# TARGET T0359 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 540.766 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.062 0.124 0.736 2 M 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.038 0.115 0.753 3 S 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.049 0.084 0.768 4 E 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.007 0.004 0.014 0.005 0.006 0.003 0.392 0.049 0.068 0.424 5 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.087 0.015 0.073 0.813 6 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.011 0.042 0.029 0.691 0.026 0.020 0.155 7 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.297 0.047 0.045 0.605 8 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.844 0.027 0.010 0.096 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 0.068 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.405 0.040 0.028 0.401 10 L 0.003 0.001 0.001 0.003 0.077 0.079 0.162 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.372 0.039 0.024 0.205 11 T 0.079 0.005 0.002 0.011 0.055 0.028 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.050 0.057 0.533 12 K 0.156 0.002 0.002 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.043 0.081 0.652 13 N 0.076 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.033 0.088 0.763 14 V 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.043 0.122 0.716 15 Q 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.053 0.143 0.646 16 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.096 0.016 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.143 0.073 0.105 0.483 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.036 0.025 0.093 0.048 0.021 0.006 0.292 0.067 0.072 0.318 18 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.027 0.079 0.267 0.041 0.023 0.434 0.061 0.010 0.047 19 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.030 0.047 0.012 0.675 0.050 0.028 0.133 20 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 0.008 0.886 0.043 0.007 0.033 21 I 0.010 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.012 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.629 0.073 0.048 0.203 22 A 0.009 0.004 0.002 0.001 0.002 0.004 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.671 0.065 0.052 0.168 23 G 0.033 0.007 0.003 0.003 0.015 0.027 0.015 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.240 0.050 0.112 0.484 24 Y 0.066 0.011 0.004 0.005 0.036 0.017 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.070 0.110 0.443 25 I 0.096 0.019 0.007 0.006 0.005 0.007 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.048 0.114 0.580 26 G 0.141 0.015 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.040 0.097 0.657 27 D 0.179 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.062 0.091 0.596 28 K 0.118 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.038 0.088 0.693 29 K 0.023 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.045 0.014 0.014 0.010 0.006 0.003 0.003 0.002 0.023 0.037 0.076 0.732 30 L 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.008 0.007 0.014 0.005 0.005 0.002 0.032 0.037 0.086 0.763 31 E 0.108 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.011 0.006 0.053 0.026 0.010 0.003 0.039 0.034 0.095 0.601 32 P 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.003 0.008 0.004 0.005 0.052 0.022 0.150 0.735 33 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.014 0.007 0.227 0.036 0.120 0.579 34 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.003 0.011 0.002 0.010 0.017 0.017 0.500 0.065 0.061 0.302 35 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.660 0.035 0.038 0.256 36 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.009 0.017 0.862 0.038 0.007 0.050 37 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.430 0.061 0.058 0.443 38 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.747 0.030 0.033 0.183 39 S 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.057 0.115 0.541 40 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.227 0.049 0.119 0.598 41 T 0.208 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.136 0.071 0.411 42 K 0.060 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.037 0.117 0.703 43 S 0.039 0.089 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.023 0.093 0.698 44 S 0.167 0.371 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.137 0.060 0.215 45 A 0.161 0.319 0.020 0.004 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.174 0.050 0.219 46 V 0.059 0.058 0.100 0.008 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.025 0.220 0.072 0.425 47 E 0.483 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.024 0.064 0.061 0.345 48 H 0.189 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.035 0.098 0.636 49 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.102 0.860 50 G 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.047 0.119 0.596 51 R 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.033 0.060 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.035 0.120 0.584 52 I 0.008 0.004 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.522 0.024 0.073 0.335 53 Q 0.407 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.004 0.002 0.163 0.094 0.046 0.243 54 I 0.139 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.001 0.219 0.076 0.105 0.435 55 G 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 0.033 0.144 0.614 56 D 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.661 0.059 0.049 0.209 57 Q 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.632 0.113 0.028 0.173 58 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.856 0.049 0.007 0.065 59 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.576 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.299 0.036 0.007 0.061 60 A 0.010 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.827 0.009 0.013 0.109 61 V 0.486 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.038 0.042 0.261 62 D 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.021 0.123 0.791 63 G 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.027 0.072 0.790 64 T 0.007 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.736 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.014 0.018 0.160 65 N 0.169 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.034 0.062 0.535 66 L 0.207 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.001 0.008 0.001 0.028 0.064 0.073 0.395 67 Q 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.082 0.010 0.018 0.080 0.049 0.118 0.590 68 G 0.012 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.029 0.116 0.740 69 F 0.010 0.087 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.055 0.130 0.554 70 T 0.013 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.009 0.060 71 N 0.007 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.002 0.017 72 Q 0.003 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.017 73 Q 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.012 74 A 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.015 75 V 0.006 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.019 76 E 0.016 0.738 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.014 0.064 77 V 0.078 0.160 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.580 0.048 0.105 78 L 0.148 0.042 0.075 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.510 0.044 0.172 79 R 0.140 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.083 0.725 80 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.046 0.936 81 T 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.037 0.126 0.800 82 G 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.030 0.173 0.777 83 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.042 0.119 0.667 84 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.328 0.046 0.114 0.506 85 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.827 0.036 0.027 0.102 86 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.006 0.830 0.046 0.013 0.093 87 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.877 0.034 0.011 0.074 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.029 0.002 0.018 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.621 0.085 0.030 0.247 90 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.814 0.040 0.017 0.112 91 R 0.048 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.055 0.099 0.560 92 R 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.046 0.099 0.746 93 G 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.028 0.087 0.839 94 E 0.057 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.019 0.087 0.808 95 T 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.021 0.110 0.816 96 S 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.024 0.095 0.830 97 V 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.003 0.002 0.032 0.031 0.121 0.781