# TARGET T0360 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.6402 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.854 0.112 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 2 T 0.844 0.114 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 3 Q 0.817 0.139 0.034 0.009 0.001 0.001 0.001 4 E 0.752 0.179 0.051 0.015 0.003 0.001 0.001 5 T 0.499 0.272 0.153 0.062 0.013 0.002 0.001 6 A 0.501 0.276 0.142 0.062 0.017 0.002 0.001 7 L 0.312 0.243 0.228 0.154 0.054 0.009 0.001 8 G 0.518 0.253 0.133 0.068 0.023 0.005 0.001 9 A 0.479 0.272 0.156 0.071 0.019 0.003 0.001 10 A 0.531 0.264 0.126 0.059 0.016 0.003 0.001 11 L 0.309 0.250 0.221 0.156 0.054 0.009 0.001 12 K 0.596 0.253 0.098 0.039 0.011 0.002 0.001 13 S 0.601 0.250 0.096 0.041 0.011 0.002 0.001 14 A 0.336 0.238 0.199 0.153 0.060 0.013 0.001 15 V 0.402 0.281 0.180 0.100 0.031 0.005 0.001 16 Q 0.429 0.322 0.168 0.065 0.014 0.002 0.001 17 T 0.342 0.280 0.196 0.125 0.046 0.011 0.001 18 M 0.480 0.258 0.126 0.076 0.040 0.018 0.002 19 S 0.309 0.277 0.192 0.140 0.063 0.018 0.002 20 K 0.159 0.216 0.248 0.243 0.106 0.026 0.002 21 K 0.201 0.339 0.277 0.140 0.036 0.006 0.001 22 K 0.176 0.388 0.267 0.122 0.039 0.008 0.001 23 Q 0.018 0.034 0.067 0.189 0.389 0.283 0.019 24 T 0.007 0.030 0.103 0.283 0.369 0.197 0.010 25 E 0.048 0.314 0.399 0.180 0.048 0.010 0.001 26 M 0.007 0.026 0.136 0.403 0.336 0.088 0.004 27 I 0.002 0.002 0.002 0.008 0.105 0.670 0.211 28 A 0.007 0.031 0.151 0.400 0.310 0.095 0.006 29 D 0.041 0.270 0.365 0.221 0.076 0.024 0.002 30 H 0.011 0.025 0.081 0.255 0.353 0.243 0.032 31 I 0.006 0.015 0.034 0.110 0.285 0.448 0.101 32 Y 0.056 0.139 0.208 0.243 0.210 0.120 0.023 33 G 0.097 0.200 0.233 0.262 0.148 0.052 0.008 34 K 0.022 0.049 0.106 0.248 0.298 0.238 0.038 35 Y 0.039 0.070 0.129 0.232 0.266 0.222 0.042 36 D 0.216 0.301 0.224 0.153 0.073 0.028 0.005 37 V 0.242 0.270 0.222 0.176 0.071 0.017 0.002 38 F 0.468 0.285 0.127 0.079 0.031 0.009 0.001 39 K 0.448 0.288 0.152 0.080 0.025 0.006 0.001 40 R 0.465 0.303 0.140 0.067 0.021 0.005 0.001 41 F 0.070 0.126 0.185 0.271 0.233 0.106 0.009 42 K 0.088 0.167 0.218 0.246 0.172 0.094 0.014 43 P 0.020 0.048 0.080 0.148 0.239 0.344 0.121 44 L 0.006 0.015 0.031 0.082 0.201 0.446 0.219 45 A 0.003 0.010 0.027 0.066 0.161 0.391 0.342 46 L 0.018 0.043 0.070 0.109 0.184 0.340 0.236 47 G 0.015 0.041 0.092 0.202 0.281 0.264 0.105 48 I 0.006 0.012 0.016 0.047 0.162 0.519 0.238 49 D 0.010 0.035 0.099 0.209 0.300 0.300 0.047 50 Q 0.073 0.284 0.305 0.200 0.094 0.039 0.004 51 D 0.016 0.066 0.232 0.394 0.231 0.058 0.004 52 L 0.005 0.008 0.014 0.087 0.374 0.483 0.029 53 I 0.023 0.135 0.307 0.364 0.149 0.021 0.001 54 A 0.321 0.516 0.128 0.030 0.004 0.001 0.001 55 A 0.033 0.145 0.352 0.362 0.095 0.012 0.001 56 L 0.045 0.089 0.190 0.356 0.270 0.049 0.001 57 P 0.539 0.358 0.083 0.017 0.003 0.001 0.001 58 Q 0.661 0.266 0.057 0.014 0.002 0.001 0.001 59 Y 0.081 0.176 0.278 0.294 0.140 0.030 0.001 60 D 0.270 0.436 0.207 0.071 0.014 0.002 0.001 61 A 0.130 0.279 0.301 0.213 0.068 0.009 0.001 62 A 0.304 0.365 0.198 0.092 0.033 0.007 0.001 63 L 0.047 0.219 0.354 0.274 0.094 0.012 0.001 64 I 0.004 0.008 0.021 0.111 0.384 0.433 0.039 65 A 0.017 0.115 0.293 0.366 0.172 0.036 0.002 66 R 0.065 0.255 0.302 0.221 0.105 0.048 0.004 67 V 0.019 0.032 0.067 0.178 0.322 0.334 0.048 68 L 0.014 0.018 0.036 0.116 0.272 0.436 0.109 69 A 0.106 0.210 0.242 0.223 0.136 0.071 0.012 70 N 0.143 0.196 0.196 0.208 0.150 0.091 0.016 71 H 0.044 0.063 0.114 0.205 0.239 0.256 0.080 72 C 0.059 0.093 0.123 0.168 0.220 0.247 0.089 73 R 0.087 0.169 0.185 0.218 0.183 0.116 0.042 74 R 0.068 0.162 0.213 0.242 0.178 0.101 0.036 75 P 0.125 0.248 0.265 0.203 0.106 0.045 0.007 76 R 0.069 0.196 0.246 0.251 0.157 0.070 0.011 77 Y 0.010 0.025 0.053 0.148 0.300 0.384 0.080 78 L 0.008 0.029 0.058 0.139 0.316 0.385 0.065 79 K 0.050 0.256 0.314 0.245 0.101 0.032 0.003 80 A 0.009 0.074 0.246 0.359 0.228 0.078 0.006 81 L 0.005 0.013 0.026 0.116 0.357 0.429 0.053 82 A 0.030 0.159 0.301 0.339 0.148 0.021 0.001 83 R 0.359 0.418 0.161 0.051 0.009 0.001 0.001 84 G 0.148 0.327 0.285 0.176 0.052 0.011 0.001 85 G 0.040 0.108 0.217 0.329 0.222 0.080 0.004 86 K 0.117 0.265 0.247 0.213 0.118 0.036 0.004 87 R 0.036 0.093 0.151 0.229 0.263 0.202 0.026 88 F 0.021 0.045 0.092 0.186 0.277 0.317 0.063 89 D 0.051 0.127 0.209 0.241 0.191 0.139 0.042 90 L 0.086 0.088 0.100 0.169 0.237 0.243 0.079 91 N 0.312 0.306 0.184 0.118 0.053 0.023 0.004 92 N 0.315 0.231 0.172 0.152 0.087 0.038 0.006 93 R 0.366 0.317 0.187 0.091 0.029 0.008 0.001 94 F 0.241 0.224 0.201 0.198 0.102 0.032 0.002 95 K 0.287 0.320 0.233 0.116 0.036 0.008 0.001 96 G 0.508 0.210 0.124 0.097 0.049 0.012 0.001 97 E 0.320 0.394 0.213 0.062 0.009 0.001 0.001 98 V 0.126 0.129 0.223 0.328 0.168 0.025 0.001 99 T 0.352 0.418 0.178 0.044 0.007 0.001 0.001 100 P 0.845 0.126 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 101 E 0.632 0.223 0.088 0.044 0.012 0.002 0.001 102 E 0.266 0.202 0.231 0.220 0.072 0.009 0.001 103 Q 0.383 0.372 0.195 0.045 0.005 0.001 0.001 104 A 0.695 0.258 0.040 0.007 0.001 0.001 0.001 105 I 0.165 0.196 0.288 0.251 0.087 0.013 0.001 106 A 0.103 0.088 0.182 0.329 0.249 0.049 0.001 107 Q 0.423 0.365 0.162 0.044 0.006 0.001 0.001 108 N 0.614 0.297 0.072 0.015 0.002 0.001 0.001 109 H 0.278 0.213 0.235 0.191 0.071 0.012 0.001 110 P 0.603 0.220 0.108 0.050 0.015 0.003 0.001 111 F 0.818 0.142 0.030 0.008 0.002 0.001 0.001 112 V 0.575 0.244 0.120 0.049 0.010 0.001 0.001 113 Q 0.520 0.243 0.138 0.075 0.021 0.003 0.001 114 Q 0.726 0.199 0.058 0.014 0.002 0.001 0.001 115 A 0.776 0.156 0.045 0.018 0.005 0.001 0.001 116 L 0.356 0.224 0.238 0.142 0.036 0.004 0.001 117 Q 0.659 0.207 0.090 0.036 0.007 0.001 0.001 118 Q 0.773 0.181 0.038 0.007 0.001 0.001 0.001 119 Q 0.823 0.114 0.039 0.018 0.005 0.001 0.001 120 S 0.711 0.191 0.071 0.022 0.004 0.001 0.001 121 A 0.756 0.177 0.051 0.014 0.002 0.001 0.001 122 Q 0.794 0.154 0.041 0.009 0.001 0.001 0.001 123 A 0.845 0.114 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 124 A 0.704 0.198 0.075 0.020 0.003 0.001 0.001 125 A 0.742 0.178 0.061 0.017 0.002 0.001 0.001 126 E 0.781 0.172 0.040 0.007 0.001 0.001 0.001 127 T 0.789 0.143 0.049 0.016 0.003 0.001 0.001 128 L 0.667 0.207 0.091 0.029 0.005 0.001 0.001 129 S 0.729 0.191 0.059 0.018 0.003 0.001 0.001 130 V 0.678 0.192 0.091 0.032 0.006 0.001 0.001 131 E 0.851 0.121 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 132 A 0.737 0.175 0.065 0.019 0.003 0.001 0.001 133 E 0.788 0.154 0.044 0.012 0.002 0.001 0.001 134 A 0.773 0.162 0.049 0.014 0.002 0.001 0.001 135 A 0.729 0.165 0.074 0.027 0.005 0.001 0.001 136 E 0.848 0.121 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 137 S 0.817 0.130 0.039 0.012 0.002 0.001 0.001 138 S 0.788 0.155 0.043 0.012 0.002 0.001 0.001 139 A 0.657 0.207 0.092 0.036 0.006 0.001 0.001 140 A 0.795 0.145 0.043 0.014 0.003 0.001 0.001 141 E 0.888 0.084 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001