# TARGET T0360 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.6402 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.090 0.006 0.014 0.013 0.093 0.137 0.612 2 T 0.045 0.608 0.005 0.005 0.006 0.033 0.128 0.170 3 Q 0.033 0.877 0.001 0.001 0.002 0.010 0.014 0.062 4 E 0.041 0.680 0.024 0.011 0.010 0.028 0.073 0.132 5 T 0.052 0.803 0.007 0.006 0.007 0.019 0.028 0.078 6 A 0.128 0.673 0.017 0.003 0.004 0.025 0.030 0.120 7 L 0.047 0.647 0.022 0.007 0.007 0.031 0.046 0.192 8 G 0.084 0.491 0.020 0.004 0.006 0.033 0.070 0.292 9 A 0.094 0.275 0.026 0.012 0.008 0.059 0.184 0.341 10 A 0.078 0.321 0.032 0.009 0.008 0.072 0.136 0.342 11 L 0.118 0.315 0.010 0.004 0.006 0.049 0.055 0.442 12 K 0.091 0.213 0.010 0.006 0.007 0.066 0.040 0.568 13 S 0.057 0.143 0.013 0.008 0.010 0.067 0.252 0.449 14 A 0.093 0.259 0.015 0.010 0.012 0.094 0.126 0.391 15 V 0.109 0.118 0.023 0.017 0.018 0.088 0.126 0.502 16 Q 0.032 0.176 0.014 0.010 0.009 0.091 0.071 0.597 17 T 0.060 0.517 0.008 0.003 0.005 0.051 0.029 0.328 18 M 0.043 0.643 0.008 0.005 0.004 0.044 0.022 0.231 19 S 0.029 0.840 0.002 0.001 0.001 0.012 0.036 0.079 20 K 0.012 0.271 0.001 0.001 0.001 0.006 0.691 0.018 21 K 0.003 0.768 0.002 0.001 0.001 0.005 0.205 0.016 22 K 0.003 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.017 23 Q 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.007 24 T 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 25 E 0.010 0.906 0.005 0.001 0.001 0.003 0.056 0.018 26 M 0.037 0.574 0.040 0.003 0.002 0.018 0.283 0.043 27 I 0.256 0.450 0.030 0.002 0.002 0.017 0.196 0.047 28 A 0.345 0.206 0.026 0.002 0.002 0.031 0.102 0.286 29 D 0.009 0.045 0.023 0.002 0.002 0.044 0.038 0.837 30 H 0.036 0.049 0.026 0.003 0.003 0.112 0.027 0.744 31 I 0.511 0.057 0.022 0.004 0.003 0.071 0.055 0.277 32 Y 0.195 0.027 0.021 0.002 0.003 0.086 0.030 0.636 33 G 0.047 0.036 0.044 0.004 0.010 0.101 0.036 0.722 34 K 0.012 0.020 0.071 0.010 0.014 0.109 0.043 0.721 35 Y 0.072 0.043 0.171 0.038 0.030 0.104 0.057 0.484 36 D 0.229 0.040 0.071 0.019 0.019 0.087 0.080 0.455 37 V 0.075 0.028 0.073 0.018 0.022 0.095 0.066 0.622 38 F 0.104 0.012 0.027 0.009 0.019 0.070 0.037 0.723 39 K 0.161 0.008 0.024 0.024 0.018 0.096 0.067 0.602 40 R 0.016 0.010 0.024 0.017 0.032 0.139 0.029 0.734 41 F 0.014 0.006 0.033 0.009 0.025 0.087 0.024 0.801 42 K 0.071 0.030 0.114 0.119 0.086 0.160 0.076 0.344 43 P 0.013 0.019 0.142 0.024 0.044 0.094 0.063 0.602 44 L 0.039 0.039 0.200 0.073 0.099 0.130 0.089 0.332 45 A 0.029 0.037 0.375 0.044 0.066 0.052 0.216 0.182 46 L 0.030 0.117 0.263 0.029 0.043 0.074 0.112 0.332 47 G 0.015 0.143 0.450 0.049 0.053 0.051 0.073 0.166 48 I 0.023 0.584 0.104 0.015 0.022 0.043 0.061 0.148 49 D 0.047 0.882 0.017 0.001 0.002 0.005 0.028 0.017 50 Q 0.033 0.747 0.026 0.003 0.002 0.018 0.115 0.056 51 D 0.076 0.709 0.045 0.003 0.002 0.015 0.078 0.072 52 L 0.444 0.365 0.023 0.001 0.001 0.012 0.103 0.051 53 I 0.666 0.084 0.015 0.001 0.001 0.019 0.069 0.144 54 A 0.025 0.017 0.010 0.002 0.002 0.038 0.082 0.826 55 A 0.026 0.021 0.003 0.001 0.001 0.038 0.009 0.903 56 L 0.476 0.040 0.012 0.002 0.002 0.074 0.084 0.310 57 P 0.098 0.056 0.004 0.001 0.001 0.084 0.019 0.737 58 Q 0.057 0.121 0.004 0.001 0.001 0.052 0.015 0.749 59 Y 0.027 0.318 0.012 0.001 0.001 0.085 0.045 0.512 60 D 0.013 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 61 A 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 62 A 0.002 0.928 0.008 0.001 0.001 0.004 0.044 0.013 63 L 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 64 I 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 65 A 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 66 R 0.012 0.515 0.013 0.002 0.002 0.007 0.419 0.030 67 V 0.027 0.570 0.017 0.003 0.002 0.014 0.346 0.021 68 L 0.146 0.501 0.022 0.005 0.006 0.029 0.159 0.132 69 A 0.056 0.156 0.016 0.007 0.008 0.063 0.096 0.598 70 N 0.062 0.104 0.031 0.009 0.019 0.110 0.112 0.553 71 H 0.112 0.087 0.041 0.019 0.018 0.151 0.110 0.463 72 C 0.020 0.044 0.038 0.013 0.018 0.153 0.051 0.665 73 R 0.017 0.127 0.020 0.007 0.009 0.102 0.032 0.687 74 R 0.033 0.793 0.006 0.004 0.003 0.022 0.041 0.098 75 P 0.016 0.936 0.004 0.001 0.001 0.005 0.010 0.026 76 R 0.011 0.863 0.008 0.008 0.010 0.011 0.039 0.051 77 Y 0.011 0.882 0.006 0.004 0.005 0.007 0.063 0.021 78 L 0.020 0.909 0.005 0.005 0.005 0.004 0.034 0.017 79 K 0.043 0.685 0.016 0.031 0.037 0.017 0.074 0.097 80 A 0.031 0.109 0.055 0.042 0.052 0.047 0.454 0.208 81 L 0.266 0.065 0.041 0.049 0.041 0.073 0.203 0.262 82 A 0.357 0.012 0.013 0.016 0.018 0.053 0.071 0.461 83 R 0.010 0.002 0.004 0.004 0.008 0.074 0.010 0.888 84 G 0.034 0.003 0.015 0.014 0.047 0.110 0.031 0.746 85 G 0.015 0.002 0.024 0.068 0.064 0.117 0.037 0.674 86 K 0.006 0.001 0.154 0.122 0.150 0.102 0.028 0.436 87 R 0.004 0.001 0.102 0.106 0.154 0.073 0.051 0.509 88 F 0.006 0.001 0.233 0.188 0.114 0.061 0.046 0.350 89 D 0.247 0.004 0.158 0.066 0.074 0.062 0.081 0.307 90 L 0.288 0.005 0.044 0.057 0.044 0.081 0.058 0.425 91 N 0.017 0.003 0.032 0.012 0.041 0.093 0.012 0.791 92 N 0.017 0.002 0.033 0.015 0.060 0.101 0.023 0.748 93 R 0.047 0.004 0.052 0.180 0.134 0.135 0.081 0.368 94 F 0.106 0.004 0.025 0.051 0.061 0.073 0.032 0.648 95 K 0.044 0.002 0.034 0.073 0.162 0.080 0.038 0.567 96 G 0.009 0.004 0.044 0.062 0.135 0.090 0.027 0.628 97 E 0.004 0.008 0.023 0.082 0.128 0.108 0.012 0.635 98 V 0.004 0.025 0.024 0.041 0.027 0.071 0.012 0.795 99 T 0.068 0.874 0.002 0.004 0.002 0.005 0.025 0.019 100 P 0.038 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 101 E 0.012 0.938 0.002 0.001 0.002 0.004 0.016 0.024 102 E 0.012 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.006 103 Q 0.029 0.914 0.002 0.001 0.001 0.005 0.033 0.015 104 A 0.033 0.461 0.030 0.007 0.005 0.014 0.369 0.082 105 I 0.145 0.347 0.014 0.003 0.004 0.026 0.320 0.140 106 A 0.539 0.122 0.015 0.002 0.001 0.033 0.122 0.166 107 Q 0.054 0.084 0.006 0.003 0.002 0.049 0.056 0.746 108 N 0.014 0.114 0.001 0.001 0.001 0.032 0.012 0.826 109 H 0.072 0.589 0.004 0.001 0.001 0.053 0.056 0.223 110 P 0.058 0.774 0.008 0.002 0.001 0.024 0.048 0.085 111 F 0.022 0.925 0.003 0.001 0.001 0.006 0.007 0.037 112 V 0.009 0.973 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 113 Q 0.013 0.955 0.011 0.001 0.001 0.002 0.010 0.008 114 Q 0.011 0.959 0.008 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 115 A 0.070 0.865 0.011 0.001 0.001 0.003 0.030 0.020 116 L 0.052 0.303 0.025 0.001 0.001 0.009 0.562 0.048 117 Q 0.023 0.785 0.003 0.001 0.001 0.008 0.073 0.108 118 Q 0.024 0.873 0.002 0.001 0.001 0.005 0.016 0.080 119 Q 0.011 0.914 0.002 0.001 0.001 0.006 0.014 0.052 120 S 0.019 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.022 121 A 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 122 Q 0.043 0.916 0.005 0.001 0.001 0.003 0.015 0.017 123 A 0.031 0.306 0.029 0.001 0.001 0.012 0.566 0.056 124 A 0.045 0.748 0.011 0.001 0.001 0.011 0.112 0.074 125 A 0.145 0.342 0.040 0.001 0.001 0.025 0.254 0.194 126 E 0.045 0.355 0.010 0.001 0.001 0.052 0.119 0.416 127 T 0.069 0.447 0.007 0.001 0.001 0.038 0.046 0.392 128 L 0.028 0.705 0.003 0.001 0.001 0.030 0.012 0.219 129 S 0.047 0.830 0.006 0.001 0.001 0.015 0.021 0.079 130 V 0.037 0.890 0.005 0.001 0.001 0.009 0.012 0.047 131 E 0.039 0.896 0.013 0.001 0.001 0.006 0.011 0.033 132 A 0.109 0.764 0.023 0.001 0.001 0.010 0.026 0.066 133 E 0.147 0.310 0.037 0.002 0.002 0.036 0.236 0.230 134 A 0.049 0.091 0.027 0.002 0.002 0.042 0.482 0.305 135 A 0.072 0.164 0.012 0.003 0.003 0.066 0.129 0.552 136 E 0.129 0.097 0.011 0.005 0.005 0.074 0.040 0.640 137 S 0.066 0.033 0.007 0.004 0.005 0.089 0.029 0.766 138 S 0.088 0.023 0.009 0.005 0.006 0.103 0.054 0.712 139 A 0.132 0.019 0.009 0.006 0.006 0.122 0.063 0.644 140 A 0.079 0.021 0.012 0.008 0.011 0.119 0.060 0.691 141 E 0.033 0.014 0.016 0.008 0.017 0.104 0.036 0.773