# TARGET T0360 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0360/T0360.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.0141 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.054 0.174 0.216 0.011 0.088 0.021 0.006 0.007 0.010 0.072 0.060 0.139 0.006 0.004 0.025 2 T 0.021 0.078 0.123 0.126 0.004 0.296 0.005 0.022 0.002 0.003 0.046 0.117 0.143 0.001 0.008 0.005 3 Q 0.004 0.040 0.028 0.081 0.002 0.175 0.002 0.008 0.007 0.004 0.324 0.066 0.245 0.002 0.002 0.010 4 E 0.011 0.049 0.031 0.076 0.002 0.029 0.005 0.002 0.003 0.001 0.102 0.287 0.390 0.002 0.004 0.006 5 T 0.004 0.012 0.049 0.048 0.002 0.024 0.004 0.003 0.001 0.001 0.024 0.080 0.734 0.002 0.005 0.009 6 A 0.005 0.008 0.037 0.028 0.048 0.043 0.075 0.003 0.001 0.001 0.030 0.022 0.438 0.238 0.004 0.020 7 L 0.003 0.028 0.036 0.034 0.002 0.023 0.010 0.075 0.001 0.001 0.035 0.028 0.482 0.004 0.233 0.006 8 G 0.004 0.015 0.031 0.041 0.001 0.020 0.009 0.004 0.037 0.022 0.029 0.033 0.520 0.008 0.007 0.220 9 A 0.237 0.016 0.037 0.057 0.001 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.039 0.044 0.503 0.005 0.009 0.019 10 A 0.011 0.066 0.246 0.075 0.003 0.056 0.016 0.004 0.002 0.001 0.023 0.048 0.384 0.014 0.012 0.039 11 L 0.011 0.031 0.112 0.123 0.006 0.133 0.024 0.005 0.002 0.001 0.041 0.030 0.442 0.006 0.015 0.018 12 K 0.013 0.169 0.128 0.186 0.004 0.048 0.010 0.012 0.004 0.002 0.056 0.049 0.272 0.007 0.010 0.029 13 S 0.024 0.038 0.071 0.174 0.003 0.173 0.008 0.008 0.006 0.004 0.051 0.068 0.333 0.006 0.011 0.023 14 A 0.015 0.066 0.162 0.095 0.004 0.057 0.017 0.004 0.003 0.001 0.113 0.049 0.380 0.007 0.007 0.021 15 V 0.012 0.079 0.101 0.204 0.004 0.047 0.013 0.006 0.002 0.001 0.043 0.111 0.344 0.005 0.010 0.017 16 Q 0.017 0.052 0.163 0.239 0.010 0.050 0.023 0.008 0.005 0.003 0.025 0.033 0.291 0.018 0.011 0.053 17 T 0.020 0.048 0.148 0.137 0.012 0.162 0.027 0.009 0.004 0.004 0.044 0.027 0.301 0.007 0.018 0.031 18 M 0.019 0.103 0.133 0.123 0.009 0.064 0.015 0.015 0.004 0.008 0.141 0.059 0.260 0.007 0.009 0.029 19 S 0.011 0.014 0.013 0.020 0.003 0.353 0.003 0.009 0.002 0.007 0.068 0.197 0.290 0.001 0.004 0.004 20 K 0.002 0.010 0.004 0.003 0.001 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.502 0.065 0.371 0.001 0.001 0.003 21 K 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.514 0.425 0.001 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.041 0.944 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.983 0.001 0.001 0.001 24 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.988 0.001 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 26 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.001 0.001 29 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.016 0.010 0.011 30 H 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.694 0.016 0.036 0.222 31 I 0.008 0.001 0.045 0.001 0.002 0.007 0.156 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.590 0.132 0.007 0.046 32 Y 0.010 0.027 0.071 0.005 0.001 0.041 0.022 0.022 0.001 0.001 0.024 0.008 0.624 0.008 0.125 0.012 33 G 0.005 0.087 0.017 0.032 0.001 0.020 0.007 0.006 0.027 0.009 0.176 0.056 0.372 0.012 0.010 0.163 34 K 0.216 0.052 0.131 0.070 0.002 0.007 0.025 0.002 0.007 0.001 0.021 0.087 0.284 0.014 0.019 0.063 35 Y 0.010 0.016 0.627 0.113 0.001 0.018 0.018 0.003 0.001 0.001 0.005 0.013 0.144 0.002 0.010 0.017 36 D 0.005 0.013 0.037 0.035 0.022 0.616 0.018 0.004 0.001 0.003 0.018 0.013 0.202 0.003 0.002 0.008 37 V 0.004 0.045 0.008 0.026 0.024 0.021 0.020 0.016 0.002 0.001 0.683 0.017 0.066 0.061 0.003 0.004 38 F 0.005 0.058 0.026 0.033 0.003 0.017 0.012 0.039 0.012 0.003 0.013 0.324 0.068 0.010 0.368 0.009 39 K 0.018 0.016 0.063 0.017 0.001 0.007 0.017 0.003 0.036 0.015 0.016 0.007 0.130 0.010 0.020 0.624 40 R 0.443 0.051 0.211 0.089 0.001 0.012 0.013 0.004 0.010 0.002 0.014 0.021 0.059 0.003 0.009 0.057 41 F 0.059 0.029 0.648 0.130 0.002 0.044 0.016 0.002 0.003 0.002 0.004 0.009 0.031 0.001 0.002 0.017 42 K 0.015 0.126 0.179 0.585 0.003 0.046 0.003 0.003 0.002 0.001 0.007 0.007 0.016 0.001 0.001 0.005 43 P 0.005 0.023 0.055 0.711 0.006 0.138 0.002 0.003 0.002 0.001 0.028 0.006 0.017 0.001 0.001 0.002 44 L 0.007 0.161 0.121 0.581 0.004 0.038 0.001 0.005 0.002 0.001 0.030 0.021 0.023 0.001 0.001 0.002 45 A 0.010 0.026 0.076 0.648 0.089 0.033 0.019 0.004 0.003 0.002 0.019 0.013 0.018 0.031 0.001 0.008 46 L 0.015 0.023 0.218 0.546 0.007 0.027 0.002 0.063 0.002 0.001 0.010 0.005 0.032 0.001 0.045 0.004 47 G 0.008 0.039 0.048 0.452 0.019 0.130 0.005 0.004 0.024 0.145 0.020 0.012 0.031 0.002 0.001 0.062 48 I 0.057 0.015 0.003 0.066 0.006 0.674 0.001 0.017 0.001 0.002 0.065 0.048 0.045 0.001 0.001 0.001 49 D 0.001 0.012 0.003 0.004 0.002 0.202 0.001 0.006 0.002 0.003 0.624 0.061 0.077 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.017 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.200 0.562 0.199 0.001 0.003 0.001 51 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.127 0.845 0.001 0.001 0.001 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.982 0.002 0.001 0.001 53 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.971 0.002 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.870 0.073 0.008 0.043 55 A 0.002 0.001 0.080 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.448 0.119 0.099 0.212 56 L 0.003 0.001 0.210 0.001 0.001 0.011 0.244 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.433 0.011 0.025 0.057 57 P 0.050 0.065 0.086 0.009 0.001 0.046 0.057 0.011 0.001 0.001 0.131 0.016 0.391 0.018 0.017 0.101 58 Q 0.046 0.529 0.031 0.029 0.001 0.016 0.005 0.001 0.020 0.001 0.028 0.065 0.071 0.010 0.010 0.138 59 Y 0.025 0.071 0.703 0.053 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.009 0.021 0.074 0.001 0.013 0.017 60 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 64 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 0.001 70 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.007 0.004 71 H 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.672 0.074 0.019 0.199 72 C 0.009 0.004 0.031 0.003 0.001 0.013 0.054 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.772 0.022 0.037 0.048 73 R 0.013 0.167 0.139 0.021 0.001 0.003 0.011 0.007 0.001 0.001 0.021 0.008 0.374 0.010 0.033 0.192 74 R 0.027 0.007 0.020 0.010 0.001 0.326 0.005 0.002 0.003 0.009 0.017 0.070 0.477 0.002 0.008 0.016 75 P 0.003 0.003 0.008 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.736 0.011 0.212 0.001 0.001 0.001 76 R 0.001 0.025 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.888 0.064 0.001 0.001 0.001 77 Y 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.039 0.928 0.001 0.001 0.005 78 L 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 79 K 0.001 0.011 0.001 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.948 0.001 0.001 0.002 80 A 0.001 0.002 0.003 0.041 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.914 0.004 0.001 0.014 81 L 0.002 0.004 0.104 0.031 0.002 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.803 0.005 0.009 0.018 82 A 0.001 0.003 0.009 0.007 0.125 0.010 0.135 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.067 0.629 0.002 0.010 83 R 0.003 0.007 0.007 0.010 0.006 0.009 0.015 0.311 0.001 0.001 0.013 0.002 0.044 0.016 0.551 0.004 84 G 0.002 0.055 0.014 0.011 0.001 0.001 0.004 0.007 0.283 0.053 0.006 0.006 0.023 0.003 0.020 0.512 85 G 0.916 0.003 0.021 0.024 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.013 86 K 0.040 0.010 0.866 0.065 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 87 R 0.009 0.013 0.084 0.835 0.013 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 88 F 0.002 0.018 0.022 0.927 0.007 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 D 0.001 0.004 0.001 0.018 0.019 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 90 L 0.001 0.025 0.002 0.006 0.117 0.003 0.023 0.006 0.001 0.001 0.784 0.003 0.002 0.027 0.001 0.001 91 N 0.001 0.031 0.006 0.009 0.001 0.005 0.001 0.137 0.008 0.001 0.001 0.116 0.001 0.001 0.681 0.001 92 N 0.003 0.003 0.024 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.098 0.028 0.003 0.001 0.006 0.001 0.003 0.823 93 R 0.893 0.021 0.032 0.015 0.001 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.010 0.004 0.001 0.001 0.006 94 F 0.018 0.006 0.161 0.010 0.173 0.306 0.188 0.004 0.001 0.001 0.033 0.010 0.013 0.072 0.001 0.002 95 K 0.002 0.678 0.028 0.048 0.001 0.004 0.002 0.118 0.004 0.001 0.007 0.018 0.004 0.001 0.082 0.003 96 G 0.008 0.010 0.040 0.437 0.001 0.012 0.002 0.005 0.208 0.060 0.028 0.018 0.014 0.001 0.004 0.151 97 E 0.375 0.020 0.491 0.082 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.018 98 V 0.006 0.024 0.412 0.553 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.987 0.001 0.001 0.001 103 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 105 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 106 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.001 0.001 107 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.008 0.008 0.008 108 N 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.893 0.015 0.014 0.066 109 H 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.960 0.002 0.004 0.007 110 P 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.006 0.930 0.001 0.001 0.002 111 F 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.177 0.792 0.001 0.001 0.002 112 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.971 0.002 0.002 0.002 113 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.981 0.001 0.002 0.001 114 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.975 0.002 0.001 0.001 116 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.986 0.002 0.002 0.002 117 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.988 0.001 0.002 0.002 118 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.979 0.003 0.002 0.007 119 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.978 0.003 0.004 0.003 120 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.981 0.001 0.002 0.003 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.970 0.001 0.001 0.002 122 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.968 0.002 0.001 0.002 123 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.984 0.001 0.002 0.002 124 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.982 0.003 0.001 0.003 125 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.979 0.002 0.003 0.002 126 E 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.941 0.008 0.006 0.015 127 T 0.003 0.002 0.014 0.002 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.871 0.035 0.016 0.037 128 L 0.003 0.007 0.087 0.004 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.809 0.004 0.028 0.024 129 S 0.004 0.007 0.023 0.006 0.001 0.040 0.007 0.001 0.001 0.001 0.014 0.023 0.843 0.004 0.004 0.024 130 V 0.009 0.018 0.017 0.010 0.001 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.097 0.031 0.771 0.006 0.004 0.010 131 E 0.002 0.023 0.024 0.012 0.001 0.029 0.006 0.002 0.001 0.001 0.025 0.128 0.717 0.008 0.012 0.010 132 A 0.002 0.004 0.021 0.008 0.001 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.036 0.018 0.861 0.006 0.010 0.010 133 E 0.003 0.013 0.027 0.014 0.001 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 0.031 0.052 0.797 0.009 0.011 0.019 134 A 0.007 0.010 0.036 0.019 0.001 0.014 0.014 0.002 0.001 0.001 0.018 0.027 0.782 0.016 0.015 0.039 135 A 0.008 0.021 0.134 0.031 0.001 0.020 0.022 0.002 0.001 0.001 0.021 0.019 0.632 0.011 0.021 0.053 136 E 0.014 0.041 0.162 0.059 0.002 0.049 0.020 0.004 0.002 0.001 0.021 0.023 0.509 0.013 0.017 0.062 137 S 0.019 0.039 0.114 0.054 0.005 0.120 0.033 0.004 0.003 0.002 0.071 0.031 0.448 0.016 0.012 0.030 138 S 0.015 0.149 0.107 0.067 0.003 0.052 0.019 0.011 0.004 0.001 0.118 0.065 0.324 0.013 0.019 0.034 139 A 0.017 0.089 0.138 0.104 0.005 0.059 0.024 0.006 0.009 0.003 0.037 0.105 0.331 0.011 0.016 0.047 140 A 0.019 0.026 0.150 0.050 0.048 0.084 0.130 0.005 0.002 0.002 0.063 0.038 0.313 0.038 0.010 0.022 141 E 0.013 0.108 0.114 0.080 0.022 0.048 0.045 0.095 0.005 0.003 0.092 0.055 0.182 0.039 0.073 0.026