# TARGET T0360 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.6402 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.325 0.168 0.290 0.085 0.036 0.032 0.027 0.009 0.020 0.007 0.001 2 T 0.303 0.170 0.335 0.057 0.040 0.043 0.014 0.004 0.025 0.008 0.001 3 Q 0.739 0.040 0.091 0.062 0.008 0.022 0.019 0.004 0.011 0.003 0.001 4 E 0.802 0.036 0.072 0.055 0.007 0.013 0.005 0.002 0.006 0.002 0.001 5 T 0.802 0.049 0.053 0.065 0.011 0.007 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 6 A 0.685 0.068 0.114 0.080 0.010 0.016 0.008 0.002 0.015 0.002 0.001 7 L 0.588 0.045 0.264 0.060 0.009 0.008 0.011 0.002 0.006 0.006 0.001 8 G 0.581 0.008 0.062 0.048 0.023 0.008 0.072 0.150 0.003 0.043 0.001 9 A 0.719 0.071 0.135 0.035 0.018 0.007 0.003 0.001 0.007 0.003 0.001 10 A 0.691 0.034 0.213 0.032 0.004 0.014 0.003 0.002 0.004 0.002 0.002 11 L 0.728 0.054 0.110 0.056 0.011 0.016 0.009 0.002 0.011 0.002 0.001 12 K 0.706 0.041 0.145 0.062 0.012 0.013 0.010 0.002 0.006 0.002 0.001 13 S 0.530 0.077 0.128 0.173 0.043 0.014 0.015 0.004 0.013 0.002 0.001 14 A 0.416 0.102 0.342 0.078 0.019 0.019 0.007 0.003 0.010 0.002 0.001 15 V 0.376 0.215 0.260 0.059 0.022 0.031 0.009 0.001 0.026 0.001 0.001 16 Q 0.366 0.114 0.366 0.057 0.010 0.048 0.009 0.002 0.023 0.002 0.001 17 T 0.305 0.218 0.287 0.094 0.018 0.044 0.005 0.002 0.025 0.001 0.002 18 M 0.347 0.161 0.303 0.065 0.034 0.034 0.017 0.004 0.029 0.007 0.001 19 S 0.386 0.047 0.369 0.072 0.027 0.037 0.019 0.008 0.011 0.020 0.003 20 K 0.803 0.032 0.048 0.074 0.007 0.012 0.010 0.006 0.006 0.002 0.001 21 K 0.882 0.024 0.044 0.031 0.003 0.005 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 22 K 0.950 0.009 0.019 0.011 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.968 0.003 0.007 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 T 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 M 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 I 0.983 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.985 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 H 0.868 0.001 0.001 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 I 0.729 0.025 0.030 0.181 0.003 0.010 0.004 0.003 0.015 0.001 0.001 32 Y 0.760 0.016 0.096 0.068 0.007 0.008 0.026 0.003 0.002 0.013 0.001 33 G 0.676 0.013 0.029 0.117 0.023 0.009 0.052 0.071 0.003 0.008 0.001 34 K 0.484 0.050 0.060 0.369 0.009 0.015 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 35 Y 0.292 0.179 0.214 0.127 0.048 0.048 0.031 0.012 0.040 0.008 0.001 36 D 0.224 0.108 0.275 0.115 0.021 0.158 0.037 0.003 0.052 0.004 0.001 37 V 0.577 0.079 0.083 0.196 0.017 0.021 0.008 0.002 0.016 0.001 0.001 38 F 0.523 0.040 0.115 0.220 0.015 0.022 0.034 0.014 0.011 0.006 0.001 39 K 0.390 0.131 0.131 0.145 0.057 0.023 0.064 0.025 0.025 0.010 0.001 40 R 0.305 0.117 0.223 0.198 0.025 0.040 0.060 0.009 0.015 0.007 0.001 41 F 0.110 0.253 0.344 0.130 0.050 0.037 0.027 0.006 0.037 0.004 0.001 42 K 0.025 0.364 0.436 0.001 0.028 0.017 0.012 0.001 0.116 0.001 0.001 43 P 0.056 0.004 0.863 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 44 L 0.175 0.181 0.496 0.047 0.037 0.035 0.005 0.003 0.014 0.002 0.003 45 A 0.111 0.442 0.244 0.019 0.046 0.061 0.015 0.002 0.055 0.003 0.001 46 L 0.101 0.259 0.458 0.086 0.012 0.040 0.010 0.001 0.030 0.001 0.001 47 G 0.078 0.030 0.091 0.011 0.274 0.009 0.023 0.219 0.003 0.260 0.001 48 I 0.312 0.249 0.215 0.076 0.037 0.075 0.004 0.002 0.027 0.003 0.002 49 D 0.709 0.023 0.164 0.016 0.003 0.057 0.005 0.002 0.016 0.004 0.001 50 Q 0.985 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 D 0.983 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 I 0.984 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.975 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.469 0.001 0.005 0.518 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 56 L 0.175 0.049 0.563 0.028 0.004 0.028 0.025 0.005 0.120 0.003 0.001 57 P 0.408 0.003 0.557 0.012 0.001 0.011 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 58 Q 0.323 0.013 0.058 0.497 0.007 0.014 0.033 0.047 0.005 0.003 0.001 59 Y 0.040 0.204 0.630 0.027 0.027 0.039 0.019 0.004 0.010 0.001 0.001 60 D 0.019 0.061 0.770 0.003 0.013 0.112 0.002 0.001 0.016 0.003 0.001 61 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 N 0.946 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 H 0.820 0.002 0.005 0.156 0.001 0.004 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 72 C 0.549 0.035 0.097 0.271 0.006 0.026 0.005 0.004 0.006 0.001 0.001 73 R 0.538 0.012 0.036 0.389 0.004 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 74 R 0.090 0.227 0.332 0.009 0.155 0.038 0.008 0.001 0.134 0.006 0.001 75 P 0.970 0.001 0.010 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 76 R 0.938 0.006 0.005 0.042 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 Y 0.887 0.023 0.018 0.057 0.003 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 78 L 0.880 0.036 0.043 0.019 0.003 0.009 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 79 K 0.891 0.042 0.014 0.036 0.011 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 80 A 0.826 0.063 0.032 0.041 0.024 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 81 L 0.684 0.148 0.044 0.093 0.009 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 82 A 0.322 0.321 0.237 0.048 0.035 0.014 0.004 0.001 0.015 0.003 0.001 83 R 0.200 0.038 0.690 0.038 0.005 0.011 0.007 0.001 0.007 0.004 0.001 84 G 0.027 0.001 0.010 0.060 0.005 0.002 0.121 0.742 0.002 0.031 0.001 85 G 0.021 0.045 0.735 0.008 0.052 0.013 0.026 0.025 0.009 0.064 0.001 86 K 0.098 0.235 0.529 0.039 0.049 0.033 0.003 0.001 0.006 0.001 0.006 87 R 0.015 0.666 0.177 0.025 0.058 0.022 0.007 0.001 0.027 0.001 0.001 88 F 0.011 0.747 0.141 0.008 0.045 0.025 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 89 D 0.007 0.146 0.427 0.007 0.013 0.315 0.007 0.001 0.075 0.001 0.001 90 L 0.644 0.058 0.038 0.209 0.007 0.021 0.003 0.003 0.015 0.001 0.001 91 N 0.084 0.009 0.030 0.433 0.005 0.014 0.389 0.007 0.024 0.005 0.001 92 N 0.012 0.002 0.016 0.036 0.016 0.004 0.319 0.583 0.001 0.010 0.001 93 R 0.110 0.432 0.328 0.059 0.026 0.018 0.005 0.002 0.020 0.001 0.001 94 F 0.050 0.180 0.663 0.012 0.010 0.058 0.004 0.002 0.015 0.007 0.001 95 K 0.166 0.280 0.125 0.325 0.048 0.021 0.012 0.003 0.017 0.001 0.001 96 G 0.027 0.057 0.119 0.013 0.480 0.003 0.026 0.076 0.005 0.195 0.001 97 E 0.050 0.346 0.494 0.019 0.041 0.028 0.002 0.001 0.012 0.001 0.008 98 V 0.031 0.417 0.437 0.027 0.023 0.049 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 99 T 0.005 0.123 0.816 0.001 0.012 0.021 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 100 P 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 I 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 A 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 Q 0.983 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 N 0.640 0.001 0.003 0.350 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 109 H 0.381 0.041 0.246 0.013 0.003 0.024 0.011 0.001 0.279 0.001 0.001 110 P 0.927 0.001 0.058 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 111 F 0.968 0.002 0.005 0.017 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 112 V 0.977 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.984 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 Q 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 Q 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 Q 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 Q 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 S 0.977 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.984 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 Q 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.980 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.981 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.971 0.002 0.005 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 T 0.890 0.005 0.009 0.088 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 128 L 0.880 0.012 0.032 0.057 0.003 0.004 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 129 S 0.892 0.010 0.036 0.029 0.004 0.010 0.010 0.004 0.003 0.003 0.001 130 V 0.955 0.008 0.009 0.020 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 E 0.943 0.006 0.015 0.029 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 A 0.952 0.006 0.012 0.018 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 133 E 0.942 0.008 0.019 0.022 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.927 0.007 0.022 0.032 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 135 A 0.836 0.017 0.052 0.071 0.006 0.006 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 136 E 0.748 0.026 0.072 0.113 0.009 0.010 0.009 0.003 0.006 0.003 0.001 137 S 0.568 0.051 0.189 0.108 0.026 0.016 0.018 0.008 0.009 0.006 0.001 138 S 0.513 0.055 0.162 0.188 0.023 0.018 0.019 0.004 0.014 0.003 0.001 139 A 0.458 0.067 0.247 0.136 0.032 0.019 0.012 0.009 0.010 0.009 0.001 140 A 0.341 0.105 0.315 0.097 0.038 0.033 0.021 0.009 0.024 0.015 0.001 141 E 0.477 0.081 0.262 0.076 0.026 0.019 0.017 0.011 0.012 0.018 0.001