 0.011 0.002 0.001 0.001 0.034 0.009 0.003 0.410 0.121 106 A 0.097 0.291 0.048 0.006 0.001 0.001 0.037 0.021 0.013 0.232 0.252 107 Q 0.071 0.340 0.007 0.005 0.001 0.001 0.067 0.005 0.003 0.083 0.418 108 N 0.020 0.656 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 0.001 0.015 0.283 109 H 0.025 0.813 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.001 0.043 0.087 110 P 0.026 0.889 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.032 0.038 111 F 0.009 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.016 0.034 112 V 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.011 113 Q 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.010 114 Q 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 115 A 0.009 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.048 0.012 116 L 0.005 0.282 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.682 0.017 117 Q 0.005 0.901 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.060 0.024 118 Q 0.006 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.013 0.024 119 Q 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.019 120 S 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 121 A 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.007 122 Q 0.026 0.863 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.072 0.026 123 A 0.021 0.065 0.018 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.007 0.811 0.059 124 A 0.070 0.463 0.021 0.003 0.001 0.001 0.041 0.021 0.007 0.241 0.133 125 A 0.214 0.118 0.032 0.005 0.001 0.002 0.051 0.017 0.016 0.110 0.435 126 E 0.055 0.257 0.004 0.007 0.001 0.002 0.058 0.003 0.002 0.028 0.583 127 T 0.065 0.311 0.001 0.001 0.001 0.003 0.044 0.004 0.001 0.013 0.557 128 L 0.034 0.531 0.007 0.005 0.001 0.002 0.037 0.020 0.002 0.033 0.328 129 S 0.056 0.768 0.003 0.002 0.001 0.001 0.019 0.006 0.001 0.014 0.130 130 V 0.043 0.825 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 0.005 0.001 0.012 0.097 131 E 0.028 0.836 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 0.008 0.001 0.020 0.085 132 A 0.068 0.708 0.013 0.004 0.001 0.002 0.022 0.014 0.005 0.042 0.121 133 E 0.102 0.469 0.014 0.006 0.004 0.006 0.034 0.016 0.007 0.113 0.229 134 A 0.119 0.199 0.030 0.006 0.004 0.008 0.064 0.010 0.015 0.121 0.424 135 A 0.157 0.151 0.014 0.007 0.005 0.012 0.060 0.008 0.006 0.054 0.527 136 E 0.112 0.069 0.007 0.005 0.004 0.009 0.058 0.005 0.003 0.041 0.687 137 S 0.060 0.016 0.002 0.004 0.007 0.013 0.071 0.004 0.001 0.033 0.790 138 S 0.069 0.014 0.002 0.006 0.004 0.011 0.072 0.003 0.001 0.037 0.781 139 A 0.068 0.012 0.002 0.007 0.007 0.010 0.085 0.004 0.001 0.034 0.771 140 A 0.090 0.017 0.001 0.009 0.007 0.010 0.085 0.004 0.001 0.028 0.750 141 E 0.039 0.009 0.001 0.011 0.013 0.017 0.113 0.007 0.001 0.028 0.763