# TARGET T0360 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.6402 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.340 0.103 0.066 0.102 0.080 0.072 0.081 0.056 0.050 0.032 0.019 2 T 0.263 0.366 0.079 0.113 0.066 0.042 0.035 0.016 0.012 0.006 0.003 3 Q 0.277 0.202 0.117 0.183 0.099 0.059 0.036 0.014 0.008 0.004 0.001 4 E 0.446 0.184 0.071 0.113 0.070 0.046 0.036 0.015 0.012 0.005 0.003 5 T 0.096 0.105 0.234 0.211 0.132 0.094 0.075 0.029 0.016 0.007 0.003 6 A 0.112 0.136 0.158 0.208 0.131 0.102 0.084 0.031 0.021 0.011 0.005 7 L 0.041 0.059 0.111 0.100 0.104 0.137 0.186 0.101 0.083 0.052 0.025 8 G 0.148 0.171 0.211 0.189 0.108 0.071 0.058 0.020 0.014 0.007 0.003 9 A 0.199 0.125 0.157 0.159 0.110 0.083 0.088 0.037 0.024 0.012 0.005 10 A 0.188 0.176 0.142 0.154 0.104 0.083 0.073 0.032 0.025 0.014 0.008 11 L 0.041 0.048 0.060 0.074 0.087 0.129 0.202 0.131 0.116 0.072 0.040 12 K 0.285 0.173 0.231 0.162 0.076 0.037 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 13 S 0.182 0.170 0.264 0.151 0.083 0.058 0.049 0.020 0.014 0.007 0.003 14 A 0.113 0.072 0.082 0.107 0.091 0.113 0.166 0.091 0.080 0.052 0.033 15 V 0.110 0.083 0.105 0.138 0.128 0.126 0.143 0.071 0.053 0.029 0.014 16 Q 0.094 0.144 0.352 0.184 0.100 0.059 0.038 0.013 0.009 0.005 0.002 17 T 0.078 0.076 0.099 0.124 0.119 0.136 0.159 0.083 0.064 0.039 0.021 18 M 0.196 0.099 0.086 0.109 0.097 0.094 0.129 0.075 0.060 0.037 0.019 19 S 0.157 0.317 0.151 0.145 0.081 0.052 0.043 0.021 0.017 0.010 0.005 20 K 0.074 0.116 0.084 0.159 0.156 0.140 0.126 0.061 0.048 0.025 0.010 21 K 0.198 0.101 0.078 0.162 0.154 0.122 0.100 0.040 0.028 0.012 0.005 22 K 0.082 0.128 0.247 0.289 0.136 0.063 0.036 0.011 0.005 0.002 0.001 23 Q 0.001 0.004 0.007 0.020 0.036 0.087 0.242 0.208 0.212 0.121 0.061 24 T 0.001 0.001 0.004 0.010 0.030 0.072 0.197 0.204 0.223 0.161 0.098 25 E 0.022 0.037 0.516 0.213 0.104 0.055 0.035 0.008 0.006 0.003 0.001 26 M 0.001 0.006 0.051 0.137 0.211 0.252 0.231 0.065 0.029 0.012 0.005 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.052 0.191 0.341 0.394 28 A 0.001 0.002 0.012 0.059 0.131 0.203 0.312 0.148 0.087 0.036 0.010 29 D 0.027 0.063 0.691 0.145 0.048 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 30 H 0.001 0.003 0.005 0.024 0.070 0.210 0.455 0.146 0.058 0.022 0.006 31 I 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.008 0.055 0.118 0.271 0.312 0.224 32 Y 0.018 0.052 0.056 0.147 0.169 0.178 0.170 0.082 0.064 0.038 0.026 33 G 0.159 0.159 0.227 0.183 0.099 0.069 0.053 0.023 0.016 0.008 0.004 34 K 0.007 0.013 0.009 0.044 0.065 0.116 0.265 0.204 0.164 0.083 0.030 35 Y 0.008 0.007 0.005 0.017 0.025 0.051 0.142 0.164 0.222 0.200 0.158 36 D 0.122 0.236 0.152 0.214 0.115 0.067 0.047 0.020 0.015 0.008 0.005 37 V 0.052 0.040 0.027 0.065 0.070 0.100 0.180 0.149 0.148 0.104 0.067 38 F 0.229 0.125 0.043 0.131 0.099 0.092 0.103 0.061 0.054 0.036 0.027 39 K 0.176 0.159 0.075 0.199 0.141 0.103 0.082 0.032 0.019 0.010 0.005 40 R 0.255 0.198 0.112 0.213 0.110 0.054 0.031 0.011 0.008 0.004 0.003 41 F 0.010 0.016 0.013 0.051 0.078 0.118 0.217 0.181 0.161 0.101 0.055 42 K 0.015 0.046 0.037 0.161 0.227 0.206 0.181 0.070 0.037 0.015 0.006 43 P 0.003 0.004 0.003 0.013 0.018 0.030 0.093 0.154 0.234 0.225 0.222 44 L 0.002 0.003 0.002 0.012 0.021 0.038 0.142 0.174 0.233 0.199 0.175 45 A 0.004 0.009 0.007 0.026 0.033 0.052 0.149 0.174 0.226 0.181 0.140 46 L 0.004 0.004 0.005 0.012 0.015 0.028 0.103 0.149 0.240 0.253 0.189 47 G 0.008 0.023 0.020 0.076 0.097 0.117 0.180 0.161 0.151 0.101 0.065 48 I 0.001 0.004 0.003 0.010 0.012 0.018 0.069 0.118 0.246 0.271 0.249 49 D 0.003 0.010 0.008 0.071 0.168 0.217 0.246 0.129 0.085 0.040 0.021 50 Q 0.236 0.151 0.166 0.203 0.108 0.062 0.044 0.014 0.009 0.005 0.003 51 D 0.009 0.016 0.026 0.100 0.120 0.151 0.228 0.132 0.109 0.071 0.037 52 L 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.008 0.039 0.083 0.230 0.306 0.317 53 I 0.001 0.004 0.032 0.069 0.153 0.229 0.270 0.116 0.075 0.036 0.015 54 A 0.039 0.070 0.606 0.168 0.065 0.030 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 55 A 0.002 0.005 0.012 0.026 0.062 0.184 0.404 0.159 0.090 0.040 0.016 56 L 0.001 0.002 0.003 0.005 0.007 0.016 0.068 0.106 0.227 0.251 0.311 57 P 0.341 0.250 0.210 0.109 0.049 0.023 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.818 0.087 0.038 0.039 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 Y 0.011 0.009 0.002 0.012 0.025 0.064 0.214 0.234 0.213 0.140 0.077 60 D 0.059 0.710 0.065 0.087 0.035 0.021 0.011 0.004 0.003 0.002 0.001 61 A 0.117 0.050 0.053 0.147 0.239 0.230 0.116 0.030 0.013 0.004 0.001 62 A 0.672 0.160 0.068 0.045 0.023 0.015 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 63 L 0.001 0.018 0.051 0.367 0.236 0.171 0.112 0.032 0.009 0.002 0.001 64 I 0.003 0.002 0.008 0.008 0.008 0.015 0.087 0.140 0.248 0.263 0.218 65 A 0.001 0.007 0.179 0.127 0.185 0.254 0.176 0.045 0.019 0.007 0.002 66 R 0.002 0.017 0.494 0.271 0.114 0.059 0.031 0.006 0.004 0.002 0.001 67 V 0.001 0.003 0.021 0.020 0.026 0.058 0.231 0.197 0.204 0.154 0.086 68 L 0.001 0.002 0.042 0.014 0.012 0.018 0.107 0.148 0.260 0.244 0.153 69 A 0.001 0.010 0.188 0.138 0.163 0.178 0.185 0.069 0.041 0.020 0.009 70 N 0.006 0.032 0.299 0.232 0.168 0.126 0.086 0.027 0.016 0.007 0.002 71 H 0.006 0.012 0.024 0.030 0.043 0.094 0.295 0.184 0.170 0.102 0.039 72 C 0.011 0.017 0.021 0.023 0.021 0.033 0.105 0.126 0.200 0.210 0.234 73 R 0.053 0.151 0.140 0.200 0.156 0.117 0.096 0.041 0.027 0.013 0.006 74 R 0.057 0.115 0.074 0.217 0.180 0.139 0.118 0.052 0.032 0.012 0.004 75 P 0.175 0.122 0.070 0.161 0.150 0.125 0.104 0.043 0.029 0.015 0.008 76 R 0.039 0.068 0.042 0.149 0.167 0.178 0.190 0.087 0.049 0.022 0.009 77 Y 0.002 0.008 0.009 0.048 0.065 0.089 0.187 0.191 0.215 0.127 0.061 78 L 0.003 0.004 0.010 0.016 0.017 0.029 0.085 0.125 0.223 0.249 0.239 79 K 0.005 0.028 0.094 0.337 0.278 0.138 0.075 0.025 0.013 0.005 0.002 80 A 0.002 0.007 0.015 0.031 0.040 0.065 0.162 0.196 0.218 0.166 0.097 81 L 0.001 0.002 0.006 0.018 0.023 0.034 0.094 0.129 0.204 0.232 0.259 82 A 0.011 0.036 0.090 0.149 0.161 0.163 0.195 0.086 0.059 0.032 0.020 83 R 0.040 0.068 0.113 0.233 0.177 0.155 0.133 0.045 0.022 0.010 0.004 84 G 0.326 0.169 0.066 0.158 0.101 0.070 0.057 0.022 0.016 0.009 0.006 85 G 0.018 0.014 0.006 0.021 0.022 0.034 0.088 0.108 0.183 0.224 0.280 86 K 0.131 0.321 0.122 0.232 0.115 0.047 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 87 R 0.009 0.012 0.007 0.025 0.028 0.046 0.111 0.149 0.222 0.199 0.192 88 F 0.019 0.029 0.022 0.072 0.099 0.125 0.189 0.126 0.129 0.100 0.091 89 D 0.031 0.063 0.048 0.187 0.158 0.125 0.149 0.086 0.077 0.045 0.031 90 L 0.015 0.009 0.006 0.016 0.021 0.031 0.080 0.110 0.199 0.230 0.282 91 N 0.108 0.171 0.084 0.194 0.141 0.109 0.104 0.041 0.027 0.012 0.007 92 N 0.406 0.154 0.049 0.118 0.072 0.056 0.060 0.030 0.025 0.017 0.013 93 R 0.260 0.273 0.088 0.200 0.098 0.044 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 94 F 0.057 0.090 0.057 0.124 0.139 0.157 0.172 0.080 0.064 0.036 0.023 95 K 0.041 0.082 0.073 0.229 0.213 0.151 0.126 0.046 0.024 0.010 0.006 96 G 0.273 0.135 0.071 0.130 0.124 0.103 0.100 0.034 0.019 0.008 0.004 97 E 0.065 0.174 0.182 0.322 0.163 0.059 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 98 V 0.002 0.003 0.002 0.005 0.009 0.019 0.071 0.097 0.179 0.270 0.343 99 T 0.026 0.506 0.152 0.184 0.079 0.033 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 100 P 0.796 0.072 0.064 0.049 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.513 0.135 0.150 0.116 0.049 0.020 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 102 E 0.001 0.001 0.003 0.007 0.018 0.098 0.382 0.229 0.154 0.076 0.031 103 Q 0.001 0.005 0.069 0.266 0.290 0.218 0.109 0.026 0.012 0.004 0.001 104 A 0.018 0.032 0.909 0.029 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 I 0.001 0.008 0.135 0.129 0.167 0.215 0.231 0.065 0.034 0.011 0.003 106 A 0.001 0.001 0.016 0.003 0.004 0.014 0.105 0.157 0.256 0.262 0.180 107 Q 0.002 0.009 0.547 0.254 0.141 0.035 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 108 N 0.006 0.041 0.826 0.071 0.033 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 109 H 0.007 0.026 0.024 0.042 0.066 0.164 0.323 0.158 0.112 0.058 0.019 110 P 0.565 0.152 0.101 0.056 0.032 0.028 0.041 0.014 0.007 0.003 0.001 111 F 0.351 0.144 0.285 0.093 0.049 0.032 0.029 0.010 0.005 0.002 0.001 112 V 0.080 0.127 0.276 0.152 0.088 0.100 0.103 0.037 0.024 0.009 0.003 113 Q 0.040 0.046 0.191 0.134 0.112 0.145 0.196 0.075 0.041 0.016 0.004 114 Q 0.054 0.054 0.719 0.109 0.038 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.019 0.033 0.689 0.135 0.061 0.037 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 116 L 0.014 0.018 0.289 0.058 0.060 0.117 0.254 0.099 0.059 0.024 0.007 117 Q 0.003 0.012 0.692 0.099 0.066 0.055 0.058 0.011 0.004 0.001 0.001 118 Q 0.002 0.010 0.918 0.047 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 119 Q 0.015 0.025 0.787 0.074 0.041 0.030 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 120 S 0.008 0.020 0.538 0.067 0.066 0.086 0.139 0.042 0.024 0.009 0.002 121 A 0.002 0.012 0.709 0.068 0.056 0.058 0.071 0.015 0.006 0.002 0.001 122 Q 0.002 0.013 0.877 0.076 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 123 A 0.018 0.038 0.786 0.056 0.036 0.033 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 124 A 0.010 0.027 0.396 0.084 0.085 0.107 0.181 0.058 0.034 0.014 0.005 125 A 0.010 0.028 0.588 0.072 0.069 0.079 0.105 0.028 0.014 0.005 0.001 126 E 0.013 0.036 0.798 0.096 0.036 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 127 T 0.063 0.120 0.512 0.113 0.070 0.055 0.044 0.011 0.007 0.003 0.001 128 L 0.092 0.084 0.130 0.090 0.088 0.113 0.165 0.087 0.075 0.050 0.025 129 S 0.211 0.248 0.262 0.119 0.065 0.040 0.032 0.010 0.006 0.003 0.001 130 V 0.203 0.111 0.295 0.118 0.079 0.066 0.066 0.027 0.020 0.010 0.004 131 E 0.178 0.180 0.216 0.166 0.099 0.069 0.055 0.018 0.012 0.005 0.002 132 A 0.068 0.059 0.152 0.107 0.106 0.139 0.174 0.083 0.064 0.033 0.015 133 E 0.148 0.097 0.351 0.177 0.100 0.061 0.044 0.012 0.006 0.003 0.001 134 A 0.065 0.093 0.450 0.136 0.086 0.071 0.055 0.020 0.014 0.007 0.003 135 A 0.043 0.059 0.168 0.101 0.098 0.126 0.174 0.084 0.072 0.048 0.029 136 E 0.159 0.156 0.257 0.185 0.105 0.061 0.044 0.015 0.010 0.005 0.003 137 S 0.182 0.147 0.301 0.143 0.088 0.057 0.046 0.016 0.012 0.006 0.003 138 S 0.203 0.180 0.117 0.164 0.115 0.087 0.069 0.028 0.020 0.011 0.006 139 A 0.314 0.128 0.059 0.083 0.069 0.075 0.093 0.060 0.057 0.039 0.023 140 A 0.393 0.223 0.097 0.104 0.070 0.047 0.034 0.015 0.011 0.005 0.002 141 E 0.483 0.201 0.092 0.106 0.052 0.030 0.018 0.008 0.006 0.003 0.001