# TARGET T0360 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.0141 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.014 0.010 0.009 0.004 0.007 0.025 0.002 0.001 0.002 0.884 2 T 0.029 0.013 0.004 0.014 0.010 0.017 0.165 0.002 0.001 0.004 0.743 3 Q 0.103 0.022 0.004 0.007 0.005 0.008 0.128 0.001 0.001 0.007 0.715 4 E 0.066 0.106 0.002 0.012 0.007 0.012 0.210 0.003 0.001 0.006 0.577 5 T 0.118 0.200 0.003 0.009 0.006 0.010 0.247 0.002 0.001 0.012 0.392 6 A 0.119 0.443 0.004 0.009 0.009 0.013 0.150 0.005 0.001 0.007 0.242 7 L 0.080 0.661 0.005 0.008 0.009 0.015 0.046 0.007 0.001 0.003 0.166 8 G 0.083 0.595 0.004 0.005 0.007 0.009 0.030 0.015 0.001 0.004 0.249 9 A 0.113 0.584 0.015 0.002 0.003 0.006 0.026 0.006 0.001 0.002 0.242 10 A 0.082 0.515 0.007 0.007 0.008 0.011 0.034 0.033 0.001 0.002 0.301 11 L 0.184 0.517 0.009 0.011 0.006 0.014 0.022 0.028 0.001 0.004 0.205 12 K 0.103 0.587 0.012 0.009 0.006 0.017 0.027 0.020 0.001 0.002 0.216 13 S 0.140 0.441 0.005 0.007 0.007 0.007 0.020 0.025 0.001 0.001 0.347 14 A 0.134 0.367 0.009 0.008 0.004 0.005 0.020 0.013 0.001 0.002 0.438 15 V 0.082 0.308 0.016 0.014 0.016 0.027 0.116 0.015 0.001 0.006 0.401 16 Q 0.190 0.301 0.019 0.014 0.010 0.023 0.128 0.014 0.001 0.006 0.296 17 T 0.222 0.401 0.010 0.014 0.005 0.009 0.032 0.013 0.001 0.002 0.292 18 M 0.118 0.308 0.011 0.014 0.005 0.006 0.051 0.008 0.001 0.003 0.475 19 S 0.094 0.132 0.011 0.004 0.002 0.004 0.196 0.006 0.001 0.005 0.548 20 K 0.078 0.240 0.017 0.007 0.002 0.005 0.135 0.007 0.001 0.004 0.506 21 K 0.042 0.391 0.003 0.004 0.002 0.002 0.145 0.005 0.001 0.006 0.399 22 K 0.029 0.479 0.001 0.001 0.001 0.001 0.212 0.002 0.001 0.005 0.269 23 Q 0.011 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.069 24 T 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 25 E 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 26 M 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 27 I 0.009 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 28 A 0.022 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.011 29 D 0.040 0.878 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 0.037 30 H 0.228 0.635 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.001 0.001 0.039 31 I 0.460 0.340 0.034 0.002 0.001 0.001 0.007 0.048 0.001 0.001 0.106 32 Y 0.004 0.013 0.081 0.004 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.890 33 G 0.012 0.009 0.003 0.020 0.005 0.010 0.087 0.002 0.001 0.001 0.851 34 K 0.592 0.020 0.003 0.014 0.003 0.004 0.038 0.002 0.001 0.006 0.318 35 Y 0.189 0.190 0.005 0.086 0.015 0.026 0.089 0.004 0.001 0.003 0.392 36 D 0.076 0.059 0.005 0.060 0.019 0.028 0.095 0.001 0.001 0.002 0.656 37 V 0.071 0.060 0.002 0.035 0.013 0.025 0.055 0.001 0.001 0.003 0.735 38 F 0.088 0.085 0.003 0.030 0.026 0.047 0.133 0.003 0.001 0.005 0.580 39 K 0.178 0.081 0.005 0.012 0.015 0.018 0.106 0.005 0.001 0.006 0.574 40 R 0.268 0.115 0.006 0.017 0.011 0.021 0.059 0.007 0.001 0.007 0.488 41 F 0.251 0.105 0.025 0.024 0.015 0.037 0.066 0.006 0.001 0.008 0.462 42 K 0.105 0.061 0.008 0.043 0.037 0.043 0.086 0.004 0.001 0.001 0.611 43 P 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.988 44 L 0.021 0.021 0.001 0.058 0.041 0.143 0.170 0.001 0.001 0.004 0.540 45 A 0.205 0.062 0.001 0.018 0.010 0.036 0.081 0.002 0.001 0.005 0.580 46 L 0.197 0.390 0.001 0.052 0.010 0.017 0.018 0.006 0.001 0.001 0.306 47 G 0.197 0.312 0.007 0.029 0.008 0.010 0.052 0.003 0.001 0.003 0.378 48 I 0.107 0.291 0.021 0.027 0.009 0.020 0.132 0.002 0.001 0.003 0.388 49 D 0.015 0.357 0.009 0.040 0.007 0.037 0.151 0.003 0.001 0.001 0.380 50 Q 0.014 0.363 0.001 0.010 0.004 0.003 0.043 0.003 0.001 0.001 0.560 51 D 0.023 0.558 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.001 0.001 0.003 0.206 52 L 0.005 0.838 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 0.001 0.001 0.116 53 I 0.018 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 54 A 0.020 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.008 55 A 0.073 0.863 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.021 56 L 0.469 0.470 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.027 57 P 0.010 0.025 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.886 58 Q 0.022 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.009 0.014 0.001 0.001 0.945 59 Y 0.785 0.010 0.030 0.015 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.003 0.141 60 D 0.070 0.040 0.002 0.031 0.002 0.003 0.262 0.002 0.001 0.001 0.587 61 A 0.007 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.956 62 A 0.019 0.031 0.001 0.008 0.001 0.002 0.499 0.001 0.001 0.007 0.432 63 L 0.047 0.063 0.001 0.004 0.002 0.003 0.776 0.001 0.001 0.015 0.088 64 I 0.029 0.908 0.001 0.006 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.041 65 A 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.024 66 R 0.015 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.038 67 V 0.017 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.012 68 L 0.011 0.975 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 69 A 0.014 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.021 70 N 0.062 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.030 71 H 0.182 0.700 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.001 0.001 0.067 72 C 0.112 0.580 0.102 0.009 0.003 0.005 0.008 0.033 0.001 0.001 0.147 73 R 0.088 0.297 0.054 0.042 0.011 0.028 0.072 0.041 0.001 0.002 0.364 74 R 0.173 0.112 0.025 0.018 0.003 0.007 0.054 0.006 0.001 0.001 0.601 75 P 0.006 0.015 0.003 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.960 76 R 0.014 0.027 0.002 0.018 0.006 0.013 0.326 0.001 0.001 0.005 0.589 77 Y 0.231 0.216 0.002 0.019 0.010 0.018 0.113 0.003 0.001 0.005 0.383 78 L 0.034 0.865 0.001 0.014 0.008 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.059 79 K 0.029 0.833 0.001 0.005 0.005 0.012 0.009 0.002 0.001 0.001 0.105 80 A 0.087 0.787 0.002 0.005 0.009 0.015 0.006 0.009 0.001 0.001 0.080 81 L 0.079 0.811 0.004 0.011 0.014 0.016 0.003 0.023 0.001 0.001 0.039 82 A 0.103 0.576 0.023 0.012 0.022 0.042 0.015 0.031 0.001 0.002 0.174 83 R 0.048 0.161 0.026 0.024 0.035 0.061 0.030 0.035 0.001 0.001 0.579 84 G 0.247 0.045 0.013 0.035 0.025 0.029 0.047 0.045 0.001 0.006 0.508 85 G 0.203 0.019 0.265 0.045 0.021 0.028 0.043 0.004 0.001 0.012 0.360 86 K 0.012 0.006 0.016 0.151 0.115 0.113 0.114 0.002 0.001 0.003 0.470 87 R 0.027 0.002 0.005 0.107 0.065 0.103 0.052 0.001 0.001 0.004 0.635 88 F 0.018 0.003 0.001 0.308 0.183 0.273 0.057 0.001 0.001 0.003 0.153 89 D 0.012 0.004 0.001 0.214 0.151 0.174 0.135 0.001 0.001 0.004 0.304 90 L 0.018 0.006 0.002 0.225 0.121 0.163 0.097 0.001 0.001 0.009 0.358 91 N 0.024 0.006 0.001 0.080 0.055 0.091 0.487 0.001 0.001 0.018 0.238 92 N 0.233 0.008 0.004 0.044 0.024 0.027 0.246 0.002 0.001 0.080 0.332 93 R 0.133 0.022 0.017 0.038 0.031 0.044 0.471 0.001 0.001 0.035 0.207 94 F 0.025 0.017 0.009 0.026 0.054 0.086 0.229 0.001 0.001 0.013 0.540 95 K 0.024 0.032 0.003 0.067 0.106 0.220 0.104 0.001 0.001 0.006 0.436 96 G 0.075 0.025 0.002 0.017 0.047 0.080 0.094 0.003 0.001 0.006 0.651 97 E 0.275 0.043 0.011 0.022 0.025 0.057 0.069 0.004 0.001 0.008 0.487 98 V 0.110 0.039 0.020 0.067 0.049 0.107 0.154 0.005 0.001 0.008 0.440 99 T 0.038 0.028 0.006 0.063 0.013 0.038 0.372 0.002 0.001 0.002 0.438 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.994 101 E 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.491 0.001 0.001 0.003 0.489 102 E 0.016 0.049 0.001 0.001 0.001 0.003 0.815 0.001 0.001 0.008 0.107 103 Q 0.029 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 104 A 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 105 I 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 106 A 0.016 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 107 Q 0.021 0.961 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 108 N 0.099 0.805 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.027 109 H 0.156 0.737 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.063 110 P 0.008 0.141 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.835 111 F 0.025 0.226 0.008 0.002 0.001 0.001 0.027 0.005 0.001 0.001 0.707 112 V 0.113 0.556 0.002 0.002 0.001 0.001 0.082 0.007 0.001 0.001 0.235 113 Q 0.039 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.057 114 Q 0.019 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.057 115 A 0.008 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.041 116 L 0.015 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.033 117 Q 0.013 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.016 118 Q 0.016 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.010 119 Q 0.026 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.024 120 S 0.019 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.033 121 A 0.007 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.041 122 Q 0.015 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.001 0.001 0.035 123 A 0.024 0.928 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.001 0.001 0.021 124 A 0.014 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.014 125 A 0.014 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.014 126 E 0.025 0.911 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.042 127 T 0.084 0.820 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.066 0.001 0.001 0.023 128 L 0.110 0.795 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.001 0.001 0.037 129 S 0.090 0.634 0.032 0.002 0.001 0.001 0.027 0.031 0.001 0.001 0.181 130 V 0.049 0.489 0.030 0.004 0.001 0.001 0.025 0.012 0.001 0.001 0.389 131 E 0.046 0.431 0.003 0.005 0.001 0.002 0.074 0.013 0.001 0.002 0.423 132 A 0.089 0.611 0.005 0.004 0.002 0.003 0.052 0.011 0.001 0.003 0.221 133 E 0.056 0.811 0.002 0.002 0.001 0.002 0.011 0.005 0.001 0.001 0.109 134 A 0.084 0.786 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.011 0.001 0.001 0.101 135 A 0.108 0.768 0.003 0.002 0.002 0.003 0.003 0.017 0.001 0.001 0.095 136 E 0.142 0.686 0.006 0.002 0.002 0.002 0.006 0.028 0.001 0.001 0.125 137 S 0.173 0.542 0.019 0.005 0.004 0.005 0.012 0.039 0.001 0.001 0.202 138 S 0.139 0.260 0.015 0.006 0.004 0.004 0.032 0.023 0.001 0.001 0.514 139 A 0.196 0.134 0.018 0.011 0.006 0.009 0.130 0.024 0.001 0.007 0.464 140 A 0.261 0.105 0.030 0.018 0.008 0.013 0.086 0.010 0.001 0.009 0.459 141 E 0.110 0.091 0.018 0.027 0.014 0.019 0.164 0.005 0.001 0.007 0.544