# TARGET T0360 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.6402 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.019 0.016 0.009 0.016 0.075 0.004 0.823 2 T 0.034 0.034 0.012 0.009 0.019 0.170 0.004 0.718 3 Q 0.031 0.044 0.007 0.004 0.013 0.077 0.003 0.820 4 E 0.031 0.149 0.006 0.004 0.011 0.176 0.004 0.618 5 T 0.070 0.535 0.005 0.005 0.008 0.124 0.009 0.244 6 A 0.058 0.855 0.004 0.003 0.004 0.014 0.004 0.058 7 L 0.050 0.840 0.008 0.006 0.008 0.011 0.010 0.068 8 G 0.137 0.610 0.015 0.010 0.010 0.013 0.029 0.176 9 A 0.187 0.480 0.039 0.012 0.021 0.035 0.023 0.203 10 A 0.077 0.385 0.013 0.013 0.023 0.078 0.017 0.395 11 L 0.113 0.389 0.029 0.014 0.034 0.062 0.016 0.343 12 K 0.075 0.371 0.018 0.011 0.014 0.106 0.018 0.386 13 S 0.128 0.382 0.019 0.009 0.010 0.084 0.025 0.343 14 A 0.184 0.381 0.019 0.009 0.015 0.038 0.017 0.336 15 V 0.091 0.364 0.033 0.022 0.029 0.090 0.016 0.356 16 Q 0.087 0.298 0.036 0.020 0.029 0.116 0.019 0.394 17 T 0.103 0.520 0.033 0.018 0.027 0.041 0.012 0.246 18 M 0.067 0.336 0.036 0.016 0.023 0.067 0.012 0.444 19 S 0.048 0.210 0.019 0.009 0.014 0.161 0.012 0.528 20 K 0.141 0.233 0.012 0.004 0.011 0.075 0.014 0.510 21 K 0.075 0.317 0.012 0.003 0.007 0.218 0.009 0.359 22 K 0.042 0.401 0.003 0.002 0.003 0.272 0.007 0.269 23 Q 0.018 0.903 0.002 0.001 0.002 0.012 0.002 0.061 24 T 0.009 0.931 0.002 0.001 0.003 0.008 0.002 0.044 25 E 0.006 0.957 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.026 26 M 0.008 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 27 I 0.023 0.925 0.002 0.001 0.003 0.005 0.006 0.035 28 A 0.014 0.940 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.034 29 D 0.027 0.885 0.003 0.002 0.002 0.003 0.011 0.067 30 H 0.160 0.635 0.012 0.003 0.003 0.009 0.051 0.127 31 I 0.083 0.706 0.022 0.005 0.010 0.009 0.019 0.145 32 Y 0.021 0.460 0.028 0.009 0.021 0.028 0.012 0.421 33 G 0.083 0.340 0.019 0.009 0.010 0.043 0.034 0.462 34 K 0.522 0.131 0.035 0.006 0.006 0.033 0.050 0.217 35 Y 0.284 0.180 0.082 0.027 0.013 0.045 0.043 0.326 36 D 0.036 0.075 0.207 0.046 0.045 0.089 0.017 0.485 37 V 0.027 0.048 0.051 0.032 0.057 0.090 0.006 0.689 38 F 0.044 0.044 0.033 0.013 0.037 0.419 0.010 0.400 39 K 0.167 0.078 0.026 0.015 0.016 0.266 0.021 0.411 40 R 0.094 0.150 0.027 0.011 0.011 0.100 0.021 0.587 41 F 0.194 0.108 0.043 0.023 0.041 0.088 0.054 0.450 42 K 0.190 0.043 0.074 0.129 0.100 0.077 0.012 0.376 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 44 L 0.011 0.008 0.125 0.108 0.318 0.128 0.004 0.297 45 A 0.192 0.029 0.115 0.040 0.038 0.072 0.010 0.504 46 L 0.112 0.063 0.248 0.068 0.096 0.059 0.009 0.344 47 G 0.155 0.036 0.251 0.057 0.051 0.076 0.008 0.366 48 I 0.042 0.046 0.317 0.033 0.051 0.106 0.006 0.399 49 D 0.031 0.059 0.097 0.023 0.118 0.225 0.009 0.437 50 Q 0.053 0.088 0.046 0.009 0.036 0.182 0.008 0.578 51 D 0.047 0.141 0.007 0.004 0.009 0.344 0.007 0.440 52 L 0.069 0.549 0.005 0.002 0.009 0.083 0.007 0.276 53 I 0.014 0.905 0.002 0.001 0.003 0.010 0.002 0.063 54 A 0.078 0.825 0.001 0.001 0.002 0.009 0.018 0.066 55 A 0.512 0.348 0.004 0.001 0.001 0.002 0.085 0.047 56 L 0.280 0.522 0.045 0.005 0.008 0.005 0.029 0.107 57 P 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.986 58 Q 0.058 0.058 0.017 0.008 0.009 0.081 0.020 0.749 59 Y 0.529 0.054 0.054 0.002 0.002 0.048 0.015 0.296 60 D 0.075 0.149 0.078 0.006 0.006 0.147 0.008 0.531 61 A 0.010 0.064 0.018 0.001 0.005 0.030 0.002 0.870 62 A 0.011 0.090 0.004 0.001 0.002 0.294 0.002 0.597 63 L 0.020 0.199 0.001 0.001 0.001 0.668 0.002 0.109 64 I 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 65 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 66 R 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 67 V 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 68 L 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 69 A 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 70 N 0.030 0.913 0.005 0.002 0.001 0.001 0.023 0.025 71 H 0.155 0.684 0.016 0.007 0.004 0.005 0.054 0.076 72 C 0.066 0.434 0.079 0.020 0.019 0.026 0.023 0.332 73 R 0.037 0.266 0.058 0.035 0.034 0.059 0.034 0.479 74 R 0.069 0.093 0.035 0.017 0.016 0.061 0.010 0.699 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 76 R 0.011 0.047 0.012 0.018 0.030 0.286 0.003 0.593 77 Y 0.129 0.345 0.014 0.017 0.021 0.098 0.007 0.367 78 L 0.039 0.778 0.007 0.019 0.037 0.023 0.003 0.094 79 K 0.030 0.858 0.007 0.016 0.020 0.013 0.002 0.053 80 A 0.033 0.885 0.006 0.014 0.013 0.005 0.006 0.038 81 L 0.049 0.852 0.007 0.017 0.023 0.005 0.016 0.032 82 A 0.043 0.789 0.020 0.032 0.041 0.007 0.018 0.049 83 R 0.034 0.510 0.029 0.044 0.047 0.019 0.041 0.276 84 G 0.276 0.117 0.026 0.031 0.033 0.032 0.172 0.314 85 G 0.208 0.053 0.099 0.034 0.026 0.056 0.047 0.477 86 K 0.031 0.020 0.222 0.152 0.095 0.097 0.018 0.366 87 R 0.016 0.004 0.061 0.081 0.116 0.043 0.002 0.677 88 F 0.014 0.005 0.158 0.218 0.305 0.048 0.002 0.250 89 D 0.007 0.011 0.100 0.271 0.289 0.045 0.003 0.274 90 L 0.023 0.016 0.136 0.145 0.226 0.065 0.007 0.383 91 N 0.018 0.004 0.016 0.028 0.056 0.732 0.009 0.137 92 N 0.465 0.010 0.018 0.027 0.025 0.067 0.077 0.312 93 R 0.231 0.009 0.072 0.024 0.033 0.444 0.013 0.173 94 F 0.003 0.002 0.016 0.017 0.016 0.052 0.003 0.890 95 K 0.032 0.015 0.057 0.109 0.302 0.092 0.005 0.388 96 G 0.101 0.009 0.049 0.105 0.199 0.108 0.012 0.417 97 E 0.129 0.006 0.033 0.055 0.101 0.079 0.008 0.589 98 V 0.067 0.019 0.090 0.106 0.143 0.082 0.007 0.487 99 T 0.018 0.009 0.011 0.039 0.074 0.193 0.002 0.654 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 101 E 0.002 0.004 0.001 0.002 0.012 0.333 0.001 0.646 102 E 0.081 0.017 0.001 0.001 0.001 0.618 0.004 0.277 103 Q 0.010 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 104 A 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 105 I 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 106 A 0.015 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 107 Q 0.016 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 108 N 0.056 0.873 0.002 0.001 0.001 0.001 0.055 0.013 109 H 0.246 0.628 0.023 0.003 0.002 0.002 0.026 0.069 110 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 111 F 0.003 0.030 0.006 0.004 0.010 0.076 0.001 0.869 112 V 0.160 0.173 0.014 0.001 0.002 0.136 0.008 0.505 113 Q 0.098 0.608 0.007 0.001 0.002 0.092 0.003 0.189 114 Q 0.054 0.808 0.006 0.001 0.001 0.018 0.002 0.111 115 A 0.020 0.850 0.003 0.001 0.001 0.029 0.003 0.094 116 L 0.019 0.926 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.037 117 Q 0.017 0.956 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.016 118 Q 0.015 0.956 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.018 119 Q 0.016 0.938 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.034 120 S 0.012 0.953 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.025 121 A 0.012 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.026 122 Q 0.013 0.937 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.038 123 A 0.011 0.937 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.039 124 A 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 125 A 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.022 126 E 0.027 0.921 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.039 127 T 0.104 0.843 0.002 0.001 0.001 0.005 0.015 0.030 128 L 0.085 0.849 0.010 0.001 0.001 0.004 0.014 0.036 129 S 0.061 0.674 0.014 0.002 0.003 0.024 0.016 0.206 130 V 0.033 0.331 0.027 0.002 0.006 0.027 0.007 0.567 131 E 0.035 0.268 0.010 0.002 0.005 0.329 0.007 0.345 132 A 0.073 0.391 0.006 0.001 0.002 0.273 0.007 0.246 133 E 0.017 0.881 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.086 134 A 0.016 0.856 0.002 0.001 0.001 0.015 0.004 0.105 135 A 0.045 0.841 0.003 0.001 0.002 0.010 0.008 0.091 136 E 0.105 0.759 0.004 0.002 0.004 0.014 0.015 0.098 137 S 0.126 0.661 0.007 0.003 0.005 0.020 0.019 0.159 138 S 0.117 0.419 0.008 0.003 0.004 0.031 0.019 0.400 139 A 0.086 0.371 0.019 0.005 0.009 0.040 0.013 0.456 140 A 0.069 0.214 0.014 0.006 0.013 0.095 0.016 0.573 141 E 0.088 0.276 0.016 0.008 0.012 0.093 0.014 0.493