# TARGET T0360 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.0141 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.005 0.003 0.035 0.085 0.862 2 T 0.022 0.012 0.006 0.155 0.101 0.704 3 Q 0.016 0.008 0.030 0.581 0.124 0.241 4 E 0.028 0.007 0.068 0.638 0.133 0.126 5 T 0.043 0.004 0.080 0.653 0.122 0.099 6 A 0.058 0.007 0.051 0.609 0.135 0.140 7 L 0.022 0.004 0.024 0.774 0.077 0.100 8 G 0.026 0.003 0.025 0.587 0.121 0.238 9 A 0.040 0.007 0.035 0.545 0.141 0.232 10 A 0.065 0.013 0.041 0.452 0.133 0.297 11 L 0.060 0.009 0.059 0.423 0.160 0.289 12 K 0.064 0.008 0.051 0.369 0.171 0.337 13 S 0.079 0.005 0.056 0.405 0.180 0.274 14 A 0.095 0.006 0.050 0.397 0.200 0.252 15 V 0.148 0.010 0.055 0.352 0.195 0.240 16 Q 0.176 0.017 0.036 0.372 0.156 0.243 17 T 0.087 0.015 0.019 0.289 0.165 0.424 18 M 0.031 0.011 0.006 0.169 0.156 0.627 19 S 0.011 0.004 0.002 0.190 0.086 0.707 20 K 0.003 0.001 0.003 0.926 0.018 0.049 21 K 0.003 0.001 0.003 0.971 0.010 0.013 22 K 0.006 0.001 0.006 0.953 0.016 0.018 23 Q 0.003 0.001 0.004 0.982 0.004 0.007 24 T 0.003 0.001 0.003 0.986 0.003 0.005 25 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.002 26 M 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 27 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 28 A 0.001 0.001 0.010 0.981 0.006 0.003 29 D 0.001 0.001 0.010 0.970 0.011 0.008 30 H 0.001 0.001 0.023 0.865 0.046 0.064 31 I 0.005 0.013 0.047 0.344 0.274 0.317 32 Y 0.009 0.007 0.159 0.177 0.452 0.197 33 G 0.017 0.005 0.229 0.134 0.479 0.136 34 K 0.027 0.007 0.207 0.188 0.391 0.180 35 Y 0.048 0.041 0.090 0.175 0.331 0.315 36 D 0.043 0.028 0.040 0.082 0.443 0.364 37 V 0.022 0.011 0.101 0.180 0.505 0.181 38 F 0.026 0.011 0.139 0.131 0.509 0.184 39 K 0.040 0.021 0.170 0.113 0.476 0.180 40 R 0.052 0.017 0.060 0.071 0.330 0.470 41 F 0.061 0.040 0.019 0.033 0.244 0.603 42 K 0.071 0.023 0.010 0.013 0.241 0.642 43 P 0.092 0.016 0.039 0.033 0.260 0.560 44 L 0.094 0.029 0.066 0.069 0.234 0.508 45 A 0.117 0.025 0.078 0.103 0.210 0.466 46 L 0.079 0.015 0.029 0.216 0.166 0.495 47 G 0.048 0.012 0.013 0.120 0.117 0.689 48 I 0.044 0.015 0.013 0.679 0.056 0.193 49 D 0.045 0.009 0.013 0.689 0.054 0.191 50 Q 0.006 0.002 0.011 0.930 0.024 0.027 51 D 0.002 0.001 0.016 0.961 0.013 0.007 52 L 0.001 0.001 0.014 0.976 0.007 0.002 53 I 0.001 0.001 0.024 0.960 0.012 0.003 54 A 0.001 0.001 0.018 0.951 0.020 0.010 55 A 0.001 0.001 0.014 0.873 0.044 0.068 56 L 0.001 0.008 0.024 0.106 0.395 0.466 57 P 0.002 0.002 0.040 0.023 0.489 0.445 58 Q 0.007 0.006 0.089 0.013 0.556 0.329 59 Y 0.010 0.021 0.040 0.026 0.453 0.450 60 D 0.006 0.009 0.004 0.046 0.083 0.852 61 A 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.002 62 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 64 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.004 0.001 69 A 0.001 0.001 0.009 0.984 0.006 0.001 70 N 0.001 0.001 0.008 0.962 0.014 0.015 71 H 0.001 0.002 0.012 0.758 0.053 0.174 72 C 0.004 0.016 0.006 0.330 0.118 0.527 73 R 0.004 0.008 0.002 0.136 0.081 0.770 74 R 0.004 0.002 0.003 0.481 0.103 0.406 75 P 0.001 0.001 0.007 0.951 0.023 0.018 76 R 0.004 0.002 0.009 0.957 0.017 0.011 77 Y 0.008 0.002 0.015 0.954 0.013 0.008 78 L 0.008 0.001 0.016 0.948 0.015 0.011 79 K 0.014 0.001 0.027 0.922 0.023 0.014 80 A 0.023 0.001 0.030 0.888 0.032 0.026 81 L 0.028 0.004 0.017 0.877 0.032 0.042 82 A 0.038 0.009 0.012 0.714 0.197 0.030 83 R 0.017 0.003 0.011 0.471 0.421 0.078 84 G 0.008 0.002 0.003 0.017 0.666 0.304 85 G 0.073 0.012 0.004 0.003 0.661 0.247 86 K 0.362 0.012 0.004 0.003 0.156 0.463 87 R 0.918 0.010 0.003 0.001 0.019 0.049 88 F 0.962 0.005 0.001 0.001 0.007 0.024 89 D 0.940 0.008 0.001 0.001 0.026 0.024 90 L 0.481 0.012 0.006 0.005 0.419 0.077 91 N 0.062 0.004 0.008 0.002 0.825 0.099 92 N 0.033 0.006 0.008 0.001 0.863 0.087 93 R 0.088 0.035 0.015 0.003 0.567 0.293 94 F 0.193 0.105 0.022 0.006 0.251 0.424 95 K 0.171 0.034 0.035 0.004 0.428 0.327 96 G 0.144 0.003 0.020 0.003 0.333 0.498 97 E 0.614 0.029 0.012 0.006 0.112 0.228 98 V 0.409 0.061 0.001 0.004 0.082 0.443 99 T 0.173 0.018 0.001 0.008 0.032 0.768 100 P 0.002 0.001 0.026 0.957 0.007 0.008 101 E 0.003 0.001 0.042 0.938 0.009 0.006 102 E 0.001 0.001 0.033 0.958 0.005 0.002 103 Q 0.002 0.001 0.008 0.981 0.003 0.005 104 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 105 I 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.002 106 A 0.001 0.001 0.004 0.981 0.010 0.004 107 Q 0.001 0.001 0.007 0.956 0.022 0.015 108 N 0.001 0.001 0.010 0.842 0.047 0.100 109 H 0.001 0.002 0.006 0.479 0.107 0.405 110 P 0.001 0.001 0.010 0.595 0.093 0.300 111 F 0.001 0.001 0.014 0.916 0.033 0.035 112 V 0.001 0.001 0.005 0.975 0.011 0.008 113 Q 0.001 0.001 0.003 0.981 0.007 0.007 114 Q 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 115 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 116 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 117 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 118 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 119 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 120 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 121 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.003 122 Q 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.003 123 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.004 124 A 0.001 0.001 0.004 0.977 0.009 0.009 125 A 0.001 0.001 0.012 0.951 0.020 0.016 126 E 0.001 0.001 0.017 0.922 0.030 0.030 127 T 0.002 0.001 0.017 0.847 0.041 0.090 128 L 0.004 0.003 0.016 0.665 0.071 0.241 129 S 0.006 0.004 0.020 0.413 0.108 0.449 130 V 0.006 0.003 0.054 0.646 0.104 0.187 131 E 0.014 0.004 0.060 0.660 0.117 0.145 132 A 0.010 0.003 0.071 0.706 0.102 0.107 133 E 0.011 0.003 0.072 0.710 0.085 0.119 134 A 0.012 0.003 0.065 0.712 0.096 0.112 135 A 0.019 0.003 0.058 0.600 0.120 0.199 136 E 0.021 0.006 0.037 0.565 0.108 0.264 137 S 0.031 0.009 0.034 0.419 0.132 0.376 138 S 0.021 0.005 0.031 0.259 0.158 0.526 139 A 0.023 0.006 0.026 0.155 0.165 0.623 140 A 0.031 0.010 0.025 0.125 0.152 0.657 141 E 0.048 0.010 0.023 0.112 0.142 0.665