# TARGET T0360 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.0141 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.134 0.066 0.045 0.073 0.069 0.089 0.121 0.117 0.121 0.099 0.068 2 T 0.269 0.282 0.105 0.125 0.082 0.049 0.043 0.021 0.014 0.008 0.003 3 Q 0.333 0.187 0.145 0.161 0.085 0.042 0.025 0.011 0.006 0.003 0.001 4 E 0.396 0.133 0.093 0.118 0.081 0.059 0.055 0.029 0.021 0.011 0.005 5 T 0.110 0.063 0.219 0.175 0.118 0.102 0.108 0.048 0.032 0.015 0.008 6 A 0.076 0.087 0.260 0.184 0.122 0.099 0.094 0.040 0.022 0.010 0.004 7 L 0.025 0.047 0.180 0.093 0.094 0.138 0.184 0.109 0.070 0.042 0.018 8 G 0.146 0.138 0.282 0.153 0.096 0.067 0.063 0.026 0.017 0.009 0.004 9 A 0.138 0.104 0.287 0.133 0.098 0.073 0.083 0.036 0.025 0.015 0.008 10 A 0.150 0.207 0.238 0.172 0.098 0.061 0.041 0.014 0.010 0.006 0.003 11 L 0.036 0.035 0.071 0.064 0.078 0.127 0.209 0.136 0.129 0.077 0.037 12 K 0.374 0.164 0.249 0.126 0.050 0.020 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 13 S 0.191 0.153 0.356 0.126 0.070 0.045 0.035 0.012 0.007 0.003 0.001 14 A 0.088 0.049 0.090 0.092 0.087 0.130 0.193 0.107 0.084 0.055 0.026 15 V 0.088 0.078 0.179 0.158 0.135 0.120 0.131 0.054 0.033 0.017 0.006 16 Q 0.077 0.111 0.515 0.151 0.069 0.036 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 17 T 0.069 0.068 0.163 0.130 0.114 0.125 0.152 0.074 0.053 0.034 0.017 18 M 0.166 0.091 0.123 0.096 0.092 0.093 0.131 0.082 0.063 0.044 0.019 19 S 0.198 0.229 0.228 0.127 0.087 0.053 0.038 0.017 0.013 0.007 0.003 20 K 0.092 0.198 0.144 0.148 0.106 0.095 0.102 0.049 0.036 0.021 0.008 21 K 0.194 0.090 0.117 0.186 0.162 0.107 0.081 0.029 0.022 0.009 0.003 22 K 0.286 0.136 0.271 0.166 0.071 0.037 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 23 Q 0.002 0.010 0.022 0.051 0.059 0.131 0.265 0.199 0.152 0.078 0.032 24 T 0.001 0.002 0.007 0.012 0.027 0.071 0.213 0.225 0.212 0.146 0.084 25 E 0.025 0.042 0.587 0.177 0.086 0.048 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 26 M 0.001 0.011 0.081 0.179 0.240 0.241 0.173 0.045 0.019 0.007 0.003 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.056 0.186 0.332 0.402 28 A 0.001 0.001 0.008 0.048 0.136 0.226 0.326 0.140 0.079 0.028 0.008 29 D 0.027 0.044 0.728 0.143 0.039 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 30 H 0.001 0.005 0.009 0.035 0.077 0.226 0.457 0.122 0.045 0.017 0.005 31 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.063 0.159 0.258 0.280 0.219 32 Y 0.017 0.059 0.086 0.222 0.214 0.165 0.112 0.055 0.035 0.021 0.014 33 G 0.101 0.100 0.285 0.185 0.127 0.089 0.065 0.023 0.015 0.007 0.003 34 K 0.004 0.010 0.008 0.045 0.070 0.113 0.281 0.204 0.148 0.082 0.035 35 Y 0.004 0.006 0.006 0.021 0.034 0.073 0.180 0.195 0.228 0.156 0.097 36 D 0.094 0.193 0.222 0.229 0.118 0.066 0.039 0.017 0.012 0.006 0.003 37 V 0.079 0.078 0.066 0.134 0.116 0.121 0.162 0.103 0.073 0.045 0.022 38 F 0.164 0.106 0.036 0.105 0.099 0.100 0.142 0.102 0.076 0.042 0.029 39 K 0.276 0.161 0.083 0.178 0.110 0.081 0.061 0.024 0.014 0.007 0.004 40 R 0.335 0.224 0.095 0.170 0.086 0.044 0.026 0.010 0.006 0.003 0.002 41 F 0.013 0.020 0.010 0.041 0.061 0.080 0.165 0.190 0.188 0.146 0.086 42 K 0.076 0.111 0.057 0.173 0.189 0.148 0.128 0.057 0.035 0.016 0.010 43 P 0.012 0.014 0.016 0.052 0.073 0.111 0.190 0.172 0.163 0.119 0.079 44 L 0.003 0.003 0.003 0.014 0.025 0.044 0.136 0.196 0.226 0.193 0.158 45 A 0.009 0.018 0.021 0.056 0.057 0.077 0.166 0.176 0.188 0.134 0.099 46 L 0.006 0.007 0.011 0.024 0.026 0.044 0.124 0.161 0.234 0.212 0.150 47 G 0.023 0.052 0.044 0.121 0.120 0.125 0.173 0.133 0.096 0.067 0.045 48 I 0.001 0.005 0.003 0.011 0.015 0.021 0.074 0.126 0.222 0.280 0.243 49 D 0.009 0.022 0.018 0.087 0.167 0.195 0.225 0.116 0.087 0.042 0.031 50 Q 0.289 0.155 0.129 0.200 0.107 0.056 0.038 0.013 0.008 0.003 0.002 51 D 0.019 0.034 0.037 0.149 0.179 0.194 0.193 0.090 0.056 0.030 0.020 52 L 0.001 0.002 0.006 0.008 0.008 0.012 0.039 0.084 0.209 0.286 0.347 53 I 0.003 0.005 0.027 0.063 0.151 0.204 0.312 0.122 0.073 0.028 0.013 54 A 0.054 0.066 0.632 0.165 0.050 0.020 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 55 A 0.019 0.029 0.030 0.076 0.129 0.223 0.318 0.100 0.046 0.021 0.009 56 L 0.004 0.006 0.005 0.012 0.017 0.031 0.104 0.158 0.232 0.226 0.204 57 P 0.474 0.270 0.117 0.074 0.034 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.807 0.077 0.045 0.044 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 Y 0.012 0.013 0.004 0.013 0.026 0.054 0.178 0.205 0.199 0.176 0.120 60 D 0.069 0.551 0.130 0.141 0.046 0.030 0.017 0.007 0.005 0.003 0.002 61 A 0.081 0.051 0.084 0.161 0.233 0.222 0.120 0.031 0.013 0.004 0.001 62 A 0.768 0.100 0.082 0.031 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.002 0.014 0.058 0.293 0.239 0.190 0.139 0.043 0.016 0.005 0.002 64 I 0.003 0.003 0.018 0.007 0.008 0.016 0.087 0.155 0.235 0.263 0.204 65 A 0.001 0.006 0.268 0.198 0.199 0.201 0.093 0.022 0.008 0.003 0.001 66 R 0.003 0.026 0.592 0.202 0.100 0.046 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 67 V 0.002 0.004 0.036 0.028 0.038 0.080 0.267 0.179 0.161 0.119 0.085 68 L 0.003 0.003 0.047 0.013 0.011 0.017 0.125 0.161 0.246 0.240 0.133 69 A 0.002 0.011 0.249 0.193 0.208 0.145 0.104 0.045 0.022 0.014 0.007 70 N 0.011 0.043 0.386 0.163 0.136 0.115 0.085 0.032 0.018 0.009 0.003 71 H 0.011 0.016 0.030 0.037 0.060 0.108 0.270 0.177 0.157 0.094 0.041 72 C 0.020 0.023 0.034 0.038 0.037 0.049 0.143 0.137 0.181 0.173 0.165 73 R 0.092 0.166 0.162 0.176 0.155 0.098 0.086 0.033 0.019 0.009 0.004 74 R 0.107 0.161 0.094 0.214 0.150 0.100 0.095 0.040 0.024 0.010 0.003 75 P 0.247 0.156 0.086 0.155 0.118 0.090 0.071 0.031 0.024 0.014 0.008 76 R 0.044 0.066 0.054 0.148 0.153 0.182 0.211 0.081 0.038 0.016 0.007 77 Y 0.004 0.008 0.014 0.039 0.046 0.065 0.162 0.195 0.211 0.164 0.091 78 L 0.006 0.009 0.035 0.033 0.033 0.055 0.147 0.170 0.208 0.185 0.120 79 K 0.007 0.025 0.143 0.319 0.230 0.123 0.074 0.039 0.023 0.011 0.005 80 A 0.005 0.013 0.036 0.037 0.049 0.078 0.179 0.183 0.191 0.146 0.085 81 L 0.002 0.005 0.017 0.039 0.036 0.041 0.107 0.156 0.214 0.209 0.174 82 A 0.015 0.035 0.072 0.106 0.149 0.160 0.232 0.108 0.071 0.033 0.019 83 R 0.080 0.098 0.193 0.218 0.147 0.119 0.084 0.032 0.017 0.008 0.004 84 G 0.317 0.185 0.076 0.141 0.098 0.063 0.059 0.025 0.018 0.011 0.006 85 G 0.030 0.022 0.013 0.030 0.028 0.040 0.091 0.124 0.189 0.213 0.221 86 K 0.142 0.267 0.115 0.212 0.137 0.069 0.037 0.011 0.006 0.002 0.001 87 R 0.019 0.020 0.013 0.046 0.049 0.069 0.139 0.160 0.184 0.161 0.140 88 F 0.025 0.024 0.013 0.050 0.073 0.100 0.187 0.153 0.151 0.122 0.102 89 D 0.035 0.063 0.047 0.145 0.135 0.120 0.146 0.099 0.102 0.064 0.044 90 L 0.008 0.008 0.006 0.017 0.022 0.037 0.090 0.118 0.191 0.230 0.273 91 N 0.105 0.149 0.092 0.186 0.146 0.102 0.107 0.053 0.035 0.017 0.009 92 N 0.422 0.125 0.040 0.102 0.084 0.065 0.074 0.035 0.026 0.016 0.011 93 R 0.252 0.251 0.095 0.199 0.102 0.048 0.029 0.012 0.006 0.004 0.002 94 F 0.062 0.074 0.031 0.104 0.143 0.150 0.182 0.100 0.079 0.044 0.031 95 K 0.070 0.101 0.078 0.227 0.204 0.126 0.113 0.048 0.021 0.009 0.004 96 G 0.378 0.134 0.047 0.108 0.094 0.083 0.090 0.034 0.018 0.010 0.005 97 E 0.104 0.173 0.168 0.259 0.156 0.079 0.043 0.012 0.005 0.002 0.001 98 V 0.002 0.003 0.002 0.004 0.007 0.019 0.060 0.100 0.185 0.292 0.325 99 T 0.020 0.507 0.198 0.185 0.065 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 100 P 0.923 0.043 0.018 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.695 0.085 0.135 0.058 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.001 0.003 0.013 0.013 0.019 0.123 0.448 0.209 0.120 0.041 0.011 103 Q 0.001 0.005 0.097 0.240 0.258 0.230 0.118 0.034 0.012 0.004 0.001 104 A 0.013 0.023 0.944 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 I 0.002 0.010 0.250 0.164 0.163 0.189 0.152 0.042 0.019 0.006 0.001 106 A 0.002 0.002 0.062 0.005 0.006 0.012 0.116 0.147 0.238 0.253 0.158 107 Q 0.002 0.008 0.585 0.222 0.125 0.042 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 108 N 0.006 0.024 0.885 0.048 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 109 H 0.009 0.031 0.054 0.049 0.068 0.154 0.307 0.150 0.103 0.056 0.020 110 P 0.377 0.209 0.169 0.076 0.043 0.038 0.052 0.019 0.011 0.004 0.001 111 F 0.280 0.119 0.410 0.093 0.043 0.024 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 112 V 0.129 0.095 0.390 0.158 0.076 0.060 0.058 0.018 0.010 0.004 0.002 113 Q 0.038 0.049 0.418 0.107 0.057 0.073 0.132 0.062 0.041 0.018 0.006 114 Q 0.046 0.030 0.690 0.143 0.046 0.026 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 115 A 0.016 0.018 0.863 0.059 0.022 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 116 L 0.007 0.013 0.607 0.061 0.042 0.075 0.135 0.037 0.016 0.006 0.001 117 Q 0.006 0.010 0.810 0.067 0.031 0.028 0.035 0.009 0.003 0.001 0.001 118 Q 0.002 0.007 0.947 0.029 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 119 Q 0.007 0.011 0.907 0.036 0.017 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 120 S 0.008 0.012 0.822 0.053 0.035 0.028 0.030 0.007 0.003 0.001 0.001 121 A 0.002 0.009 0.889 0.033 0.021 0.019 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 122 Q 0.002 0.007 0.920 0.048 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 123 A 0.010 0.013 0.921 0.023 0.014 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.004 0.010 0.810 0.053 0.039 0.033 0.036 0.008 0.004 0.001 0.001 125 A 0.003 0.009 0.854 0.032 0.027 0.022 0.036 0.010 0.004 0.002 0.001 126 E 0.004 0.013 0.858 0.074 0.034 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 127 T 0.037 0.051 0.819 0.047 0.025 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 128 L 0.029 0.043 0.399 0.081 0.086 0.099 0.144 0.054 0.037 0.020 0.007 129 S 0.167 0.193 0.517 0.069 0.030 0.012 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 130 V 0.109 0.084 0.528 0.091 0.063 0.044 0.044 0.017 0.012 0.007 0.003 131 E 0.159 0.142 0.435 0.121 0.064 0.035 0.027 0.008 0.005 0.002 0.001 132 A 0.093 0.070 0.357 0.128 0.088 0.085 0.096 0.039 0.028 0.012 0.005 133 E 0.112 0.070 0.479 0.127 0.074 0.060 0.048 0.016 0.009 0.003 0.001 134 A 0.059 0.065 0.522 0.119 0.077 0.061 0.052 0.022 0.013 0.006 0.003 135 A 0.045 0.045 0.290 0.081 0.083 0.106 0.160 0.082 0.060 0.034 0.014 136 E 0.109 0.108 0.429 0.157 0.083 0.045 0.039 0.015 0.009 0.004 0.002 137 S 0.186 0.142 0.297 0.116 0.084 0.059 0.060 0.026 0.017 0.010 0.004 138 S 0.197 0.176 0.177 0.142 0.095 0.069 0.066 0.033 0.024 0.016 0.006 139 A 0.415 0.125 0.123 0.098 0.068 0.055 0.055 0.026 0.020 0.011 0.005 140 A 0.362 0.153 0.131 0.103 0.074 0.058 0.054 0.028 0.020 0.011 0.005 141 E 0.373 0.244 0.105 0.120 0.066 0.032 0.025 0.015 0.011 0.006 0.003