# TARGET T0360 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.0141 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.022 0.025 0.013 0.024 0.076 0.005 0.782 2 T 0.040 0.038 0.017 0.013 0.027 0.228 0.005 0.631 3 Q 0.038 0.047 0.009 0.006 0.018 0.092 0.004 0.787 4 E 0.032 0.156 0.006 0.005 0.013 0.171 0.004 0.613 5 T 0.061 0.489 0.005 0.005 0.007 0.145 0.009 0.279 6 A 0.053 0.851 0.004 0.003 0.004 0.016 0.005 0.065 7 L 0.050 0.841 0.007 0.005 0.007 0.009 0.010 0.071 8 G 0.124 0.615 0.016 0.010 0.011 0.014 0.027 0.184 9 A 0.190 0.499 0.037 0.013 0.020 0.036 0.025 0.180 10 A 0.099 0.414 0.015 0.014 0.024 0.064 0.018 0.351 11 L 0.110 0.379 0.034 0.017 0.035 0.055 0.017 0.353 12 K 0.078 0.345 0.025 0.016 0.018 0.115 0.021 0.380 13 S 0.138 0.334 0.025 0.013 0.014 0.080 0.027 0.369 14 A 0.169 0.296 0.025 0.013 0.022 0.051 0.017 0.407 15 V 0.088 0.295 0.042 0.032 0.041 0.111 0.015 0.376 16 Q 0.080 0.288 0.041 0.026 0.039 0.124 0.017 0.386 17 T 0.086 0.522 0.039 0.025 0.038 0.041 0.012 0.237 18 M 0.074 0.312 0.039 0.020 0.029 0.071 0.013 0.442 19 S 0.055 0.190 0.020 0.011 0.017 0.171 0.013 0.522 20 K 0.148 0.192 0.012 0.005 0.012 0.073 0.014 0.545 21 K 0.071 0.246 0.011 0.003 0.007 0.281 0.009 0.372 22 K 0.041 0.319 0.003 0.002 0.003 0.320 0.007 0.305 23 Q 0.017 0.894 0.002 0.001 0.002 0.014 0.002 0.068 24 T 0.009 0.924 0.003 0.001 0.003 0.009 0.002 0.048 25 E 0.006 0.957 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.026 26 M 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 27 I 0.022 0.929 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.033 28 A 0.013 0.943 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.032 29 D 0.027 0.890 0.003 0.002 0.002 0.003 0.011 0.062 30 H 0.162 0.637 0.012 0.004 0.003 0.009 0.052 0.122 31 I 0.086 0.698 0.021 0.005 0.011 0.010 0.021 0.149 32 Y 0.020 0.432 0.024 0.010 0.023 0.029 0.012 0.449 33 G 0.076 0.318 0.017 0.010 0.011 0.048 0.035 0.486 34 K 0.513 0.129 0.031 0.008 0.007 0.037 0.046 0.229 35 Y 0.268 0.170 0.064 0.034 0.018 0.046 0.036 0.365 36 D 0.031 0.083 0.186 0.074 0.072 0.077 0.016 0.462 37 V 0.020 0.045 0.045 0.042 0.063 0.070 0.005 0.710 38 F 0.038 0.044 0.033 0.019 0.046 0.456 0.013 0.351 39 K 0.220 0.070 0.026 0.020 0.015 0.152 0.036 0.463 40 R 0.217 0.102 0.052 0.018 0.017 0.156 0.027 0.411 41 F 0.124 0.046 0.050 0.029 0.054 0.109 0.037 0.551 42 K 0.134 0.026 0.096 0.247 0.219 0.072 0.008 0.197 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 44 L 0.007 0.006 0.140 0.118 0.371 0.108 0.003 0.247 45 A 0.166 0.027 0.121 0.053 0.050 0.080 0.010 0.494 46 L 0.113 0.049 0.222 0.069 0.114 0.066 0.010 0.357 47 G 0.154 0.031 0.244 0.060 0.053 0.085 0.008 0.365 48 I 0.039 0.045 0.303 0.033 0.050 0.110 0.005 0.415 49 D 0.030 0.057 0.092 0.023 0.120 0.231 0.009 0.439 50 Q 0.051 0.086 0.041 0.009 0.034 0.187 0.008 0.582 51 D 0.048 0.138 0.007 0.004 0.008 0.334 0.007 0.453 52 L 0.070 0.537 0.005 0.002 0.009 0.081 0.007 0.289 53 I 0.014 0.898 0.002 0.001 0.004 0.010 0.002 0.069 54 A 0.066 0.829 0.001 0.001 0.002 0.010 0.015 0.074 55 A 0.364 0.481 0.004 0.001 0.001 0.002 0.091 0.056 56 L 0.315 0.507 0.033 0.005 0.006 0.004 0.031 0.099 57 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 58 Q 0.037 0.026 0.015 0.007 0.009 0.052 0.013 0.841 59 Y 0.519 0.039 0.089 0.003 0.003 0.047 0.012 0.287 60 D 0.066 0.096 0.076 0.008 0.009 0.221 0.007 0.517 61 A 0.011 0.035 0.014 0.001 0.005 0.022 0.001 0.911 62 A 0.010 0.056 0.003 0.001 0.002 0.328 0.001 0.600 63 L 0.014 0.084 0.001 0.001 0.001 0.827 0.002 0.073 64 I 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 65 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 66 R 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 67 V 0.012 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 68 L 0.008 0.977 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 69 A 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 70 N 0.031 0.909 0.005 0.002 0.001 0.001 0.024 0.026 71 H 0.153 0.683 0.017 0.007 0.004 0.005 0.054 0.076 72 C 0.065 0.426 0.084 0.020 0.019 0.027 0.023 0.335 73 R 0.037 0.261 0.059 0.035 0.034 0.061 0.034 0.479 74 R 0.069 0.092 0.036 0.017 0.016 0.061 0.010 0.697 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 76 R 0.011 0.047 0.012 0.018 0.030 0.284 0.003 0.594 77 Y 0.131 0.342 0.015 0.017 0.022 0.098 0.008 0.368 78 L 0.040 0.772 0.008 0.020 0.039 0.024 0.003 0.096 79 K 0.032 0.853 0.007 0.017 0.021 0.014 0.003 0.054 80 A 0.034 0.880 0.007 0.014 0.014 0.005 0.006 0.039 81 L 0.050 0.848 0.007 0.017 0.024 0.005 0.016 0.033 82 A 0.043 0.782 0.021 0.033 0.043 0.007 0.019 0.051 83 R 0.034 0.501 0.029 0.046 0.049 0.020 0.041 0.281 84 G 0.272 0.116 0.026 0.032 0.033 0.032 0.170 0.318 85 G 0.208 0.052 0.098 0.034 0.027 0.056 0.047 0.479 86 K 0.031 0.020 0.222 0.153 0.096 0.097 0.018 0.363 87 R 0.016 0.004 0.061 0.082 0.117 0.043 0.002 0.675 88 F 0.014 0.005 0.158 0.218 0.305 0.048 0.002 0.251 89 D 0.007 0.011 0.100 0.272 0.290 0.045 0.003 0.273 90 L 0.022 0.016 0.136 0.145 0.226 0.065 0.007 0.383 91 N 0.018 0.004 0.015 0.028 0.056 0.732 0.009 0.137 92 N 0.464 0.009 0.018 0.027 0.025 0.067 0.077 0.314 93 R 0.230 0.009 0.070 0.024 0.034 0.448 0.013 0.173 94 F 0.003 0.002 0.015 0.017 0.016 0.052 0.003 0.891 95 K 0.033 0.015 0.056 0.107 0.298 0.092 0.005 0.393 96 G 0.103 0.009 0.049 0.107 0.199 0.107 0.013 0.414 97 E 0.130 0.006 0.032 0.054 0.101 0.078 0.008 0.590 98 V 0.067 0.019 0.089 0.107 0.145 0.081 0.007 0.487 99 T 0.018 0.009 0.011 0.040 0.076 0.195 0.002 0.649 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 101 E 0.002 0.003 0.001 0.002 0.012 0.326 0.001 0.653 102 E 0.081 0.016 0.001 0.001 0.001 0.615 0.004 0.281 103 Q 0.012 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 104 A 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 105 I 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 106 A 0.015 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 107 Q 0.014 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 108 N 0.039 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.012 109 H 0.217 0.668 0.017 0.003 0.001 0.002 0.024 0.067 110 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 111 F 0.005 0.044 0.007 0.005 0.012 0.087 0.002 0.839 112 V 0.173 0.230 0.014 0.002 0.002 0.109 0.008 0.460 113 Q 0.081 0.665 0.007 0.002 0.002 0.071 0.003 0.168 114 Q 0.038 0.840 0.006 0.001 0.001 0.015 0.002 0.097 115 A 0.018 0.868 0.003 0.001 0.001 0.027 0.003 0.080 116 L 0.022 0.923 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.036 117 Q 0.015 0.952 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.022 118 Q 0.015 0.946 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.026 119 Q 0.014 0.955 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.021 120 S 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.017 121 A 0.016 0.934 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.041 122 Q 0.014 0.926 0.002 0.001 0.001 0.012 0.004 0.041 123 A 0.017 0.932 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.033 124 A 0.010 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 125 A 0.009 0.944 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.038 126 E 0.028 0.900 0.002 0.001 0.001 0.009 0.007 0.054 127 T 0.061 0.900 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.023 128 L 0.101 0.825 0.007 0.001 0.001 0.005 0.016 0.044 129 S 0.118 0.591 0.013 0.002 0.002 0.042 0.021 0.210 130 V 0.055 0.401 0.030 0.002 0.005 0.035 0.008 0.464 131 E 0.036 0.380 0.008 0.001 0.004 0.225 0.007 0.339 132 A 0.055 0.446 0.006 0.001 0.002 0.226 0.007 0.256 133 E 0.020 0.870 0.002 0.001 0.001 0.015 0.002 0.090 134 A 0.019 0.855 0.002 0.001 0.001 0.015 0.004 0.102 135 A 0.047 0.835 0.003 0.001 0.002 0.011 0.008 0.092 136 E 0.098 0.755 0.005 0.002 0.004 0.020 0.014 0.103 137 S 0.097 0.646 0.006 0.003 0.005 0.018 0.015 0.210 138 S 0.091 0.413 0.008 0.003 0.005 0.028 0.016 0.435 139 A 0.069 0.285 0.013 0.004 0.007 0.081 0.016 0.525 140 A 0.083 0.175 0.009 0.004 0.007 0.057 0.014 0.651 141 E 0.082 0.275 0.015 0.009 0.012 0.091 0.013 0.502