# TARGET T0360 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.6402 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.995 2 T 0.009 0.014 0.001 0.283 0.005 0.010 0.679 3 Q 0.005 0.003 0.004 0.804 0.031 0.023 0.131 4 E 0.007 0.001 0.016 0.828 0.018 0.028 0.103 5 T 0.009 0.002 0.016 0.873 0.022 0.016 0.063 6 A 0.007 0.004 0.017 0.845 0.026 0.029 0.072 7 L 0.004 0.003 0.009 0.787 0.024 0.119 0.055 8 G 0.004 0.003 0.011 0.579 0.044 0.213 0.146 9 A 0.013 0.005 0.029 0.491 0.109 0.068 0.285 10 A 0.019 0.009 0.054 0.558 0.048 0.068 0.244 11 L 0.014 0.007 0.078 0.575 0.049 0.066 0.211 12 K 0.016 0.005 0.095 0.589 0.046 0.079 0.169 13 S 0.023 0.005 0.112 0.535 0.079 0.107 0.140 14 A 0.047 0.008 0.062 0.451 0.094 0.100 0.239 15 V 0.073 0.020 0.065 0.367 0.084 0.117 0.275 16 Q 0.089 0.016 0.061 0.274 0.098 0.102 0.360 17 T 0.069 0.016 0.030 0.226 0.121 0.078 0.460 18 M 0.022 0.009 0.018 0.248 0.168 0.065 0.471 19 S 0.017 0.011 0.017 0.256 0.136 0.091 0.471 20 K 0.005 0.003 0.016 0.778 0.036 0.046 0.116 21 K 0.002 0.001 0.010 0.925 0.018 0.016 0.029 22 K 0.003 0.001 0.012 0.947 0.006 0.012 0.020 23 Q 0.001 0.001 0.008 0.976 0.001 0.007 0.006 24 T 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.002 25 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 26 M 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 27 I 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.007 0.001 28 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.005 0.001 29 D 0.001 0.001 0.003 0.972 0.001 0.024 0.001 30 H 0.001 0.001 0.006 0.932 0.001 0.060 0.001 31 I 0.001 0.001 0.019 0.881 0.014 0.062 0.021 32 Y 0.001 0.001 0.185 0.596 0.008 0.201 0.008 33 G 0.002 0.001 0.144 0.342 0.011 0.491 0.010 34 K 0.007 0.005 0.183 0.332 0.076 0.323 0.075 35 Y 0.021 0.032 0.021 0.066 0.545 0.044 0.270 36 D 0.021 0.019 0.055 0.038 0.083 0.165 0.618 37 V 0.012 0.007 0.157 0.062 0.075 0.624 0.064 38 F 0.021 0.010 0.202 0.067 0.101 0.471 0.129 39 K 0.035 0.008 0.207 0.051 0.170 0.288 0.242 40 R 0.082 0.021 0.052 0.028 0.188 0.177 0.452 41 F 0.241 0.057 0.016 0.017 0.116 0.051 0.502 42 K 0.390 0.055 0.006 0.019 0.082 0.014 0.434 43 P 0.406 0.025 0.029 0.048 0.045 0.038 0.409 44 L 0.348 0.013 0.049 0.068 0.165 0.159 0.198 45 A 0.441 0.015 0.064 0.090 0.086 0.166 0.138 46 L 0.452 0.025 0.027 0.162 0.064 0.063 0.208 47 G 0.377 0.013 0.018 0.146 0.152 0.096 0.198 48 I 0.175 0.019 0.031 0.342 0.071 0.046 0.317 49 D 0.047 0.005 0.024 0.646 0.035 0.028 0.214 50 Q 0.006 0.001 0.020 0.865 0.035 0.019 0.055 51 D 0.003 0.002 0.034 0.896 0.013 0.025 0.028 52 L 0.003 0.001 0.045 0.913 0.004 0.029 0.006 53 I 0.002 0.002 0.065 0.876 0.005 0.047 0.003 54 A 0.001 0.001 0.068 0.713 0.005 0.205 0.006 55 A 0.001 0.002 0.042 0.473 0.014 0.451 0.018 56 L 0.002 0.009 0.030 0.043 0.275 0.071 0.570 57 P 0.002 0.003 0.098 0.023 0.095 0.541 0.238 58 Q 0.003 0.004 0.065 0.019 0.164 0.554 0.190 59 Y 0.008 0.015 0.002 0.006 0.350 0.007 0.612 60 D 0.003 0.007 0.001 0.008 0.019 0.002 0.961 61 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.006 0.001 62 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 63 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 64 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.002 69 A 0.001 0.001 0.004 0.972 0.002 0.021 0.001 70 N 0.001 0.001 0.008 0.854 0.002 0.133 0.003 71 H 0.001 0.001 0.033 0.618 0.027 0.293 0.028 72 C 0.004 0.011 0.031 0.271 0.120 0.347 0.216 73 R 0.003 0.007 0.008 0.053 0.494 0.122 0.314 74 R 0.002 0.004 0.001 0.022 0.568 0.005 0.397 75 P 0.001 0.001 0.015 0.946 0.004 0.031 0.004 76 R 0.001 0.001 0.027 0.941 0.003 0.025 0.003 77 Y 0.002 0.001 0.042 0.930 0.002 0.016 0.007 78 L 0.002 0.001 0.021 0.944 0.003 0.022 0.007 79 K 0.004 0.001 0.011 0.921 0.005 0.051 0.009 80 A 0.012 0.001 0.025 0.882 0.015 0.048 0.018 81 L 0.042 0.013 0.014 0.846 0.027 0.025 0.033 82 A 0.098 0.012 0.021 0.674 0.038 0.044 0.113 83 R 0.004 0.001 0.013 0.159 0.024 0.794 0.005 84 G 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.980 0.007 85 G 0.048 0.005 0.003 0.001 0.037 0.017 0.890 86 K 0.486 0.007 0.003 0.001 0.048 0.003 0.453 87 R 0.920 0.004 0.002 0.001 0.010 0.001 0.062 88 F 0.943 0.016 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 89 D 0.741 0.016 0.001 0.001 0.008 0.003 0.230 90 L 0.308 0.012 0.008 0.002 0.059 0.286 0.325 91 N 0.048 0.005 0.007 0.001 0.168 0.677 0.094 92 N 0.061 0.013 0.013 0.002 0.525 0.259 0.126 93 R 0.114 0.039 0.009 0.003 0.219 0.067 0.549 94 F 0.186 0.095 0.027 0.006 0.176 0.194 0.316 95 K 0.149 0.029 0.033 0.007 0.260 0.276 0.247 96 G 0.229 0.011 0.026 0.009 0.344 0.144 0.237 97 E 0.287 0.043 0.007 0.005 0.083 0.041 0.532 98 V 0.173 0.145 0.001 0.002 0.085 0.004 0.590 99 T 0.024 0.026 0.001 0.003 0.028 0.001 0.917 100 P 0.001 0.001 0.009 0.980 0.001 0.008 0.002 101 E 0.001 0.001 0.019 0.972 0.001 0.007 0.001 102 E 0.001 0.001 0.011 0.984 0.001 0.003 0.001 103 Q 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.004 0.001 104 A 0.001 0.001 0.004 0.964 0.001 0.031 0.001 105 I 0.001 0.001 0.006 0.897 0.001 0.094 0.002 106 A 0.001 0.002 0.055 0.764 0.018 0.134 0.027 107 Q 0.001 0.002 0.087 0.502 0.014 0.372 0.022 108 N 0.001 0.001 0.043 0.357 0.056 0.509 0.034 109 H 0.001 0.001 0.003 0.040 0.467 0.018 0.470 110 P 0.001 0.003 0.033 0.451 0.088 0.190 0.233 111 F 0.003 0.004 0.025 0.771 0.048 0.092 0.057 112 V 0.004 0.006 0.019 0.865 0.020 0.029 0.057 113 Q 0.001 0.001 0.004 0.946 0.008 0.010 0.030 114 Q 0.001 0.001 0.003 0.971 0.006 0.011 0.008 115 A 0.001 0.001 0.003 0.971 0.004 0.014 0.007 116 L 0.001 0.001 0.003 0.968 0.003 0.017 0.009 117 Q 0.001 0.001 0.002 0.967 0.005 0.020 0.006 118 Q 0.001 0.001 0.001 0.961 0.004 0.028 0.005 119 Q 0.001 0.001 0.001 0.942 0.009 0.033 0.014 120 S 0.001 0.001 0.002 0.932 0.006 0.039 0.020 121 A 0.001 0.001 0.003 0.920 0.012 0.036 0.028 122 Q 0.001 0.001 0.003 0.924 0.016 0.025 0.031 123 A 0.001 0.001 0.006 0.916 0.016 0.031 0.031 124 A 0.001 0.001 0.008 0.899 0.014 0.054 0.024 125 A 0.001 0.003 0.028 0.746 0.032 0.112 0.080 126 E 0.001 0.002 0.050 0.608 0.038 0.214 0.088 127 T 0.001 0.002 0.041 0.471 0.062 0.279 0.146 128 L 0.001 0.003 0.010 0.186 0.246 0.064 0.490 129 S 0.002 0.005 0.015 0.296 0.100 0.073 0.508 130 V 0.002 0.003 0.036 0.689 0.058 0.077 0.135 131 E 0.004 0.002 0.046 0.737 0.031 0.054 0.126 132 A 0.003 0.001 0.043 0.786 0.031 0.022 0.113 133 E 0.002 0.001 0.027 0.891 0.014 0.019 0.046 134 A 0.003 0.003 0.040 0.851 0.011 0.043 0.048 135 A 0.004 0.004 0.041 0.774 0.017 0.070 0.091 136 E 0.006 0.004 0.049 0.713 0.034 0.095 0.098 137 S 0.006 0.003 0.035 0.556 0.079 0.159 0.164 138 S 0.004 0.003 0.032 0.385 0.085 0.227 0.264 139 A 0.004 0.006 0.020 0.211 0.143 0.145 0.471 140 A 0.006 0.007 0.016 0.077 0.040 0.106 0.749 141 E 0.002 0.001 0.005 0.014 0.017 0.007 0.954