# TARGET T0360 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.0141 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.014 0.860 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.059 0.017 0.007 0.008 2 T 0.001 0.009 0.878 0.001 0.004 0.047 0.001 0.001 0.001 0.035 0.017 0.001 0.008 3 Q 0.001 0.004 0.238 0.001 0.045 0.555 0.001 0.001 0.001 0.089 0.063 0.004 0.002 4 E 0.001 0.002 0.098 0.001 0.066 0.723 0.001 0.001 0.001 0.031 0.070 0.002 0.006 5 T 0.002 0.006 0.078 0.001 0.071 0.729 0.001 0.001 0.001 0.040 0.054 0.009 0.007 6 A 0.004 0.010 0.133 0.001 0.046 0.681 0.001 0.001 0.002 0.039 0.055 0.009 0.019 7 L 0.003 0.009 0.145 0.004 0.020 0.643 0.001 0.001 0.002 0.040 0.113 0.011 0.010 8 G 0.002 0.004 0.162 0.002 0.027 0.569 0.001 0.001 0.001 0.047 0.174 0.005 0.007 9 A 0.002 0.004 0.241 0.001 0.023 0.557 0.001 0.001 0.001 0.071 0.078 0.009 0.012 10 A 0.003 0.016 0.210 0.001 0.030 0.613 0.001 0.001 0.002 0.040 0.060 0.007 0.018 11 L 0.001 0.008 0.359 0.002 0.026 0.477 0.001 0.001 0.002 0.065 0.039 0.009 0.010 12 K 0.002 0.006 0.283 0.004 0.053 0.453 0.001 0.001 0.001 0.077 0.093 0.012 0.015 13 S 0.002 0.005 0.223 0.002 0.067 0.461 0.001 0.001 0.003 0.074 0.132 0.009 0.020 14 A 0.003 0.009 0.225 0.004 0.074 0.478 0.001 0.001 0.003 0.078 0.095 0.012 0.019 15 V 0.006 0.010 0.257 0.002 0.051 0.422 0.001 0.001 0.004 0.102 0.078 0.039 0.028 16 Q 0.009 0.018 0.221 0.002 0.034 0.433 0.002 0.001 0.007 0.076 0.113 0.025 0.058 17 T 0.003 0.015 0.373 0.002 0.018 0.350 0.001 0.001 0.007 0.083 0.108 0.010 0.030 18 M 0.001 0.013 0.449 0.001 0.011 0.299 0.001 0.001 0.003 0.132 0.074 0.011 0.006 19 S 0.001 0.008 0.425 0.001 0.012 0.313 0.001 0.001 0.001 0.124 0.107 0.002 0.007 20 K 0.001 0.001 0.055 0.001 0.005 0.888 0.001 0.001 0.001 0.026 0.023 0.001 0.001 21 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 24 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 26 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 29 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.001 0.001 30 H 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.886 0.001 0.001 0.001 0.004 0.097 0.001 0.001 31 I 0.001 0.007 0.144 0.001 0.021 0.619 0.001 0.001 0.002 0.064 0.141 0.001 0.001 32 Y 0.001 0.010 0.150 0.003 0.102 0.404 0.001 0.001 0.002 0.073 0.251 0.002 0.003 33 G 0.001 0.005 0.085 0.001 0.087 0.286 0.001 0.001 0.003 0.093 0.430 0.006 0.003 34 K 0.003 0.017 0.240 0.001 0.086 0.276 0.001 0.002 0.006 0.095 0.242 0.003 0.027 35 Y 0.002 0.059 0.404 0.005 0.028 0.137 0.002 0.002 0.012 0.234 0.081 0.023 0.013 36 D 0.001 0.015 0.567 0.005 0.043 0.083 0.001 0.001 0.008 0.147 0.103 0.007 0.020 37 V 0.001 0.017 0.170 0.002 0.118 0.163 0.001 0.001 0.005 0.142 0.357 0.007 0.015 38 F 0.002 0.013 0.191 0.003 0.119 0.125 0.001 0.001 0.003 0.117 0.407 0.008 0.011 39 K 0.001 0.013 0.271 0.002 0.087 0.075 0.001 0.001 0.002 0.221 0.311 0.010 0.007 40 R 0.001 0.021 0.476 0.002 0.036 0.053 0.001 0.001 0.003 0.148 0.230 0.007 0.023 41 F 0.001 0.037 0.616 0.003 0.018 0.047 0.001 0.001 0.002 0.192 0.055 0.005 0.023 42 K 0.001 0.017 0.649 0.001 0.019 0.066 0.001 0.001 0.002 0.169 0.044 0.028 0.004 43 P 0.001 0.017 0.434 0.002 0.090 0.240 0.001 0.001 0.006 0.052 0.104 0.001 0.051 44 L 0.003 0.011 0.299 0.007 0.181 0.318 0.001 0.001 0.006 0.079 0.075 0.013 0.006 45 A 0.003 0.004 0.101 0.002 0.217 0.483 0.002 0.002 0.015 0.059 0.089 0.008 0.015 46 L 0.004 0.009 0.086 0.003 0.063 0.555 0.003 0.006 0.020 0.069 0.158 0.012 0.013 47 G 0.004 0.032 0.196 0.001 0.021 0.497 0.003 0.004 0.036 0.076 0.092 0.024 0.015 48 I 0.001 0.018 0.185 0.001 0.009 0.645 0.001 0.002 0.019 0.052 0.053 0.002 0.014 49 D 0.001 0.003 0.057 0.001 0.008 0.886 0.001 0.001 0.006 0.013 0.021 0.002 0.003 50 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 51 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 52 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 53 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.830 0.001 0.001 0.001 0.002 0.143 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.026 0.621 0.001 0.001 0.001 0.008 0.333 0.001 0.001 56 L 0.001 0.002 0.529 0.001 0.005 0.041 0.001 0.001 0.001 0.396 0.026 0.001 0.001 57 P 0.001 0.001 0.258 0.001 0.096 0.017 0.001 0.001 0.001 0.189 0.438 0.001 0.001 58 Q 0.001 0.002 0.126 0.001 0.065 0.013 0.001 0.001 0.001 0.066 0.727 0.001 0.001 59 Y 0.001 0.036 0.615 0.001 0.018 0.014 0.001 0.001 0.001 0.279 0.035 0.001 0.001 60 D 0.001 0.007 0.912 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.056 0.002 0.001 0.003 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 70 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.001 0.001 71 H 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.702 0.001 0.001 0.001 0.008 0.275 0.001 0.001 72 C 0.001 0.020 0.207 0.001 0.011 0.365 0.001 0.001 0.005 0.206 0.185 0.001 0.001 73 R 0.001 0.036 0.384 0.001 0.009 0.163 0.001 0.001 0.003 0.294 0.106 0.002 0.002 74 R 0.001 0.005 0.474 0.001 0.002 0.128 0.001 0.001 0.001 0.371 0.017 0.001 0.001 75 P 0.001 0.001 0.034 0.001 0.025 0.862 0.001 0.001 0.001 0.008 0.070 0.001 0.001 76 R 0.001 0.003 0.007 0.001 0.020 0.938 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.001 0.001 77 Y 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 78 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.014 0.939 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.001 0.004 81 L 0.002 0.002 0.021 0.001 0.009 0.934 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 0.001 0.003 82 A 0.001 0.007 0.052 0.001 0.016 0.859 0.001 0.001 0.002 0.015 0.037 0.006 0.004 83 R 0.001 0.003 0.019 0.002 0.018 0.359 0.001 0.001 0.001 0.023 0.571 0.002 0.002 84 G 0.001 0.001 0.063 0.003 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.036 0.875 0.001 0.002 85 G 0.001 0.005 0.803 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.146 0.018 0.008 0.010 86 K 0.002 0.017 0.684 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.063 0.106 0.025 0.028 0.058 87 R 0.032 0.059 0.170 0.012 0.009 0.006 0.027 0.033 0.261 0.069 0.017 0.116 0.189 88 F 0.066 0.191 0.122 0.023 0.004 0.004 0.057 0.029 0.148 0.035 0.011 0.107 0.201 89 D 0.022 0.018 0.532 0.015 0.009 0.009 0.009 0.012 0.060 0.027 0.031 0.042 0.215 90 L 0.012 0.005 0.059 0.005 0.078 0.092 0.002 0.002 0.008 0.047 0.626 0.042 0.021 91 N 0.001 0.001 0.010 0.005 0.023 0.020 0.001 0.001 0.002 0.041 0.889 0.003 0.005 92 N 0.003 0.002 0.090 0.041 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.182 0.640 0.014 0.012 93 R 0.013 0.054 0.560 0.001 0.005 0.007 0.005 0.001 0.014 0.064 0.015 0.125 0.137 94 F 0.024 0.166 0.111 0.009 0.003 0.004 0.014 0.001 0.009 0.014 0.005 0.031 0.609 95 K 0.031 0.009 0.167 0.616 0.008 0.007 0.011 0.001 0.004 0.011 0.015 0.070 0.050 96 G 0.043 0.008 0.219 0.007 0.026 0.012 0.011 0.001 0.015 0.182 0.060 0.196 0.220 97 E 0.012 0.017 0.491 0.009 0.014 0.005 0.006 0.001 0.013 0.105 0.035 0.050 0.242 98 V 0.004 0.048 0.596 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.007 0.158 0.006 0.115 0.055 99 T 0.001 0.007 0.857 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.073 0.002 0.004 0.043 100 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 102 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 103 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 105 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 106 A 0.001 0.001 0.015 0.001 0.022 0.877 0.001 0.001 0.001 0.005 0.080 0.001 0.001 107 Q 0.001 0.002 0.018 0.001 0.037 0.580 0.001 0.001 0.001 0.013 0.349 0.001 0.001 108 N 0.001 0.001 0.052 0.001 0.023 0.493 0.001 0.001 0.001 0.020 0.410 0.001 0.001 109 H 0.001 0.002 0.497 0.001 0.008 0.274 0.001 0.001 0.001 0.186 0.032 0.001 0.001 110 P 0.001 0.001 0.246 0.001 0.043 0.615 0.001 0.001 0.001 0.032 0.061 0.001 0.001 111 F 0.001 0.001 0.035 0.001 0.041 0.864 0.001 0.001 0.001 0.023 0.036 0.001 0.001 112 V 0.001 0.001 0.016 0.001 0.018 0.939 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.001 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.017 0.001 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 114 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 116 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 117 Q 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 118 Q 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 119 Q 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.938 0.001 0.001 0.001 0.006 0.039 0.001 0.001 120 S 0.001 0.001 0.034 0.001 0.003 0.901 0.001 0.001 0.001 0.014 0.048 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 0.952 0.001 0.001 0.001 0.009 0.021 0.001 0.001 122 Q 0.001 0.001 0.016 0.001 0.004 0.955 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 123 A 0.001 0.001 0.016 0.001 0.004 0.956 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.001 0.001 124 A 0.001 0.001 0.037 0.001 0.007 0.925 0.001 0.001 0.001 0.011 0.020 0.001 0.001 125 A 0.001 0.001 0.022 0.001 0.014 0.884 0.001 0.001 0.001 0.008 0.070 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.030 0.001 0.010 0.749 0.001 0.001 0.001 0.015 0.195 0.001 0.001 127 T 0.001 0.001 0.073 0.001 0.017 0.590 0.001 0.001 0.001 0.019 0.300 0.001 0.001 128 L 0.001 0.008 0.219 0.001 0.021 0.464 0.001 0.001 0.001 0.148 0.140 0.001 0.001 129 S 0.001 0.002 0.437 0.001 0.028 0.315 0.001 0.001 0.001 0.053 0.163 0.001 0.001 130 V 0.001 0.003 0.210 0.001 0.042 0.530 0.001 0.001 0.001 0.096 0.117 0.001 0.001 131 E 0.001 0.002 0.259 0.001 0.031 0.590 0.001 0.001 0.001 0.048 0.070 0.001 0.001 132 A 0.001 0.002 0.098 0.001 0.048 0.762 0.001 0.001 0.001 0.031 0.058 0.001 0.001 133 E 0.001 0.002 0.086 0.001 0.032 0.805 0.001 0.001 0.001 0.025 0.050 0.001 0.001 134 A 0.001 0.003 0.081 0.001 0.041 0.785 0.001 0.001 0.001 0.018 0.070 0.001 0.001 135 A 0.001 0.004 0.114 0.001 0.037 0.700 0.001 0.001 0.001 0.035 0.107 0.001 0.001 136 E 0.001 0.003 0.326 0.001 0.030 0.434 0.001 0.001 0.001 0.059 0.143 0.002 0.002 137 S 0.001 0.005 0.503 0.001 0.029 0.262 0.001 0.001 0.001 0.100 0.097 0.002 0.003 138 S 0.001 0.004 0.676 0.001 0.018 0.129 0.001 0.001 0.001 0.099 0.070 0.001 0.002 139 A 0.001 0.005 0.655 0.001 0.020 0.086 0.001 0.001 0.001 0.102 0.127 0.001 0.002 140 A 0.001 0.003 0.803 0.001 0.009 0.031 0.001 0.001 0.001 0.100 0.053 0.001 0.001 141 E 0.001 0.003 0.916 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.053 0.012 0.001 0.001