# TARGET T0360 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.0141 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.305 0.147 0.330 0.111 0.031 0.029 0.020 0.006 0.014 0.006 0.001 2 T 0.303 0.183 0.307 0.080 0.036 0.038 0.018 0.006 0.020 0.007 0.001 3 Q 0.659 0.074 0.131 0.068 0.014 0.018 0.016 0.005 0.012 0.004 0.001 4 E 0.753 0.048 0.114 0.047 0.007 0.014 0.007 0.003 0.006 0.001 0.001 5 T 0.794 0.042 0.077 0.059 0.007 0.008 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 6 A 0.635 0.077 0.150 0.076 0.012 0.018 0.011 0.002 0.015 0.002 0.001 7 L 0.575 0.042 0.289 0.064 0.008 0.006 0.007 0.001 0.004 0.003 0.001 8 G 0.559 0.009 0.083 0.052 0.020 0.006 0.059 0.175 0.003 0.033 0.001 9 A 0.621 0.063 0.237 0.029 0.022 0.008 0.005 0.002 0.008 0.005 0.001 10 A 0.653 0.032 0.241 0.039 0.004 0.017 0.003 0.001 0.004 0.001 0.004 11 L 0.625 0.070 0.190 0.069 0.010 0.019 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 12 K 0.714 0.038 0.144 0.075 0.007 0.011 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 13 S 0.485 0.100 0.162 0.150 0.044 0.012 0.017 0.006 0.019 0.005 0.001 14 A 0.411 0.077 0.381 0.066 0.020 0.022 0.006 0.004 0.008 0.003 0.003 15 V 0.316 0.300 0.234 0.065 0.026 0.026 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 16 Q 0.277 0.110 0.484 0.043 0.007 0.049 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 17 T 0.338 0.192 0.250 0.144 0.017 0.036 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 18 M 0.294 0.174 0.294 0.072 0.050 0.036 0.020 0.003 0.048 0.008 0.001 19 S 0.332 0.024 0.468 0.078 0.015 0.035 0.015 0.009 0.006 0.015 0.005 20 K 0.703 0.042 0.059 0.128 0.012 0.015 0.018 0.011 0.009 0.003 0.001 21 K 0.824 0.041 0.069 0.041 0.005 0.008 0.004 0.002 0.004 0.002 0.001 22 K 0.914 0.010 0.040 0.018 0.003 0.006 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 23 Q 0.958 0.005 0.009 0.018 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 24 T 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 M 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 I 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.985 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 H 0.780 0.002 0.003 0.212 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 I 0.796 0.018 0.033 0.087 0.003 0.014 0.020 0.003 0.023 0.001 0.001 32 Y 0.735 0.022 0.071 0.140 0.007 0.008 0.009 0.002 0.002 0.005 0.001 33 G 0.601 0.015 0.043 0.088 0.035 0.007 0.108 0.083 0.004 0.017 0.001 34 K 0.452 0.039 0.058 0.414 0.006 0.017 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 35 Y 0.206 0.248 0.276 0.120 0.056 0.038 0.014 0.006 0.034 0.003 0.001 36 D 0.107 0.149 0.416 0.055 0.043 0.165 0.018 0.003 0.037 0.006 0.002 37 V 0.654 0.060 0.045 0.218 0.004 0.007 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 38 F 0.433 0.036 0.140 0.191 0.028 0.015 0.072 0.029 0.021 0.034 0.001 39 K 0.558 0.019 0.051 0.177 0.009 0.023 0.119 0.033 0.008 0.002 0.001 40 R 0.414 0.156 0.116 0.256 0.016 0.014 0.016 0.004 0.007 0.002 0.001 41 F 0.103 0.179 0.445 0.156 0.021 0.042 0.020 0.005 0.025 0.003 0.001 42 K 0.013 0.462 0.283 0.001 0.022 0.012 0.018 0.001 0.187 0.001 0.001 43 P 0.036 0.004 0.890 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 44 L 0.161 0.131 0.544 0.071 0.017 0.046 0.007 0.003 0.016 0.001 0.003 45 A 0.091 0.436 0.273 0.017 0.071 0.050 0.018 0.004 0.034 0.005 0.002 46 L 0.076 0.336 0.409 0.069 0.015 0.049 0.008 0.001 0.036 0.001 0.001 47 G 0.049 0.048 0.130 0.019 0.356 0.011 0.035 0.154 0.004 0.194 0.001 48 I 0.235 0.319 0.226 0.049 0.059 0.072 0.003 0.001 0.031 0.004 0.001 49 D 0.525 0.051 0.280 0.024 0.009 0.079 0.003 0.001 0.023 0.004 0.001 50 Q 0.987 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 D 0.983 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 I 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.989 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.579 0.001 0.003 0.414 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.157 0.040 0.509 0.041 0.003 0.016 0.031 0.003 0.199 0.001 0.001 57 P 0.348 0.002 0.629 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 58 Q 0.210 0.020 0.083 0.563 0.007 0.016 0.028 0.064 0.006 0.003 0.001 59 Y 0.006 0.216 0.688 0.007 0.011 0.046 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 60 D 0.003 0.055 0.863 0.001 0.007 0.061 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 61 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 N 0.937 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 H 0.743 0.004 0.008 0.214 0.001 0.006 0.017 0.003 0.004 0.001 0.001 72 C 0.546 0.072 0.131 0.191 0.016 0.025 0.006 0.002 0.009 0.001 0.001 73 R 0.498 0.007 0.016 0.464 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 74 R 0.058 0.240 0.271 0.010 0.220 0.024 0.003 0.001 0.167 0.006 0.001 75 P 0.984 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 R 0.975 0.003 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 Y 0.960 0.006 0.005 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.973 0.005 0.011 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.958 0.012 0.005 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.939 0.011 0.009 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.832 0.041 0.022 0.092 0.004 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 82 A 0.475 0.153 0.227 0.084 0.020 0.015 0.009 0.001 0.013 0.002 0.001 83 R 0.282 0.037 0.592 0.060 0.009 0.006 0.007 0.001 0.003 0.002 0.001 84 G 0.029 0.001 0.012 0.049 0.008 0.001 0.085 0.784 0.001 0.028 0.001 85 G 0.026 0.036 0.741 0.006 0.059 0.009 0.014 0.024 0.009 0.076 0.001 86 K 0.228 0.168 0.421 0.101 0.029 0.031 0.003 0.002 0.003 0.002 0.013 87 R 0.017 0.733 0.140 0.014 0.050 0.016 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 88 F 0.012 0.826 0.086 0.006 0.027 0.017 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 89 D 0.014 0.149 0.373 0.008 0.010 0.325 0.005 0.001 0.116 0.001 0.001 90 L 0.445 0.126 0.066 0.252 0.011 0.052 0.003 0.003 0.040 0.002 0.002 91 N 0.063 0.029 0.074 0.323 0.010 0.031 0.419 0.006 0.036 0.009 0.001 92 N 0.008 0.002 0.011 0.038 0.012 0.003 0.440 0.466 0.001 0.019 0.001 93 R 0.098 0.396 0.349 0.085 0.028 0.015 0.008 0.002 0.017 0.001 0.001 94 F 0.074 0.151 0.659 0.019 0.011 0.054 0.007 0.005 0.011 0.007 0.001 95 K 0.142 0.306 0.181 0.228 0.062 0.019 0.033 0.004 0.024 0.002 0.001 96 G 0.027 0.039 0.129 0.020 0.391 0.003 0.048 0.135 0.003 0.204 0.001 97 E 0.060 0.391 0.433 0.023 0.053 0.022 0.002 0.001 0.007 0.001 0.005 98 V 0.027 0.456 0.434 0.017 0.022 0.032 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 99 T 0.006 0.132 0.775 0.001 0.016 0.024 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 100 P 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 E 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 Q 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 I 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 A 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 Q 0.982 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 N 0.410 0.001 0.003 0.578 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 109 H 0.241 0.043 0.455 0.008 0.003 0.021 0.015 0.001 0.212 0.002 0.001 110 P 0.883 0.001 0.101 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 111 F 0.961 0.002 0.007 0.017 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 112 V 0.973 0.002 0.007 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.983 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 Q 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 Q 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 Q 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 Q 0.940 0.001 0.002 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 S 0.977 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.985 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 Q 0.985 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 A 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.985 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.953 0.001 0.005 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 T 0.788 0.004 0.018 0.170 0.001 0.005 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 128 L 0.744 0.027 0.141 0.044 0.006 0.013 0.014 0.003 0.006 0.003 0.001 129 S 0.865 0.010 0.056 0.033 0.006 0.010 0.010 0.005 0.002 0.003 0.001 130 V 0.940 0.007 0.012 0.032 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 E 0.959 0.005 0.012 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 A 0.957 0.004 0.014 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.945 0.004 0.023 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.924 0.004 0.028 0.035 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 135 A 0.805 0.016 0.067 0.089 0.006 0.007 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 136 E 0.638 0.062 0.145 0.107 0.013 0.015 0.007 0.002 0.010 0.002 0.001 137 S 0.548 0.059 0.221 0.107 0.018 0.019 0.009 0.005 0.010 0.004 0.001 138 S 0.579 0.063 0.154 0.137 0.022 0.013 0.013 0.005 0.010 0.004 0.001 139 A 0.445 0.069 0.192 0.196 0.027 0.021 0.019 0.010 0.014 0.005 0.001 140 A 0.261 0.128 0.360 0.127 0.033 0.032 0.017 0.010 0.024 0.008 0.001 141 E 0.339 0.124 0.284 0.096 0.045 0.021 0.028 0.020 0.014 0.028 0.001